View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20197_high_1 (Length: 895)

Name: NF20197_high_1
Description: NF20197
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20197_high_1
NF20197_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-879)||(39956359-39957226)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 802; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 802; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 879
Target Start/End: Original strand, 39956359 - 39957226
Alignment:
Q  11 gagagatgaaccctgagaagaagggcctaaagccggtggcatagactcggatggtggaaaagccgaaacaggaccttgatgagttgagatatctggattt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39956359 gagagatgaaccctgagaagaagggcctaaagccggtggcatagactcggatggtggaaaagccgaaacaggaccttgatgagttgagatatctggattt 39956458  T
Q  111 ggagggctaggacttgaaggaattgttggtaatgaagaatccgatggagagtaagcaactcctccaggggaaggaaacagtggctccatatctggtgaca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39956459 ggagggctaggacttgaaggaattgttggtaatgaagaatccgatggagagtaagcaactcctccaggggaaggaaacagtggctccatatctggtgaca 39956558  T
Q  211 ttgcaggagaaaagagaggagcttctggtaatgtagttggtgctgctgagattgttgaaatatgcatggtttttgcagaagccaaagctaatgaacaatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39956559 ttgcaggagaaaagagaggagcttctggtaatgtagttggtgctgctgagattgttgaaatatgcatggtttttgcagaagccaaagctaatgaacaatt 39956658  T
Q  311 gcatgctattaaggctaggaatattgatgagaatgaccagagggaagccataaatgatgatagat-aaaattaattaatttatgatagactctttttgca 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  39956659 gcatgctattaaggctaggaatattgatgagaatgaccaaaaggaagccataaatgatgatagataaaaattaattaatttatgatgtactctttttgca 39956758  T
Q  410 gttcttaatgaaatgtgtccgagagagagaaatgttcttgaggaagtttatgattgaagtatagaacttacaaaagggtgtataagaagtggtggtgggc 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39956759 gttcttaatgaaatgtgtccgagagagagaaatgttcttgaggaagtttatgattgaagtatagaacttacaaaagggtgtataagaagtggtggtgggc 39956858  T
Q  510 acaaattttttagtggtagttgataattggtaccnnnnnnnnatgtcacagctttcacataaaacattgttatgctacaagacaaagttgataggtattt 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39956859 acaaattttttagtggtagttgataattggtac--tttttttatgtcacagctttcacataaaacattgttatgctacaagacaaagttgataggtattt 39956956  T
Q  610 tttaccttgtggagcacatgaatctgaggtgtctttagcataaaagtaaacactaaaagatattaagaaaaaacaatgttatgagttagcatcttagtta 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  39956957 tttaccttgtggagcacatgaatctgaggtgtctttagcataaaagtaaacactaaaagatattaagaaaaaccaatggtatgagttagcatcttagtta 39957056  T
Q  710 tagttactaggtaggaattcagaatatgcatctgtaaatactgagattcacaattcttagttctaaaaatttcatctctacctttttatgtcctgcctat 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39957057 tagttactaggtaggaattcagaatatgcatctgtaaatactgagattcacaattcttagttctaaaaatttcatctctacctttttatgtcctgcctat 39957156  T
Q  810 tttctagagagctgttaggggccatataacagttccactagagagacattcattgagtacacttttatag 879  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39957157 tttctagagagctgttaggggccatataacagttccactagagagaccttcattgagtacacttttatag 39957226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University