View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20200_low_2 (Length: 623)

Name: NF20200_low_2
Description: NF20200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20200_low_2
NF20200_low_2
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-607)||(29965039-29965645)
chr5 (1-607)||(30009153-30009759)
chr5 (9-526)||(29953779-29954296)
chr5 (1-458)||(30007319-30007776)
chr5 (7-485)||(30001209-30001684)
chr5 (1-456)||(30043224-30043679)
chr5 (9-451)||(29946818-29947261)
chr5 (1-458)||(29995530-29995986)
chr5 (1-458)||(30067739-30068196)
chr5 (7-536)||(29944844-29945376)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (119-210)||(31890612-31890703)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 559; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 607
Target Start/End: Original strand, 29965039 - 29965645
Alignment:
Q  1 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965039 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 29965138  T
Q  101 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  29965139 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatatttggttagaaaacgctgatgagttttatcc 29965238  T
Q  201 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965239 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 29965338  T
Q  301 ttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaat 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29965339 ttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagcccttccaatttgaatatggaagagaaat 29965438  T
Q  401 ttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacattatta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965439 ttggagtcactataccaagggctcaacatttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacattatta 29965538  T
Q  501 tgcttgtattcaacaagtttattactggtaaagatgttataagttggtctaatggtgcttgaatagattaagttaatgagtattgctagtttttattata 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29965539 tgcttgtattcaacaagtttattactagtaaagatgttataagttggtctaatggtgcttgaatagaataagttaatgagtattgctagtttttattata 29965638  T
Q  601 tgttaat 607  Q
    |||||||    
T  29965639 tgttaat 29965645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 30009759 - 30009153
Alignment:
Q  1 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009759 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 30009660  T
Q  101 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30009659 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatatttggttagaaaacgctgatgagttttatcc 30009560  T
Q  201 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009559 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 30009460  T
Q  301 ttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaat 400  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30009459 ttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagcccttccaatttgaatatggaagagaaat 30009360  T
Q  401 ttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacattatta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009359 ttggagtcactataccaagggctcaacatttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacattatta 30009260  T
Q  501 tgcttgtattcaacaagtttattactggtaaagatgttataagttggtctaatggtgcttgaatagattaagttaatgagtattgctagtttttattata 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30009259 tgcttgtattcaacaagtttattactagtaaagatgttataagttggtctaatggtgcttgaatagaataagttaatgagtattgctagtttttattata 30009160  T
Q  601 tgttaat 607  Q
    |||||||    
T  30009159 tgttaat 30009153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 9 - 526
Target Start/End: Original strand, 29953779 - 29954296
Alignment:
Q  9 ttacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggatat 108  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  29953779 ttacttagagatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgcacccttattactccctcgtgaatgtagagagagtgtaacaattgatggatat 29953878  T
Q  109 tttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagagat 208  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  29953879 tttataaaggaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgccgaagaattttacccagagagat 29953978  T
Q  209 ttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggttac 308  Q
    | | ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||||| || ||    
T  29953979 tcattggcaagaaaatgaattatcaaggacaagagtttgaatctctaccatttggttctggccgcagacgttgtcctggaattcaatcgggtttagtgac 29954078  T
Q  309 tgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaatttggagtc 408  Q
     ||||  || ||| | || |||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  29954079 cgttaagttggttattgcccaattggtgcattgttttgattgggaacttccatataatatcagtccttccaatttgaatatggaggagaaatttggactc 29954178  T
Q  409 actataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacattattatgcttgta 508  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||    
T  29954179 actataccaagagctcaacacttgcatgtaataccgacttatcgtttggcatgtgatgacagggttgaataggttcaagaaggacaatattatgcttgta 29954278  T
Q  509 ttcaacaagtttattact 526  Q
    | ||| ||||||||||||    
T  29954279 tgcaataagtttattact 29954296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Original strand, 30007319 - 30007776
Alignment:
Q  1 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30007319 aagtttaattacttagatatggttgttgatgaaaccttaagactttatcctgttggacccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaattg 30007418  T
Q  101 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatcc 200  Q
    ||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  30007419 atggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattgggagagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaattttaccc 30007518  T
Q  201 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 300  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  30007519 agagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctataccatttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggt 30007618  T
Q  301 ttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaat 400  Q
    ||  |||  ||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  30007619 ttaattatcgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaacttccacataatattagtccttccaatttgaatatggaggagaaat 30007718  T
Q  401 ttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttgga 458  Q
    ||||| || |||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30007719 ttggactctctataccaagagctcagcatttgcaggcaataccgagttatcgtttgga 30007776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 7 - 485
Target Start/End: Original strand, 30001209 - 30001684
Alignment:
Q  7 aattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggat 106  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||| ||| |||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  30001209 aattacctagatatggtggttgatgaaaccttaagactttatcctgttgcacctttattaatccctcgtgaatgtagagagaacataacaattgatgatt 30001308  T
Q  107 attttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagag 206  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |  |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  30001309 attctataaaagaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggcaattgggagagatcctgatgtttggtcagaaaatgctgaagaattttacccagagag 30001408  T
Q  207 atttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggtt 306  Q
    ||||| ||| || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  30001409 atttattgagaaaaaaatgaattatctcggacaagagtttgaatctataccatttggttctggtcgtagacgttgtcctggaattcaattgggtatgatt 30001508  T
Q  307 actgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaatttggag 406  Q
    || ||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||     
T  30001509 acggttaagttggttatagctcaattcgtgcattgctttaactgggaacttccacataatattagtccttccaatttgaatatggaggagaaatttggac 30001608  T
Q  407 tcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtcca 485  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||   |||||  |||||||||||| ||||    
T  30001609 tcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccaagttatcgtttgga---tgatgctaagcttgaatagttcca 30001684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 30043679 - 30043224
Alignment:
Q  1 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| || | |||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  30043679 aagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccccgtagcaccgttactagtccctcgtgaatctagagagagcacaacaattg 30043580  T
Q  101 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatcc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||    
T  30043579 atggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctaaagaattttaccc 30043480  T
Q  201 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 300  Q
    ||||||||||   || || |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  30043479 agagagatttgtagagaaaaaaatgaattatcttggacaagagtttgaatctataccatttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggt 30043380  T
Q  301 ttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaat 400  Q
    ||  ||||||||| ||| ||| ||||||||||  | ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||    
T  30043379 ttaattactgttaaattggttatagctcaatttatccattgttttaactgggaacttccacataatattagtccctccaatttgaatatggaggagaaat 30043280  T
Q  401 ttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttg 456  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  30043279 ttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccgagttatcgtttg 30043224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 9 - 451
Target Start/End: Original strand, 29946818 - 29947261
Alignment:
Q  9 ttacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggatat 108  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  29946818 ttacttagatatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgcacccttgttactccctcgtgaatgtagagagagtataacaattgatggatat 29946917  T
Q  109 tttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagagat 208  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||  ||| || ||| ||||||| ||||    
T  29946918 tttataatggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagagagagattctagtgtttggtcagaaaattatgaagaatttcatccagaaagat 29947017  T
Q  209 ttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggttac 308  Q
    ||| ||| | ||||||||||||| |||||||  | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || |||||||| | ||    
T  29947018 ttattgacatgaaaatgaattatgaaggacataagtttaaatctataccatttggttctggtcgtagacgttgtcctggaattgaaatgggtttgatcac 29947117  T
Q  309 tgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaatttggagtc 408  Q
      ||| | | ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| || ||    
T  29947118 aattaaaatggttatagctcaattggtacattgctttaattgggaacttccatgtaatattagtccttccaatttgaatatggaggagaaatttaga-tc 29947216  T
Q  409 a--ctataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatc 451  Q
    |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29947217 actctattccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatc 29947261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Original strand, 29995530 - 29995986
Alignment:
Q  1 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| || | |||||||| | |||||| |||| || |||||    
T  29995530 aagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccctgttgcaccattactagtccctcgtgagtctagagagagcacaataattg 29995629  T
Q  101 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatcc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  29995630 atggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgccgaagaattttatcc 29995729  T
Q  201 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 300  Q
    ||||||||||| ||| || ||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  29995730 agagagatttattgagaa-aaactgaattatctcggacaagagtttgaatctataccatttggttctagtcgtaggcgttgtcctggaattcaattgggt 29995828  T
Q  301 ttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaat 400  Q
    ||  ||||  |||  || ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||||| || ||||    
T  29995829 ttaattacgattaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagttcttctagtttgaatatggaggaaaaat 29995928  T
Q  401 ttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttgga 458  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29995929 ttggactcactataccaagaactcaacatttgcatgcaataccaagttatcgtttgga 29995986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 30068196 - 30067739
Alignment:
Q  1 aagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||| ||||||| || | |||| | |||||||||| | |||||||||||    
T  30068196 aagttgaattacttagatatggtggttgatgaaaccttaagactgtatcctgttgcacccttactagtccctcctaaatgtagagagaacataacaattg 30068097  T
Q  101 atggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatcc 200  Q
    |||  ||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  30068096 atgattattttataaaggaaaagacgagaattatggtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaagaattttatcc 30067997  T
Q  201 agagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggt 300  Q
    | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||  | ||||||||| ||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  30067996 aaagagatttattgaaaagaaaatgaattatcaaagacaagagtttgaaagtttaccatttgattatggtcgtagacgttgccctggaattcaattgggt 30067897  T
Q  301 ttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaat 400  Q
    ||   ||||||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || | | ||||||||||||| |||||||    
T  30067896 ttaactactgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaactttcacataatattagtccattcaatttgaatatggaggagaaat 30067797  T
Q  401 ttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttgga 458  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30067796 ttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccaagttatcgtttgga 30067739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 7 - 536
Target Start/End: Original strand, 29944844 - 29945376
Alignment:
Q  7 aattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggat 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |    
T  29944844 aattacttagatatggtggttgatgaaactttaagacttcatccagtttcacccttcttactccctcgtgaatgtagagagaacataacaattgatggtt 29944943  T
Q  107 attttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagag 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  29944944 attttgtaaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatttacaatagcgagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaagaattttgtccagagag 29945043  T
Q  207 atttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggtt 306  Q
     |||| | |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||       
T  29945044 gtttattaataagaaattgaattatgaaggacaagagtttgaaagtataccatttggatttggtcgtaggcgttgccctggaattcaattggctttgagg 29945143  T
Q  307 actgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaatttggag 406  Q
    |||||||| ||     |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||     
T  29945144 actgttaggttaagcatagctcaattggtgcattgctttaattggaaacttccatataatattagtccttctaatttgaacatggatgagaaatttggac 29945243  T
Q  407 tcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaa---taggtccataaaggacattattatgc 503  Q
       ||||||  || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||  |||||||||   ||| ||||  | ||||| |||||||     
T  29945244 aatctatacatagagctcaacacttacacgcaataccaagttatcgtttggcaggtgatggcaagcttgaatagtagttccaagagggacaatattatgt 29945343  T
Q  504 ttgtattcaacaagtttattactggtaaagatg 536  Q
    ||| |||||||||| |||||||| |||||||||    
T  29945344 ttgcattcaacaaggttattactagtaaagatg 29945376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000006; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 119 - 210
Target Start/End: Original strand, 31890612 - 31890703
Alignment:
Q  119 aaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagagattt 210  Q
    |||||||| || || || ||||||||||| | |||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||   |||||||||||||||||||    
T  31890612 aaaagacaagaattttaataaatgcatggacaatagggagagacactaatgtttggtcggataatgctgagacgttttatccagagagattt 31890703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University