View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20186_high_1 (Length: 678)

Name: NF20186_high_1
Description: NF20186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20186_high_1
NF20186_high_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (22-663)||(13317008-13317646)
chr1 (10-661)||(13307623-13308271)
chr1 (10-140)||(13303554-13303684)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 663
Target Start/End: Original strand, 13317008 - 13317646
Alignment:
Q  22 atattttggaaatgcaagtagaaatcaagccatttataagcaacttccaatttgaaagaaaagtcgtctccttcaacaatgttttcatcaaatatacgat 121  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13317008 atattttggaaatgcaagttgaaatcaagccatttataagaaacttccaaattgaaagaaaagtcgcctccttcaacaatgttttcatcaaatatacgat 13317107  T
Q  122 gataaaaatcaacatccactaaaatacgagcaggatgtctgaagaatctatttttagtagcagtatcaataattattggagtacctattgccctagcaat 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||    
T  13317108 gataaaaatcaacatccactaaaatacgagcaagatgtctgaagaatctatttttagtagcagtatcaataattagaagagtacttattgccctagcaat 13317207  T
Q  222 tttgacaagagtttgattacgctaatattcctaaggtagctccataagttttatccaaacttgggcatgcgtttgtcatgcaaaatgcatattgaagtca 321  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  13317208 tttgagaagagtttgattacgctaatattcctaaggtagctccataggttttatccaaacttggacttgcgtttgtcatgcagaatgtatattaaagtca 13317307  T
Q  322 ttggtccacttagaaaactgaagaacgcccaatttcaggttgattgttccttacaaccagaccaatcaaacataatgaatgtaaactcgaaaaacccttt 421  Q
    |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13317308 ttgaaccacttagaaaaccgaagaacgcccaatttcaggt---ttgttccttacaaccagaccaatcaaacataatgaatgtaaactcgaaaaacccttt 13317404  T
Q  422 ccttaaagagaccatacgccatggatgagttgttttcagaagtttcgacaactaatgcaagattaccttttgagttaaaggtcttgtgccccttatcatg 521  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  13317405 tcttaaagagaccatacgctatggatgagttgttttcagaagtttcgacaactaatgcaagattacc-tttgagttaaaagtcttgtgccccttaccatg 13317503  T
Q  522 tacaagtcggccatgtaatctcaatacaaagtgaatcacccttaattgatggaacaagtaaggtatcactccatataatcactatattcaacatcagttg 621  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13317504 tacaagtcgaccatgtaatcttaatacaaagtgaatcacccttaattgattgaacaagtaaggtatcactccatataatcactatattcaacatcagttg 13317603  T
Q  622 tacaaaagacttgttaatcc-agtgtggtgggaagaggtttat 663  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  13317604 tacaaaagacttgttaatcctagtgtggtgggaagacgtttat 13317646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 13308271 - 13307623
Alignment:
Q  10 gtgagatgaactatattttggaaatgcaagtagaaatcaagccatttataagcaacttccaatttgaaagaaaagtcgtctccttcaacaatgttttcat 109  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||| | ||||||||    
T  13308271 gtgacatgacctatattttggcaatgcaagtagaaatcaagtcatttttaagcaactttcaaattgaaagcaaag--gtctccttcaaccaagttttcat 13308174  T
Q  110 caaatatacgatgataaaaatcaacatccactaaaatacgagcaggatgtctgaagaatctatttttagtagcagtatcaataattattggagtacctat 209  Q
    ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||  | ||||| |||    
T  13308173 caaatatacgacgagaaaaattaacatccactaaaatacgagcatgatgtctgaagaatctacatttagtagcagtatcaataactagagaagtacttat 13308074  T
Q  210 tgccctagcaattttgacaagagtttgattacgctaatattcctaaggtagctccataagttttatccaaacttgggcatgcgtttgtcatgcaaaatgc 309  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||     
T  13308073 tgccctagcaattttgagaagagtttgattacgctaatatttctgaggtagctccataagtcttatccaaacatgggcatgcctttgtcatgcagaatgt 13307974  T
Q  310 atattgaagtcattggtccacttagaaaactgaagaacgcccaatttcaggttgattgttccttacaaccagaccaatcaaacataatgaatgtaaactc 409  Q
     ||||  | || ||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  13307973 ttattataatccttggtccacttagaaaactgaggaacttccgatttcaggttgattgttccatacaaccagaccaatcaaatataatgaatgtaaa-tc 13307875  T
Q  410 gaaaaaccctttccttaaagagaccatacgccatggatgagttgttttcagaagtttcgacaactaatgcaagattaccttttgagttaaaggtcttgtg 509  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  13307874 gaaaaaccctttccttaaagaggccatatgccacggatgagttgttttcaaaattttcgacaactaatgcaagattacc-tttgagttaaaagccttgtg 13307776  T
Q  510 ccccttatcatgtacaagtcggccatgtaatctcaatacaaagtgaatcacccttaattgatggaacaagtaaggtatcactccatataatcactatatt 609  Q
    |||||||||| |||||| ||| |||||||||||  || | ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  13307775 ccccttatcaagtacaaatcgaccatgtaatcttgattcgaagtgaatcacccttaattgatgcaacgagtaaggtatcactccatatagtcactacatt 13307676  T
Q  610 caacatcagttgtacaaaagacttgttaat-ccagtgtggtgggaagaggttt 661  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||    
T  13307675 caacaccagttgtacaaaagacttgttaatgccagtgtgggggcaagatgttt 13307623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 13303684 - 13303554
Alignment:
Q  10 gtgagatgaactatattttggaaatgcaagtagaaatcaagccatttataagcaacttccaatttgaaagaaaagtcgtctccttcaacaatgttttcat 109  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||  |||||||| | ||||| ||    
T  13303684 gtgacatgacctatattttggcaatgcaagtagaaatcaagccatttatcagcaacttccaaattgaaagcaaagttgttaccttcaaccaagtttttat 13303585  T
Q  110 caaatatacgatgataaaaatcaacatccac 140  Q
    |||||||| ||  | ||||||||||||||||    
T  13303584 caaatatatgacaagaaaaatcaacatccac 13303554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University