View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20224_low_3 (Length: 522)
Name: NF20224_low_3
Description: NF20224
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20224_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 40311077 - 40310594
Alignment:
| Q |
14 |
aagaatatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
113 |
Q |
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| T |
40311077 |
aagaaaatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
40310978 |
T |
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| Q |
114 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggac |
213 |
Q |
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| T |
40310977 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattgattattcttttctttttcctttccaaattctcatgtataaatattggac |
40310878 |
T |
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| Q |
214 |
actatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
313 |
Q |
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| T |
40310877 |
actactctcgtttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
40310778 |
T |
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| Q |
314 |
tatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgtttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtggtct |
413 |
Q |
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|
| T |
40310777 |
tgtcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcacgtggtca |
40310687 |
T |
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| Q |
414 |
gagccccatatcaagcaaattgatcaaggcaggactatccaactcaccctagaccaaggttctggtaagtaacatatgttattatatactata |
506 |
Q |
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| T |
40310686 |
gaaccccatatcaagcaaattgatcaaggcagaactatccaacttaccctagaccaaggctctggtaagtaacttatgttattatatactata |
40310594 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 40321153 - 40320670
Alignment:
| Q |
14 |
aagaatatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
113 |
Q |
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| T |
40321153 |
aagaaaatgattgggcaaacaaaggattaaaggggccaagcagaggacaaactgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagc |
40321054 |
T |
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| Q |
114 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggac |
213 |
Q |
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| T |
40321053 |
aatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattgattattcttttctttttcctttccaaattctcatgtataaatattggac |
40320954 |
T |
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| Q |
214 |
actatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
313 |
Q |
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| T |
40320953 |
actactctcgtttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatgg |
40320854 |
T |
|
| Q |
314 |
tatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgtttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtggtct |
413 |
Q |
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| T |
40320853 |
tgtcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcacgtggtca |
40320763 |
T |
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| Q |
414 |
gagccccatatcaagcaaattgatcaaggcaggactatccaactcaccctagaccaaggttctggtaagtaacatatgttattatatactata |
506 |
Q |
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|
|
| T |
40320762 |
gaaccccatatcaagcaaattgatcaaggcagaactatccaacttaccctagaccaaggctctggtaagtaacttatgttattatatactata |
40320670 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 69 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 40314002 - 40313586
Alignment:
| Q |
69 |
ttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaat----gttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattg |
164 |
Q |
| |
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| T |
40314002 |
ttaggtaggtcctaaggtcggcaagcacttagctgtatagaaagcaatatatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattg |
40313903 |
T |
|
| Q |
165 |
attattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattaca |
264 |
Q |
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| T |
40313902 |
attattctcttcgttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattaca |
40313803 |
T |
|
| Q |
265 |
ttacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgt |
364 |
Q |
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| T |
40313802 |
ttacgtaatacacaaccatgaccatattttacccttttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgt |
40313712 |
T |
|
| Q |
365 |
ttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtggtctgagccccatatcaagcaaattgatcaaggcaggactatccaactcacccta |
464 |
Q |
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| T |
40313711 |
ttggggaagaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtggtcagaaccccatatcaagcaaattgatcaaggcagaactatccaacttacccta |
40313612 |
T |
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| Q |
465 |
gaccaaggttctggtaagtaacatat |
490 |
Q |
| |
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| T |
40313611 |
gaccaaggctcttgtaagcaacatat |
40313586 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 69 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 40324078 - 40323662
Alignment:
| Q |
69 |
ttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaat----gttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaataaactgattg |
164 |
Q |
| |
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| T |
40324078 |
ttaggtaggtcctaaggtcggcaagcacttagctgtatagaaagcaatatatgttatatgttttaacatcttccatttcaatgagacaatgaactgattg |
40323979 |
T |
|
| Q |
165 |
attattctcttctttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttccaatatattaca |
264 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
40323978 |
attattctcttcgttttcctttccaaattctcatgtataaatataggacactatgctcatttacattgcacaatcaaatattttcttcctatatattaca |
40323879 |
T |
|
| Q |
265 |
ttacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatgt |
364 |
Q |
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| T |
40323878 |
ttacgtaatacacaaccatgaccatattttacccttttaaaaacaatggtatcttttttatgttgttattgtggattgtcgtatcatc---------tgt |
40323788 |
T |
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| Q |
365 |
ttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtggtctgagccccatatcaagcaaattgatcaaggcaggactatccaactcacccta |
464 |
Q |
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| T |
40323787 |
ttggggaagaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtggtcagaaccccatatcaagcaaattgatcaaggcagaactatccaacttacccta |
40323688 |
T |
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| Q |
465 |
gaccaaggttctggtaagtaacatat |
490 |
Q |
| |
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| T |
40323687 |
gaccaaggctcttgtaagcaacatat |
40323662 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 42 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 40330627 - 40330136
Alignment:
| Q |
42 |
aaaggggccaagcagaggacaa-----actgcttaggtaggtcctaatgacttcaagcccttagctgtatagaaagcaatgttatatgttttaacatctt |
136 |
Q |
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|
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| T |
40330627 |
aaaggggccaagcagaggacaagacaaactgtttaggtaggtccaaatgacggcaaacccttagctgtatagaaagcaatgttatatgttttaacatctt |
40330528 |
T |
|
| Q |
137 |
ccatttcaatgagacaataaactgattgattattctcttctttttcct---------------ttccaaattctcatgtataaatataggacactatgct |
221 |
Q |
| |
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| T |
40330527 |
ccattttaattggacaatgaactgatttattattctcttctttttcctttcccttaattttctttccaaaacttcatgtatatatatag-accctactct |
40330429 |
T |
|
| Q |
222 |
catttacattgcacaatcaaatattttcttc--------ca---atatattacattacgtaatacacatccatggccatattttacccctttaaaaacaa |
310 |
Q |
| |
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||||| |||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||| | | ||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |
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| T |
40330428 |
catttccattccacaatcaaatattttcttcatcaaacacattcatataatacacaatattataca-atccatggccatattttccccttttaaacacaa |
40330330 |
T |
|
| Q |
311 |
tggtatcttttttatgttgttattgtggattctcgtatcatcatgtgtatatg-tttggggacgaccagcaacttttaatcaagactttcatgtcacgtg |
409 |
Q |
| |
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| || |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
40330329 |
tagtgtcttttttatattgttgatgtggattctcttatcat---gtgtttttggtttggggaagaccagcaacttttaatcaagattttcatgtcacgtg |
40330233 |
T |
|
| Q |
410 |
gtctgagccccatatcaagcaaattgatcaaggcaggactatccaactcaccctagaccaaggttctggtaagtaacatatgttattatatactata |
506 |
Q |
| |
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|
| T |
40330232 |
gtcagaaccccatatcaagcaaattgatcaaggcagaactatccaacttaccctagaccaaggctctggtaagtaacttatgttattatatactata |
40330136 |
T |
|
Back To:
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