View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20175_low_8 (Length: 543)
Name: NF20175_low_8
Description: NF20175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20175_low_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 535
Target Start/End: Original strand, 12751425 - 12751944
Alignment:
| Q |
17 |
caaatgctaacaatagtaacaactaaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatccttttatagatcattttcattgctcagaaaga |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12751425 |
caaatgctaacaatagtaacaactgaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatccttttatagatcattttcattgctcagaaaga |
12751524 |
T |
|
| Q |
117 |
aatgcatacaaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattg--atgtcttaaatgttgcattaaataaagaaagattatttagttattcttgccc |
214 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12751525 |
aatgcatacgaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattgggatgtcttaaatgttgcattaaataaagaaagattatttagttattcttgccc |
12751624 |
T |
|
| Q |
215 |
tcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaactaaactcaagcaccaaaatccactgaagg |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
12751625 |
tcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaactaaactcaagcaccaaaatcaaccgaagg |
12751724 |
T |
|
| Q |
315 |
gaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaaatattgggaagatggggatatgccttaaatcactag |
414 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12751725 |
ggatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaaatattgggaagatggggatatgccttaaatcactag |
12751824 |
T |
|
| Q |
415 |
taatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcctnnnnnnnntgctattatttaaaatattatagtacaacatctttgaccacgattt |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12751825 |
taatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcc-aaaaaaaatgctattatttaaaatattatagtacaacatccttgaccacgattt |
12751923 |
T |
|
| Q |
515 |
ctatttgtatctgttcatctc |
535 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12751924 |
ctatttgtatctgttcttctc |
12751944 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 449; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 530
Target Start/End: Original strand, 12814387 - 12814901
Alignment:
| Q |
17 |
caaatgctaacaatagtaacaactaaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatccttttatagatcattttcattgctcagaaaga |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12814387 |
caaatgctaacaatagtaacaactgaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatccttttatagatcattttcattgctcagaaaga |
12814486 |
T |
|
| Q |
117 |
aatgcatacaaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattg--atgtcttaaatgttgcattaaataaagaaagattatttagttattcttgccc |
214 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12814487 |
aatgcatacgaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattgggatgtcttaaatgttgcattaaataaagaaagattatttagttattcttgccc |
12814586 |
T |
|
| Q |
215 |
tcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaactaaactcaagcaccaaaatccactgaagg |
314 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12814587 |
tcggatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaactaaactcaagcaccaaaatccaccgaagg |
12814686 |
T |
|
| Q |
315 |
gaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaaatattgggaagatggggatatgccttaaatcactag |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12814687 |
gaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctcctcatgtattaaacaaacaacaaatattgggaagatggggatatgccttaaatcactag |
12814786 |
T |
|
| Q |
415 |
taatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcctnnnnnnnntgctattatttaaaatattatagtacaacatctttgaccacgattt |
514 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12814787 |
taatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcc-aaaaaaaatgctattatttaaaatattatagtacaacatccttgaccacgattt |
12814885 |
T |
|
| Q |
515 |
ctatttgtatctgttc |
530 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
12814886 |
ctatttgtatctgttc |
12814901 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University