View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20177_low_10 (Length: 499)
Name: NF20177_low_10
Description: NF20177
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20177_low_10 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 431; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 431; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 28925172 - 28924718
Alignment:
| Q |
21 |
tgctgcagaaggaagttaacatgagggaccttttatttgctatcatacttttcttatatgcatacattgatatatgtatccgtatcacaggaatcaacag |
120 |
Q |
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| T |
28925172 |
tgctgcagaaggaagtcaacatgagtgaccttttatttgctatcatacttttcttatatgcatacattgatatatgtatctgtatcacaggaatcaacag |
28925073 |
T |
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| Q |
121 |
atcatcaaagcaagatgacatcaaccaagaaattctgctccagctttctaatgtgccaaaagatgtacctatcagccaaatttctgatgttgacttttct |
220 |
Q |
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| T |
28925072 |
atcatcaaagcaagatgacatcagccaagaaattctgctccggctttctaatgtgccaaaagatgtacctatcagccaaatttctgatgttgacttttct |
28924973 |
T |
|
| Q |
221 |
gaggtattattactttgccaacaatattttctgatgcaatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaac |
320 |
Q |
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| T |
28924972 |
gaggtattattactttgccaacaatattttctgatgcaatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaac |
28924873 |
T |
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| Q |
321 |
taattttctaaaccatttttctattagatgttgaatatactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgtta |
420 |
Q |
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| T |
28924872 |
taattttctaaaccatttttctattagatgttgaatatactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgtggaggtcattatttgtta |
28924773 |
T |
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| Q |
421 |
ttgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgatttgtgtatccatattcttc |
475 |
Q |
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| T |
28924772 |
ttgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgatttgtgtatccatattcttc |
28924718 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 28901544 - 28901090
Alignment:
| Q |
21 |
tgctgcagaaggaagttaacatgagggaccttttatttgctatcatacttttcttatatgcatacattgatatatgtatccgtatcacaggaatcaacag |
120 |
Q |
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| T |
28901544 |
tgctgcagaacgaggtcaacatgagtgacctttttttcccaatcataattttcttatatacatacattgatatatgtatccatatcacaggaatcaaaag |
28901445 |
T |
|
| Q |
121 |
atcatcaaagcaagatgacatcaaccaagaaattctgctccagctttctaatgtgccaaaagatgtacctatcagccaaatttctgatgttgacttttct |
220 |
Q |
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| T |
28901444 |
atcatcaaagcaagctgacatcaaccaagaaattctgctccggctttcttatgtgccaaaagatgtacctatcagccaaatttctgatgttgacttttct |
28901345 |
T |
|
| Q |
221 |
gaggtattattactttgccaacaatattttctgatgcaatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaac |
320 |
Q |
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| T |
28901344 |
gaggtattattaatttgctaacaatattttctgctgcactatcccccaattctgaaacctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaatgaaac |
28901245 |
T |
|
| Q |
321 |
taattttctaaaccatttttctattagatgttgaatatactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgtta |
420 |
Q |
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| T |
28901244 |
tcattttctaaaccatttttctattagatgttgactatactgtattatttcctgcgttagagcatagctgggtttctgatgtgaatgtgattatctgtta |
28901145 |
T |
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| Q |
421 |
ttgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgatttgtgtatccatattcttc |
475 |
Q |
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| T |
28901144 |
ctggtttcaaagtttgttgatgttattcgatatgatttgtgtatccatattcttc |
28901090 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 26 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 28915978 - 28915520
Alignment:
| Q |
26 |
cagaaggaagttaacatgagggacctt---ttatttgctatcatacttttcttatatgcatacat-----tgatatatgtatccgtatcacaggaatcaa |
117 |
Q |
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| T |
28915978 |
cagaaggaattcaacatgagtgaccttcttttactagctatcatacctttcttatatgcatacatatacgtaatatacgtatccatatcacaggaataag |
28915879 |
T |
|
| Q |
118 |
cagatcatcaaagcaagatgacatcaaccaagaaattctgctccagctttctaatgtgccaaaagatgtacctatcagccaaatttctgatgttgacttt |
217 |
Q |
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| T |
28915878 |
aagatcatcaaaccaagacgaaatcaaccaagaaattctgctccggctttctaatgtgcccaaagatgtatctatcagccaaatttctgatgttgacttt |
28915779 |
T |
|
| Q |
218 |
tctgaggtattattactttgccaacaatattttctgatgcaatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaat-g |
316 |
Q |
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| T |
28915778 |
tctgaggtattattactttgctaacaatattttctgctgcaatgtcccacaattctgaaacctggtttcaatcaaagtagtggtttccaagttaaaatgg |
28915679 |
T |
|
| Q |
317 |
aaactaattttctaaaccatttttctattagatgttgaatatactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattattt |
416 |
Q |
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| T |
28915678 |
aaactcatttccaaaaccatttttctataatttgtttaatatattgtattatttccggcgtaagaccatagctgggtttctgatgtgaaggtgattattt |
28915579 |
T |
|
| Q |
417 |
gttattgatttcaaaatttgttgatgttatccgatatgatttgtgtatccatattcttc |
475 |
Q |
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||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |
|
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| T |
28915578 |
gttattgatttcatagtttgttgatgttatccgatatgatttttgtatccataatcttc |
28915520 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 50 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 28891024 - 28890596
Alignment:
| Q |
50 |
cttttatttgctatcatacttttcttatatgcatacattgatatatgtatccgtatcacaggaatcaacagatcatcaaagcaagatgacatcaaccaag |
149 |
Q |
| |
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| T |
28891024 |
cttttaatagctatcacacttttcttatatgcatacattgttatacgtatccatatcacaggaatcaaaagatcatcaaagaaggaggaaatctaccaag |
28890925 |
T |
|
| Q |
150 |
aaattctgctccagctttctaatgtgccaaaagatgtacctatcagccaaatttctgatgttgacttttctgaggtattattactttg-------ccaac |
242 |
Q |
| |
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|||||| ||||| ||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| || | || | ||| |
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|
| T |
28890924 |
aaattcagctccggctttcttatgtggcagaagatgtacctatcagcaaaatttctgatgatgacttttctgaggtattaatattgtgctaactactaac |
28890825 |
T |
|
| Q |
243 |
aatattttctgatgcaatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaat-gaaactaattttctaaaccatttttc |
341 |
Q |
| |
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| |||||||| |||||| | ||| | || |||| ||||||||||| || ||||| | || ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||| |
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|
| T |
28890824 |
agtattttctactgcaatttacccaatttttgaaacctggttgcaaacagagtag-ctgtttcaagtaaaagtggaaactcattttctaaaccatttttc |
28890726 |
T |
|
| Q |
342 |
tattagatgttgaatatactatattatttcctgagtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgttattgatttcaaaatttgttgat |
441 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||| |
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| T |
28890725 |
tataagatgttgaatatactgtattatttcttgagtaagagcatagccgggtttctgctatgaaggtggttatttgttattgacttcaaagtttgttgat |
28890626 |
T |
|
| Q |
442 |
gttatccgatatgatttgtgtatccatatt |
471 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||| ||||| |
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| T |
28890625 |
gttatccgatataatttgtgtatctatatt |
28890596 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 59 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 28934067 - 28933662
Alignment:
| Q |
59 |
gctatcatacttttcttatatgcatacattgatatatgtatccgtatcacaggaatcaacagatcatcaaagcaagatgacatcaaccaagaaattctgc |
158 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28934067 |
gctatcatacttttcttatatgcatacattgatatatgtatccatatcacaggaattaacagatc-------caacaaaac--caaccaagaaattctgc |
28933977 |
T |
|
| Q |
159 |
tccagctttctaatgtgccaaaagatgtacctatcagccaaatttctgatgttgacttttctgaggtattattact-------ttgccaacaatattttc |
251 |
Q |
| |
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||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||| |
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| T |
28933976 |
tccagctctctaatgtgccaaaagatgtacctatcagcaaaatatctgacgatgacttttctgaggtattaatactgtgataactgctaacagtattttc |
28933877 |
T |
|
| Q |
252 |
tgatgcaatatcccccaattctgaatcctggttgcaatcaaagtagtattttccaagttaaaat-gaaactaattttctaaaccatttttctattagatg |
350 |
Q |
| |
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|| ||||||| | ||| || |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||| ||||||| ||||| |
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| T |
28933876 |
tgccgcaatattctccatttatgaaacctggttgcaatca---tagtagtttccaagtaaaagtggaaacttattttctaaaccatatttctataagatg |
28933780 |
T |
|
| Q |
351 |
ttgaatatactatattatttcctg-agtaagagcatagctgggtttctgacgcggaggtcattatttgttattgatttcaaaatttgttgatgttatccg |
449 |
Q |
| |
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|
| T |
28933779 |
ttggatatac-----tctttcctgcattaagagcatagctgggtttctgatgtgaaggtggttatttgatattgatttcaaagtttgttgatgttatccg |
28933685 |
T |
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| Q |
450 |
atatgatttgtgtatccatattc |
472 |
Q |
| |
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| T |
28933684 |
gtattatttgggtatccatattc |
28933662 |
T |
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Back To:
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