View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20183_high_15 (Length: 389)

Name: NF20183_high_15
Description: NF20183
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20183_high_15
NF20183_high_15
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (9-371)||(26646553-26646915)
chr3 (15-334)||(19989099-19989421)
chr3 (18-371)||(19811823-19812176)
chr3 (16-331)||(19955658-19955973)
chr3 (14-328)||(19818143-19818457)
chr3 (16-250)||(19848651-19848885)
chr3 (16-366)||(20045671-20046021)
chr3 (9-316)||(20016412-20016719)
chr3 (16-250)||(20036826-20037060)
chr3 (16-259)||(19853167-19853410)
chr3 (15-166)||(19950872-19951023)
chr3 (45-329)||(24840223-24840507)
chr3 (45-329)||(26651618-26651902)
chr3 (16-263)||(19838035-19838282)
chr3 (35-161)||(20005224-20005350)
chr3 (45-262)||(19943371-19943588)
chr3 (16-142)||(19857842-19857969)
chr3 (50-87)||(17114717-17114754)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-333)||(1716792-1717111)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (15-331)||(9814620-9814936)
chr5 (17-250)||(26355148-26355381)
chr5 (46-167)||(38435381-38435502)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-156)||(22652301-22652448)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-93)||(6397958-6398035)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 26646915 - 26646553
Alignment:
Q  9 agtgagatgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtat 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646915 agtgaaatgaaaacaggatccccaataataggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtat 26646816  T
Q  109 ttgtctcacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaacttt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646815 ttgtctcacaacaccatttctcaactaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaacttt 26646716  T
Q  209 cttccacactgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccac 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646715 cttccacactgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccac 26646616  T
Q  309 tcctttggttcaaaaacagaagatggcgatgattgtttaaactcaaaagctggttcatgaatg 371  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26646615 tcctttggttcaaaaacagaagacggtgatgattgtttaaactcaaaagctggttcatgaatg 26646553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 15 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 19989421 - 19989099
Alignment:
Q  15 atgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtct 114  Q
    |||||||||||||| |||| || ||| |||||||| |||||||| | ||| |||||||| |||||||| |||||||| | ||  ||||| || |||||||    
T  19989421 atgaaaacaggatcaccaagaatagggtaaccccctaaaaccataacatcttccaaagtgatagttgcctcaccaaatggaaaaacaaatgtgtttgtct 19989322  T
Q  115 cacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttcca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| | |||||  ||| | || | ||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  19989321 cacaacaccatttctcaacaaccccaaatagcaagttatgatctttctttatgcaacacttggtactcataatagcttcaaagatgccaactttcttcca 19989222  T
Q  215 cactgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgt---gggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcc 311  Q
    |||   |||| ||||| |||||||||||||||||||   |||||||||  |   |   |||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19989221 cacatattcaaatttgggtttaagttgatcaacccaataaacccatttttctgttacggggcgtggccatccaatgaagttgattttcaaaggccactcc 19989122  T
Q  312 tttggttcaaaaacagaagatgg 334  Q
    | ||| ||||||| |||||||||    
T  19989121 tctgggtcaaaaagagaagatgg 19989099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 19812176 - 19811823
Alignment:
Q  18 aaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctcac 117  Q
    |||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  |||||||| || |||||||    
T  19812176 aaaataggatcaccaatgatagggtaaccccccaaaaccataatatcctccaaagtgatagttgcttcaccaaatggaaaaacaaaggtgttagtctcac 19812077  T
Q  118 aacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccacac 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| |   |||||||  ||||| | ||| | || | ||| || || |||||||| | | ||||||||||||     
T  19812076 aacaccatttctcaacaaccccaaagagcaattttagatttttgagtatgtgacacttggtactcataatagcatcaaagattctagctttcttccacaa 19811977  T
Q  218 tgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcctttggt 317  Q
     | |||||| ||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||  |  ||||| ||||||| ||| |||| | |||||||||||| ||||| ||| |     
T  19811976 agattcatactttggtttaagctcatcaacccatctaacccacttctcttgtgggtgacgccatccactgaaatggattttcaaaggacactcattttga 19811877  T
Q  318 tcaaaaacagaagatggcgatgattgtttaaactcaaaagctggttcatgaatg 371  Q
    ||||||| ||||||||  ||  || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  19811876 tcaaaaaaagaagatgatgaaaatggattaaactcaaaagctggttcatgaatg 19811823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 19955973 - 19955658
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctc 115  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||| | || |||||| |||||||||||    
T  19955973 tgaaaacagaatcaccaatgacagggtaaccccccaaaaccatgacatcttccaaagtgattgttgcctcaccaaatggaaacacaaatgtatttgtctc 19955874  T
Q  116 acaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccac 215  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  | ||||||||| |||  |||  | || | |||||| || |||||||| ||||||||| ||||     
T  19955873 acaacaccatttctcaacaactccaaatagcaagtttttatttttatgaatgtagcatttagtactcattatagcatcaaagattccaactttcctccaa 19955774  T
Q  216 actgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcctttg 315  Q
    || | |||||| ||  ||||||||| || ||||||   |||||||||     ||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  19955773 acagattcatacttttgtttaagtttatgaacccaagaaacccatttcttttgtgtgaggcgccagccagtgaagttgattttcaaaggaagctcctttg 19955674  T
Q  316 gttcaaaaacagaaga 331  Q
    ||||||||||||||||    
T  19955673 gttcaaaaacagaaga 19955658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 19818457 - 19818143
Alignment:
Q  14 gatgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtc 113  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| | ||  |||||||| || |||    
T  19818457 gatgaaaacaggatcaccaatgataggataaccccccaaaactatgacatcctccaaagtgatagttgcctcaccaaatggaaaaacaaaggtgttagtc 19818358  T
Q  114 tcacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttcc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||  |||  | || | ||| || || |||||||| | | |||||||||    
T  19818357 tcacaacaccatttctcaacaaccccaaatagcaagttttgatttttatgaatgtagcatttagtactcataatagcatcaaagattctagctttcttcc 19818258  T
Q  214 acactgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcctt 313  Q
    |||| | |||||| ||  ||||||||| ||||||||| |||| ||||||  |  || |  | ||||| ||| |||| |  ||||||||||| ||||| ||    
T  19818257 acacagattcatactttggtttaagttcatcaacccaactaaaccatttctcttgttgttggcgccatccattgaaatgtattttcaaaggacactcatt 19818158  T
Q  314 tggttcaaaaacaga 328  Q
    ||| |||||||||||    
T  19818157 tggatcaaaaacaga 19818143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 19848885 - 19848651
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctc 115  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||| |     
T  19848885 tgaaaacaggatcaccaagaacaggataaccccctagaaccatgatatcctccaaagtgattgttgcttcaccaaaggaaaacacaaaggtatttgtatt 19848786  T
Q  116 acaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccac 215  Q
    |  ||||||||||||||| ||||||  ||||||||  |||||||||| || |  |||| | ||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||    
T  19848785 aggacaccatttctcaactaccccaactagcaagttttgatttttatttaagtagcacttagtggccataatagcatcaaagattccaactttcttccac 19848686  T
Q  216 actgtttcatatttgagtttaagttgatcaaccca 250  Q
    || | |||||| ||  ||||||||| || ||||||    
T  19848685 acagattcatagttttgtttaagtttatgaaccca 19848651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 16 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 20046021 - 20045671
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctc 115  Q
    |||||||| |||| ||||| | ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||  |||||||||| ||  | ||| |||||||| ||    
T  20046021 tgaaaacatgatcgccaatgatagggtaacctcccaaaacaatgatatcctccaaggttattgttgtctcaccaaagggaaaaataaatgtatttgtatc 20045922  T
Q  116 acaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccac 215  Q
    ||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||  ||||||||| | ||||  ||| ||| |  ||| || ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  20045921 acaacaccatttctccacaaccccttgtagtaagttctgatttttaagaatgcaacactttgagttcataatagcttcaaagattccaacttccttccac 20045822  T
Q  216 actgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcctttg 315  Q
    || | |||| ||||  |||| |||| ||||| ||| |||||||||||     | ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20045821 accgattcaaattttggtttgagtttatcaagccaactaacccatttttgttgagggtggcgccacccagtgaagttgattttcaaaggccattcctttg 20045722  T
Q  316 gttcaaaaacagaagatggcgatgattgtttaaactcaaaagctggttcat 366  Q
    |||||||| || ||||||  ||  |||| |||||||||| || ||||||||    
T  20045721 gttcaaaatcaaaagatgatgaaaattggttaaactcaagagttggttcat 20045671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 316
Target Start/End: Original strand, 20016412 - 20016719
Alignment:
Q  9 agtgagatgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtat 108  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || |||||| |||| | || |||||| ||||    
T  20016412 agtgagatgaaaacaggatcgccaatgacagggtaaccacccaaaaccataatatcctccaaagtgattgtagcttcagcaaatggaaacacaaatgtat 20016511  T
Q  109 ttgtctcacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaacttt 208  Q
    |||||| | |||||||||||||  ||||| ||||||||||||  |||||| |  ||||||| ||| | |||| ||| || || |||||||| ||||| |     
T  20016512 ttgtcttagaacaccatttctccgcaacctcatatagcaagttttgatttctcagtatgcgacacttggtgctcataatagcatcaaagattccaacctg 20016611  T
Q  209 cttccacactgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccac 308  Q
    ||||||||| | |||||| ||   |||||| ||||||||||| | |||||||||| |  ||||| | ||||| |||||||| |  |  ||||||||| ||    
T  20016612 cttccacacagattcatactttgttttaagctgatcaacccaacaaacccatttgtcttgtgggtggcgccacccagtgaaatgaaacttcaaaggcgac 20016711  T
Q  309 tcctttgg 316  Q
    ||||||||    
T  20016712 tcctttgg 20016719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Original strand, 20036826 - 20037060
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctc 115  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||| | |  |||||||||||||||| || |||||| ||||||||||     
T  20036826 tgaaaacaggatcaccaagaacaggataacctcctagaaccatgatatcctccaaaatgactgttgcttcaccaaaggaaaacacaaatgtatttgtctt 20036925  T
Q  116 acaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccac 215  Q
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| ||||||||||   ||| | ||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||    
T  20036926 ggaacaccatttctccacaaccccatatagcaagttttgatctttatgtatgtaacacttagtggccataatagcatcaaagattccaactttcttccac 20037025  T
Q  216 actgtttcatatttgagtttaagttgatcaaccca 250  Q
    || | |||||| ||  ||||||||| || ||||||    
T  20037026 acagattcatagttttgtttaagtttatgaaccca 20037060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 16 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 19853410 - 19853167
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctc 115  Q
    |||||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||| |  | |||||| ||||| |||||    
T  19853410 tgaaaataggatcaccaatgatagggtaaccccccaaaaccataacatcctccaaagttattgttgcttcaccaaatgggaacacaaatgtattggtctc 19853311  T
Q  116 acaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccac 215  Q
    | |||||||||| |||||||||||| ||| |||||  |||| ||| | ||||| || | | || | ||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  19853310 agaacaccatttgtcaacaaccccacataacaagttttgatctttctttatgcagctcttagtactcataatagcatcaaagattccaactttcttccat 19853211  T
Q  216 actgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaaccca 259  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  19853210 agtgattcatatttgagttgaagttgatcaacccacttaaccca 19853167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 19951023 - 19950872
Alignment:
Q  15 atgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtct 114  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| | || |||||| ||||| ||||    
T  19951023 atgaaaacaggatcaccaagaacagggtaaccccccaaaaccataacatcctccaaagtgatagttgcctcaccaaatggaaacacaaatgtattggtct 19950924  T
Q  115 cacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtat 166  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  19950923 cagtacaccatttctcaacaaccccaaaaagcaagttatgatttttatgtat 19950872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 45 - 329
Target Start/End: Original strand, 24840223 - 24840507
Alignment:
Q  45 ccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctcacaacaccatttctcaacaaccccatata 144  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||||||||||   || ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  24840223 ccccccaaaacaatgacatcctccaaagtgattgttgcttcaccaaatagaaacacgaaggtgtttgtttcacaacaccatttctcaacaaccccacaaa 24840322  T
Q  145 gcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccacactgtttcatatttgagtttaagttgatc 244  Q
     |||||| || ||||||  ||||| || | | || | |||||| | ||||||||||| | |||| |||||||| | |||||||||||| | ||||| |||    
T  24840323 ccaagtcttggtttttaattatgcagctcttagtactcattataggttcaaagatgcaagcttttttccacaccgattcatatttgagctgaagttcatc 24840422  T
Q  245 aacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcctttggttcaaaaacagaa 329  Q
    ||||||  ||| ||||||  |  |||||    |||| ||| |||| | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  24840423 aacccacttaatccatttctcatgtgggtagtgccacccattgaaatggattttcaaaggccactcctttgcttcagaaacagaa 24840507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 26651902 - 26651618
Alignment:
Q  45 ccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctcacaacaccatttctcaacaaccccatata 144  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| |||||||| | ||  ||||||  ||||||||||| |||||||||||||  || |||||| |    
T  26651902 ccccccaaaacaatgacatcctccaaagtgattgttgcctcaccaaaaggaaaaacaaagcaatttgtctcactacaccatttctcagaaatcccataaa 26651803  T
Q  145 gcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccacactgtttcatatttgagtttaagttgatc 244  Q
     |||||| ||||||||   || ||||| | | || | |||||| | ||||||||||||  |||| |||||||||| |||||| ||| | |||||||||||    
T  26651802 ccaagtcttgatttttcattacgcggctcttagtactcattataggttcaaagatgccggcttttttccacactgattcatacttgggcttaagttgatc 26651703  T
Q  245 aacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccag-tgaagttgattttcaaaggccactcctttggttcaaaaacagaa 329  Q
    ||||||  |||||||||| | | |||||  ||||| ||||| ||||   ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  26651702 aacccacttaacccatttcgtgtgtgggtaacgcc-accagttgaaacggattttcaaaggccattcctttggtttaaaaacagaa 26651618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 19838282 - 19838035
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctc 115  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||| |||||||| | || |||||| ||||| |||||    
T  19838282 tgaaaacagaatcaccaatgacagggtaaccccccaaaaccatgacatcttccaaagtgattgttgcctcaccaaatggaaacacaaatgtattggtctc 19838183  T
Q  116 acaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccac 215  Q
    ||| |||||||||||||||||  || ||| |||||  | ||||||||| |||  |||  | || | |||||| || |||||||| ||||||||| ||||     
T  19838182 acagcaccatttctcaacaacttcaaataacaagtttttatttttatgaatgtagcatttagtactcattatagcatcaaagattccaactttcctccaa 19838083  T
Q  216 actgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttg 263  Q
    || | |||||| ||  ||||||| | ||||||||| | ||||||||||    
T  19838082 acagattcatactttggtttaagcttatcaacccaacaaacccatttg 19838035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 35 - 161
Target Start/End: Original strand, 20005224 - 20005350
Alignment:
Q  35 aacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctcacaacaccatttctcaaca 134  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||||||||||   || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  20005224 aacaggataaccccccaaaacaatgacatcttccaaagtgattgttgcttcaccaaatagaaacacaaaggtgtttgtttcacaacaccatttctcaaca 20005323  T
Q  135 accccatatagcaagtcatgattttta 161  Q
    | |||| | | |||||| |||||||||    
T  20005324 atcccacaaaccaagtcttgattttta 20005350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 19943588 - 19943371
Alignment:
Q  45 ccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctcacaacaccatttctcaacaaccccatata 144  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||| || ||||||||||||||   || ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |    
T  19943588 ccccccaaaacaatgacatcttccaaagtgattgttgcttcaccaaatagaaacacaaaggtgtttgtttcacaacaccatttctcaacaatcccacaaa 19943489  T
Q  145 gcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccacactgtttcatatttgagtttaagttgatc 244  Q
     |||||| |||||||||  ||||| || | |  | | |||||| | ||||||||| | | |||| ||||| |||| |||||||||| | |||||||  ||    
T  19943488 ccaagtcttgatttttaattatgcagctcttaatactcattataggttcaaagattctagcttttttccatactgattcatatttgggcttaagttcgtc 19943389  T
Q  245 aacccatctaacccattt 262  Q
    ||||||  ||||||||||    
T  19943388 aacccacttaacccattt 19943371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 19857969 - 19857842
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatt-tgtct 114  Q
    ||||||||||||| ||||  | ||  ||||||||||||||||  | |||||| | |||||| |||||||||||||||| || ||| || |||||  ||||    
T  19857969 tgaaaacaggatcaccaaagagagagtaaccccccaaaaccacaacatcctctatagtaattgttgcttcaccaaagggaaacacgaatgtattgggtct 19857870  T
Q  115 cacaacaccatttctcaacaaccccata 142  Q
    || |||||||||| ||||||||||||||    
T  19857869 cagaacaccatttgtcaacaaccccata 19857842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 17114754 - 17114717
Alignment:
Q  50 caaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcac 87  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  17114754 caaaaccatgatatcctccaaagttatggttgcttcac 17114717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 118; Significance: 4e-60; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 17 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 1717111 - 1716792
Alignment:
Q  17 gaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctca 116  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| | || |||||| ||||||||||||    
T  1717111 gaaaacaggatcaccaatgacagggtaatcccctaaaaccataatatcctccaaagtgattgtggcttcaccaaaaggaaacacaaatgtatttgtctca 1717012  T
Q  117 caacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtat---gcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttcc 213  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||  |||||||| | |||    || ||| | |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1717011 caacaccatttttcaacaatcccatataacaagttttgatttttctttatacgacgacacttggtgctcattatagcttcaaagatgccaactttcttcc 1716912  T
Q  214 acactgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactcctt 313  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  || ||||||| | |  | |  | ||||| ||| |||| | ||||||||||||||| || ||    
T  1716911 acactgtttcatgtttgagtttaagttcatcaacccacttatcccattttgagttttgttggcgccacccattgaaatggattttcaaaggccaatcatt 1716812  T
Q  314 tggttcaaaaacagaagatg 333  Q
    ||||||| ||||| ||||||    
T  1716811 tggttcagaaacaaaagatg 1716792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 9814936 - 9814620
Alignment:
Q  15 atgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtct 114  Q
    ||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| || || |||||||| | || |||||| ||||| ||||    
T  9814936 atgaaaataggatcaccgatgacaggataaccccccaaaaccataacatcctccaaactaatcgtcgcctcaccaaacggaaacacaaatgtattcgtct 9814837  T
Q  115 cacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttcca 214  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||   |||||||||| | || | |||||| || |||||||| || |||||||||||    
T  9814836 tacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagttttgatctttcattatgcggcacttggtactcattatagcatcaaagatacctactttcttcca 9814737  T
Q  215 cactgtttcatatttgagtttaagttgatcaacccatctaacccatttggcgcgtgggcgacgccaaccagtgaagttgattttcaaaggccactccttt 314  Q
    ||  | |||||| ||  |||||||||||||||||||   || ||||||  |  |||||  |||||| ||| |||| | || ||||||||||||||| |||    
T  9814736 caaagattcatactttggtttaagttgatcaacccaataaatccatttctcttgtgggtaacgccatccattgaaatggaatttcaaaggccactcattt 9814637  T
Q  315 ggttcaaaaacagaaga 331  Q
    || ||||| ||| ||||    
T  9814636 ggatcaaacacataaga 9814620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 17 - 250
Target Start/End: Original strand, 26355148 - 26355381
Alignment:
Q  17 gaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctca 116  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| | |||||| | ||||||||||   |  || || |||||||| | || |||||| ||||| ||||||    
T  26355148 gaaaataggatcaccaatgacagggtaacccccaagaaccataacatcctccaaacctaccgtcgcctcaccaaacggaaacacaaatgtattagtctca 26355247  T
Q  117 caacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgatttttatgtatgcggcaccttgtgcccattattgcttcaaagatgccaactttcttccaca 216  Q
    |||||||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||||  ||||||||||  | || | |||||| || ||||| || ||| |||||||||| |    
T  26355248 caacaccatttctccacaaccccgtaaagcaagttttgatttttcagtatgcggcatttggtactcattatagcatcaaaaatcccagctttcttccaaa 26355347  T
Q  217 ctgtttcatatttgagtttaagttgatcaaccca 250  Q
    | | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26355348 ccggttcatatttgagcttaagttgatcaaccca 26355381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 167
Target Start/End: Original strand, 38435381 - 38435502
Alignment:
Q  46 cccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtatttgtctcacaacaccatttctcaacaaccccatatag 145  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||||  | || |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||     
T  38435381 cccccaaaaccatgatatcttcaaaagtgattgttgctacaccaagtggaaacacaaatgtattggtcttacaacaccatttctcaacaaccctaaataa 38435480  T
Q  146 caagtcatgatttttatgtatg 167  Q
    ||||| ||||||||||||||||    
T  38435481 caagttatgatttttatgtatg 38435502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 156
Target Start/End: Original strand, 22652301 - 22652448
Alignment:
Q  9 agtgagatgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaaggcaatcacaaaggtat 108  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||| | |||| ||| | ||| || || || |||||||| |||||||| | || |||||| |  |    
T  22652301 agtgagatgaaaacaggatcaccaagaacagggtaaccctctaaaatcataacatcttctaaggtgatagttgcctcaccaaatggaaacacaaatgagt 22652400  T
Q  109 ttgtctcacaacaccatttctcaacaaccccatatagcaagtcatgat 156  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  22652401 ttgtctcacagcaccatttctcaacaaccccaaatagcaagttatgat 22652448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 16 - 93
Target Start/End: Original strand, 6397958 - 6398035
Alignment:
Q  16 tgaaaacaggatccccaataacaggataaccccccaaaaccatgatatcctccaaagtaatagttgcttcaccaaagg 93  Q
    ||||||||||||||||| | | ||| ||  ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  6397958 tgaaaacaggatccccagtgatagggtagacccccaagacaatgatatcctccaaagttattgttgcctcaccaaagg 6398035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University