View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20177_high_19 (Length: 436)

Name: NF20177_high_19
Description: NF20177
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20177_high_19
NF20177_high_19
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (20-423)||(36425172-36425575)
chr4 (20-419)||(36411006-36411405)
chr4 (20-419)||(36416337-36416736)
chr4 (20-414)||(36403689-36404086)
chr4 (20-414)||(36396756-36397153)
chr4 (42-419)||(36373039-36373416)
chr4 (20-419)||(36368401-36368800)
chr4 (51-419)||(36387004-36387375)
chr4 (20-412)||(36433029-36433421)
chr4 (20-65)||(55676492-55676537)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-92)||(34712317-34712389)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 423
Target Start/End: Original strand, 36425172 - 36425575
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 119  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425172 ggttgcaaatagtgatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 36425271  T
Q  120 atttggtctaccaatgtttcattaacacggtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425272 atttggtctaccaatgtttcattaacacattcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 36425371  T
Q  220 acaccgaaactgccatctgggaaagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggtt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425372 acaccgaaactgccatctgggaaagcttggatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggtt 36425471  T
Q  320 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36425472 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcaccgtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 36425571  T
Q  420 gttc 423  Q
    ||||    
T  36425572 gttc 36425575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 419
Target Start/End: Original strand, 36411006 - 36411405
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 119  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36411006 ggttgcaaatagagatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcaaccaaaatgggaatctagaactccaccacaaccttagcaccattccc 36411105  T
Q  120 atttggtctaccaatgtttcattaacacggtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411106 atttggtctaccaatgtttcattaacacagtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 36411205  T
Q  220 acaccgaaactgccatctgggaaagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggtt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36411206 acaccgaaactgccatctgggaaagctttgatcatcccacagacacaatgcttccgtatcaaaagattggttttgatagaaaaattaatcaaagttgggt 36411305  T
Q  320 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 419  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  36411306 ccttcaatcctggaagacagatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcaccattggcaaaccacaattgtttatgtacaaccatgat 36411405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 419
Target Start/End: Original strand, 36416337 - 36416736
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 119  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36416337 ggttgcaaatagagatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcaaccaaaatgggaatctagaactccaccacaaccttagcaccattccc 36416436  T
Q  120 atttggtctaccaatgtttcattaacacggtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36416437 atttggtctaccaatgtttcattaacacagtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 36416536  T
Q  220 acaccgaaactgccatctgggaaagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggtt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36416537 acaccgaaactgccatctgggaaagctttgatcatcccacagacacaatgcttccgtatcaaaagattggttttgatagaaaaattaatcaaagttgggt 36416636  T
Q  320 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 419  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  36416637 ccttcaatcctggaagacagatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcaccattggcaaaccacaattgtttatgtacaaccatgat 36416736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 20 - 414
Target Start/End: Original strand, 36403689 - 36404086
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 119  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||| | | |||||||| | |||||||||||||    
T  36403689 ggttgcaaacagagatgctcccatcaatgacacttctgggattttatccattgacccaaatggaaatctagtaattcaccacaaccatagcaccattccc 36403788  T
Q  120 atttggtctaccaatgtttcattaacacggtcacaaagaaataacaccaatg---ttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaa 216  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||   |||||||  || |||  || |||| |||||||||||||| | |||    
T  36403789 atttggtctaccgatgtttcatttccacaatcacaaagaaatagcaccaatgctgttatagcgaaattatcagacatagcaaaccttgttctgatgataa 36403888  T
Q  217 acgacaccgaaactgccatctgggaaagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttg 316  Q
    || ||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| | || ||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  36403889 acaacacaaaaactgtcatctgggaaagctttgatcatcccacagacaccttgcttccatatctaaagatagggtttaatagaaaaactaatcaaagctg 36403988  T
Q  317 gttccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaacc 414  Q
    |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  36403989 gttccttcaatcctggaagacagatgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtggaattcagcaccattggtaaacctcagttgtttatgtacaacc 36404086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 20 - 414
Target Start/End: Original strand, 36396756 - 36397153
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 119  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  36396756 ggttgcaaatagagatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcaaccaaaatgggaatctagaactccaccacaaccttagcaccattcca 36396855  T
Q  120 atttggtctaccaatgtttcattaacacggtcacaaagaaataacacca---atgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaa 216  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |    |||||||||  || ||   || | || |||| ||||||||| | |||    
T  36396856 atttggtccactaatgtttcattaacactatcacaaagaaatatcactagtgctgttatagcaaaattaacagacaaagcaaacattgttctgatgataa 36396955  T
Q  217 acgacaccgaaactgccatctgggaaagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttg 316  Q
    || ||||  |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||  | |||||||||  || | |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36396956 acaacacaaaaactgtcatttgggaaagctttgatcatcccacagacaccttccttccatatcaaaggtttggttttgatagaaaaactaatcaaagttg 36397055  T
Q  317 gttccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaacc 414  Q
    |  ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || || | ||| |||||||||||||||||||    
T  36397056 gccccttcaatcctggaagacagaagatgaccctggaaaaggtgcattcacggtgaaattcagcagcataggtatacctcagttgtttatgtacaacc 36397153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 178; E-Value: 7e-96
Query Start/End: Original strand, 42 - 419
Target Start/End: Original strand, 36373039 - 36373416
Alignment:
Q  42 atcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattcccatttggtctaccaatgtttcat 141  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36373039 atcaacgatacttctggaattctatcaatcgatccaaatgaaaatctagtactcaaccacaaccgtagcaccattcccatttggtctaccgatgtttcat 36373138  T
Q  142 taacacggtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacgacaccgaaactgccatctggga 241  Q
    || |||  ||||||||||||| |||||  |||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||   | |||||    
T  36373139 taccacaatcacaaagaaatagcaccagggttatagctcaattatcggatgtagcaaaccttgttctgatgataaacaacaccaaaactgtattatggga 36373238  T
Q  242 aagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggttccttcaatcatggaagaccgac 341  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||     
T  36373239 aagctttgatcatccaacagacaccttgcttccatatctaaagattgggtttaatagaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagacagat 36373338  T
Q  342 gatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 419  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||  |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  36373339 gatgaccctggaaatggtgcattcacagtgaaattcaacagcattgtcaaacctcagttgtttatgtacaaccatgat 36373416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 20 - 419
Target Start/End: Original strand, 36368401 - 36368800
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 119  Q
    ||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||  ||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  36368401 ggttgcaaatagagatactccaatcaatgacacttctggaattctatcaatcgatcgaaatggaaatctagttctcaaccacaaccttagcaacattccc 36368500  T
Q  120 atttggtctaccaatgtttcattaacacggtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 219  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||   | |||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||      
T  36368501 atttggtctaccgctgtttcactactgcagtcacagataaatagcaccaacgttatagctcaactatcggatataggaaaccttgttttgatgctaaaaa 36368600  T
Q  220 acaccgaaactgccatctgggaaagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggtt 319  Q
     | || |||||| ||| |||||||| ||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  36368601 gctccaaaactgtcatatgggaaagttttgatcatcctacagataccttgcttccatatctcaaggttggttttgatagaaaaactaatcaaagctggtt 36368700  T
Q  320 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 419  Q
     || |||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  36368701 tctccaatcatggaagacagatgatgaccctggaaaaggcgcattcacattgaaattcagcagcattggaaaacctcagttgtttatgtacaaccatgat 36368800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 51 - 419
Target Start/End: Original strand, 36387004 - 36387375
Alignment:
Q  51 acttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattcccatttggtctaccaatgtttcattaacacggt 150  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |  |    
T  36387004 acttccggaattttatca-tcgacccaaatggaaatctagtactccaccacaacctaagcaccattcccatttggtctaccaatgtttcattcccgcaat 36387102  T
Q  151 cacaaagaaataacacca---atgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacgacaccgaaactgccatctgggaaagctt 247  Q
    |||||||||||| ||| |    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||   | |||||||||||    
T  36387103 cacaaagaaatagcactagtgctgttatagctcaactatcggatatagcaaaccttgttttgatgataaacaacaccaaaactgtattatgggaaagctt 36387202  T
Q  248 tcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgat-agaaaaattaatcaaagttggttccttcaatcatggaagaccgacgatga 346  Q
    | ||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  36387203 tgatcatccaacagacaccttgcttccatatctaaggcttggttttgataaaaaaaactaatcaaagctggttccttcaatcctggaagacggatgatga 36387302  T
Q  347 ccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaaccgtgat 419  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||||| ||||    
T  36387303 ccctggaaatggtgcattcacagtgaaattcagcaccattggcaaacctcaagtgttaatgtacaaccatgat 36387375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 20 - 412
Target Start/End: Original strand, 36433029 - 36433421
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaactccaccacaaacttagcaccattccc 119  Q
    ||||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||| || |||| |||||||||||||||    
T  36433029 ggttgcaaatagagatactccaatcaatgacacttctggaattctatcaatcaacccaaatggaaatctagttctcaacaacaaccttagcaccattccc 36433128  T
Q  120 atttggtctaccaatgtttcattaacacggtcacaaagaaataacaccaatgttatagctcaactattggatataggaaaccttgttctgaggttaaacg 219  Q
    |||||||||||| |||||||| |    |  ||||| | ||||| |||| | ||||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||| |||||||     
T  36433129 atttggtctaccgatgtttcactccagcaatcacagataaatagcaccgacgttatagctcaactatctgatataggaaactttgttttgatgttaaaca 36433228  T
Q  220 acaccgaaactgccatctgggaaagctttcatcatcccacagacacaatgcttccatatataaagcttggttttgatagaaaaattaatcaaagttggtt 319  Q
      ||| |||||| ||| ||||| |||||| || ||||||| |||||   ||||||||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  36433229 gaaccaaaactgtcatatgggatagctttgattatcccacggacacttggcttccatatcaaaggcttggttttgatagaaaaactaatcaaagctggtt 36433328  T
Q  320 ccttcaatcatggaagaccgacgatgaccctggaaaaggtgcgttcacggtgaaattcagcacaattggcaaaccgcagttgtttatgtacaa 412  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  |||| ||| | ||| | |||||||||||    
T  36433329 ccttcaatcctggaagacagaggatgaccctggaaaaggtgccttcacgttgaaattcagcaccgttggtaaaactcagctttttatgtacaa 36433421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 20 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 55676537 - 55676492
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattcta 65  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  55676537 ggttgcaaatagagatgctccaatcaatgacacttctggaaatcta 55676492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 92
Target Start/End: Original strand, 34712317 - 34712389
Alignment:
Q  20 ggttgcaaacagggatgctcccatcaatgacacttctggaattctatcaatcgacccaaatgggaatctagaa 92  Q
    ||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||    
T  34712317 ggttgcaaatagagatactccaatcaatgacacttctggaattctatcaattgaccaaaatggaaatctagaa 34712389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University