View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20222_low_1 (Length: 1082)

Name: NF20222_low_1
Description: NF20222
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20222_low_1
NF20222_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-1070)||(51223138-51224192)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (867-920)||(5484917-5484970)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 957; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 957; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1070
Target Start/End: Original strand, 51223138 - 51224192
Alignment:
Q  1 acattagataggtggacattagtgtgaaaatatgcatttaaacgcgacgataagtgttcaacattgttcagagcaaagtttatgtaagtggtggtttcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223138 acattagataggtggacattagtgtgaaaatatgcatttaaacgcgacgataagtgttcaacattgttcagagcaaagtttatgtaagtggtggtttcaa 51223237  T
Q  101 atgtgaaggcaaggaagaccatgaaattcggctttaaaagttgcttcaattgttaaattgagtttcagagtttttaagtatcgatttatagtagaccact 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223238 atgtgaaggcaaggaagaccatgaaattcagctttaaaagttgcttcaattgttaaattgagtttcagagtttttaagtatcgatttatagtagaccact 51223337  T
Q  201 tataaaaatagttcatagcagtagaatctgtatggtgttaaatgtcaatatttgtcactctaaacattggaagaacttaattatcatttatttatttgaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223338 tataaaaatagttcatagcagtagaatctgtatggtgttaaatgtcaatatttgtcactctaaacattggaagaacttaattatcatttatttatttgaa 51223437  T
Q  301 tttatgcttagttataaatacttgtgtaagtatctatttcagcttctaaacatttcttatgattaagaaggttgaattgacaggaaatatatgttgcata 400  Q
    ||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  51223438 tttatgcttagttataaata----------------tttcagcttctaaacatttcttatgattaagaaggttggattgacaggaaatatatgttgcata 51223521  T
Q  401 cattaaattattaatattcagtgggaaacacatatgtatcgttgtggattgacaaattgattcttagaagctgccaattcaattctttcccatctctttt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223522 cattaaattattaatattcagtgggaaacacatatgtatcgttgtggattgacaaattgattcttagaagctgccaattcaattctttcccatctctttt 51223621  T
Q  501 ttctattcatatcttcttgatgtgccactgattctttagctttcaaatccatttgagcttttgcatatagatcaggatcaatatcttccaccaccacctt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223622 ttctattcatatcttcttgatgtgccactgattctttaactttcaaatccatttgagcttttgcatatagatcaggatcaatatcttccaccaccacctt 51223721  T
Q  601 cacactttctgttagctgcctaacactcttgctccaatgcaacttcaggttcttctcaacaccttgtactatcaccggaagtacttctaccgttcctgtt 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223722 cacactttctgttagctgcctaacactcttgctccaatgcaacttcaggttcttctcaacaccttgtactatcaccggaagtacttctaccgttcctgtt 51223821  T
Q  701 gttgccattttgtagaactgctcgttgttccacacatacagtgccctctcagctacctgaaaccacatttatatgcatcatcataaacaaatttcactgt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223822 gttgccattttgtagaactgctcgttgttccacacatacagtgccctctcagctacctgaaaccacatttatatgcatcatcataaacaaatttcactgt 51223921  T
Q  801 cagtgtaaaaatatttttcacttgcatccaatcgcatcttatcattatgccaaacggttaatgttaattcctaaaatatctccacaattatctatgtgtt 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51223922 cagtgtaaaaatatttttcacttgcatccaatcacatctcatcattatgccaaacggttaatgttaattcctaaaatatctccacaattatctatgtgtt 51224021  T
Q  901 gagatgtgatttgatgcatgctttttacaaatacagtgcatagcagttattctcatattttcatgagaaaacattttggaaactaaaaagaga-nnnnnn 999  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  51224022 gagatgggatttgatgcatactttttacaaatacagtgcatatcagttattctcatattttcatgagaaaacattttggaaactaaaaagagattttttt 51224121  T
Q  1000 nacctgagaattccaactgttgatgcattttgtaatctgagtacatataggcaaggccaactttcgatatt 1070  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51224122 tacctgagaattccaactgttgatgcattttgtaatctgagtacatataggcaaggccaactttcgatatt 51224192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 867 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 5484970 - 5484917
Alignment:
Q  867 attcctaaaatatctccacaattatctatgtgttgagatgtgatttgatgcatg 920  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||   | |||||||||||| ||||||||    
T  5484970 attcctaaaatatctccacaaatatctaaaaggtgagatgtgattggatgcatg 5484917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University