View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20187_low_1 (Length: 656)

Name: NF20187_low_1
Description: NF20187
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20187_low_1
NF20187_low_1
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (18-653)||(14236707-14237342)
chr5 (59-612)||(14377931-14378493)
chr5 (133-612)||(41447900-41448395)
chr5 (63-569)||(41434653-41435176)
chr5 (38-415)||(41441901-41442286)
chr5 (467-612)||(41441709-41441854)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (143-399)||(32117724-32117984)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (191-422)||(22746014-22746245)
chr3 (187-390)||(22744338-22744541)
chr3 (187-414)||(22665940-22666167)
chr3 (187-414)||(22722831-22723058)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 14237342 - 14236707
Alignment:
Q  18 aaaaggtacatctattcggcccaaatatagtatatagtatttacgtccagagggagtatgtagtaaatttagaccaactgatgtacattattgctatatt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14237342 aaaaggtacatctattcggcccaaatatagtatatagtatttacgtccagagggagtatgtagtaaatttagaccaactgatgtacattattgctatatt 14237243  T
Q  118 caagttcatacggattatatagtagttctactcacgaacatattgctaatgtggaagttgatgatttatagttagtgagaatggtgagaattggagcatg 217  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14237242 caagttcatatggattatatagtagttctactcacgaacatattgctaatgtggaagttgatgatttatagttagtgagaatggtgagaattggagcatg 14237143  T
Q  218 ggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaagcaactgcttcggttgatacagctacagata 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14237142 ggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaagcaactgcttcggttgatacagctacagata 14237043  T
Q  318 atttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttgacagtgatatggttctact 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14237042 atttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttgacagtgatatggttctact 14236943  T
Q  418 tcttagtcaaggttagtaaaaaacttttattcgtcattgaactttcacttgtttcgttttctgaattttttgtctattgctgtagggcttattgaggagt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14236942 tcttagtcaaggttagtaaaaaacttttattcgtcattgaactttcacttgtttcgttttctgaattttttgtctattgctgtaggacttattgaggagt 14236843  T
Q  518 atgactccccaaacacattgctagaggataagtcatcatcttttgctaagcttgttgcagagtataccatgaggtccaactccaatttatgagaattttg 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14236842 atgactccccaaacacattgctagaggataactcatcatcttttgctaagcttgttgcagagtataccatgaggtccaactccaatttatgagaattttg 14236743  T
Q  618 tcgaggataagttatcattagggttttgtaattctt 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14236742 tcgaggataagttatcattagggttttgtaattctt 14236707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 612
Target Start/End: Original strand, 14377931 - 14378493
Alignment:
Q  59 tacgtccagagggagtatgtagtaaatttagaccaactgatgtacattattgctatattcaagttcatacggattatatagtagttctactcacgaacat 158  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| ||||||| ||          
T  14377931 tacgtccaaagggagtatatagtaaatttagaccaactgatatatagtattgctatatttaagttcagatgaattatatagtatttctacttact----- 14378025  T
Q  159 attgctaatgtggaagttgatgatttatagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaa 258  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14378026 -tttctaatgtggaagttgatgatttatagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctacttaa 14378124  T
Q  259 gaagagcaagattttggtgcttgatgaagcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactcc 358  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14378125 gaagagcaagattttggtccttgatgaagcaactgcatcagttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactcc 14378224  T
Q  359 acggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttgacagtgatatggttctacttcttagtcaaggttagtaa-aaaacttttattcgtcattga 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  14378225 acggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttgacagtgacatggttctacttcttagtcaaggtcagtaacaaaacttttatttgtcattga 14378324  T
Q  458 actttca-------------cttgtttcgttttctgaa-ttttttgtctattgctgtagggcttattgaggagtatgactccccaaacacattgctagag 543  Q
    |||||||             |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  14378325 actttcagtatctttagttccttgtttcgttttctgaatttttttgtctattgctgtaggacttgttgaggagtatgactccccaaccacattgctagag 14378424  T
Q  544 gataagtcatcatcttttgctaagcttgttgcagagtataccatgaggtccaactccaatttatgagaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||||||    
T  14378425 gataagtcatcatcttttgctaagcttgttgcagagtatacctcgaggtccaactccaacttttgagaa 14378493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 133 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 41448395 - 41447900
Alignment:
Q  133 tatatagtagttctactcacgaacatattgctaatgtggaagttgatgattt-atagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagtt 231  Q
    ||||||||| ||||||||  |||  ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  41448395 tatatagtatttctactcttgaatttattgctaacgtggaagttgattcttttatagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcaaaggcaatt 41448296  T
Q  232 ggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaagcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaa 331  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41448295 ggtttgcttaggtagggttcttcttaagaagagcaagattttggtgcttgacgaagcaactgcatcagttgatacagctacagataatttgattcagcaa 41448196  T
Q  332 actcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttgacagtgatatggttctacttcttagtcaaggtt 431  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  41448195 actcttaggcagcatttcacggactctactgtcattaccattgcacatcgaataacttctgttcttgacagtgatatggttctacttcttgatcaaggtt 41448096  T
Q  432 agta--aaaaacttttattcgtcattgaactttca------------ct---tgtttcgttttctgaattttttgtctattgctgtagggcttattgagg 514  Q
    || |  ||||||| |||||| || ||||||||| |            ||   ||||| |||||||||  | ||||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  41448095 aggaataaaaactgttattcttcgttgaactttgatatatttttttccttggtgttttgttttctga--tgtttgtgtattggtgtaggacttattgagg 41447998  T
Q  515 agtatgactccccaaacacattgctagaggataagtcatcatcttttgctaagcttgttgcagagtataccatgaggtccaactccaatttatgagaa 612  Q
    |||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  41447997 agtatgactccccaacgacattgttagaggataagtcatcatcttttgccaagcttgttgcagagtataccatgaggtccaactcaaatttttgagaa 41447900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 63 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 41435176 - 41434653
Alignment:
Q  63 tccagagggagtatgtagtaaatttagaccaactgatgtacattattgct-atattcaagttcatacggattatatagtagttctactcacgaacatatt 161  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| | |||| |||| ||| ||||||||| ||||||||  |||| ||||    
T  41435176 tccagagagagtatatagtaaatttagaccaaatgatgtacctttttgctcatacttaagtgcataaggagtatatagtatttctactcttgaacctatt 41435077  T
Q  162 gctaatgtggaagttgatgattt-atagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaaga 260  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  41435076 gctaatgtggaagttgattcttttatagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcaaaggcagttggtttgcttaggtagggttcttcttaaga 41434977  T
Q  261 agagcaagattttggtgcttgatgaagcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactccac 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||    
T  41434976 agagcaagattttggtgcttgatgaagccactgcatcagttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggcagcatttcaccgactctac 41434877  T
Q  361 ggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttgacagtgatatggttctacttcttagtcaaggttagtaa--aaaacttttattcgtcattgaa 458  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||  |||||| |||||| || |||||    
T  41434876 tgtcattaccattgcacatcgaataacttctgttcttgacagtcatatggttctacttcttaatcaaggttaggaatgaaaactattattcttcgttgaa 41434777  T
Q  459 ctt---tcact------------tgtttcgttttctgaattttttgtctattgctgtagggcttattgaggagtatgactccccaaacacattgctagag 543  Q
    |||   |  ||            ||||| |||||||||  | ||||| ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||    
T  41434776 cttcgatatcttttgttccttggtgtttagttttctga--tgtttgtgtattggtgtaggacttattgaggagtacgactccccaacgacattgttagag 41434679  T
Q  544 gataagtcatcatcttttgctaagct 569  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||    
T  41434678 gataagtcatcgtcttttgctaagct 41434653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 38 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 41442286 - 41441901
Alignment:
Q  38 ccaaatatagtatatagtatttacgtccagagggagtatgtagta-------aatttagaccaactgatgtacattattgct-atattcaagttcatacg 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||       |||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| |||| |||| |    
T  41442286 ccaaatatagtatatagtatttacgtccagagagagtaaatagtatataataaatttagaccaattgatgtacatttttgcttaaatttaagtccataag 41442187  T
Q  130 gattatatagtagttctactcacgaacatattgctaatgtggaagttgatgattt-atagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggca 228  Q
    || ||||||||| || |||||  || | |||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  41442186 gagtatatagtattt-tactcttgagcttattgctaatgtggaatttggtgcttttatagttagtgagaatggtgagaactggagcatgggtcagagaca 41442088  T
Q  229 gttggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaagcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcag 328  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41442087 gttggtttgcctaggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgacgaagcaactgcttcagttgatacagctacagataatttgattcag 41441988  T
Q  329 caaactcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttgacagtgatatggttcta 415  Q
    |||||||||||| | |||||||  || || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41441987 caaactcttaggcaacatttcatggattctactgtcattaccattgcacatcgaataacttctgttcttgacagtgatttggttcta 41441901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 467 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 41441854 - 41441709
Alignment:
Q  467 tgtttcgttttctgaattttttgtctattgctgtagggcttattgaggagtatgactccccaaacacattgctagaggataagtcatcatcttttgctaa 566  Q
    ||||| |||||||||  || |||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  41441854 tgttttgttttctgatgttgttgtgtattggtgtaggacttgttgaggagtatgactccccaacgacattgttagaggataagtcatcatcttttgttaa 41441755  T
Q  567 gcttgttgcagagtataccatgaggtccaactccaatttatgagaa 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  41441754 gcttgttgcagagtataccatgaggtccaactcaaatttttgagaa 41441709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 143 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 32117984 - 32117724
Alignment:
Q  143 ttctactcacgaacatattgctaatgtggaagttgatgattt-atagttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgcctt 241  Q
    ||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||  | ||| |  |||||||||||||||||||||||||| | |||| |||     
T  32117984 ttctactcttgaacctattgctaatgtggatgttgatgcttttatagttagataaaattgcaagaattggagcatgggtcagaggcagatagttttccta 32117885  T
Q  242 ggtagggttctgcttaagaagagcaaga---ttttggtgcttgatgaagcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaaactctta 338  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  32117884 ggtagggttctgcttaagaagagcaagaagattttggtgcttgatgaagccactgcatcagttgatacagctacagataatttgtttcagccaactctta 32117785  T
Q  339 ggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataacttctgttcttga 399  Q
     | |||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  32117784 tgcagcatttcactgactctacctacattaccattgcgcatcgaataacttccattcttga 32117724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 191 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 22746245 - 22746014
Alignment:
Q  191 agtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaagcaa 290  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||  |||||||||| |  ||  | ||||| || |||||||| |    
T  22746245 agtgagaatggtgagaattggagtatgggtcagaggcagttggtctgtcttggtagagtgttgcttaagaaaaataaagtcttggttctagatgaagcca 22746146  T
Q  291 ctgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataacttc 390  Q
    |||| || ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| |  | ||||||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  22746145 ctgcatcagttgacacggctaccgataatttgatacagcaaactcttcgacaacatttcactgattgcacagtcattacaattgcacatcgaaaaacttc 22746046  T
Q  391 tgttcttgacagtgatatggttctacttctta 422  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  22746045 tgttattgacagtgatatggttctactactta 22746014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 187 - 390
Target Start/End: Original strand, 22744338 - 22744541
Alignment:
Q  187 agttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaa 286  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  22744338 agttactgagaatggagaaaattggagcatgggtcaaaggcagttggtgtgcctcggtcgtgttctccttaagaaaagcaaaattttggttcttgatgaa 22744437  T
Q  287 gcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataa 386  Q
    || ||||| || ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| |||| ||| |||||  |||| | ||| |||||||||||||| ||| |||| |    
T  22744438 gctactgcatcagttgacacagctacagataatattattcaacaaacacttaagaaacatttttctgattgcacagtcattaccattgctcatagaatca 22744537  T
Q  387 cttc 390  Q
    ||||    
T  22744538 cttc 22744541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 187 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 22666167 - 22665940
Alignment:
Q  187 agttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaa 286  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  22666167 agttactgagaatggagaaaattggagcatgggtcagcgacagttggtctgcctcggacgtgttctacttaagaaaagcaagatcttggtgctcgatgaa 22666068  T
Q  287 gcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataa 386  Q
    |||||||| || |||||||| || ||||||||| | |||||||||||  ||| | | |||||| | || | ||| |||||||||||||| ||| |||| |    
T  22666067 gcaactgcatcagttgatacggcaacagataatattattcagcaaacaattaagcaacatttctcagattgcacagtcattaccattgctcatagaatca 22665968  T
Q  387 cttctgttcttgacagtgatatggttct 414  Q
    ||||  | |||||||| || ||||||||    
T  22665967 cttcaatccttgacagcgacatggttct 22665940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 187 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 22723058 - 22722831
Alignment:
Q  187 agttagtgagaatggtgagaattggagcatgggtcagaggcagttggtttgccttggtagggttctgcttaagaagagcaagattttggtgcttgatgaa 286  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||  | ||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  22723058 agttactgagaatggagaaaattggagcatggggcaaagacagttggtctgcctcggacgtgttctacttaagaaaagcaagatcttggtgctcgatgaa 22722959  T
Q  287 gcaactgcttcggttgatacagctacagataatttgattcagcaaactcttaggaagcatttcactgactccacggtcattaccattgcgcatcgaataa 386  Q
    |||||||| || |||||||| || ||||||||| | |||||||||||  ||| | | |||||| | || | ||| |||||||||||||| ||| |||| |    
T  22722958 gcaactgcatcagttgatacggcaacagataatattattcagcaaacagttaagcaacatttctcagattgcacagtcattaccattgctcatagaatca 22722859  T
Q  387 cttctgttcttgacagtgatatggttct 414  Q
    ||||  | |||||||| || ||||||||    
T  22722858 cttcaatccttgacagcgacatggttct 22722831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University