View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20198_high_2 (Length: 595)

Name: NF20198_high_2
Description: NF20198
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20198_high_2
NF20198_high_2
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (43-565)||(37702025-37702547)
chr5 (8-576)||(37393162-37393730)
chr5 (43-577)||(37639088-37639622)
chr5 (15-577)||(37823218-37823780)
chr5 (43-577)||(37710846-37711380)
chr5 (43-577)||(37401282-37401816)
chr5 (15-576)||(37532414-37532975)
chr5 (15-576)||(37593518-37594079)
chr5 (15-576)||(37695909-37696470)
chr5 (1-576)||(37382611-37383186)
chr5 (1-576)||(37435010-37435585)
chr5 (127-479)||(37413547-37413899)
chr5 (1-212)||(37428352-37428562)
chr5 (472-577)||(37594110-37594215)
chr5 (472-577)||(37711410-37711515)
chr5 (469-567)||(37696498-37696596)
chr5 (472-577)||(37401147-37401252)
chr5 (472-576)||(37639652-37639756)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-518)||(14552679-14553189)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-576)||(16843281-16843856)
chr4 (4-572)||(24218020-24218588)
chr4 (1-576)||(16845945-16846523)
chr4 (469-576)||(16843146-16843253)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 565
Target Start/End: Original strand, 37702025 - 37702547
Alignment:
Q  43 tcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaa 142  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||   || |||||||||||||||||||    
T  37702025 tcatttacattaatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggggccactaaaattgttgttagaggcatcaaaaattctcaacttaggaa 37702124  T
Q  143 atgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaa 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702125 atgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaa 37702224  T
Q  243 tgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702225 tgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 37702324  T
Q  343 tttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttc 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702325 tttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttc 37702424  T
Q  443 ccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaa 542  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37702425 ccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaa 37702524  T
Q  543 gttgttatttgagagtgaaaagt 565  Q
    |||||| ||||||||| ||||||    
T  37702525 gttgttgtttgagagtaaaaagt 37702547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 37393730 - 37393162
Alignment:
Q  8 tggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaatt 107  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  37393730 tggctttacccatgtattgcaaaccaatttggctgttattcacatccatcattccttgaaagttcttgaagcatgatgttggcaaggggccactaaaatt 37393631  T
Q  108 gttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacc 207  Q
    |||| ||||||  ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37393630 gttactagagacatcataaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgacccatgaagatgatttgatcgtaaacttagcacc 37393531  T
Q  208 tgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagact 307  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| | |    
T  37393530 tgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaaagtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatatgaacagtaagccaaacatt 37393431  T
Q  308 gcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcat 407  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||    
T  37393430 gtggtaatggtccttccaattggtttccattcaattttatagtctcaaatatatttcctttggaaaaggttccaggaatgcttccacagaggttgttcat 37393331  T
Q  408 ttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaactt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||     
T  37393330 ttgcatatccaaaatagagagataagaaaatgttcctagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgaggatataaagggaacta 37393231  T
Q  508 gcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| || |||||||    
T  37393230 gcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttgtttgagagtaaaaagtcttcaatgcca 37393162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 577
Target Start/End: Original strand, 37639088 - 37639622
Alignment:
Q  43 tcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaa 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  37639088 tcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaa 37639187  T
Q  143 atgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaa 242  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  37639188 atgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaa 37639287  T
Q  243 tgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 342  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37639288 tgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 37639387  T
Q  343 tttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttc 442  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||  |||  ||  |||||||    
T  37639388 tttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagtaagagaagttaatgttc 37639487  T
Q  443 ccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaa 542  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  37639488 ccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaa 37639587  T
Q  543 gttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccag 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37639588 gttgttatttgagagtgaaaagtatttaatgccag 37639622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 577
Target Start/End: Original strand, 37823218 - 37823780
Alignment:
Q  15 acccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttatta 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||    
T  37823218 acccatgtattgcaaaccaatttggtcgtcactcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgtta 37823317  T
Q  115 gagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaact 214  Q
    ||||  || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  37823318 gagacatcaaaaattctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaact 37823417  T
Q  215 ctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaa 314  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| || |||||    
T  37823418 ctggtagagtttctagccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaa 37823517  T
Q  315 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcata 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37823518 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcata 37823617  T
Q  415 tccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgc 514  Q
    ||||| | |   |||  |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||    
T  37823618 tccaatacatgaagagaatttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatcgagcatataaagggaactggcattgc 37823717  T
Q  515 agaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccag 577  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37823718 agaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccag 37823780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 577
Target Start/End: Original strand, 37710846 - 37711380
Alignment:
Q  43 tcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaa 142  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  37710846 tcattcaccttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgctggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaa 37710945  T
Q  143 atgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaa 242  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  37710946 atgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaa 37711045  T
Q  243 tgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 342  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37711046 tgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatgatccttccaattggttgccattcaac 37711145  T
Q  343 tttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttc 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||    
T  37711146 tttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaaaacatagagattaggaaatgttc 37711245  T
Q  443 ccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaa 542  Q
    | || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  37711246 ctaggcattgtggaatcatacctttcaaattgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaa 37711345  T
Q  543 gttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccag 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711346 gttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccag 37711380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 37401816 - 37401282
Alignment:
Q  43 tcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaa 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||    
T  37401816 tcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaa 37401717  T
Q  143 atgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaa 242  Q
    ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  37401716 atgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttctagccaatcaggaaa 37401617  T
Q  243 tgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 342  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401616 tgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaac 37401517  T
Q  343 tttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttc 442  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |   |||  ||  |||||||    
T  37401516 tttatagtctcaaatgcatttcctttggtaaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttc 37401417  T
Q  443 ccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaa 542  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  37401416 ccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatcgagcacataaagggaactggcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaa 37401317  T
Q  543 gttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccag 577  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37401316 gttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgccag 37401282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 576
Target Start/End: Original strand, 37532414 - 37532975
Alignment:
Q  15 acccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttatta 114  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| | | |||||||| |||||||||||||| |||    
T  37532414 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatattggcaagggcccactaaaattgttgtta 37532513  T
Q  115 gagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaact 214  Q
    || |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || || |||||||    
T  37532514 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaact 37532613  T
Q  215 ctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaa 314  Q
    || ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| ||||||||| |||||    
T  37532614 cttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactggggtaa 37532713  T
Q  315 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcata 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  37532714 tggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcata 37532813  T
Q  415 tccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgc 514  Q
    ||||| | |   |||  ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||| ||||||||||||    
T  37532814 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgc 37532913  T
Q  515 agaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  37532914 agaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatccaatgcca 37532975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 576
Target Start/End: Original strand, 37593518 - 37594079
Alignment:
Q  15 acccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttatta 114  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  ||    
T  37593518 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 37593617  T
Q  115 gagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaact 214  Q
    || |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || || |||||||    
T  37593618 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaact 37593717  T
Q  215 ctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaa 314  Q
    || ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| ||||||||| |||||    
T  37593718 cttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactgtggtaa 37593817  T
Q  315 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcata 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  37593818 tggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcata 37593917  T
Q  415 tccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgc 514  Q
    ||||| | |   |||  ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |  ||| ||||||||||||    
T  37593918 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgc 37594017  T
Q  515 agaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||| || ||| || |||||||    
T  37594018 agaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgcca 37594079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 576
Target Start/End: Original strand, 37695909 - 37696470
Alignment:
Q  15 acccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaattgttatta 114  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  ||    
T  37695909 acccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgata 37696008  T
Q  115 gagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaact 214  Q
    || |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || || |||||||    
T  37696009 gaaacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaact 37696108  T
Q  215 ctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaa 314  Q
    || ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| ||||||||| |||||    
T  37696109 cttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactgtggtaa 37696208  T
Q  315 tggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcata 414  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  37696209 tggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcata 37696308  T
Q  415 tccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgc 514  Q
    ||||| | |   |||  ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |  ||| ||||||||||||    
T  37696309 tccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgc 37696408  T
Q  515 agaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||| || ||| || |||||||    
T  37696409 agaatgttgaagatatatctcctgtgaaattgttgtttgagagtaaatagtttttaatgcca 37696470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 37383186 - 37382611
Alignment:
Q  1 tagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccac 100  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |   | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| |||     
T  37383186 tagtaattggacttacccatgtattgcaaaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaaattcttgatgcacgatgttggcaagggcccaa 37383087  T
Q  101 taaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaact 200  Q
    |||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||| | |||||||| ||||||    
T  37383086 taaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttgggaaatggatgtttggtgctagagcatgtgattgcgccatgaagtttatttgatcttaaact 37382987  T
Q  201 cagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagcc 300  Q
     ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| || |||| ||| ||||||    
T  37382986 gagcacctgtaattcttgtagagtttcaagccaattgggaaaagtatcctctacgttgttgtctccaaggtccaaaacttcgagttttgtacagtgagcc 37382887  T
Q  301 aaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggt 400  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  37382886 aaagactgtggtaatggtccttccaatcggtttccattcaactttattgtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgtgtccatagaggt 37382787  T
Q  401 tgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaag 500  Q
    ||||||||||||||||||| |  || |||  ||||||||||||||  |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |  |  ||    
T  37382786 tgttcatttgcatatccaataccgaaagagaaggaaatgttcccaagcattgtggaatcatgccagttaaattgttgtgagccaaattgagcacattcag 37382687  T
Q  501 ggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
    ||||||||| ||||| ||||   ||   || ||||||||||||||||| || |||||| ||||||| | |||||||    
T  37382686 ggaacttgcgttgcacaatgaaaaatcaatgtttcctgtgaagttgttgttcgagagtaaaaagtagtaaatgcca 37382611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 576
Target Start/End: Original strand, 37435010 - 37435585
Alignment:
Q  1 tagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccac 100  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||| |||||||  ||||    
T  37435010 tagtaattgttcttacccatgtattgcaaaccaatctggctatcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatacatgatgttggcaaggatccac 37435109  T
Q  101 taaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaact 200  Q
    |||||||||||    ||||||| |||||||| ||||||| ||| | ||| |||||| ||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||||    
T  37435110 taaaattgttaccgaagatgtcaaaaattcttaacttagaaaaaggatggttggtgttagaacaggtgattgaaccattaagtttatttgatcttaaact 37435209  T
Q  201 cagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagcc 300  Q
     || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| | ||  || | || ||| ||||||    
T  37435210 gagtacctgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtatccaaggtccaaaattttgagttctgtacagtgagcc 37435309  T
Q  301 aaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggt 400  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| || ||| |||| ||||||||||  ||||    
T  37435310 aaagattgaggtaatggtccttctaattggttgccattcaactttatagtctcgaaggcatttcctctggaaaaagttttaggcatgcttccattaaggt 37435409  T
Q  401 tgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaag 500  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||  ||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| | ||  |     
T  37435410 tgttcatttgcatatccaaaacggaaagaaaaggaaatgttcccaggcattttggaattatgcctgtcaatttgttgtgggccaaattgagcacgttcat 37435509  T
Q  501 ggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
    ||| ||||| | ||| ||| ||||||| || | ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||    
T  37435510 ggagcttgcttggcacaattttgaagaaatgtctcctgcgaagttgttgtttgagagcaaaaagtattcaatgcca 37435585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 127 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 37413899 - 37413547
Alignment:
Q  127 attctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacctgtaactctggtaaagttt 226  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||    
T  37413899 attctcaacttgggaaatgtatgctttgtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttagcacctgtaactcttgtagagttt 37413800  T
Q  227 ctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagactgcggtaatggtccttccaa 326  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||   || | |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37413799 ctagccaattgggaaatgtatcctctatattgttgtcaccaaggtccagaacttcaagatttatgcactaagccaaagactgtggtaatggtccttccaa 37413700  T
Q  327 ttggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcatttgcatatccaaaatagag 426  Q
    ||| || || |||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||     
T  37413699 ttgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatacaagttgttcatttgcatatccaatatagaa 37413600  T
Q  427 agatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtg 479  Q
    |||  |||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  37413599 agagaaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatgcctgttaaattgttgtg 37413547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 37428352 - 37428562
Alignment:
Q  1 tagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37428352 tagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccac 37428451  T
Q  101 taaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaact 200  Q
    ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||||  ||||||||||||||| |||||| || | |||||||| |||| |    
T  37428452 taaaaattttattatagatgtcgaaaattctcaactt-gggaatggatgtttggtcatagaacaagtgattgtaccatgcagtttatttgatcttaaaat 37428550  T
Q  201 cagcacctgtaa 212  Q
     || ||||||||    
T  37428551 gagaacctgtaa 37428562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 472 - 577
Target Start/End: Original strand, 37594110 - 37594215
Alignment:
Q  472 ttgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 571  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594110 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37594209  T
Q  572 tgccag 577  Q
    ||||||    
T  37594210 tgccag 37594215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 472 - 577
Target Start/End: Original strand, 37711410 - 37711515
Alignment:
Q  472 ttgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 571  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37711410 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 37711509  T
Q  572 tgccag 577  Q
    ||||||    
T  37711510 tgccag 37711515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 469 - 567
Target Start/End: Original strand, 37696498 - 37696596
Alignment:
Q  469 aaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtat 567  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37696498 aaattgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtat 37696596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 472 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 37401252 - 37401147
Alignment:
Q  472 ttgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 571  Q
    ||||||||||||||||||||  |   |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37401252 ttgttgtgagccaaattgagggtacgaagggaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtatcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattcaa 37401153  T
Q  572 tgccag 577  Q
    ||||||    
T  37401152 tgccag 37401147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 472 - 576
Target Start/End: Original strand, 37639652 - 37639756
Alignment:
Q  472 ttgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaa 571  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  37639652 ttgttgtgagccaaattgagggtataaagggaacttgcgttgcggaatgttgaagaaatatttcctgtgaagttgttatttgagagtaaaaagtatacaa 37639751  T
Q  572 tgcca 576  Q
    |||||    
T  37639752 tgcca 37639756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 518
Target Start/End: Original strand, 14552679 - 14553189
Alignment:
Q  8 tggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaaaatt 107  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||    
T  14552679 tggctttacccatgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaatt 14552778  T
Q  108 gttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcagcacc 207  Q
    ||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  14552779 gttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcact 14552878  T
Q  208 tgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaagact 307  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  14552879 tgtaactcttgtagagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgact 14552978  T
Q  308 gcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgttcat 407  Q
    | |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  14552979 gtggtagtggtcctttcaattggtttccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgttcat 14553078  T
Q  408 ttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaactt 507  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  14553079 ttgcatatccaaaatagagagaagaggaaatgtccccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagcatataaagggaactt 14553178  T
Q  508 gcattgcagaa 518  Q
    |||||||||||    
T  14553179 gcattgcagaa 14553189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 16843856 - 16843281
Alignment:
Q  1 tagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccac 100  Q
    ||||||||| || | |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  |||||||| ||| |||||||  ||||    
T  16843856 tagtaattgtccgtgcccatgtattgcaaaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccac 16843757  T
Q  101 taaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaact 200  Q
    |||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||| |||||||||      
T  16843756 taaaattgttgttagagacatcaaaaattctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaac 16843657  T
Q  201 cagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagcc 300  Q
     || |||||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |    
T  16843656 gagtacctgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagtgagac 16843557  T
Q  301 aaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggt 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  16843556 aaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaatgcttccatagaggt 16843457  T
Q  401 tgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaag 500  Q
    ||||||||||||||||||| | |   |||  ||  |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  | |||    
T  16843456 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcctaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattaagcaaattaag 16843357  T
Q  501 ggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
    || |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  16843356 ggtacttgcattgcagaatgttgaagaaatatctcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatacaatgcca 16843281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 4 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 24218588 - 24218020
Alignment:
Q  4 taattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccactaa 103  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||  ||   |  |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | ||| |||| ||| ||||  |    
T  24218588 taattggccttacccatgtattgcaaaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgttggcacggggccacgga 24218489  T
Q  104 aattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaactcag 203  Q
    |||| |||  |||||  ||| ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  24218488 aattattaccagagacatcgtaaattctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgatttgatcgtaaactgag 24218389  T
Q  204 cacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagccaaa 303  Q
     |||||||||||| | | |  ||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| | ||  || |||||||||    
T  24218388 tacctgtaactcttgcagaacttctaaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaa 24218289  T
Q  304 gactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggttgt 403  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || || ||| |||| |||||||||| ||||||||    
T  24218288 gactgtggtaatggtccctccaattggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgt 24218189  T
Q  404 tcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaaggga 503  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||||||| |  |  |||||    
T  24218188 tcatttgcatatccaatacagaaagataaggaaatgttcccaggcattgtggaatcgttcctgttaaattgttgttagccaaattgagcaaattcaggga 24218089  T
Q  504 acttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaat 572  Q
    |||||||||||| | ||   |||  || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24218088 acttgcattgcacagtgacaaagcaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagtgaaaagtattgaat 24218020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 1 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 16846523 - 16845945
Alignment:
Q  1 tagtaattggccttacccatgtactgcaaaccaatttggctatcattcacattcatcattccttgaaaattcctgatgcatgttgtcggcaagggaccac 100  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||   |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||| || ||||    
T  16846523 tagtaattgacctttcccatgtactgcaaaccagttttattatcattcgcgttcatcattccttgaaaattcttgatacatgatgttggcaacggtccac 16846424  T
Q  101 taaaattgttattagagatgtcgaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagatgatttgatcgtaaact 200  Q
    | || |||||||   ||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |||||| | ||||||    
T  16846423 tgaatttgttatcgaagatgtccaaaattctcaattt-ggaaatggatgcttggtgctagaacatgtgattgaaccataaagtttatttgaccttaaact 16846325  T
Q  201 cagcacctgtaactctggtaaagtttctagccaattgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaatacttcaagatttgaacattgagcc 300  Q
     || || ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||     
T  16846324 gagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagct 16846225  T
Q  301 aaagactgcggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatcgaggt 400  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||    
T  16846224 aaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtgacaaacacatttcctttggaaaaggttctaggaatgcttccaaagaggt 16846125  T
Q  401 tgttcatttgcatatccaaaatagagagatgaggaaatgttcccagacattgtgga----atcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaatgt 496  Q
    ||||||||||||||||||| | |   |||  ||  ||||||||||  |||||||||    ||||||| | | |||||||||||||||||||||||||       
T  16846124 tgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaagcattgtggaatatatcatacatattaaattgttgtgagccaaattgagaacaa 16846025  T
Q  497 aaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtattgaatgcca 576  Q
      ||| |||||||| |||||||||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||    
T  16846024 tcaggaaacttgcactgcagaatgtggaagacatatcttctgtgaagttgttgtttgagagcaaaaagtatttaatgcca 16845945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 469 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 16843253 - 16843146
Alignment:
Q  469 aaattgttgtgagccaaattgagaatgtaaagggaacttgcattgcagaatgttgaagagatatttcctgtgaagttgttatttgagagtgaaaagtatt 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |  | | ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  16843253 aaattgttgtgagccaaattgagaacattcaagaaacttgcattgcagaatgttgaagaaatgtctcctgtgaagttgttgtttgagagcgaaaagtatt 16843154  T
Q  569 gaatgcca 576  Q
    ||| ||||    
T  16843153 gaaggcca 16843146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University