View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20193_low_3 (Length: 710)

Name: NF20193_low_3
Description: NF20193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20193_low_3
NF20193_low_3
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (10-694)||(40567562-40568243)
chr3 (450-689)||(40572600-40572839)
chr3 (460-694)||(40579067-40579301)
chr3 (460-682)||(40597397-40597619)
chr3 (460-694)||(40590916-40591149)
chr3 (460-689)||(40601566-40601794)
chr3 (49-216)||(40572188-40572355)
chr3 (10-170)||(40601143-40601303)
chr3 (19-216)||(40578611-40578796)
chr3 (10-160)||(40590555-40590705)
chr3 (19-133)||(40596748-40596862)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (412-689)||(2015498-2015771)
chr2 (10-246)||(2015957-2016190)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 651; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 651; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 694
Target Start/End: Original strand, 40567562 - 40568243
Alignment:
Q  10 attattctctagatattaatgaatgcatggaatccaacaattgtgttgacggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccgga 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40567562 attattctctagatattaatgaatgcatggaatccaacaattgtgttgatggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccgga 40567661  T
Q  110 aggatatgaaggagacgggaaaagtaatggaacaagatgcagttcaaaatccagtaccaaacaaaggaaagagattatattgatcatttcattgagtgag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40567662 aggatatgaaggagacgggaaaagtaatggaacaagatgcagttcaaaatccagtaccaaacaaaggaaagagattatattgatcatttcattgagtgag 40567761  T
Q  210 tacaacaacacattctattctggattcattcataacaaagatcatgcaaacaaattttattttcacaattaaattgttgaaacttgaaacatttcattga 309  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40567762 tacaacaacacactctattctggattcattcataacaaagatcatgcaaacaaattttattttcacaattaaattgttgaaacttgaaacatttcattga 40567861  T
Q  310 taaccacaatgttattccatgtcataaattgttgttcagaactgaaagtcatacacaatgtattcataacagtggcattttgagatgttgacaacatgaa 409  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40567862 caaccacaatgttattccatgtcataaattgttgttcagaactgaaagtcatacac---gtattcataacagtggcattttgagatgttgacaacatgaa 40567958  T
Q  410 actgacttgaaacatcaacaagctacgaaaagcagaaaggaaatgaataagtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactact 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40567959 actgacttgaaacatcaacaagctacgaaaagcagaaaggaaatgaataagtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactact 40568058  T
Q  510 ggtgggtagcttttatgtgtattgggcattgaagaaaagaaagctcattcgacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaa 609  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40568059 ggtgggtagcttttatgcgtattgggcattgaagaaaagaaagctcattcgacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaa 40568158  T
Q  610 cagatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaagtgttcaccgttgaggagctaaatgaagcaaccaataactttgatg 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40568159 cagatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaagtgttcactgttgaggagctaaatgaagcaaccaataactttgatg 40568243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 450 - 689
Target Start/End: Original strand, 40572600 - 40572839
Alignment:
Q  450 aaatgaataagtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactactggtgggtagcttttatgtgtattgggcattgaagaaaaga 549  Q
    |||||| || ||||||||||||||||   |||||||||| | ||||||| ||  ||| ||| | || ||||||||||  |||| |||||| |||||||||    
T  40572600 aaatgattatgtttccatttgtttattatcaggtgtcagtgcaagcctcgtagcactgctgattggaagcttttatgcatatttggcattcaagaaaaga 40572699  T
Q  550 aagctcattcgacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaacagatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaag 649  Q
    ||| |||||  |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  40572700 aagttcattaaacttcaagaacatttttttcaacaaaatggtggcttactgttacaacaacagatagggaggcacggaggttcaactgaaatagctaaag 40572799  T
Q  650 tgttcaccgttgaggagctaaatgaagcaaccaataactt 689  Q
    | ||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  40572800 tcttcaaagttgaggagctaaaagaagcaaccaacaactt 40572839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 460 - 694
Target Start/End: Original strand, 40579067 - 40579301
Alignment:
Q  460 gtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactactggtgggtagcttttatgtgtattgggcattgaagaaaagaaagctcattc 559  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||  ||| ||| | || ||||||||||  |||| |||||| |||||||||||| |||||     
T  40579067 gtttccatttctttatgttcaggtgtcagtgtaagcctcgtagcactgctgattggaagcttttatgcatatttggcattcaagaaaagaaagttcatta 40579166  T
Q  560 gacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaacagatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaagtgttcaccgt 659  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  ||    
T  40579167 aacttaaagaacattttttccaacaaaatggtggcatactgttacaacaacagatatggaggcatggaggttcaactgaaatagctaaagtcttcaaagt 40579266  T
Q  660 tgaggagctaaatgaagcaaccaataactttgatg 694  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||    
T  40579267 tgaggagctaaaagatgcaaccaacaacttcgatg 40579301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 460 - 682
Target Start/End: Original strand, 40597397 - 40597619
Alignment:
Q  460 gtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactactggtgggtagcttttatgtgtattgggcattgaagaaaagaaagctcattc 559  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||| |||| |||||     
T  40597397 gtttccatttgtttatgtccaggtgttagtgtaagcctcgtaggactactggtgggaagcttttatgcttattgggctttgaagaaaataaagatcatta 40597496  T
Q  560 gacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaacagatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaagtgttcaccgt 659  Q
     |||||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||||||||||  || |||||  |||| | |||||  |    
T  40597497 aacttaaagaagagttttttaagcaaaacggtggcttactgttagaacaacaaatagtgaagcatggagggtcgtctaaaacacttaaaatcttcactat 40597596  T
Q  660 tgaggagctaaatgaagcaacca 682  Q
    ||||||| ||||||| |||||||    
T  40597597 tgaggagttaaatgaggcaacca 40597619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 460 - 694
Target Start/End: Original strand, 40590916 - 40591149
Alignment:
Q  460 gtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactactggtgggtagcttttatgtgtattgggcattgaagaaaagaaagctcattc 559  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||| || |||  |||||  |||| |||||||||  ||||||||||   |     
T  40590916 gtttccattt-tttatgtctaggtgtctgcgtaggcctcgtagcactactggttggaagcaattatgcttatttggcattgaaacaaagaaagcttgata 40591014  T
Q  560 gacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaacagatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaagtgttcaccgt 659  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||| | ||||||| |||||| | | |||||||||  |    
T  40591015 aacttaaagaacaattttttcaacaaaatggtggcttactgttgcaacaaaagataggaaggcatgaaaggtcaaccgaaacacccagagtgttcactat 40591114  T
Q  660 tgaggagctaaatgaagcaaccaataactttgatg 694  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||||||    
T  40591115 tgaggagctaaatgaagcaactaacaattttgatg 40591149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 460 - 689
Target Start/End: Original strand, 40601566 - 40601794
Alignment:
Q  460 gtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactactggtgggtagcttttatgtgtattgggcattgaagaaaagaaagctcattc 559  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||| || ||| | ||||  ||||  ||||||||||||||||  ||  ||     
T  40601566 gtttccattt-tttatgtacaggtgtctgcgtaggcctcgtagcactactggtaggaagcatgtatgcatatttagcattgaagaaaagaagtcttgtta 40601664  T
Q  560 gacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaacagatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaagtgttcaccgt 659  Q
     |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||| ||| | | |||| ||||||| |||||  |    
T  40601665 aacttaaagaacatttttttcaacaaaacggtggtttactgttacaacaacaaatagcaaagcatggaggatcagccggaacacctaaagtcttcactat 40601764  T
Q  660 tgaggagctaaatgaagcaaccaataactt 689  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  40601765 tgaggagctaaataaagcaaccaacaactt 40601794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 49 - 216
Target Start/End: Original strand, 40572188 - 40572355
Alignment:
Q  49 attgtgttgacggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccggaaggatatgaaggagacgggaaaagtaatggaacaagatg 148  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| |  ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  40572188 attgtgttgaggaggcaacatgcatcgatcttcctgggagctaccattgtttatgcccagaaggatatgagggagacgggaaaaataatggaacaggatg 40572287  T
Q  149 cagttcaaaatccagtaccaaacaaaggaaagagattatattgatcatttcattgagtgagtacaaca 216  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||||| || || || |  ||  ||||||||||||||||||    
T  40572288 cagtccaaaatccagtaccaaatcaaggaaagatatcatgttaactatcgcattgagtgagtacaaca 40572355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 170
Target Start/End: Original strand, 40601143 - 40601303
Alignment:
Q  10 attattctctagatattaatgaatgcatggaatccaacaattgtgttgacggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccgga 109  Q
    ||||| || ||||| ||||||| ||||||||||||||  | |||||||| | ||| | |||||||||   ||| |||||||| || |||| |||||| ||    
T  40601143 attatcctttagatgttaatgattgcatggaatccaattactgtgttgaggaggcgagatgcatcaatcatcccggaagctaccattgttcatgcccaga 40601242  T
Q  110 aggatatgaaggagacgggaaaagtaatggaacaagatgcagttcaaaatccagtaccaaa 170  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||| | || ||||||||||||    
T  40601243 aggatatgagggagacgggaaaaataatggaacaggatgcagtccgaactccagtaccaaa 40601303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 19 - 216
Target Start/End: Original strand, 40578611 - 40578796
Alignment:
Q  19 tagatattaatgaatgcatggaatccaacaattgtgttgacggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccggaaggatatga 118  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||  | ||| |||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||    
T  40578611 tagatgttgatgaatgcaaggaatccaattactgttttgagggggcgacatgcatcaatcttcctggaagctaccattgtttatgcccaaaaggatatga 40578710  T
Q  119 aggagacgggaaaagtaatggaacaagatgcagttcaaaatccagtaccaaacaaaggaaagagattatattgatcatttcattgagtgagtacaaca 216  Q
    |||||||            |||| |||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||| || || |||||| || |||||||||||||||    
T  40578711 aggagac------------ggaaaaagatgcagtccaaaatccagtaccaaatcaagtaaagagatcatgttaatcattgcactgagtgagtacaaca 40578796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 160
Target Start/End: Original strand, 40590555 - 40590705
Alignment:
Q  10 attattctctagatattaatgaatgcatggaatccaacaattgtgttgacggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccgga 109  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||  | |||||| | | ||||||||||  |||  ||||||||||||| || |||||||||||| |    
T  40590555 attattctttagatattaatgaatgcacggagtctaatgactgtgttcaagaggcaacatgcgacaatcttcctggaagctaccattgtttatgcccgaa 40590654  T
Q  110 aggatatgaaggagacgggaaaagtaatggaacaagatgcagttcaaaatc 160  Q
    |||| |||| |||||||| || |  ||||| |||| ||||| | |||||||    
T  40590655 aggacatgagggagacggaaagatgaatggcacaaaatgcaatccaaaatc 40590705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 19 - 133
Target Start/End: Original strand, 40596748 - 40596862
Alignment:
Q  19 tagatattaatgaatgcatggaatccaacaattgtgttgacggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccggaaggatatga 118  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||  | ||| || | ||||| ||||||| |||  |||||||||| || || |||||||||||  ||||||||||    
T  40596748 tagatgttgatgaatgcaaggaatccaatgactgttttaagggggcgacatgcaccaatcttcctggaagttaccattgtttatgcccaaaaggatatga 40596847  T
Q  119 aggagacgggaaaag 133  Q
    ||||||||| |||||    
T  40596848 aggagacggaaaaag 40596862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 125; Significance: 5e-64; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 412 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 2015771 - 2015498
Alignment:
Q  412 tgacttgaaacatcaacaagctacgaaaagcagaaaggaaatgaataagtttccatttgtttatgtccaggtgtcagcgtaagcctcatattactactgg 511  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |  | |||||||    ||||||| ||||||||||| | |||||  ||  ||||||||    
T  2015771 tgacttgaaacatcaacaagctaggaagagcagaaagaaaattatcatgtttcca----tttatgttcaggtgtcagcatgagccttgtagcactactgg 2015676  T
Q  512 tgggtagcttttatgtgtattgggcattgaagaaaagaaagctcattcgacttaaagaacaattttttcaacaaaacggtggcttactgttacaacaaca 611  Q
    | || |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| |    
T  2015675 ttggaagcttttatgcgtatttggcattaaagaaaagaaagctcattaaactgaaagaacaattttttcaacaaaatggtggcttactactacaacaaga 2015576  T
Q  612 gatagttaggcatggagggtcaactgaaacagctaaagtgttcaccgttgaggagctaaatgaagcaaccaataactt 689  Q
      |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2015575 agtagtgaggcacggagggtcaactgaaacaactaaagtcttcactgttgaggagctaaatgaagcaaccaacaactt 2015498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 2016190 - 2015957
Alignment:
Q  10 attattctctagatattaatgaatgcatggaatccaacaattgtgttgacggggcaacatgcatcaactttcctggaagctatcactgtttatgcccgga 109  Q
    ||||| || |||||||||||||||| ||||| |||||  | |||||||| |  |||||||||| |||  ||||||||||||| || |||||||| ||||     
T  2016190 attatcctttagatattaatgaatgtatggagtccaatgactgtgttgaggaagcaacatgcaccaatcttcctggaagctaccagtgtttatgtccggc 2016091  T
Q  110 aggatatgaaggagacgggaaaagtaatggaacaagatgcagttcaaaatccagtaccaaacaaaggaaagagattatattgatcatttcattgagtgag 209  Q
    || |||||| ||| ||||||| |  |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||  ||| |||||||| ||| |||||||| || ||||||||    
T  2016090 agaatatgagggaaacgggaagatgaatggaacaaaatgcagtccaaaatccaataccaaatcaagaaaagagatcataatgatcattgcaatgagtgag 2015991  T
Q  210 tacaacaacacattctattctggattcattcataaca 246  Q
    |||   ||||||||||||| | ||| |||||||||||    
T  2015990 tac---aacacattctattattgatgcattcataaca 2015957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University