View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20197_low_4 (Length: 662)

Name: NF20197_low_4
Description: NF20197
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20197_low_4
NF20197_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-652)||(30994362-30994997)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 652
Target Start/End: Original strand, 30994362 - 30994997
Alignment:
Q  17 atatatttgcatggaactgaataaggcaataattcaattgcagcagtaaaaacatctatgcaataaccagcaaacatatcagaacccttaattcttgaca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994362 atatatttgcatggaactgaataaggcaataattcaactgcagcagtaaaaacatctatgcaataaccagcaaacatatcagaacccttaattcttgaca 30994461  T
Q  117 caagttcatggtaactaattttaattggcacaccaactttcaagtgtcttccattgctagcgaaaacccaaccacgcggggtatgagttgtttgaccagg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994462 caagttcatggtaactaattttaagcggcacaccaactttcaagcgtcttccattgctagcgaaaacccaaccacgcggggtatgagttgtttgaccagg 30994561  T
Q  217 ccatatgacaccatataattcttttcttaaatttgaatgattaggagattccacaccagtgtggagtccataagattcagaccaaaaaccaatccttcta 316  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994562 ccatatgacaccatataatccttttcttaaatttgaatgattaggagattccacaccagtgtggagtccataagattcagaccaaaaaccaatccttcta 30994661  T
Q  317 attccactacctatgacattaatgatttcatatgatggattcattaagtttccatttggatcaaacataatattgcctgttaaaccagttatgttgacct 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994662 attccactacctatgacattaatgatttcatatgatggattcattaagtttccatttgaatcaaacataatattgcctgttaaaccagttatgttgacct 30994761  T
Q  417 ctaagattttttgaagcaacatactaccattaacaaagacctttatattatccaaatgaagggtgtctcctcttaacatgtttagatttgaatcatttga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994762 ctaagattttttgaagcaacatactaccattaacaaagaccttcatattatccaaatgaagggtgtctcctcttaacatgtttagatttgaatcatttga 30994861  T
Q  517 aaatgacaaagttcctccactgttaaaaaatgcatctagtgcagaagcaagaacataaacagtgtcataggcgtataaaccaaacatgtttaaaccaaaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994862 aaatgacaaagttcctccactgttaaaaaatgcatctagtgcagaagcaagaacataaacagtgtcataggcgtataaaccaaacatgtttaaaccaaaa 30994961  T
Q  617 gaaggaccatgattatggtcatgatcagaacctatg 652  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30994962 gaaggcccatgattatggtcatgatcagaacctatg 30994997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University