View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20214_low_14 (Length: 333)

Name: NF20214_low_14
Description: NF20214
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20214_low_14
NF20214_low_14
[»] chr8 (21 HSPs)
chr8 (1-316)||(4684745-4685060)
chr8 (2-278)||(4693434-4693710)
chr8 (1-242)||(4754732-4754973)
chr8 (1-315)||(4719640-4719954)
chr8 (1-281)||(4730578-4730858)
chr8 (1-313)||(4845945-4846257)
chr8 (1-281)||(4800703-4800983)
chr8 (1-276)||(4772496-4772771)
chr8 (29-305)||(4825639-4825915)
chr8 (1-304)||(4722330-4722638)
chr8 (20-281)||(4790353-4790614)
chr8 (1-316)||(4709449-4709767)
chr8 (1-281)||(4741261-4741541)
chr8 (29-281)||(10450881-10451133)
chr8 (29-281)||(10455307-10455559)
chr8 (23-276)||(4886392-4886645)
chr8 (1-293)||(4908700-4908992)
chr8 (4-293)||(4918809-4919098)
chr8 (23-293)||(4865642-4865912)
chr8 (1-281)||(21436063-21436343)
chr8 (1-277)||(4896869-4897146)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 312; Significance: 1e-176; HSPs: 21)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4685060 - 4684745
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4685060 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 4684961  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4684960 caatgttttgaatatctcctcttttaacaataggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 4684861  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataagatgtat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4684860 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataagatgtat 4684761  T
Q  301 aagtgatacttaaact 316  Q
    ||||||||||||||||    
T  4684760 aagtgatacttaaact 4684745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 2 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4693710 - 4693434
Alignment:
Q  2 ctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaac 101  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||    
T  4693710 ctggcctttcagctgtagtttgtgaaacgcatgacatagctatctcaacaactttccatgcagaactgatgctgaattcaccctgcaatctcgtatcaac 4693611  T
Q  102 aatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatc 201  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| || ||||||    
T  4693610 aatgtttcgaatatctcctcctttaactaaggaaataacccattgaagtatgtgaatgttttctccagatgctctcaccattgctttctttccagtgatc 4693511  T
Q  202 aacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaag 278  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||    
T  4693510 aactcaaatagaattatcccaaagctgtagatatcatttttcttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaag 4693434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4754973 - 4754732
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||| |  ||||||    
T  4754973 tctggcctttcagctaaattttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgctgaattgatgctgaattcacccttcaaccttgtatcaa 4754874  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||||| |  |||||    
T  4754873 caatgttttgaatatctcctcctttaactatgggaataacccattgaagtatgtgaatgttttctccggatgctctcactaatgctttctttcaagtgat 4754774  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcattttt 242  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4754773 caactcaaatagaattatcccaaagctatagatatcattttt 4754732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 4719954 - 4719640
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||  || ||||||    
T  4719954 tctggcctttcagttgcagtttgagaaatgcatgccatggctacctcaacaactttccatgcagaatcaatgctgaattcaccctgcaatctcatatcaa 4719855  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| ||  || |||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||| || | |||||||||||    ||||||||    
T  4719854 caatgttttgaatatttccactttcaattataggaatagcccattgaagtatgtgaattttttctccggatgcttttactagtgcttttcggccggtgat 4719755  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataagatgtat 300  Q
    || | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||    
T  4719754 cagctcaaatagaattatcccaaagctgtagatatcattttttttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaagaaaacaaacaaataagacgtat 4719655  T
Q  301 aagtgatacttaaac 315  Q
    |||| || |||||||    
T  4719654 aagttatccttaaac 4719640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 4730858 - 4730578
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||  | || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||| ||  |||||    
T  4730858 tctggcctttcaagtgcatttggtgaagtgcatgacatggcaatctctactgctttccatgctgaattgatgctaaattcaccctgcaacctcgaatcaa 4730759  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
    |||  ||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||     
T  4730758 caacattttgaatatcccctcctttaactatgggaataacccattgaagtatgtgaatgttttctccggattctcttactattgctttcttcccagtgac 4730659  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaa 281  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  4730658 caactcaaatagaattatcccaaagctgtaaatatcatttttcttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaagaaa 4730578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 313
Target Start/End: Original strand, 4845945 - 4846257
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||  |||||    
T  4845945 tctggcctttcagctgcaatttgtgaaatgcatgacatggctacctcaacaactttccatgcagaattgatgttgaattcaccttgtaacctcgcatcaa 4846044  T
Q  101 caatgttttgaatatctcc-tcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtga 199  Q
     ||||||||||||||||||  ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| | || | |  ||||||||||| || ||||    
T  4846045 taatgttttgaatatctccaccttttattaat-ggaataacccattgaagtatgtgaatggtttcatcaggtgcttttatgagtgctttcttgccagtga 4846143  T
Q  200 tcaacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataagatgta 299  Q
    ||| | |||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| ||||  | ||||||||  || |    
T  4846144 tcagctcaaatagaataattccaaagctgtagatatcatttttcttatttgtgtttcctgttctttgaaatctattatgaaaacagacaaataaactgaa 4846243  T
Q  300 taagtgatacttaa 313  Q
    |||||||| |||||    
T  4846244 taagtgatccttaa 4846257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Original strand, 4800703 - 4800983
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  4800703 tctggcctttcagctgcagtttgtgaaatgcaagacatggctacctcaacaactttccatgcagaattgatgttgaattcaccttgcaacctcgtatcaa 4800802  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||| | || | | |||||||||||| || |||||    
T  4800803 caatgttttgaatatctccaccttttattaagggaagaacccattgaagtatgtgaatggtttcatcaggtgcttttattagtgctttcttgccagtgat 4800902  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaa 281  Q
    || | |||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| | | |||||||| ||| ||||    
T  4800903 cagctcaaatagaataattccaaagctgtaaatatcatttttcttgtttgtgtttcctgttctttgaaatctgttatgaaa 4800983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 276
Target Start/End: Original strand, 4772496 - 4772771
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||  | || || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| |||||| |   |||||    
T  4772496 tctggcctttcaacttcaattggtgaagtgcttgacatggctatctcaacaactttccatgccgaattgatgtcgaatttaccttgcaaccttgcatcaa 4772595  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
     |||| || ||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| ||||||||| || |||||    
T  4772596 taatgcttcgaatatctcctctttcaactattggagtaacccattgaagtatgtgaatgctttctcctgatgctcttactaatgctttctttccagtgat 4772695  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctatta 276  Q
    |||  ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||    
T  4772696 caattcaagtagaactatcccaaagctgtagatatcatttttcttatttgtgtttcctgttctctggaatctatta 4772771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 121; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 29 - 305
Target Start/End: Original strand, 4825639 - 4825915
Alignment:
Q  29 tgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaacaatgttttgaatatctcctcttttaac 128  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||| ||||| | ||||||||||||||| ||  ||||||||  |||||||||||||| | || |||    
T  4825639 tgcatgacatggcaatctctacaactttccaagctgaattgatgctaaattcaccctgcaacctcgaatcaacaacattttgaatatctcccccttcaac 4825738  T
Q  129 aatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatcaacacaaatagaattataccaaagcta 228  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||| || |   ||||||||| |  || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||     
T  4825739 tatgggaataacccattcaagtatgtgaaggttttcaccagatgcttttgttagtgctttttggccagtgatcaactcaaatagaattatcccaaagctg 4825838  T
Q  229 tagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataagatgtataagtg 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||    
T  4825839 tagatatcatttttcttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaagaaaataaataaataagatgcataagtg 4825915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 4722638 - 4722330
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||  || ||||||    
T  4722638 tctggcctttcggttgcagtttgtgaaatgcatgacatggctatctctacaactttccacgcagaatcgatgctgaattcaccctgcaatctcatatcaa 4722539  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataaccca--ttgaagtatgtgaatgctttctccagattctct---cactagtgctttcttcccg 195  Q
    ||||||||||||||| ||| | ||  |  || |||||| ||||  |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||    |||||||||||    ||     
T  4722538 caatgttttgaatatttccgccttcgattataggaatagcccattttgaagtatgtgaatgttttctccggatgctcttagtactagtgcttttcgacca 4722439  T
Q  196 gtgatcaacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataaga 295  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || | || || |||||||||||||  ||||||||||||    
T  4722438 gtgatcaactcaaatagaattatcccaaagctgtagatatcatttttcttatttgtgcttcatgttctcagatatctattaagaaaacaaacaaataaga 4722339  T
Q  296 tgtataagt 304  Q
    || ||||||    
T  4722338 tgcataagt 4722330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 20 - 281
Target Start/End: Original strand, 4790353 - 4790614
Alignment:
Q  20 tttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaacaatgttttgaatatctcc 119  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||| ||  ||| | |||||||||||||| |||    
T  4790353 tttgtgaaacacatgacatggctatctcaacgactttccatgctgaattgatgctgaactcaccctgcaacctcgaatccataatgttttgaatatttcc 4790452  T
Q  120 tcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatcaacacaaatagaattata 219  Q
    |  |||||  ||||||| ||||||||| ||||| |||||  ||||| || ||  |||  | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  4790453 tgctttaattatgggaacaacccattgcagtatatgaatattttcttcatatgatctttcaagtgctttctttccggtgatcaactcaaatagaattatc 4790552  T
Q  220 ccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaa 281  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||| ||||    
T  4790553 ccaaagctaaagatatcatttttcttatttgtgtttcctgatcgttgaaatctattatgaaa 4790614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 4709767 - 4709449
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||| ||||||||||||||||  || ||||||    
T  4709767 tctggcctttcagtttcagtttgacaaatgcatgacatggctatctctacaactttccacgcagaatcaatgctgaattcaccctgcaatctcatatcaa 4709668  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctct---cactagtgctttcttcccggt 197  Q
    | |||||||||||||  || ||||  |  || |||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||| ||||     | |||||||| |  || ||    
T  4709667 ctatgttttgaatattcccgctttcgattataggaatagcccattgaagtatgtgaattttttctccggatgctctttgtgcaagtgctttttggccagt 4709568  T
Q  198 gatcaacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataagatg 297  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||  |||| ||||| |||    
T  4709567 gatcaactcaaatagaattatcccaaagctgtagatatcattttttttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaacaaaacaaacgaataaaatg 4709468  T
Q  298 tataagtgatacttaaact 316  Q
     |||||| || ||||||||    
T  4709467 cataagtcatccttaaact 4709449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 4741541 - 4741261
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||||  | || || ||||| ||||||||||||| ||||| ||  |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||| |   |||||    
T  4741541 tctggcctttcaattgcatttggtgaagtgcatgacatggcaatctctactgctttccatgctgaattgatgctaaattcaccctgcaaccttgaatcaa 4741442  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
    |||  |||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | | |||||| || |  || |||||    
T  4741441 caacattttgaatatctcctccttcaactattggaataacccattgaagtatgtgaatggtttcttcagatgcttttattagtgccttttggccagtgat 4741342  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaa 281  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||| |||||    
T  4741341 caactcaaatagaattattccaaagctgtagatatcatttttcttatttgtgtttcctgttctttgatatctatttagaaa 4741261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 29 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 10451133 - 10450881
Alignment:
Q  29 tgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaacaatgttttgaatatctcctcttttaac 128  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||   ||||||||  |||||||||||||||| || |||    
T  10451133 tgcatgacatggcaatctctacagctttccatgctgaattgatgttaaattcaccctccaactttggatcaacaacattttgaatatctcctccttcaac 10451034  T
Q  129 aatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatcaacacaaatagaattataccaaagcta 228  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||| ||||  ||| ||||||    |||||||||||| |||||| ||| || ||||||||     
T  10451033 tatgggaataacccattgaagtatgtgaatgtattcatcagatgctcttgctactgcttttcgaccggtgatcaactcaaataaaataattccaaagctg 10450934  T
Q  229 tagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaa 281  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  10450933 tagatatcattttttttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaagaaa 10450881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 29 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 10455559 - 10455307
Alignment:
Q  29 tgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaacaatgttttgaatatctcctcttttaac 128  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||   ||||||||  |||||||||||||||| || |||    
T  10455559 tgcatgacatggcaatctctacagctttccatgctgaattgatgttaaattcaccctccaactttggatcaacaacattttgaatatctcctccttcaac 10455460  T
Q  129 aatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatcaacacaaatagaattataccaaagcta 228  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||| ||||  ||| ||||||    |||||||||||| |||||| ||| || ||||||||     
T  10455459 tatgggaataacccattgaagtatgtgaatgtattcatcagatgctcttgctactgcttttcgaccggtgatcaactcaaataaaataattccaaagctg 10455360  T
Q  229 tagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaa 281  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  10455359 tagatatcattttttttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaagaaa 10455307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 276
Target Start/End: Original strand, 4886392 - 4886645
Alignment:
Q  23 gtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaacaatgttttgaatatctcctct 122  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||| |   ||||||||  ||||||||||||||||     
T  4886392 gtgaagtgcatgacatggcaatctctacagctttccatgctgaattgatgctaaattcaccctgcaaccttaaatcaacaacattttgaatatctcctcc 4886491  T
Q  123 tttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatcaacacaaatagaattatacca 222  Q
    || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||| || | | ||||||||| |  || ||||||||| |||||||||| || |||    
T  4886492 ttcaactatgggaataacccattcaagtatgtgaatggttttttcagatgcttttattagtgctttttggccagtgatcaactcaaatagaataatccca 4886591  T
Q  223 aagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctatta 276  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||    
T  4886592 aagctgtagatatcgtttttcttatttgtgtttccggttctttgaaatctatta 4886645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 293
Target Start/End: Original strand, 4908700 - 4908992
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||| | | || || |||||||||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||| |   |||||    
T  4908700 tctggcctttctgttgcatttggtgaaatgcaagacatggcaatctctacagctttccatgctgaattgatgctaaattcaccctgcaaccttgaatcaa 4908799  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
    |||  ||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||| | |||| |||| ||| |     ||  ||||    
T  4908800 caacattttgaatatctcctctttcaactaaaggaataacccaatcaagtatgtgaatattttctccagctgctcttactattgcgtgacgaccactgat 4908899  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataa 293  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  4908900 taacacaaatagaattattccaaagctgtagatatcattttttttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaagaaaacaaacaaataa 4908992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 293
Target Start/End: Original strand, 4918809 - 4919098
Alignment:
Q  4 ggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaacaa 103  Q
    |||||||| | || |||| |||||||||||||  |||| ||||| | || ||| | ||  ||| ||||| | |||| ||||| ||||||   ||||||||    
T  4918809 ggcctttcggctaaagttggtgaaatgcatgatttggcaatctctagaaattttcttgatgaattgatgctaaatttaccctccaactttggatcaacaa 4918908  T
Q  104 tgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatcaa 203  Q
      || ||||||||||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||| |||| |||||    |||||| |||||    
T  4918909 ctttctgaatatctcctccttcaactatgggaataacccattcaagtatgtgaatattttctccagctgctcttactattgcttgacgcccggttatcaa 4919008  T
Q  204 cacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataa 293  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |  |||| |||||||||| || |||||||||||    
T  4919009 cacaaatagaattatcccaaagctgtagatatcattttttttatttgtgtttcccgttcgctgatatctattaaggaaagaaacaaataa 4919098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 293
Target Start/End: Original strand, 4865642 - 4865912
Alignment:
Q  23 gtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaacaatgttttgaatatctcctct 122  Q
    ||||| |||||||| |||| ||||| |||  ||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||| |   ||||||||  |||||||||| |||||     
T  4865642 gtgaagtgcatgacttggcaatctctacagttttccatgctgaattgatgctaaattcaccctgcaaccttgaatcaacaacattttgaatatttcctcc 4865741  T
Q  123 tttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgatcaacacaaatagaattatacca 222  Q
    || ||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  |||  ||||| ||||| ||| |||||| || || ||||||||| |||||||||| || ||     
T  4865742 ttcaactatgggaataacccattgcagtatgtgaaggtattcatcagatactctcgctattgctttttttccagtgatcaactcaaatagaataattccg 4865841  T
Q  223 aagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaaggaaacaaataa 293  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||||| |||| || | | ||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  4865842 aagctgtagatatcattttttttgtttgtctttcttgttctttgatatctattaagaaaacaaacaaataa 4865912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 281
Target Start/End: Original strand, 21436063 - 21436343
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||| | | || || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   ||| ||| | ||| | || ||||||| ||||||   |||||    
T  21436063 tctggcctttctgttgcatttggtgaaatgcatgacatggcaatctctacaactttttgtgctgaatttatgctaaactcaccctccaactttggatcaa 21436162  T
Q  101 caatgttttgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtgat 200  Q
     ||  || | ||||||||||  || ||  |  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||| | || |||||  |  || |||||    
T  21436163 aaagtttctcaatatctccttcttcaattacaggaataacccattcaagtatgtgaatgttttctccagctgctcttattattgcttcatgaccagtgat 21436262  T
Q  201 caacacaaatagaattataccaaagctatagatatcatttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaagaaa 281  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  21436263 caacacaaatagaattattccaaagctgtagatatcattttttttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaagaaa 21436343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 4896869 - 4897146
Alignment:
Q  1 tctggcctttcagatacagtttgtgaaatgcatgacatggctatctcaacaactttccatgcagaactgatgttgaattcaccctgcaacttcttatcaa 100  Q
    ||||||||||| | | || || ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| | ||| |||||||   | |||| ||||| ||||||   |||||    
T  4896869 tctggcctttctgctgcatttggtgaaatgcatgacatggcaatctctacagtttttcgtgctgaactgaatctaaatttaccctccaactttggatcaa 4896968  T
Q  101 caatgttt-tgaatatctcctcttttaacaatgggaataacccattgaagtatgtgaatgctttctccagattctctcactagtgctttcttcccggtga 199  Q
     ||||||| ||||||||||| | || ||  ||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| | || | |||| |||||     || ||||    
T  4896969 -aatgtttctgaatatctccaccttcaattatgggaataacccgttgaagtatatgaatgttttctccagctgcttttactattgcttgacgaccagtga 4897067  T
Q  200 tcaacacaaatagaattataccaaagctatagatatca-tttttcttatttgtgtttcctggtatctgaaatctattaa 277  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  4897068 tcaacacaaatagaattattccaaagctgtagatatcatttttttttatttgtgtttcctgttctctgatatctattaa 4897146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University