View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20186_low_6 (Length: 451)

Name: NF20186_low_6
Description: NF20186
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20186_low_6
NF20186_low_6
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (17-440)||(3011710-3012133)
chr8 (19-428)||(2930639-2931045)
chr8 (17-435)||(2947284-2947699)
chr8 (17-428)||(37796141-37796546)
chr8 (17-400)||(2921259-2921640)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (19-435)||(4915778-4916191)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (24-440)||(1506025-1506438)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-428)||(28025136-28025544)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 416; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 3012133 - 3011710
Alignment:
Q  17 attgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccattt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3012133 attgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccattt 3012034  T
Q  117 aaagaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggtt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3012033 aaagaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggtt 3011934  T
Q  217 ttaaatgctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaata 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3011933 ttaaatgctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcctagcaacttgagctcttctttgtaattatatatttcctcaccaaaata 3011834  T
Q  317 agcatgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaagat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3011833 agcatgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaagat 3011734  T
Q  417 gtctttagccaatttccctttctt 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  3011733 gtctttagccaatttccctttctt 3011710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 428
Target Start/End: Original strand, 2930639 - 2931045
Alignment:
Q  19 tgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccatttaa 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2930639 tgaatacctccagaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcagctggtgttttgaaacccgtgttggtcttcaagcagcctgttccacttaa 2930738  T
Q  119 agaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggtttt 218  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||  | |  ||     
T  2930739 cgaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcattccattatcaaaagaacagcctcagcggtcaatgaagccaaatttgaaggcgacttc 2930838  T
Q  219 aaatgctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaataag 318  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  2930839 aaatgctcaatgacgacttggtaatttccagttaagtcaactatcactcctagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttgttcaccaaaataag 2930938  T
Q  319 catgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaagatgt 418  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  2930939 cacgatcaatgaaagggatatcactaatttgtgatg---caacttgccatcctgagtcattcaataccgatcccacaggaggcctaagaccacaagatgt 2931035  T
Q  419 ctttagccaa 428  Q
    ||||||||||    
T  2931036 ctttagccaa 2931045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 435
Target Start/End: Original strand, 2947284 - 2947699
Alignment:
Q  17 attgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccattt 116  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||  |||    
T  2947284 attgaatacctccaaaatgcatccccacacttgattgtacaagaaacattcacatggtgctttgaaacccatgtttgtcttaaagcaccttgttctcttt 2947383  T
Q  117 aaagaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggtt 216  Q
    |  ||||| |||| || |   ||| ||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||    
T  2947384 atcgaatttaagacttcaatagggacattcgagtatttgatgcattccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggctaaatttgagggtgatt 2947483  T
Q  217 ttaaatgctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaata 316  Q
    ||||||| |   | |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  2947484 ttaaatgttgtgtaacaacttggtaatttccacttaaatcaactatcactcccagcaacttaagctcctctttgtagttatatatttcctcaccacaata 2947583  T
Q  317 agcatgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaagat 416  Q
    | || || ||||||| || |||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||   |||    
T  2947584 aacacgaccaatgaatggtatatcactaatttgtgatg---caacttgccatccggaatcattcaatacagatcccacaggagacctaaaaccatgtgat 2947680  T
Q  417 gtctttagccaatttccct 435  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  2947681 gtctttagccaacttccct 2947699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 428
Target Start/End: Original strand, 37796141 - 37796546
Alignment:
Q  17 attgaatacctccaaaatgcagccccaca-ctggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccatt 115  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||  |||| | ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||| ||    
T  37796141 attgaatacatccaaaatgcagccccacgtctgg-tcatacaagaaacattcacttggtattttgaagcccatgtttgtcttcaagcatcttgttccttt 37796239  T
Q  116 taaagaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggt 215  Q
     || ||| | |||| ||||   ||| ||| ||||  | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  37796240 caatgaacttaagattttactagggtcatccaagaatttgatgcattgcattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagggtgat 37796339  T
Q  216 tttaaatgctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaat 315  Q
       || ||||  || |||| ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |    
T  37796340 ---aagtgcttgataacaatttggtaatttctattaaagccaactaccactcccaacaacttcagctcctctttgtagctatatatttcctcaccaaagt 37796436  T
Q  316 aagcatgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaaga 415  Q
    |||| |||||||| ||||| |||| ||||||||||||||   | |||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||   |||    
T  37796437 aagcttgatcaataaaagggatattactaatttgtgatg---ctactttccatccggaatcattcaaaacagatccaacaggagacctaagaccttcaga 37796533  T
Q  416 tgtctttagccaa 428  Q
    |||||||||||||    
T  37796534 tgtctttagccaa 37796546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 400
Target Start/End: Original strand, 2921259 - 2921640
Alignment:
Q  17 attgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccattt 116  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||||| |  | || |||| | ||||||||  |||| | | ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||     
T  2921259 attgaatacatacaaaatgcatccccactcctggtcatacaggtaacattcacttggtatttggaaacccatatttgtcttcaagcagcatgttccattc 2921358  T
Q  117 aaagaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggtt 216  Q
    |  ||| | || ||||||   || ||||||||   || |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || ||    
T  2921359 agtgaacttaacagtttactaggtgcattcaataatcggatgcactgcaatatcaaaagaacagcctcggctgtcaaagaggccaaatttgagcatgatt 2921458  T
Q  217 ttaaatgctcaatga-caacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaat 315  Q
    |||||||||| || | ||| |||||||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  2921459 ttaaatgctcgataaacaatttggtaatttccagataagccaactatcactcctagcaacttgagctcctctttgtaattataaatttcttcaccataat 2921558  T
Q  316 aagcatgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggaga 400  Q
    |||  ||||| || ||||| |||| ||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2921559 aagattgatcgataaaagggatattactaatttgggatg---caacttgccatccggaatcattcaatacagatcccacaggaga 2921640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 4916191 - 4915778
Alignment:
Q  19 tgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccatttaa 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || |||||||| ||||| ||||||||| | | ||||||  |||     
T  4916191 tgaatacttccaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcacttggcgttttgaaaccgatgtttgtcttcaagaaacttgttccccttag 4916092  T
Q  119 agaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggtttt 218  Q
      |||| |||| || |   ||| ||||  | ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |  |||||    
T  4916091 caaatttaagacttcaatagggacatttgaatgtttgatgcattccattatcaaaagaatagcctcagccgtcaaagaagccaaatttgagggcagtttt 4915992  T
Q  219 aaatgctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaataag 318  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  4915991 aaatgctctatgacaacttggtaatttccattgaagtcaactatcactcctaacaacttgagctccactttgtaattatatatttcctcaccgaaataat 4915892  T
Q  319 catgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaagatgt 418  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||||| | ||| |||||||||| ||||| || |||||||||| |||| |||||||    
T  4915891 catgatcaatgaaaggtatatcactaatctgtgatg---caacttgccattctgaaccattcaatacagatccaactggagacctaacaccacaagatgt 4915795  T
Q  419 ctttagccaatttccct 435  Q
    |||||||||| ||||||    
T  4915794 ctttagccaacttccct 4915778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 24 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 1506438 - 1506025
Alignment:
Q  24 acctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccatttaaagaat 123  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||  ||| ||| | ||||  ||||  |||     
T  1506438 acctctaaaatgcagccccacactggatcatacaagaaacattcacctggtgttttgaaacccatgtttgtccacaaacagtccgttctctttagcgaac 1506339  T
Q  124 tcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggttttaaatg 223  Q
    | |||||||||   |||| |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||| |||  ||||  |||  ||||||||    
T  1506338 ttaagagtttaataggggaattcgagtatttgatgcattccattatcaaaagaacagcttcaaccgtcaaacaggacaatcttgatggtgactttaaatg 1506239  T
Q  224 ctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaataagcatga 323  Q
     ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| |    
T  1506238 ttcaatgacaacttggtaattttcacttaagtcagctatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatgtatttcctcaccataataatcatta 1506139  T
Q  324 tcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaagatgtcttta 423  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| |||||||   |||||||||| |  |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1506138 tcaatgatagggatattactaatctgtgatg---caacttgccagctagaatcattcagtacagatcccacaggagacctaagaccacaagatgtcttta 1506042  T
Q  424 gccaatttccctttctt 440  Q
    ||||| || ||||||||    
T  1506041 gccaactttcctttctt 1506025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 428
Target Start/End: Original strand, 28025136 - 28025544
Alignment:
Q  17 attgaatacctccaaaatgcagccccacactggatcgtacaagaaacattcagctggtgtcttgaaacccatgttggtcttcaagcagcctgttccattt 116  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||  | || |||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||     
T  28025136 attgaatacatcaaaaatgcagccccacacctggtcatacaagaaacattcacttggtattttgaaacccatgtttgtcttcaagcagcttgttcccttc 28025235  T
Q  117 aaagaattcaagagtttatcgggggcattcaagtgtctgatgcactccattatcaaaagaacagcctcagctgtcaaagaggccaaatttgagagtggtt 216  Q
    || ||| | |||| || |   ||| ||| || |  | ||||||| | ||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||    
T  28025236 aatgaacttaagacttcactagggtcatccatgaatttgatgcatttcatcagcagaagaacagcctcagcggtcaaagaggccaaatatgagggtgatt 28025335  T
Q  217 ttaaatgctcaatgacaacttggtaatttccattcaagtcaactatcactcccagcaacttgagctcctctttgtaattatatatttcctcaccaaaata 316  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||||| | | | ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||    
T  28025336 ttaaatgctcgataacaatttggtaatttccacttatgccaactatcactcccaacaacttcagctcctctttgtagtcatatatttcctcgccaaaata 28025435  T
Q  317 agcatgatcaatgaaaggaatatcactaatttgtgatgatacaacttgccatccggaatcattcaataccgatcccacaggagacctaagaccaaaagat 416  Q
    ||  ||||| || ||||| ||||  ||||| || ||||   | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  28025436 agattgatcgataaaagggatattgctaatctgagatg---cgacttgccatccggaatcatgcaatactgatcccacaggagaccttagacccaaagat 28025532  T
Q  417 gtctttagccaa 428  Q
    ||||||||||||    
T  28025533 gtctttagccaa 28025544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University