View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20194_high_1 (Length: 1334)

Name: NF20194_high_1
Description: NF20194
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20194_high_1
NF20194_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-1328)||(6184654-6185960)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (18-879)||(4235530-4236391)
chr8 (978-1328)||(4236517-4236867)
chr8 (65-396)||(30441398-30441730)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (27-234)||(29475752-29475961)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (425-644)||(19592829-19593039)
chr7 (300-728)||(38356756-38357184)
chr7 (100-235)||(19592636-19592771)
chr7 (363-401)||(19592786-19592824)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1232-1328)||(21847622-21847718)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1161; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1161; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1328
Target Start/End: Original strand, 6184654 - 6185960
Alignment:
18 caatgtcacaccaataattcccaaaaacaacttgctcttgaatattccttcaaagacattctttttctccaatttccttgcattaaactcattaaacact 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6184654 caatgtcacaccaataattcccaaaaacaacttgctcttgaatattccttcaaagacattctttttctccaatttccttgcattaaactcattaaacact 6184753  T
118 tgacatagaacaaatgtattaaaaatcaatgtgtcatttacctttgatgtcacaccaaaaatatcctcacctttgaattgaagagttaacaaaattacta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
6184754 tgacatagaacaaatgtattaaaaatcaatgtgtcatttacctttgatgtcacaccaaaaatatcctcacctttgaattgaagagttaacaaaattatta 6184853  T
218 tttggtacaaagcttgtgacacaagattcctccacataatgttagtaataagaggctttgttctaccaactggtttttcatccattaattccttagtagg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6184854 tttggtacaaagcttgtgacacaagattcctccacataatgttagtaataagaggctttgttctaccaactggtttttcatccattaattccttagtagg 6184953  T
318 tttttcagttgcaagagccaaagcacctaatgtatccataattaaattcacccataataattgaactgctgttaatggtacttcgccggctgaaaccgcg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
6184954 tttttcagttgcaagagccaaagcacctaatgtatccataatcaaattcacccataataattgaactgctgttaatggtacttcaccggctgaaaccgcc 6185053  T
418 gctacgaaattgataacaagtgctgccacattcactgttagttgaaattgaatgaatttttgaatgttgttgtaaacacatcttccccagtttaaaactg 517  Q
    || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
6185054 gcaacgaaattgataacaagggctgccacattcactgttagttgaaattgaatgaatttttgaatgttgttgtaaacacatcttccccagtttaacactg 6185153  T
518 ttactatagatgcaaaattgtcatctaatataacaatatctgaactctcttttgctacttctgtaccttgaattcccattgaaagaccgatatcggcttc 617  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
6185154 ttacgatagatgcaaaattgtcatctaatataacaatatctgaactctcttttgcaacttcagtaccttgaattcccattgaaagtccgatatcggcttc 6185253  T
618 tttcaatgccggtgcatcgtttgttccatctcctgttacagcaactacatgacctttttgttttaagcattgaaccattagaagtttgtcaaatggagat 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6185254 tttcaatgccggtgcatcgtttgttccatctcctgttacagcaactacatgacctttttgttttaagcattgaaccattagaagtttgtcaaatggagat 6185353  T
718 gatcttgccatcacacatattttttcaaccttttctaatctctcttcgtgcgtaaagttgcgaaactgttcgccttcaaccaccgtttcatctgtgtcct 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
6185354 gatcttgccatcacacatattttttcaaccttttctaatctctcttcgtgcgtaaagttgcgaaattgttcgccttcaaccaccgtttcatctatgtcct 6185453  T
818 gattaggttgaagaattccacattcaaatgctatagcttttgcagtgaaaacattgtcacctattataatcagaaataaagtttgccatcattttcgtat 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| | |    
6185454 gattaggttgaagaattccacattcaaatgctatagctttcgcagtgaaaacattgtcacctattataatcagagataaagttcggcatcattttcatgt 6185553  T
918 agactcgtatgtataaatagaggattttgtagtcaatatcgatcgaaagattaagttactgataaatgagatattttagcaatacctgtgatcattttga 1017  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| || || ||||   || |||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||    
6185554 agacttgtatgtataaatagacgattttatattcgatat---tc-aaagatcaagttactcataaatgagatattatagtaatacctgtaatcattttga 6185649  T
1018 cattcacaccagcatgttggcaagcttccaccgctgtcttcacccctgggcgacatggatccttaatgccgacaagtcctaacaatgttaaatcattctc 1117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6185650 cattcacaccggcatgttggcaagcttccaccgctgtcttcacccctgggcgacatggatccttaatgccgacaagtcctaacaatgttaaatcattctc 6185749  T
1118 ttttaccaccatcttggtgttgtctccttcatgtcctagcttttcgtctgagacttctgtacacgctaaagcgatgcaacgaagactactagctgccata 1217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6185750 ttttaccaccatcttggtgttgtctccttcatgtcctagcttttcgtctgagacttctgtacacgctaaagcgatgcaacgaagactactagctgccata 6185849  T
1218 ccttgaataatgctttcgaatttcagcatagattcattgtcaagatctttcaaaattccataaccatcatagtatcttgaacacattcttagtaccatct 1317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6185850 ccttgaataatgctttcgaatttcagcatagattcattgtcaagatctttcaaaattccataaccatcatagtatcttgaacacattcttagtaccatct 6185949  T
1318 ctgctcctcct 1328  Q
    | ||| |||||    
6185950 cggctgctcct 6185960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 879
Target Start/End: Original strand, 4235530 - 4236391
Alignment:
18 caatgtcacaccaataattcccaaaaacaacttgctcttgaatattccttcaaagacattctttttctccaatttccttgcattaaactcattaaacact 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4235530 caatgtcacaccaacaattcccaaaaacaacttgctcttaaatatcccttcaaacacattcttcttctccaatttccttgcattaaactcattaaacact 4235629  T
118 tgacatagaacaaatgtattaaaaatcaatgtgtcatttacctttgatgtcacaccaaaaatatcctcacctttgaattgaagagttaacaaaattacta 217  Q
    ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
4235630 tgacaaagaacaaatgtattgaatattaatgtgtcatttaccttcgaagtcacaccaaaaatactctcacctttaaactgaagagttaataaaattacta 4235729  T
218 tttggtacaaagcttgtgacacaagattcctccacataatgttagtaataagaggctttgttctaccaactggtttttcatccattaattccttagtagg 317  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||||||||    
4235730 tttggtacaaagcttgtgacaaaagattcctccacataatgttagttataagaggctttgttctaccaacaggttctttatccattaaatccttagtagg 4235829  T
318 tttttcagttgcaagagccaaagcacctaatgtatccataattaaattcacccataataattgaactgctgttaatggtacttcgccggctgaaaccgcg 417  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||     
4235830 tttttcagttgcaagagccaatgcacctaatgtatccataatcaaattcacccataataattgaactgctgttaacggaacttcgcctgctgaaaccgcc 4235929  T
418 gctacgaaattgataacaagtgctgccacattcactgttagttgaaattgaatgaatttttgaatgttgttgtaaacacatcttccccagtttaaaactg 517  Q
    || || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
4235930 gcgacaaaatttataacaagtgctgccacattcactgttaattgaaattgaatgaatttttgaatgttgttgtaaacacatcttccccaatttataactg 4236029  T
518 ttactatagatgcaaaattgtcatctaatataacaatatctgaactctcttttgctacttctgtaccttgaattcccattgaaagaccgatatcggcttc 617  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||    
4236030 ttacaatagatgcaaaattgtcatctaatataacaatatctgaactctcttttgctacttcagtaccttgaattcccattgaaagtccaatatcagcttc 4236129  T
618 tttcaatgccggtgcatcgtttgttccatctcctgttacagcaactacatgacctttttgttttaagcattgaaccattagaagtttgtcaaatggagat 717  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||     
4236130 tttcaatgctggtgcatcgtttgttccgtctccggttacagcaactacatgacctttttgttttaagcattgtaccattagaagtttatcaaatggagaa 4236229  T
718 gatcttgccatcacacatattttttcaaccttttctaatctctcttcgtgcgtaaagttgcgaaactgttcgccttcaaccaccgtttcatctgtgtcct 817  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||||| ||  | || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
4236230 gatcttgccatcacagagattttctcaactttcgccaacctctcttcgtgtgtgaagttacgaaattgttcgccttcaaccactgtttcatccgtgtcct 4236329  T
818 gattaggttgaagaattccacattcaaatgctatagcttttgcagtgaaaacattgtcacct 879  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4236330 gattaggttgaagaattccacattcaaatgctatagcttttgcagtgaaaacattgtcacct 4236391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 978 - 1328
Target Start/End: Original strand, 4236517 - 4236867
Alignment:
978 gataaatgagatattttagcaatacctgtgatcattttgacattcacaccagcatgttggcaagcttccaccgctgtcttcacccctgggcgacatggat 1077  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||||    
4236517 gataaataagatattttagtaatacctgtaatcattttgacattcacaccagcatgttggcaagcttccactgtcgtcttcacccccgggcgacatggat 4236616  T
1078 ccttaatgccgacaagtcctaacaatgttaaatcattctcttttaccaccatcttggtgttgtctccttcatgtcctagcttttcgtctgagacttctgt 1177  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |  | |||||||||  | | |||| ||||||||  |||| |||    
4236617 ccttaatgcctacaagtcctaacaatgttaaaccattgtcttttaccaccatcttgttcatatctccttcaacttcaagctcttcgtctgtaacttttgt 4236716  T
1178 acacgctaaagcgatgcaacgaagactactagctgccataccttgaataatgctttcgaatttcagcatagattcattgtcaagatctttcaaaattcca 1277  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||    
4236717 atacgctaaagcgatgcaacgaagactactagccgccataccttgaataatcctttcgaatttcaacatggtttcattgtcaagatctttcgaaattcca 4236816  T
1278 taaccatcatagtatcttgaacacattcttagtaccatctctgctcctcct 1328  Q
     ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
4236817 aaaccatcatggtattttgaacacattcttagtaccatctctgctgctcct 4236867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 65 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 30441730 - 30441398
Alignment:
65 cttcaaagacattctttttctccaatttccttgcattaaactcattaaacacttgacatagaacaaatgtattaaaaatcaatgtgtcatttacctttga 164  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
30441730 cttcaaacacatttttgttctccaatttccttgcattaaactcattaaacacttgacatagaacaaatgtattaaatatcaatgtgtcatttacctttaa 30441631  T
165 tgtcacaccaaaaatatcctcacctttgaattgaagagttaacaaaattactatttggtacaaagcttgtgacacaagattcctccacataatgttagta 264  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||| |||||||||  |||||| ||||| |||||||||| |||||||||| || ||||| | |||    
30441630 tgtcacaccaaaattattgtcacctttgaattgaaaagtcaacaaaattgatatttgatacaaggcttgtgacataagattcctctacgtaatgcttgta 30441531  T
265 ataagaggctttgttctaccaac-tggtttttcatccattaattccttagtaggtttttcagttgcaagagccaaagcacctaatgtatccataattaaa 363  Q
    |||||||||||| ||||||||||    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
30441530 ataagaggctttattctaccaacaattttttttatccattagttccttagtaggtttttcagttgcaagagccaaagcatctaatgtatccataatcaaa 30441431  T
364 ttcacccataataattgaactgctgttaatggt 396  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||    
30441430 ttcacccataataattgaactgatattaatggt 30441398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 1e-69; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 27 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 29475961 - 29475752
Alignment:
27 accaataattcccaaaaacaacttgctcttgaatattccttcaaagacattctttttctccaatttccttgcattaaactcattaaacacttgacataga 126  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
29475961 accaatatttccctaaaacaacttgcttttacatatcccttcaaaaacattctttttctccaatttccttgcattaaactcattaaacacttgacataga 29475862  T
127 acaaatgtatta--aaaatcaatgtgtcatttacctttgatgtcacaccaaaaatatcctcacctttgaattgaagagttaacaaaattactatttggta 224  Q
     |||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
29475861 gcaaatgtattaagaatatcaatatgtcatttacctttgatgtcataccaaaaataatatcacctttaaattgaagagttaacaaaattactatttggaa 29475762  T
225 caaagcttgt 234  Q
    ||||||||||    
29475761 caaagcttgt 29475752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 120; Significance: 9e-61; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 425 - 644
Target Start/End: Original strand, 19592829 - 19593039
Alignment:
425 aattgataacaagtgctgccacattcactgttagttgaaattgaatgaatttttgaatgttgttgtaaacacatcttccccagtttaaaactgttactat 524  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
19592829 aattgataacaagtgctgccacattcact---------aattgaatgaatttttgaatgttgttgtaaacacatcttccccaatttaaaattgttactat 19592919  T
525 agatgcaaaattgtcatctaatataacaatatctgaactctcttttgctacttctgtaccttgaattcccattgaaagaccgatatcggcttctttcaat 624  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||  | ||||  |||||||||| |    
19592920 agatgcaaaattgtcatctaatataacaatatctgagctctcttttgcaacttcggtaccttgaatttccatggaaagttcaatattagcttctttcagt 19593019  T
625 gccggtgcatcgtttgttcc 644  Q
    || | |||||| ||| ||||    
19593020 gctgatgcatcatttcttcc 19593039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 300 - 728
Target Start/End: Original strand, 38356756 - 38357184
Alignment:
300 cattaattccttagtaggtttttcagttgcaagagccaaagcacctaatgtatccataattaaattcacccataataattgaactgctgttaatggtact 399  Q
    |||||| ||||| |||||  |||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |  | |||||||| |||||| || ||     
38356756 cattaactcctttgtaggcctttctgttgctagtgccaaagcacctagtgtatccataatgagattcacccaaagaagttgaactgttgttaagggaaca 38356855  T
400 tcgccggctgaaaccgcggctacgaaattgataacaagtgctgccacattcactgttagttgaaattgaatgaatttttgaatgttgttgtaaacacatc 499  Q
    || || |  ||||| || || |  || || || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||    
38356856 tcaccagaagaaactgctgcaataaagtttatcacaagtgctgcaacattcactgttagttgaaactgaataaatttctggatgttgttgtaaacacatc 38356955  T
500 ttccccagtttaaaactgttactatagatgcaaaattgtcatctaatataacaatatctgaactctcttttgctacttctgtaccttgaattcccattga 599  Q
    |||||||  ||||||| ||| | | |||    || ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||    
38356956 ttccccaccttaaaacagttgcaacagaattgaagttgtcgtctaagatgacgatatcggaactttctttggcgacttcggttccttggattcccataga 38357055  T
600 aagaccgatatcggcttctttcaatgccggtgcatcgtttgttccatctcctgttacagcaactacatgacctttttgttttaagcattgaaccattaga 699  Q
    ||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||| | |    
38357056 aagtcctatatcagcttcttttaaggcaggtgcatcgtttgtgccgtcgcctgtgaccgcaactacatgacctttctttcttaagcattgcaccatcaaa 38357155  T
700 agtttgtcaaatggagatgatcttgccat 728  Q
    |||||||| |  || ||||||||||||||    
38357156 agtttgtccataggggatgatcttgccat 38357184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 100 - 235
Target Start/End: Original strand, 19592636 - 19592771
Alignment:
100 ttaaactcattaaacacttgacatagaacaaatgtattaaaaatcaatgtgtcatttacctttgatgtcacaccaaaaatatcctcacctttgaattgaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||    
19592636 ttaaactcattaaacacttgacatagaacaaatgtattaaatatcaatgtgtcgtttacctttagtgtcacaccaaaattattgtcacctttgaattgaa 19592735  T
200 gagttaacaaaattactatttggtacaaagcttgtg 235  Q
     ||| |||| ||||  |||||||||||| |||||||    
19592736 aagtcaacataattggtatttggtacaaggcttgtg 19592771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 363 - 401
Target Start/End: Original strand, 19592786 - 19592824
Alignment:
363 attcacccataataattgaactgctgttaatggtacttc 401  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
19592786 attcacccataataattgaactgttattaatggtacttc 19592824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 61; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 1232 - 1328
Target Start/End: Original strand, 21847622 - 21847718
Alignment:
1232 ttcgaatttcagcatagattcattgtcaagatctttcaaaattccataaccatcatagtatcttgaacacattcttagtaccatctctgctcctcct 1328  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
21847622 ttcgaatttcaacatagatccattgtcaagatctttcaaaattccacagccaatgtaatatcttgaacacattcttagtaccatctctgcttctcct 21847718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University