View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20180_low_3 (Length: 701)

Name: NF20180_low_3
Description: NF20180
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20180_low_3
NF20180_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-686)||(38023585-38024255)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 632; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 632; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 686
Target Start/End: Original strand, 38023585 - 38024255
Alignment:
Q  18 ggaatgaggttgctgagacataaaaaaccttgactttgcagccacaattgtggtctcaaaccctttgtagaaccatgcagtatagttgaaaagttataat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38023585 ggaatgaggttgctgagacataaaaaaccttgactttgcagccacaattgtggtctcaaaccctttgtagaaccatgcagtatagttgaaaagttataat 38023684  T
Q  118 ttgaaagcattgcattcaaattatggtaaaacaaatctgtacactgatgtgaatgnnnnnnnn--tatatataggaatcaatgaaaagtaagtcaaacaa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38023685 ttgaaagcattgcattcaaattatggtaaaacaaatctgtacactgatgtgaatgaaaaaaaaaatatatataggaatcaatgaaaagtaagtcaaacaa 38023784  T
Q  216 atgtacctcattcttatgcaccccagcttcaaaccttgctcatgcttagccatgtacatatcagctgcaatatctgcagattttttcagttttaatttat 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38023785 atgtacctcattcttatgcaccccagcttcaaaccttgctcatgcttagccatgtacatatcagctgcaatatctgcagattttttcagttttaatttat 38023884  T
Q  316 tctgagtataaacaaatttaaaccagacttgcgttgttaataacattaattgttgtaatgaaatcatcgttgcagctgagaagattggattgacatcaat 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38023885 tctgagtataaacaaatttaaaccaggcttgcgttgttaataacattaattgttgtaatgaaatcatcgttgcagctgagaagattggattgacatcaat 38023984  T
Q  416 ccaaccattttacgctcaaaatggatctctgaatgagattcttggtggtctcaactttggatcaacacaagctacaatcatgaaccagggaggcttcagc 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38023985 ccaaccattttacgctcaaaatggatctctgaatgagattcttggtggtctcaactttggatcaacacaagctacaatcatgaaccagggaggcttcagc 38024084  T
Q  516 caccagtctctaaaccaacaactacgccaagtctctgagagcatgcagctactgcaactgcagctaagcgaaaaagctgctcttgaatttacaaaatctt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38024085 caccagtctctaaaccaacaactacgccaagtctctgagagcatgcagctactgcaactgcagctaagcgaaaaagctgctcttgaatttacaaaatctt 38024184  T
Q  616 ccatctttttcctctcatttggaaaagaagattacattgatttattcctacacaactcttccaaccctatg 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38024185 ccatctttttcctctcatttggaaaagaagattacattgatttattcctacacaactcttccaaccctatg 38024255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University