View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20208_low_2 (Length: 679)
Name: NF20208_low_2
Description: NF20208
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20208_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 537; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 537; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 40946735 - 40946082
Alignment:
| Q |
17 |
ataagtatacgtttttcgggaaaagtacatatagatttagtttttcttttgaagcaatacatatatatttagttaaacatattttattttgttataatat |
116 |
Q |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
40946735 |
ataagtatatgtttttcgggaaaagtacatatagatttagttttccttttgaagcaatacatatatatttagttaaacatattttattttgttataatat |
40946636 |
T |
|
| Q |
117 |
atcttcaccaatattatgtttgacatcgacaattaaccaatgcaaaattttatcaaatctttatgataaaccaaattcgtaatagtgtagatg----tta |
212 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
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|
| T |
40946635 |
attttcaccaatattatgtttgacatcgacaa----ccaatgcaaaattttatcaaatctttatgataaaccaaattcgtaatagtgtagatgcatgtta |
40946540 |
T |
|
| Q |
213 |
ggttgttgtctagaagcaacatgatgtgtagctcgattacaatatcaaatgagaattagtgatataacattatgtcataatatgatccataaaggcgacc |
312 |
Q |
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||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
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|
| T |
40946539 |
ggttgttgtttagaagcaacatgatgtatagctcgagtacaatatcaaatgagaattagtgatataacattatgtcataatatgatcgataaaggcgacc |
40946440 |
T |
|
| Q |
313 |
cattt-atgggataaacc------atgttgtacatttctttaacaagatttttgaaaattacttaatcaataggattgagaattttattatgatgaataa |
405 |
Q |
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||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
40946439 |
cattttatgggataaaaataaaatatgttgtacatatctttgacaagattttcgaaaattacttaatcaataggattgagaattttattatgatgaataa |
40946340 |
T |
|
| Q |
406 |
tatttaaactaaagaatgatatatcttttgtgaaaaaactatataatgatggttaattgttaaaatcattataaataaatcaatgcaaatcatggatatt |
505 |
Q |
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|
| T |
40946339 |
tatttaaactaaagaatgatatatcttttgtgaaaaaactatataatgatggttaattgttaaaatcattataaataaatcaatgcaaatcatggatatt |
40946240 |
T |
|
| Q |
506 |
acatcctctagtgatatacactaattgtcaacaaggcatccatttaaaccgcatttaacttcgcttgttaccataacaaacttcactcacattaaccaaa |
605 |
Q |
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| T |
40946239 |
acatcctctagtgatatacactaattgtcaacaaggcatccatttaaaccgcatttaacttcgcttgttaccataacaaactttactcacattaaccaaa |
40946140 |
T |
|
| Q |
606 |
caaaaataaaatgtagtaatttaagattaataaacacacaatatgtctctatgtttct |
663 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40946139 |
caaaaacaaaatgtagtaatttaagattaataaacacacaatatgtctctatgtttct |
40946082 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 272 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 40949244 - 40949038
Alignment:
| Q |
272 |
tgatataacattatgtcataatatgatccataaaggcgaccca--tttatgggataaaccatgttgtacatttctttaacaagatttttgaaaattactt |
369 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |
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| T |
40949244 |
tgatacaacattatgtcataatatgatccatgaagtcgaccctattttatgggataaaacatgttgtacattgctttgacaagattttcacaaattactt |
40949145 |
T |
|
| Q |
370 |
aatcaataggattgagaattttat----------tatgatgaataatatttaaactaaagaatgatatatcttttgtgaaaaaactatataatgatggtt |
459 |
Q |
| |
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|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| ||| |
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|
| T |
40949144 |
aatcaataggatcgagaattttattactattaagtatgatgaataatatttaaactaaagaatgatatatcttttatg--aaaactatataacgattgtt |
40949047 |
T |
|
| Q |
460 |
aattgttaa |
468 |
Q |
| |
|
|||||||| |
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|
| T |
40949046 |
gattgttaa |
40949038 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 40947246 - 40947171
Alignment:
| Q |
17 |
ataagtatacgtttttcgggaaaagtacatatagatttagtttttcttttgaagcaatacatatatatttagttaa |
92 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40947246 |
ataagtatatgtttttcgggaaaagtacatatagatttagtttttcttttgaagcaatccatatatatttagttaa |
40947171 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 27453153 - 27453085
Alignment:
| Q |
197 |
aatagtgtagatgttaggttgttgtctagaagcaacatgatgtgtagctcgattacaatatcaaatgag |
265 |
Q |
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|||||||| ||||||||| |||| |||||||||||| | ||| |||||||| |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
27453153 |
aatagtgtgaatgttaggtcgttgcctagaagcaacacgctgtatagctcgagtacaatgtcaaatgag |
27453085 |
T |
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