View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20198_low_4 (Length: 483)

Name: NF20198_low_4
Description: NF20198
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20198_low_4
NF20198_low_4
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (62-458)||(20293045-20293441)
chr7 (201-465)||(20090319-20090569)
chr7 (62-451)||(20302247-20302636)
chr7 (8-458)||(20063778-20064213)
chr7 (12-157)||(20090564-20090709)
chr7 (62-458)||(20287674-20288073)
chr7 (90-451)||(20242064-20242425)
chr7 (8-458)||(20300120-20300567)
chr7 (72-460)||(20169302-20169690)
chr7 (8-458)||(20272184-20272634)
chr7 (62-451)||(20230086-20230475)
chr7 (66-446)||(20277986-20278366)
chr7 (9-446)||(20282507-20282945)
chr7 (265-452)||(20262857-20263044)
chr7 (90-202)||(20262697-20262809)
chr7 (334-457)||(19937723-19937846)
chr7 (334-457)||(19968862-19968985)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (62-458)||(40825067-40825464)
chr4 (62-458)||(40820400-40820796)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 62 - 458
Target Start/End: Original strand, 20293045 - 20293441
Alignment:
Q  62 ttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagt 161  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||| |  |||||||||||||||| ||| |  | |||| | |||||||||    
T  20293045 ttatggtatatgtggggcctttgcaagctgtagttcattgagctcaccaatatgtagctgtttgagaggatttgtacccagaaacatagaagaatggagt 20293144  T
Q  162 agaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaat 261  Q
    | | |||| ||||| ||||| |||| |||||||| ||||||   |||| ||| ||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  20293145 aaacataattggaccggtgggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatgggtttttgaaat 20293244  T
Q  262 tgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattc 361  Q
    |||||||||||||| | || ||||||| ||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||| ||||||||||    
T  20293245 tgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtagctgttacaccagaaatatgcagaagcttatgtttgcataattgctcctgcattgcgtattc 20293344  T
Q  362 tcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcc 458  Q
    ||| ||  ||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  20293345 tcatgattctgggattggctgtatgtcttggactggaaatctacttgacatacatcaactccaaagtggaggactcgatctatatgttcgtgtagcc 20293441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 201 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 20090569 - 20090319
Alignment:
Q  201 ttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||||  |||    
T  20090569 ttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaagttccagattttgcagaaggtgtag 20090470  T
Q  301 ctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaa 400  Q
    ||||  |||| || |||||||| || ||||| ||| | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||              |||||||    
T  20090469 ctgttgcaccagaaatatgcagcagcttatgtttgcataattgctcctgcgttgcgtattgtcacgacactgagattgg--------------ctggaaa 20090384  T
Q  401 tttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagccaacacag 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20090383 tttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcccacacag 20090319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 62 - 451
Target Start/End: Original strand, 20302247 - 20302636
Alignment:
Q  62 ttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagt 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| | | || || ||||  ||||||| ||| ||||| || |  | |||| | ||||||| |    
T  20302247 ttatggtatttgcggggcatttgcaatttgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccaatcaacatacaggaatggaat 20302346  T
Q  162 agaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaat 261  Q
    ||||| || |||||| |||| |||| |||||| | | ||||   |||| ||| ||| ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  20302347 agaaacaattggactagtgggtgtgttaggagaagatctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaaccacaagtacaaaagaagatgggtttttgaaat 20302446  T
Q  262 tgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattc 361  Q
    || ||||||||||| | || ||||||| ||||||  ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| || ||    
T  20302447 tgcagatggttaaagttcccgattttgcagaaggtgtagctgttacaccagatatatgcagaagcttatgcttggagaattgctcttgcactgcatactc 20302546  T
Q  362 tcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcg 451  Q
      ||||  ||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20302547 caacgatgctgggattggctgcatgtcttggactgggaatttacttgacatacaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcg 20302636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 8 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 20064213 - 20063778
Alignment:
Q  8 tgagaagaaataagtgctagttacatggactagccaaaagtcatagtacgatcgttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactca 107  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||  |||   |||||||  ||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||    
T  20064213 tgaggagaaagaagtgcaagttacatggactagccgaaaatcagagtgtgatgtatatggtacatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgaacaca 20064114  T
Q  108 ccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgt 207  Q
    || |||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||| |||||| |||||||| ||||| |||| |||||||| | | || |  |    
T  20064113 ccaatatgcagctgtttgaaaggatttgaacctaggagcatacaggaatggaatagaaacaactggacaggtgggtgtgttaggaggacatcattgaaat 20064014  T
Q  208 gtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgac 307  Q
    || |||          |||||     | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |   |||||||||| |||    
T  20064013 gtgaaa----------caaaa-----agtacaaaagaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaagttcctgattttgcaagtggaatagctgagac 20063929  T
Q  308 acctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttattt 407  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||  ||| |||||| ||||||  ||||||||| || ||| ||    
T  20063928 accggacatatgcagaaggttatgcttggagaattgctcttgcactgcgtactctaacgatgctgggattggttgtatgacttggactgggaacttactt 20063829  T
Q  408 gacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcc 458  Q
    |||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20063828 gacatacaacaactccaaatgggaggacttgatctatattttcgcgtagcc 20063778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 20090709 - 20090564
Alignment:
Q  12 aagaaataagtgctagttacatggactagccaaaagtcatagtacgatcgttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20090709 aagaaataagtgctagttacatggacaagccaaaagtcatagtacgatcgttatggcatttgtggggcatttgcaacgtgtaattaattgaactcaccga 20090610  T
Q  112 tatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatg 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20090609 tatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatattaatg 20090564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 458
Target Start/End: Original strand, 20287674 - 20288073
Alignment:
Q  62 ttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagt 161  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||  |||| ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | || || | | || |||| |    
T  20287674 ttatggtatatgtggggcattcgcaagctgtagttcattgaagttaccaatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacaggagtggaat 20287773  T
Q  162 agaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaag---gaagatgggtttttga 258  Q
    ||| | |||||||||||||| |||| ||| |||| || |||   |||| ||| ||| || || || ||||||| |||||||   |||||||| |||||||    
T  20287774 agacacaactggactggtgggtgtgttagaaggatacttttgcagtgtgaaagggtcaataataacaccacaagtacaaagaaggaagatggatttttga 20287873  T
Q  259 aattgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgta 358  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||   |||  | ||||| |||||||| |||||   |||||| ||||||||||||||| |||| ||    
T  20287874 aattgaagatggttaaagttcctgattttgcacaaggttcagcacttacaccagacatatgtagaagccgatgcttagagaattgctcttgcattgcata 20287973  T
Q  359 ttctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcc 458  Q
    |||||||  | ||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| || |||| ||| ||||| || ||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||    
T  20287974 ttctcacaccgctgggattggttgtatgtcttggactgggaatctaattgatatacaacaattcaaaaatggagggcttgatttatatgttcgtgtagcc 20288073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 90 - 451
Target Start/End: Original strand, 20242064 - 20242425
Alignment:
Q  90 tgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaaataactggactggtggatgtgcta 189  Q
    ||||||||||||| ||||||  | |||| |||||||| |||||||||||| |  |  |    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||    
T  20242064 tgtaattcattgagctcaccagtttgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtgaatggagtagaaacaactggactggcgggtgtgtta 20242163  T
Q  190 ggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaaatacctgattttgt 289  Q
    ||  || ||||||  ||||| ||| ||| | ||| |||||||||| || |||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||| | || |||||||     
T  20242164 ggcagagacctttgctgtgtaaaagggtcaccaataaaaccacaagtagaaaggaagatgggtttctgaaactacagatggttaaagttccagattttgc 20242263  T
Q  290 agaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtat 389  Q
     |||||  |||| || |||||||||| ||||||||  ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||  |   || |||||||||||||| |    
T  20242264 tgaaggtttagcagttacacctgacacatgcagaatcttatgtttagagaattgctcttgtgttgcgtattctcatcatgatgtgattggctgtatgtct 20242363  T
Q  390 tggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcg 451  Q
    ||||| || ||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  20242364 tggaccggcaatctacttgacatagaacaattcgaaattggaggacttgacctatatgttcg 20242425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 458
Target Start/End: Original strand, 20300120 - 20300567
Alignment:
Q  8 tgagaagaaataagtgctagttacatggactagccaaaagtcatagtacgatcgttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactca 107  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |     ||| |||  ||| |||||||||| || |||| ||||||||  |||| |||| | |  |||    
T  20300120 tgagaggaattaagtgcaagttacatggactagtcgggtttcagagtgtgatggttatggtatatgcggggtatttgcaagctgtagttcactaagttca 20300219  T
Q  108 ccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgt 207  Q
    || || ||||  ||||||| || ||||||||| | |   ||| | ||||||| |||||| || ||||||||||| ||||  ||||||| | ||||   ||    
T  20300220 ccaatttgcacctgtttgaaagaatttgaacccaagtcgatacaagaatggaatagaaacaattggactggtgggtgtgtcaggaggacagcttttcagt 20300319  T
Q  208 gtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgac 307  Q
    || ||| ||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| | ||||| |||| ||||||  |||||||  |    
T  20300320 gttaaagggtcaacaataaaaccaccagtacaaaggaagatggatttttgatattgcagatggttaaagttcctgaatttgcagaaggtgtagctgttgc 20300419  T
Q  308 acctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttattt 407  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||  |||  ||||| ||||||| ||||||| | ||| || ||    
T  20300420 accagacatatgcagaagcttatgcttgtagaattgctcatgcgttgcgaattctcatgatgctggaattggttgtatgtcttggactaggaatctaatt 20300519  T
Q  408 gacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcc 458  Q
    || ||   |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  20300520 gatat---acaactagaaagtggaggacttgatctatatgttcgagtagcc 20300567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 72 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 20169690 - 20169302
Alignment:
Q  72 tgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaaataact 171  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||| | ||| |  ||||||||||| |||||||| |  | |||| |  |||||| || | ||||||    
T  20169690 tgtggggcatttgcaagttgtaattcattgagctcaccaacatgtagctgtttgagagggtttgaacccagaaacatagaacaatggaatatacataact 20169591  T
Q  172 ggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggt 271  Q
    |||| ||||| |||| | | |||| ||||||   |||| ||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  | ||| |    
T  20169590 ggaccggtgggtgtgttcgaaggacacctttgcagtgtgaaagggtcaacaataaaaccacaagtacaaaggaagatgggtttttgaaactacaaatgat 20169491  T
Q  272 taaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacact 371  Q
    |||| | || |||||||  |||||  |  |||| ||| | ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||   |    
T  20169490 taaagttccagattttgctgaaggtttgactgttacatcagacatatgcagaagcctatgcttggagaattgctcttgccttgcatattctcatgatgat 20169391  T
Q  372 gagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagccaa 460  Q
    | |||||| ||||||| |||||| || ||| ||  ||||||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  20169390 gggattggttgtatgtcttggaccggcaatctacgtgacatacaacaatttcaaagaggaggacttgatctatatgttcgcgtagccaa 20169302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 8 - 458
Target Start/End: Original strand, 20272184 - 20272634
Alignment:
Q  8 tgagaagaaataagtgctagttacatggactagccaaaagtcatagtacgatcgttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactca 107  Q
    |||||||||| |||| |  ||||||||||| |||| | | ||| |||  |||  ||||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||| || ||||    
T  20272184 tgagaagaaagaagttcatgttacatggacaagccgagattcagagtgtgatgtttatggtatatgtggcgcatttgcaatctgtagttcatcgacctca 20272283  T
Q  108 ccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgt 207  Q
    || |||||||  ||| ||| ||||||||||||||  |  |||  ||||||||  | ||| |||||| ||||||| |||| ||||| || ||||||   ||    
T  20272284 ccaatatgcagctgtctgaaaggatttgaacctaaaaatatacgtgaatggaaaataaacaactggtctggtgggtgtgttaggaagacacctttgcagt 20272383  T
Q  208 gtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgac 307  Q
    |  ||| |||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |  ||| | ||||| | || |||||||  |||||  ||   || ||    
T  20272384 gcgaaagggtccacaataaaaccacaagtacaaaggaagatgggattttgaaactacagacgattaaagttccagattttgctgaaggtttaatcgttac 20272483  T
Q  308 acctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttattt 407  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||   || |||||||||||||   ||||||| |||| || ||    
T  20272484 acctgacatatgcagaagcctatgcttggagaattgctcttgccttgcatattctcatgatgatgggattggctgtatgctgtggactgcaaatctactt 20272583  T
Q  408 gacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcc 458  Q
    |||||| |||| || ||||  |||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  20272584 gacatacaacagcttgaaatgggaggactcgatctatatgttcgtatagcc 20272634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 62 - 451
Target Start/End: Original strand, 20230086 - 20230475
Alignment:
Q  62 ttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagt 161  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||  ||||||||||||| | | || || ||||  ||||||| ||| ||||| ||   || |||| | ||||||| |    
T  20230086 ttatggtctatgtggggcatttacaagctgtaattcattgagcacgccaatttgcagctgtttgaaagggtttgatccggtgaacatacaggaatggaat 20230185  T
Q  162 agaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaat 261  Q
    ||||| ||||||||||| || |||| |||| ||||||| ||   |||| ||| | |   ||| |||||||||  || ||||||||| ||||||||||||     
T  20230186 agaaacaactggactggcgggtgtgttaggcggaaaccattgcagtgtaaaaggatcggcaataaaaccacaggtagaaaggaagacgggtttttgaaac 20230285  T
Q  262 tgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattc 361  Q
    |  ||||||||||| | || |||||||  |||||  |||  | ||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20230286 tacagatggttaaagttccagattttgctgaaggtttagaagggacacctgacagatgcagaatcttatgtttggagaattgctcttgtgttgcgtattc 20230385  T
Q  362 tcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcg 451  Q
    ||| ||   || |||||||||||||| |||||| || ||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||    
T  20230386 tcatgatgatgggattggctgtatgtcttggaccggcaatctacttgacatacaacaattccaaagtggaggacttgacctatatgttcg 20230475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 66 - 446
Target Start/End: Original strand, 20277986 - 20278366
Alignment:
Q  66 ggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaa 165  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||  |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||  | |||| | ||||||| | ||     
T  20277986 ggtatatgtggggcatttgcaagctgtagttcattgttctcaccaatatgtatctgtctgagaggatttgaacctagaaacatacaagaatggaatggac 20278085  T
Q  166 ataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaa 265  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||||| |   ||||   ||||   | || |||||| |||||||||   | ||||||||||| ||||||||||||  |    
T  20278086 ataactggaccggtgggtgtgttaggagaaccactttgcagtgtagtagggataacaataaaaccacacggagaaaggaagatgcgtttttgaaattaca 20278185  T
Q  266 gatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcac 365  Q
    || ||| ||| |||| | |||||  ||||   ||||||| ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||     
T  20278186 gacggtgaaagtaccagcttttgctgaagctttagctgttacaccagacatttgcagaagcctatgcttggagaattgttcttgccttgcatattcccat 20278285  T
Q  366 gacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatat 446  Q
    ||  | | ||||||||||||||  ||||| || ||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20278286 gattccgtgattggctgtatgtcgtggacagggaaactacttgacatacaacaactcgaaagtggaggacttgatctatat 20278366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 9 - 446
Target Start/End: Original strand, 20282507 - 20282945
Alignment:
Q  9 gagaagaaataagtgctagttacatggactagccaaaagtcatagtacgatcgttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcac 108  Q
    ||||||||| ||||  | ||||||||||  |||||| | ||| |||  |||  ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||  |||||    
T  20282507 gagaagaaagaagttattgttacatggagaagccaagactcagagtgtgatgcttatggtatatgtggggcatttgcaagctgtaattcattggtctcac 20282606  T
Q  109 cgatatgcattt--gtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatg 206  Q
    | ||||| || |  || ||||||||||||||||||  | |||| | ||||||| || | |||||||||| ||||| |||| |||||| |  |||||   |    
T  20282607 caatatgtatctctgtctgagaggatttgaacctagaaacatacaagaatggaatatacataactggaccggtgggtgtgttaggagaacccctttgcag 20282706  T
Q  207 tgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaattgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtga 306  Q
    |||   |||| |||||| ||||||||| | | ||||||| |||  ||||| ||| |  ||||||| ||| |||| | |||||  ||||   ||||||| |    
T  20282707 tgtggcaaggctaacaataaaaccacacagagaaaggaatatgc-tttttcaaactacagatggtgaaagtaccggcttttgctgaagctttagctgtta 20282805  T
Q  307 cacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatt 406  Q
    |||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || ||  | | ||||||||||||||  ||||| || ||  || |    
T  20282806 caccagacatttgcagaagcctatgcttggagaattgttcttgccttgcatattcccatgattccgtgattggctgtatgtcgtggacagggaaactact 20282905  T
Q  407 tgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatat 446  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20282906 tgacatacaacaactccaaagtggaggacttgatctatat 20282945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 265 - 452
Target Start/End: Original strand, 20262857 - 20263044
Alignment:
Q  265 agatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattctca 364  Q
    ||||||||||| | || |||||||  |||||  |||| ||  ||||||||| ||||| ||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20262857 agatggttaaagttccagattttgctgaaggtttagcagttgcacctgacaaatgcaaaatcttatgtttggagaattgctcttgtgttgcgtattctca 20262956  T
Q  365 cgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgt 452  Q
      |   || |||||||||||||| ||||||  ||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||    
T  20262957 tcatgatgtgattggctgtatgtcttggacccgaaatctacttgacatacaacaattccaaagtggaggacttgacctatatattcgt 20263044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 202
Target Start/End: Original strand, 20262697 - 20262809
Alignment:
Q  90 tgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagtagaaataactggactggtggatgtgcta 189  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |  |  |    ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||    
T  20262697 tgtaattcattgagctcaccggtatgcagttgtttgaaaggatttgaacccagaaatactcgtgaatggagtagaaacaactggactggcgggtgtgtta 20262796  T
Q  190 ggaggaaaccttt 202  Q
    || ||| ||||||    
T  20262797 ggcggagaccttt 20262809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 334 - 457
Target Start/End: Original strand, 19937723 - 19937846
Alignment:
Q  334 tggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggagg 433  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| | ||  |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||  || |||||||| || || ||  || ||||||    
T  19937723 tggagaattgctcttgtgttgcatattcttatgatgctgacattggttgtatgtcttggactgggaacctagttgacatacaaaaattctcaaatggagg 19937822  T
Q  434 acttgatctatattttcgtgtagc 457  Q
    ||||||  | ||| ||||||||||    
T  19937823 acttgacttgtatattcgtgtagc 19937846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 334 - 457
Target Start/End: Original strand, 19968862 - 19968985
Alignment:
Q  334 tggagaattgctcttgcgttgcgtattctcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggagg 433  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| | ||  |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||  || |||||||| || || ||  || ||||||    
T  19968862 tggagaattgctcttgtgttgcatattcttatgatgctgacattggttgtatgtcttggactgggaacctagttgacatacaaaaattctcaaatggagg 19968961  T
Q  434 acttgatctatattttcgtgtagc 457  Q
    ||||||  | ||| ||||||||||    
T  19968962 acttgacttgtatattcgtgtagc 19968985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 62 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 40825464 - 40825067
Alignment:
Q  62 ttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagt 161  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||  |||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || || | | || |||| |    
T  40825464 ttatggtatatgtggggcattttcaagctgtagttcattgaagttaccgatatgcagttgtttgagaggatttgaacccaggaacaaacaggagtggaat 40825365  T
Q  162 agaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaat 261  Q
    ||| | |||||||| ||||| |||| ||| |||| || |||   |||| ||||||| || || || || |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40825364 agacacaactggacaggtgggtgtgttagaaggacacttttgcagtgtgaaaaggtcaataataagacaacaagtacaaaggaagatgggtttttgaaat 40825265  T
Q  262 tgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattc 361  Q
    || ||||||||||| | |||||||||| | || |   ||| || ||||| |||||||| | |||   |||| | ||||||||||||||| |||| |||||    
T  40825264 tgcagatggttaaagttcctgattttgcacaaagttcagcagttacaccagacatatgtaaaagccaatgcatagagaattgctcttgcattgcatattc 40825165  T
Q  362 tcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaac-aactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcc 458  Q
    ||||  ||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||| || |||| ||| ||| || || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  40825164 tcacaccactgggattggttgtatgtcttggactggcaatctaattgatatacaacaaattctaaaatggaggacttgatctatatgttcgtgtagcc 40825067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 62 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 40820796 - 40820400
Alignment:
Q  62 ttatggtatttgtggggcatttgcaacgtgtaattcattgaactcaccgatatgcatttgtttgagaggatttgaacctacgagcatatatgaatggagt 161  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||  |||| || ||||| ||| || ||||| |  ||||| |||||||||| ||| |  | |||| | |||||||||    
T  40820796 ttatggtatatgtgcagcatttgcaagctgtagtttattgagctcgccaatatgtagctgttttagaggatttgtacccagaaacatagaagaatggagt 40820697  T
Q  162 agaaataactggactggtggatgtgctaggaggaaacctttaatgtgtcaaaaggttaacaacaaaaccacaaatacaaaggaagatgggtttttgaaat 261  Q
    | | |||| ||||| ||| | |||| |||||||| ||||||   |||| ||| | | | ||| |||||||| | |||||||||| |||||||||||||||    
T  40820696 atacataattggacgggtcggtgtgttaggaggacacctttggagtgtgaaaggatcagcaataaaaccacgagtacaaaggaaaatgggtttttgaaat 40820597  T
Q  262 tgaagatggttaaaatacctgattttgtagaaggaatagctgtgacacctgacatatgcagaagattatgcttggagaattgctcttgcgttgcgtattc 361  Q
    || |   |||| || |  | || |||| ||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||  || | |||||||| ||||||||||||||    
T  40820596 tgcatgcggttgaagtttcagaatttgcagaaggtgtagctgttacaccagacatatgcagaagcttatgtctgcacaattgctcctgcgttgcgtattc 40820497  T
Q  362 tcacgacactgagattggctgtatgtattggactggaaatttatttgacatagaacaactcgaaagtggaggacttgatctatattttcgtgtagcc 458  Q
    ||| ||  ||| |||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  40820496 tcatgattctgggattggctgtatgtcttggactgggaatctacttgacatacatcaactccaaagtggaggactcgatctatatgttcgtgtagcc 40820400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University