View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20193_low_9 (Length: 384)

Name: NF20193_low_9
Description: NF20193
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20193_low_9
NF20193_low_9
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (1-370)||(47743-48112)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (70-373)||(5333-5642)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (70-370)||(20085877-20086180)
chr6 (70-368)||(22204983-22205284)
chr6 (70-370)||(24385195-24385498)
chr6 (70-370)||(20237790-20238093)
chr6 (70-370)||(22131774-22132077)
chr6 (70-356)||(20205211-20205500)
chr6 (70-356)||(22099234-22099523)
chr6 (70-356)||(21971772-21972064)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (70-368)||(15829-16129)


Alignment Details
Target: scaffold0074 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 370
Target Start/End: Original strand, 47743 - 48112
Alignment:
Q  1 tgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatggnnnnnnnncctagctgtaatgttaggtatgaactatatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47743 tgtctctatactgctattgattttcttgctcagctttttgatggaaagcagggtgggatggttttttttcctagctgtaatgttaggtatgaactatatc 47842  T
Q  101 ctttttataggtctatcaatacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47843 ctttttataggtctatcaatacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttc 47942  T
Q  201 ctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47943 ctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatttgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccat 48042  T
Q  301 actgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgtg 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48043 actgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctctgtg 48112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 70 - 373
Target Start/End: Original strand, 5333 - 5642
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact------tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaac 163  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  5333 cctagctgtaatattaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatactacttcttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaactattcaaaac 5432  T
Q  164 aagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctctta 263  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5433 aagatactagattttcaaaagatcccttttatctttcctataattgctcaagaaaccaaagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctctta 5532  T
Q  264 tttgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgc 363  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5533 tttgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaacgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcac 5632  T
Q  364 ctctgtgctc 373  Q
    ||||||||||    
T  5633 ctctgtgctc 5642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 70 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 20086180 - 20085877
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||   || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  20086180 cctagctgtaatgttaggtatgaattatatcctttttataggtctattaatgctccttcgccaaatgagcttgttcctcaaacaaatcattcaaaccaag 20086081  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |    
T  20086080 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaacaataacttcaaattacttctctcttatct 20085981  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctc 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  20085980 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaattttatactgttaaagtggatgaaatggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgaccttcctgttcgcctc 20085881  T
Q  367 tgtg 370  Q
    ||||    
T  20085880 tgtg 20085877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 70 - 368
Target Start/End: Original strand, 22204983 - 22205284
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||    
T  22204983 cctagctgtaatattaggtatgaactatatcctttttataggtctattaatgctccttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaatcattcaacccaag 22205082  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22205083 attctagattttcacaagatccattttatctttcctataattgctcaagaaaccacagtaaaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttattt 22205182  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctc 366  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||| |  || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22205183 gtcctccaacgccacaaatggcggaaatttccaaaaagtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcacctc 22205282  T
Q  367 tg 368  Q
    ||    
T  22205283 tg 22205284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 70 - 370
Target Start/End: Original strand, 24385195 - 24385498
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | | ||   ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24385195 cctagctgtaacattaggtatgaactatttcctttttataaatctattattgctccttcatcaaatgagcttgttcctcaaacaaatgattcaaaacaag 24385294  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||| ||  | |||||||||||||||||||||||| |    
T  24385295 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaaccacaatataatcacaaacgataacttcaaattacttctctcttatct 24385394  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctc 366  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24385395 gtcctccaacgccacaaatggcaaaaaattctatactgtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgtctc 24385494  T
Q  367 tgtg 370  Q
    ||||    
T  24385495 tgtg 24385498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 70 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 20238093 - 20237790
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaa---tacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  20238093 cctagttgtaatattaggtatgagctatatcctttttatagatctactaatgctccttcactaaatgagcttgttcctcaaacaaatgattcaaaacaag 20237994  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20237993 attctaattttacacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttattt 20237894  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctc 366  Q
    ||| ||||||||||||||||||  || || ||||| || |||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||    
T  20237893 gtcttccaacgccacaaatggcacaacattccatattgctaaagtggaagaaaaggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgaccttcctaatcgcctc 20237794  T
Q  367 tgtg 370  Q
    ||||    
T  20237793 tgtg 20237790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 70 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 22132077 - 22131774
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaa---tacttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||   | |||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  22132077 cctagttgtaatattaggtatgagctatatcctttttatagatctactaatgctccttcactaaatgagcttgttcctcaaacaaatgattcaaaacaag 22131978  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22131977 attctaattttacacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattacttctctcttattt 22131878  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctc 366  Q
    ||| ||||||||||||||||||  || || ||||| || |||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||    
T  22131877 gtcttccaacgccacaaatggcacaacattccatattgctaaagtggaagaaaaggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgaccttcctaatcgcctc 22131778  T
Q  367 tgtg 370  Q
    ||||    
T  22131777 tgtg 22131774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 70 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 20205500 - 20205211
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| | |  |   |||||||||||||| | ||||| ||||||  |||| |||||||    
T  20205500 cctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaatgattccaaacaag 20205401  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    |||||| | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  20205400 attctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattacttctgtcttattt 20205301  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcc 356  Q
    ||  || |||||||| |  ||| ||||||  ||||   ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  20205300 gttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttcc 20205211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 70 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 22099523 - 22099234
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| | |  |   |||||||||||||| | ||||| ||||||  |||| |||||||    
T  22099523 cctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaatgattccaaacaag 22099424  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    |||||| | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  22099423 attctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattacttctgtcttattt 22099324  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcc 356  Q
    ||  || |||||||| |  ||| ||||||  ||||   ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  22099323 gttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttcc 22099234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 70 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 21972064 - 21971772
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   ||  |   || ||||||||||||| ||||||||||||  |||| | |||||    
T  21972064 cctagctgtaatgttaggtatgaattatatccattttataggtctacttatgttctttccccaaatgagcttgctcctcaaacaaatgattccatacaag 21971965  T
Q  167 attctagatt---ttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctctta 263  Q
    |||||| | |   |||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||| | |||||| ||||| ||||||| |||||    
T  21971964 attctaaaatactttcagaagatccattttatctttcctataattgctcaagaaattacaatacaatcactgacaaaaacatcaaactacttctgtctta 21971865  T
Q  264 tttgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcc 356  Q
    |||||  || |||||||| |  ||| ||||||   ||    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  21971864 tttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaattttattggcttaaagtggaagaaattgcgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttcc 21971772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 196; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 70 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 16129 - 15829
Alignment:
Q  70 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaag 166  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||   || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  16129 cctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctattaatgctccttcgccaaatgagcttgttcctcaaacaaatcattcaaaccaag 16030  T
Q  167 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttattt 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |    
T  16029 attctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaacaataacttcaaattacttctctcttatct 15930  T
Q  267 gtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcgcctc 366  Q
    ||||||||||||||||| ||||  ||| | ||| |  || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15929 gtcctccaacgccacaa-tggcagaaatttccaaaaagtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcccgttcacctc 15831  T
Q  367 tg 368  Q
    ||    
T  15830 tg 15829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University