View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20202_low_1 (Length: 1014)
Name: NF20202_low_1
Description: NF20202
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20202_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 803; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 803; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 907
Target Start/End: Complemental strand, 4774853 - 4773947
Alignment:
| Q |
1 |
gtaagaaaaagtttataagagatcatgcatttctctctacaaatccttagatattgtaaagataattagttagtttctatnnnnnnnnnnnntctgttgg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
4774853 |
gtaagaaaaagtttataagagatcatgaatttctctctacaaatccttagatattgtaaagataattacttagtttctataaaaaaaaaaaatctgttgg |
4774754 |
T |
|
| Q |
101 |
gaccattggagaatacttgccgttgcaaccttccccagcttcaatctgtcacgtacatgctatgaaaatatgttaaataaaatagaggattctctttata |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
4774753 |
gaccattggaaaatacttgccgttgcaaccttccccagcttcaatctgtcacgtacatgctataaaaatatgttaaataaaatagaggaatcactttata |
4774654 |
T |
|
| Q |
201 |
tatttgcactgaaatattttttacgtgacttacatgtctcattcatcttattatctcacgattctcagcatattcgtatatgccaacactaatcacataa |
300 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4774653 |
tatttacactgaaatattttttacgtgacttacatgtctcattcatcttatgatctcacgattctcagcatattcgtatatgccaacactaatcacataa |
4774554 |
T |
|
| Q |
301 |
tttcgcacgcttacacgcattaatttattatcataaannnnnnnnacaactggatctttttccacttctatttatttagaaaggaaagcaaagtaaattc |
400 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4774553 |
tttcacacgcttacacgcattaatttattatcataaaatttatttacaactggatctttttccacttctatttatttagaaaggaaagcaaagtaaattc |
4774454 |
T |
|
| Q |
401 |
acgagcaccatcataaacaatttacttgtataaatgtcaaattattctattattttcttccaaataaaaaattgatataattcttcgtaagttgaatcta |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4774453 |
acgagcaccatcataaacaatttacttgtataaatgtcaaattattctattattttcttccaaataaaaaattgatataattcttcgtaagttgaatcta |
4774354 |
T |
|
| Q |
501 |
gacactgacaccaaatgcatacataaattaaaatataagatgtccactactattatgcaagtttaggaattaatcacaatttcttaatccagcacaatca |
600 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4774353 |
gacactgacaccaaatgcatacataaattaaaatataagatgtccactactattatgcaattttaggaattaatcacaatttcttaatccagcacaatca |
4774254 |
T |
|
| Q |
601 |
aatgaagatcttccacgtacaaaaggagaaaaacagtacgacgtaagattaggtatatgtttcgtaggaactacgggtccttctcaatgtttctttagca |
700 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4774253 |
aatgaagatcttccacgtacaaaaggagaaaaacagtacgacgtaagattaggtatatgtttcgtaggaactacgggtccttctcaatgtttctttagca |
4774154 |
T |
|
| Q |
701 |
ctcagtctcatactgctgctgctagaggcgtatgattagttctgcccaacacattcaagataatgaatctaccattgatgtcattcatagttgaagtttt |
800 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4774153 |
ctcagtctcatactgctgctgctagaggcgtatgatcagttctgcccaacacattcaagataatgaatctaccattgatgtcattcatagttgaagtttt |
4774054 |
T |
|
| Q |
801 |
gaaacatatatttcatccaccatcaagttaataatttgacccgatcaagaacttaaatgacaactcttaatatttgtacccgttttagtggtttgagtac |
900 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4774053 |
gaaacatatatttcatccaccatcaagttaataatttgacccgatcaagaacttaaatgacaactcttaatatttgtacccgttttagtggtttgagtac |
4773954 |
T |
|
| Q |
901 |
ttttttt |
907 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
4773953 |
ttttttt |
4773947 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 97; Significance: 4e-47; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 105 - 237
Target Start/End: Original strand, 23169055 - 23169187
Alignment:
| Q |
105 |
attggagaatacttgccgttgcaaccttccccagcttcaatctgtcacgtacatgctatgaaaatatgttaaataaaatagaggattctctttatatatt |
204 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
23169055 |
attggagattacttgtcgttgcaaccttccccagcttcaatctgtcacgtacatgctatgaaaatatattaaataaaatagaggaatcactttatatatt |
23169154 |
T |
|
| Q |
205 |
tgcactgaaatattttttacgtgacttacatgt |
237 |
Q |
| |
|
|| | |||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
23169155 |
tgtagtgaaatatttgttatgtgacttacatgt |
23169187 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University