View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20227_low_2 (Length: 414)

Name: NF20227_low_2
Description: NF20227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20227_low_2
NF20227_low_2
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (1-393)||(5209-5604)
scaffold0400 (46-362)||(10739-11055)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (1-393)||(5853-6248)
scaffold0365 (46-362)||(11382-11698)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (47-389)||(14501915-14502257)
chr1 (46-389)||(15035238-15035584)
chr1 (80-389)||(15023482-15023791)
chr1 (80-389)||(15009365-15009674)
chr1 (80-389)||(15030463-15030772)
chr1 (46-363)||(14534509-14534829)
chr1 (80-385)||(15000763-15001071)
chr1 (80-389)||(15015765-15016077)
chr1 (122-389)||(14465808-14466078)
chr1 (46-362)||(14524532-14524848)
chr1 (75-386)||(14480706-14481032)
chr1 (6-61)||(15035929-15035984)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (164-233)||(16023086-16023155)
chr7 (164-233)||(16101178-16101247)
chr7 (164-233)||(16170856-16170925)


Alignment Details
Target: scaffold0400 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 5604 - 5209
Alignment:
Q  1 tcctgacaattggattgtggtaagggaattgagcttaccaacttcattgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5604 tcctgacaattggattgtggtaagggaattgagctttccaacttcactgggaatgttaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagattt 5505  T
Q  101 gacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaa 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5504 gacatcaccccaatatggtgaggaacaactccgtaaaaggaattgttttttaaaactaagatgcggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaa 5405  T
Q  201 gcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaa---ctacaaggattgctacc 297  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||    
T  5404 gcataccttttaggccaatattggtgagatttaacttgcagatagattttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaactactacaaggatcgttacc 5305  T
Q  298 aatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgccttggatttttgttgtggc 393  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5304 gatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagaacatctacttcgctgccttggatttttgttgtggc 5209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 46 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 11055 - 10739
Alignment:
Q  46 attgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattg 145  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||  |||| || |||    
T  11055 attgggaacgctaccagagagttcatttagtgacaaatcaagagtttctagattggacattacaccaatatgatgtggaacaactccaaagaatgagttg 10956  T
Q  146 ttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatgg 245  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||| | |  |||| || |||| |||| |    
T  10955 tttcttaaaactaagctatggatttttggaagtgatgagatattgagattttgaagtgtaccttttagtccaatacttgcaagatgtatcttgtagatag 10856  T
Q  246 attttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgcttt 345  Q
    ||||||| |   ||  ||||||||||||  ||||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||    
T  10855 attttgacttgccatcacatgtgattcccacccaattgcaaggcttattaccaatccatgaagagagcaatgacttgctttggttgtcaaagcttgcttt 10756  T
Q  346 ccacttcaatagagcat 362  Q
    ||| ||||||| |||||    
T  10755 ccatttcaataaagcat 10739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 6248 - 5853
Alignment:
Q  1 tcctgacaattggattgtggtaagggaattgagcttaccaacttcattgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagattt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6248 tcctgacaattggattgtggtaagggaattgagctttccaacttcactgggaatgttaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagattt 6149  T
Q  101 gacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaa 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6148 gacatcaccccaatatggtgaggaacaactccgtaaaaggaattgttttttaaaactaagatgcggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaa 6049  T
Q  201 gcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaa---ctacaaggattgctacc 297  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| | ||||    
T  6048 gcataccttttaggccaatattggtgagatttaacttgcagatagattttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaactactacaaggatcgttacc 5949  T
Q  298 aatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgccttggatttttgttgtggc 393  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5948 gatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagaacatctacttcgctgccttggatttttgttgtggc 5853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 46 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 11698 - 11382
Alignment:
Q  46 attgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattg 145  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||  |||| || |||    
T  11698 attgggaacgctaccagagagttcatttagtgacaaatcaagagtttctagattggacattacaccaatatgatgtggaacaactccaaagaatgagttg 11599  T
Q  146 ttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatgg 245  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||| | |  |||| || |||| |||| |    
T  11598 tttcttaaaactaagctatggatttttggaagtgatgagatattgagattttgaagtgtaccttttagtccaatacttgcaagatgtatcttgtagatag 11499  T
Q  246 attttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgcttt 345  Q
    ||||||| |   ||  ||||||||||||  ||||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||||||||||||    
T  11498 attttgacttgccatcacatgtgattcccacccaattgcaaggcttattaccaatccatgaagagagcaatgacttgctttggttgtcaaagcttgcttt 11399  T
Q  346 ccacttcaatagagcat 362  Q
    ||| ||||||| |||||    
T  11398 ccatttcaataaagcat 11382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 175; Significance: 4e-94; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 47 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 14502257 - 14501915
Alignment:
Q  47 ttgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgt 146  Q
    ||||||||| ||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || ||||    
T  14502257 ttgggaatgttaccagagagattatttagtgacaaatcaagagtgtctaggtttgacatcactccaatatggtgtggaacagctccatagaatgagttgt 14502158  T
Q  147 tttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatgga 246  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||  |||||||||| ||||  ||||||    
T  14502157 tttttaaaactaaggtgcggatttttggaagtgatgataaattgagactttgaagcgtaccttttagtccaatatcagtgagatttaccttgttgatgga 14502058  T
Q  247 ttttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttc 346  Q
    |||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||    
T  14502057 ttttgaatcattatcacatgtgattccttcccaactacaaggattattaccattccatgaagaaagcaatgccctactgttgttgtcaaggcttgctttc 14501958  T
Q  347 cacttcaatagagcatctacttcactgccttggatttttgttg 389  Q
    |||||||| ||||||||  | || || ||||||||| ||||||    
T  14501957 cacttcaacagagcatcagcctcgctaccttggattattgttg 14501915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 46 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15035584 - 15035238
Alignment:
Q  46 attgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattg 145  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||    
T  15035584 attgggaatggtaccagagagttcatttagtgacaaatcaagagtttctagattggacattacaccaatatggtgtggaactacaccgtagaaggagttg 15035485  T
Q  146 ttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatgg 245  Q
     |  ||||||||||  | |  | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  15035484 ctgcttaaaactaaacttttcaatttcggaagtgatgagaaattgagagtttgaagcgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatgg 15035385  T
Q  246 attttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaa---ctacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgc 342  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||   |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||| ||||||    
T  15035384 attttgaatcatcatcacatgtgattccttcccaactactacaaggattattaccaatccatgaagagagcaatgccctgttgtggttgtcaaggcttgc 15035285  T
Q  343 tttccacttcaatagagcatctacttcactgccttggatttttgttg 389  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  15035284 tttccacttcaacagagcatctgcctcactgcctttgatttttgttg 15035238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 80 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15023791 - 15023482
Alignment:
Q  80 aaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtg 179  Q
    |||| |||||||| |||| | |||||| ||||||||||||| |||| |||||| || ||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||    
T  15023791 aaattaagagttttcagactagacatctctccaatatggtgtggaataactccatacaaggagttgtttgttaaaactaaggtgtgtattttcggaagtg 15023692  T
Q  180 atgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttccca 279  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || || |||| |  ||| ||||||||||||||    
T  15023691 atgagaaattgagactttgaagagtaccgtttaatccaatattggtgagatttaccttgttgatggacttcgattcataatcacacgtgattccttccca 15023592  T
Q  280 actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgccttgg 379  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | || || ||||||    
T  15023591 accacaaggattattaccaatccatgaagagagaaatgccctgctatggttgtcaaggcttgttttccacttcaatagagcatcagcctcgctaccttgg 15023492  T
Q  380 atttttgttg 389  Q
    ||||||||||    
T  15023491 atttttgttg 15023482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 80 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15009674 - 15009365
Alignment:
Q  80 aaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtg 179  Q
    |||| ||||||||  ||| | |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  15009674 aaattaagagttttgagactagacatctctccaatttggtgtggaacaactccgtacaagaagttgtttgttaaaactaaagtgtggatttttggaagtg 15009575  T
Q  180 atgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttccca 279  Q
    ||||||| |||||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || || |||| |  ||| ||||||||||||||    
T  15009574 atgagaagttgagactctgaagtgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatggacttcgattcataatcacacgtgattccttccca 15009475  T
Q  280 actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgccttgg 379  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | || || ||||||    
T  15009474 accacaaggattattaccaatccatgaagagagaaatgccctgctatggttgtcaaggcttgatttccacttcaatagagcatcagcctcgctaccttgg 15009375  T
Q  380 atttttgttg 389  Q
    ||||||||||    
T  15009374 atttttgttg 15009365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 80 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15030772 - 15030463
Alignment:
Q  80 aaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtg 179  Q
    |||| ||||||||  ||| | |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  15030772 aaattaagagttttgagactagacatctctccaatttggtgtggaacaactccgtacaagaagttgtttgttaaaactaaagtgtggatttttggaagtg 15030673  T
Q  180 atgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttccca 279  Q
    ||||||| |||||||| |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||| || || |||| |  ||| ||||||||||||||    
T  15030672 atgagaagttgagactctgaagtgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatggacttcgattcataatcacacgtgattccttccca 15030573  T
Q  280 actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgccttgg 379  Q
    || |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  | || || ||||||    
T  15030572 accacaaggattattaccaatccatgaagagagaaatgccctgctatggttgtcaaggcttgatttccacttcaatagagcatcagcctcgctaccttgg 15030473  T
Q  380 atttttgttg 389  Q
    ||||||||||    
T  15030472 atttttgttg 15030463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 46 - 363
Target Start/End: Original strand, 14534509 - 14534829
Alignment:
Q  46 attgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattg 145  Q
    |||||||||| ||||||||||  | |||| ||| |||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||    
T  14534509 attgggaatggtaccagagagattgttaactgacaaatcaagagtttttagactagacatctctccaatatggtgtggaacaactccgtacaagaagttg 14534608  T
Q  146 ttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatgg 245  Q
    ||| ||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||  |||||||||| ||||  |||||    
T  14534609 tttgttaaaactaaagtgtggatttttgtaagtgatgagaaattgagactttgaagcgtaccttttagtccaatatcagtgagatttaccttgttgatgg 14534708  T
Q  246 attttgagtcatcacaacatgtgattccttccca---actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgc 342  Q
    | ||||| | || |  ||| ||||||||||||||   ||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| ||||||    
T  14534709 actttgatttataatcacacgtgattccttcccaactactacaaggattattgccaatccatgaagagagcaaagcattgctatggttgtcaaggcttgc 14534808  T
Q  343 tttccacttcaatagagcatc 363  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  14534809 tttccacttcaacagagcatc 14534829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 80 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 15001071 - 15000763
Alignment:
Q  80 aaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtg 179  Q
    |||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  15001071 aaatcaagagtttttagactagacatctctccaatatggtgtggaacaactccgtgcaagaagttgtttgttaaaactaaggtgtggatttttgtaagtg 15000972  T
Q  180 atgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttccca 279  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||| | || |  ||| ||||||||||||||    
T  15000971 atgagaaattgagagtttgaagcgtaccttttagtccaatattggtgagatttatcatgttgatggattttgattgataatcacacgtgattccttccca 15000872  T
Q  280 a---ctacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcct 376  Q
    |   |||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||| |||    
T  15000871 actactacaaggattattgccaatccatgaagagagcaatgccctgctgtggttgtcaaggcttgccttccatttcaacagagcatcaacctcactacct 15000772  T
Q  377 tggattttt 385  Q
    ||| |||||    
T  15000771 tggtttttt 15000763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 80 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 15016077 - 15015765
Alignment:
Q  80 aaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtg 179  Q
    |||||||||||||  ||| | |||||| ||||||||||||| |||||||  ||||| | | | |||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||    
T  15016077 aaatcaagagtttttagactagacatctctccaatatggtgtggaacaatgccgtacaggaagttgtttcttaaaactaaggtacggatttttggaagtg 15015978  T
Q  180 atgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttccca 279  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  15015977 atgagaaattgagactttgaagtgtaccttttagtccaatattggtgagatttaccttgttgatggattttgaatcatcatcacatgtgattccttccca 15015878  T
Q  280 ---actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgcct 376  Q
       ||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||  | || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||| | |||| ||||    
T  15015877 gctactacaaggattattaccaatccatgaagagagtaatgctttgctttggttgtcaaagctttctttccacttcaacagagactctgcctcacggcct 15015778  T
Q  377 tggatttttgttg 389  Q
    | |||||||||||    
T  15015777 ttgatttttgttg 15015765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 122 - 389
Target Start/End: Complemental strand, 14466078 - 14465808
Alignment:
Q  122 ggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatat 221  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||| | ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||    
T  14466078 ggaataactccatagaaggagttgtttctcaaaactaattcttggatttttggaagtgatgagaaattgagagtttgaagcgtaccttttagtccaatat 14465979  T
Q  222 tggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaa---ctacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgc 318  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||   |||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||     
T  14465978 tggtgagatttaccttgtagattgattttgattcatcatcacatgtgattccttcccaactactacaaggattattaccaatccatgaagagagtagtgt 14465879  T
Q  319 cctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagagcatctacttcactgccttggatttttgttg 389  Q
    | | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| || |||||||||||    
T  14465878 cttgctttggttgtcaaagcttgctttccacttcaacagagcatctgtctcactgcttttgatttttgttg 14465808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 46 - 362
Target Start/End: Original strand, 14524532 - 14524848
Alignment:
Q  46 attgggaatgctaccagagagtctattaagtgataaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattg 145  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||  |||| |  ||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||    
T  14524532 attgtgaatgctaccagagagtttatttagtgacaaatcaagagtgtctagattgcacattagaccaatatggtgtggaacaactccatagaatgagttg 14524631  T
Q  146 ttttttaaaactaagatgtggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatgg 245  Q
    ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||| | |  |||| || |||| |||| |    
T  14524632 tttcttaaaactaagctatggatttttggaagtgatgagatattgagattttgaagtgtaccttttagtccaatacttgcaagatgtatcttgtagatag 14524731  T
Q  246 attttgagtcatcacaacatgtgattccttcccaactacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgcttt 345  Q
    ||||||| |   ||  ||||||||||||  ||||| | ||||| ||  |||||||||||||||||||||| | | | || ||||||||||||||||||||    
T  14524732 attttgacttgccatcacatgtgattcccacccaattgcaaggcttattaccaatccatgaagagagcaaagacttgctttggttgtcaaagcttgcttt 14524831  T
Q  346 ccacttcaatagagcat 362  Q
    ||| ||||||| |||||    
T  14524832 ccatttcaataaagcat 14524848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 75 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 14481032 - 14480706
Alignment:
Q  75 gtgataaatcaagagtttccagatttgacatcactccaatatggtgaggaacaactccgtagaaggaattgttttttaaaactaagatgtggatttttgg 174  Q
    |||| ||||||||||| | |||||| ||||| || ||||||||||  |||| |||||| |||||| | |||||| | ||||||||  | |||||||||||    
T  14481032 gtgaaaaatcaagagtgttcagattggacattacaccaatatggtatggaataactccatagaagaagttgtttctcaaaactaatttttggatttttgg 14480933  T
Q  175 aagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagatttaacttgcagatggattttgagtcatcacaacatgtgattcct 274  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   ||| | ||||||||| || ||||   || |||||||||| || |  |||| ||||||||    
T  14480932 aagtgatgagaaattgagactttgaagtgtaccttttagttcaaaactggtgagatctatcttgttaatagattttgagttattatcacatatgattcct 14480833  T
Q  275 tccca---------------actacaaggattgctaccaatccatgaagagagcaatgccctactatggttgtcaaagcttgctttccacttcaatagag 359  Q
    |||||               ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | | || | || || ||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  14480832 tcccaacttagtccaatactactacaaggattattaccaatccatgaagagagtatttccttgctttgtttgtcaaagcttgctttccactttaaaagag 14480733  T
Q  360 catctacttcactgccttggatttttg 386  Q
    ||||| | ||  |||||||| ||||||    
T  14480732 catctgcctcgttgccttggttttttg 14480706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 6 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 15035984 - 15035929
Alignment:
Q  6 acaattggattgtggtaagggaattgagcttaccaacttcattgggaatgctacca 61  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||| || | |||||| ||||||||||||    
T  15035984 acaattggattgtggaaagggaatagagctttcctaattcatttggaatgctacca 15035929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 164 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 16023155 - 16023086
Alignment:
Q  164 tggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagattta 233  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  16023155 tggatatttggaagtgatgagaagttaagactttcaagcgtacctttcaatcccatatttgtgagattta 16023086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 164 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 16101247 - 16101178
Alignment:
Q  164 tggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagattta 233  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  16101247 tggatatttggaagtgatgagaagttaagactttcaagcgtacctttcaatcccatatttgtgagattta 16101178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 164 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 16170925 - 16170856
Alignment:
Q  164 tggatttttggaagtgatgagaaattgagactttgaagcataccttttaagccaatattggtgagattta 233  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| || || ||||| ||||||||||    
T  16170925 tggatatttggaagtgatgagaagttaagactttcaagcgtacctttcaatcccatatttgtgagattta 16170856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University