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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20208_low_1 (Length: 722)

Name: NF20208_low_1
Description: NF20208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20208_low_1
NF20208_low_1
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (15-707)||(39521128-39521820)
chr4 (57-707)||(39575770-39576423)
chr4 (57-634)||(39543997-39544571)
chr4 (45-699)||(39524630-39525287)
chr4 (42-635)||(39510957-39511547)
chr4 (21-608)||(39580415-39580988)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (57-245)||(3331509-3331696)
chr7 (245-289)||(3331271-3331315)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 39521820 - 39521128
Alignment:
Q  15 agaattttcctttccaattcttcctatgaattcaaaaccgttccaaacaacacttacatggtacgttttcatttcttttcattctcttcaccaactaacc 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521820 agaattttcctttccaattcttcctatgaattcaaaaccgttccaagcaacacttacatggtacgtttccatttcttttcattctcttcaccaactaacc 39521721  T
Q  115 tttcctctgcaaaattcaccgtttcagttcctggtttcattctgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtatta 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521720 tttcctctgcaaaattcaccgtttcagttcctggtttccttctgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtatta 39521621  T
Q  215 cgttaaaatcatcagaaaaagattcacaatcactttcacacctcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcat 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521620 cgttaaaatcatcagaaaaagattcacaatcactttcacacctcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcat 39521521  T
Q  315 ttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaatggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521520 ttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctactggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaa 39521421  T
Q  415 ccaaactccgtcttaacgtcggtgacaaaactgtcgatagaggaaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctaca 514  Q
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T  39521420 ccaaactccgtcttaacgtcggtgaccaaactgtcgatagaggaaccgatacattatcgagagaatggttagcagatgacagttatgtaactaatccaca 39521321  T
Q  515 aaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcactgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtt 614  Q
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T  39521320 aaacgctaagaatcgctcctttgacgttcatattccacgcactgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtt 39521221  T
Q  615 tatcaaactggcaaagagagtattaacggttctagcagcataagttggagggttcctgtagagaagaacgtagatcatttacttaggtttcat 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39521220 tatcaaactggcaaagagagtattaacggttctagcaacataagttggagtgttcctgtagagaagaacgtagatcatttacttaggtttcat 39521128  T

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Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 392; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 707
Target Start/End: Complemental strand, 39576423 - 39575770
Alignment:
Q  57 ccaaacaacacttacatggtacgttttcatttcttttcattctcttcaccaactaacctttcctctgcaaaattcaccgtttcagttcctggtttcattc 156  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||| |||||||||||| |||    
T  39576423 ccaaacaacacttatatggtacgtttccgtttcttttcattctcttcaccaactaaactttccactgcaaaattcaacatttccgttcctggtttccttc 39576324  T
Q  157 tgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtattacgttaaaatcatcagaaaaagattcacaatcactttcacacc 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  39576323 tgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaaatctgctttagtaaaagagtattacgttaaaatcattagaaaaagattcaaaatcatattcacacc 39576224  T
Q  257 tcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttct 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||| |  ||| ||||  |||||  |  |||    
T  39576223 tcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaatagaactctttatgcttccggttcatttaatccctgattcaatgccacatttctcttacaaagaatct 39576124  T
Q  357 aatggtcgggg---cttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgacaaaactgtcgata 453  Q
      || ||| ||   |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||  ||| ||||||||||||    ||| || ||||    
T  39576123 ggtgttcgaggaggcttatctacttatattggcggtttacactcacaacgagccttggaaacaaaacatcgttttaacgtcggtgggggaaccgttgata 39576024  T
Q  454 gaggaaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacg 553  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||    
T  39576023 gaggaactgatactttatcgagagaatggttaccagatgacagatatgtaactaatctacaaaacgctaagaattgctcctttgacggtgatattccacg 39575924  T
Q  554 cactgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagtattaacggttctagcagc 653  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39575923 cactgcaaatgatacgtctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagatattgtttataaaactggcaaagagagtattaacggttctagcagc 39575824  T
Q  654 ataagttggagggttcctgtagagaagaacgtagatcatttacttaggtttcat 707  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39575823 ataagttggagtgttcctgtagagaagaacgtagatcattttcttaggtttcat 39575770  T

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Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 57 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 39544571 - 39543997
Alignment:
Q  57 ccaaacaacacttacatggtacgttttcatttcttttcattctcttcaccaactaacctttcctctgcaaaattcaccgtttcagttcctggtttcattc 156  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  39544571 ccaaacaacacctacatggtatgtttccatttcttttcattctcttcaccaactaacctttcctctgcaaaattcaatgtttcagtccctggtttcattc 39544472  T
Q  157 tgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtattacgttaaaatcatcagaaaaagattcacaatcactttcacacc 256  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39544471 tgttacaaaatttcaactctgaaaacaccaccaactcttctttagtaaaagagtattacgttaaaatcatcagaaaaagattcacaatcactttcacacc 39544372  T
Q  257 tcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttct 356  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||| | ||||    
T  39544371 tcaaacatcttcatttgcgttttttaatgcatttgaactctttattctccctcttcatttaatacccaattcaatagctcgtttcaattacattgattct 39544272  T
Q  357 aatggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgacaaaactgtcgatagag 456  Q
         |||   ||||||||||||||||   | ||| | ||| ||   ||||||||||||||  ||  ||||||| || |||  |  |||||||||||||     
T  39544271 gccattcgaaacttaactacttatagtaatgatttcctctctca---atcgttggaaaccatccttggtcttaatgttggtagcggaactgtcgatagaa 39544175  T
Q  457 gaaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcac 556  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   | |||||  | ||  |||  ||||||    
T  39544174 aaaccgatactttatcgagagaatggttaccagatgacagttatataactaatccacaaaacgctaagaatggttcctttgcagatgaaattaaacgcac 39544075  T
Q  557 tgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagag 634  Q
    ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||   |||||| |||||| |||||||||    
T  39544074 tgcaaataatacatatgaaggtccaaattcaaatatatatattgctccggacgctgtttatgaaactgccaaagagag 39543997  T

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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 45 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 39525287 - 39524630
Alignment:
Q  45 ttcaaaaccgttccaaacaacacttacatggtacgttttcatttcttttcattctcttcaccaactaacctttcctctgcaaaattcaccgtttcagttc 144  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  39525287 ttcaaaaccgtaccaaacaacacctacatggtacgtttccatttcttttcattctcttcaccacttaacctttccactgcaaaattcaccgtttcagtcc 39525188  T
Q  145 ctggtttcattctgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtattacgttaaaatcatcagaaaaagattcacaat 244  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||    
T  39525187 ctggtttcattctgttacaaaatttcgatgcaaaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtattaccttaaaatcatcagaaaaaaattcaaaat 39525088  T
Q  245 cactttcacacctcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttcaat 344  Q
    ||| ||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| | || | |||| ||    
T  39525087 cacgttcacacctcaaaaagcatcatttgcctttgctaatgcaatagaactctttatgctccctgttcatttaatccccgactcaatcgcgcttttccat 39524988  T
Q  345 tacatcggttctaatggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgacaaaa 444  Q
    ||||  |  |||| |||  |   |||| |||||||||||   | ||| | |||    ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |  ||    
T  39524987 tacaaagagtctactggcagaaacttatctacttatagtaatgatttcctctc---tcgatcgttggaaaccaacctccgtcttaatgttggtggcggaa 39524891  T
Q  445 ctgtcgatagaggaaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacggtgg 544  Q
     |||  |||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||  |||||||||||||||   | |||||| ||||     
T  39524890 ttgttaatagagaaactgatacactatcaagagaatggttaccagatgacagatatataactgatccccaaaacgctaagaatggttcctttgaaggtga 39524791  T
Q  545 tattccacgcactgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagtattaacggt 644  Q
    ||||  ||||||||||||||||  ||||| || | ||||||||||| |||| || | |||||| |  |||||| |||||| ||||| |||| |||| |||    
T  39524790 tattaaacgcactgcaaatgatgaatctgttgattcaaattcaaataaatacataggtccagatattgtttataaaactgccaaagtgagtgttaatggt 39524691  T
Q  645 tctagc------agcataagttggagggttcctgtagagaagaacgtagatcatttactta 699  Q
    || | |      | |||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||    
T  39524690 tcaatcggtttaaacataagttggagtgttcctgtggagaagaatatagatcatttcctta 39524630  T

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Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 42 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 39511547 - 39510957
Alignment:
Q  42 gaattcaaaaccgttccaaacaacacttacatggtacgttttcatttcttttcattctcttcaccaactaacctttcctctgcaaaattcaccgtttcag 141  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  39511547 gaattcaaaaccatcccaaacaacacctatatggtacgtttccatttcctttcattctctacaccaactaaactttccactgcaaaattcactgtttcag 39511448  T
Q  142 ttcctggtttcattctgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtattacgttaaaatcatcagaaaaagattcac 241  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||     
T  39511447 ttcctggtttcattctgttacaaaatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagaatactacgttcaaatcatcagaaaaagattcaa 39511348  T
Q  242 aatcactttcacacctcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaatccccgattcagtagcacgtttc 341  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||| ||||| ||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||    |||||     
T  39511347 aatcactttcacacctcaaaaatcatcactcgcatttgttaacgcaatagaactctttgtgctccccgttcatttaatccctgattcagtgttgcgtttt 39511248  T
Q  342 aattacatcggttctaatggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaactccgtcttaacgtcggtgaca 441  Q
    | |||||  |  |||| |  ||  |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||  ||||||||||| || |       
T  39511247 acttacaaagaatctagttctccaggcttatctaattatagtggcggtttaaactcacaacgagctttggaaacgaaacatcgtcttaacgtaggcggtg 39511148  T
Q  442 aaactgtcgatagaggaaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaacgctaagaatcacttctttgacgg 541  Q
    | | ||||  ||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||| || |||| |   | ||||   ||    
T  39511147 ataatgtcactagagaagccgatacattatcaagagaatggttacgagatgacagatacataactaatccacaaaatgcgaagattggttccttt---gg 39511051  T
Q  542 tggtattccacgcactgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagacagggtttatcaaactggcaaagagagt 635  Q
    || ||||  || | |||||||||||  |||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||| |  |||||| |||||||| ||||||||    
T  39511050 tgatattaaacacgctgcaaatgatgaatctgatggtccaaattcaagtatatatattggtccagatattgtttataaaactggccaagagagt 39510957  T

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Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 21 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 39580988 - 39580415
Alignment:
Q  21 ttcctttccaattcttcctatgaattcaaaaccgttccaaacaacacttacatggtacgttttcatttcttttcattctcttcaccaactaacctttcct 120  Q
    |||| |||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||     
T  39580988 ttcccttccaaatctttctacgaattcaaaaccgtaccaaacaacacttacatggtacgtttccatttctttctattctctttaccaactaatctttcca 39580889  T
Q  121 ctgcaaaattcaccgtttcagttcctggtttcattctgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctccttt-agtaaaagagtattacgtta 219  Q
    |||||||||||| ||||||  |||| ||||||  ||||||||| |||||      ||| |  |      ||||  |||| | | ||||| |||| | |||    
T  39580888 ctgcaaaattcaacgtttcctttccaggtttctctctgttacaaaattt------tgatataa------actccgctttcaattaaagaatatttcttta 39580801  T
Q  220 aaatcatcagaaaaagattcacaatcactttcacacctcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaattgaactctttatgctccctcttcatttaat 319  Q
    |||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||   |||||| ||    
T  39580800 aaatcacccgtaaaagattcaaaatcactttcacacctcaaacctcatcatttgcgtttgttaatgcaatggaactctttatactccccactcatttcat 39580701  T
Q  320 ccccgattcagtagcacgtttcaattacatcggttctaatggtcggggcttaactacttatagtggcggtttacactcacaacgatcgttggaaaccaaa 419  Q
    |||||| |||||  ||| ||||||||||||   ||||| |||||  |||||| || |||| | ||||||||||  |||    ||| | ||||||||||      
T  39580700 ccccgaatcagtcacacatttcaattacattaattctactggtcaaggcttatcttcttacactggcggtttattctc---gcgagccttggaaaccatt 39580604  T
Q  420 ctccgtcttaacgtcggtgacaaaactgtcgatagagg-aaccgatacattatcgagagaatggttaccagatgacagttatgtaactaatctacaaaac 518  Q
    | |||||||| ||||||||   || |  || | || || || | |||  ||||| ||| | ||||||||||||||||||||  | ||||||| ||| |||    
T  39580603 caccgtcttaccgtcggtggagaagccatc-acaggggaaaacaatagcttatcaagaaagtggttaccagatgacagttacatcactaatccacataac 39580505  T
Q  519 gctaagaatcacttctttgacggtggtattccacgcactgcaaatgatacatctgatggtccaaattcaaatcaatatattgctccagac 608  Q
    |||||||||   |||||||  |||| ||||  ||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||    
T  39580504 gctaagaatggtttctttggaggtgatattaaacgcactgcaggtgatgaatctgatggtccaaattcaaatatacatattggtccagac 39580415  T

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Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 3e-59; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 57 - 245
Target Start/End: Original strand, 3331509 - 3331696
Alignment:
Q  57 ccaaacaacacttacatggtacgttttcatttcttttcattctcttcaccaactaacctttcctctgcaaaattcaccgtttcagttcctggtttcattc 156  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| | |||| ||| | |||||| |||    
T  3331509 ccaaacaacacctacatggtacgtttccatttcctttcattctcttcaccaattaacctttccactgcaaa-ttcaacatttctgtttccggtttccttc 3331607  T
Q  157 tgttacataatttcaacgctgaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtattacgttaaaatcatcagaaaaagattcacaatc 245  Q
    |||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3331608 tgttaactaatttcgacgctaaaaacaccaccaactctcctttagtaaaagagtattacgttaaaatcatcataaaaagattcacaatc 3331696  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 245 - 289
Target Start/End: Original strand, 3331271 - 3331315
Alignment:
Q  245 cactttcacacctcaaacatcatcatttgcgtttgttaatgcaat 289  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3331271 cactttcacacctcaaacatcatcatttgcatttgttaatgcaat 3331315  T

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