View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20227_low_3 (Length: 408)

Name: NF20227_low_3
Description: NF20227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20227_low_3
NF20227_low_3
[»] scaffold0013 (1 HSPs)
scaffold0013 (15-282)||(63647-63914)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (28-276)||(28508408-28508656)
chr7 (15-274)||(11407571-11407830)
chr7 (49-186)||(46527394-46527531)
chr7 (49-197)||(10553603-10553751)
chr7 (100-220)||(41963371-41963491)
chr7 (15-87)||(13907811-13907883)
[»] scaffold0097 (1 HSPs)
scaffold0097 (15-274)||(26347-26606)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (15-274)||(20722518-20722777)
chr2 (15-220)||(29901174-29901379)
chr2 (49-224)||(4173790-4173965)
chr2 (49-224)||(31502077-31502251)
chr2 (49-197)||(695708-695856)
chr2 (49-224)||(26390634-26390808)
chr2 (134-274)||(21832518-21832658)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (35-274)||(13827275-13827514)
chr3 (49-224)||(47867926-47868101)
chr3 (49-224)||(38110125-38110300)
chr3 (49-224)||(48163801-48163976)
chr3 (49-185)||(18907203-18907339)
chr3 (49-220)||(181277-181448)
chr3 (49-220)||(45033663-45033834)
chr3 (49-220)||(18943707-18943878)
chr3 (49-203)||(8174-8328)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (15-273)||(23714446-23714704)
chr8 (49-220)||(44116864-44117035)
chr8 (49-182)||(41268851-41268984)
chr8 (49-220)||(42096727-42096898)
chr8 (49-203)||(20478345-20478499)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (49-194)||(42056307-42056452)
chr1 (51-220)||(46193258-46193427)
chr1 (49-224)||(31386551-31386726)
chr1 (49-197)||(18241944-18242092)
chr1 (49-203)||(50913869-50914023)
chr1 (49-220)||(4912880-4913051)
chr1 (52-220)||(27106968-27107135)
chr1 (28-154)||(8645416-8645542)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (49-220)||(9039853-9040024)
chr5 (49-197)||(7252525-7252673)
chr5 (49-197)||(37981245-37981393)
chr5 (52-186)||(19875615-19875748)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (49-220)||(39389750-39389921)
chr4 (52-220)||(12025823-12025991)
chr4 (15-197)||(11868366-11868548)
[»] scaffold0850 (1 HSPs)
scaffold0850 (49-220)||(1175-1346)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (15-176)||(23058458-23058619)
chr6 (51-220)||(5619312-5619481)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (49-195)||(19180-19326)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (49-195)||(53518-53664)
[»] scaffold1868 (1 HSPs)
scaffold1868 (49-224)||(572-747)


Alignment Details
Target: scaffold0013 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 15 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 63914 - 63647
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| | |    
T  63914 ggaggagctgctatagaggaataggagaaggagttggtgtctgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtatgctgttcactaacaaaacaaataga 63815  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcg 214  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  63814 cacatggacgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctatatgatcatctcg 63715  T
Q  215 atgattatgtccgtatgtgcaataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaacatattca 282  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  63714 atgattatgtccgtatgtgtaataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaacatattca 63647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 137; Significance: 2e-71; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 28 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 28508656 - 28508408
Alignment:
Q  28 gagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtga 127  Q
    ||||| |||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||| ||||||||| |||  ||||||| ||||||    
T  28508656 gagagagataggaggaggcattggtatgtgaggagttttcttctatatctcatcggtagtgcgctgttcactaacaaaacgaacggacacatcaatgtga 28508557  T
Q  128 tatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgtccg 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||  |||||||| ||||  |||||| ||||||    
T  28508556 tatatcttgattgtatggtggacttgaatgcgattgggaagtggtcatgggtagggatgaatttagcttacatgtatgattatcttaatgattttgtccg 28508457  T
Q  228 tatgtgcaataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaaca 276  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28508456 tctgtgtaacaagacgatggctggatgtgtgacccttcttatggtaaca 28508408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 11407830 - 11407571
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    |||||||| ||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |  | |||| ||||||||  |||| |    
T  11407830 ggaggagcggctggagagacatatgaggaggagttggtgtgtgaggagttttcttctttatctcgtcggtagtgcgttattcactaacaaaatgaacaga 11407731  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcg 214  Q
     ||||| |  ||||||||||||||||||||  | ||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| || |||||| || | |    
T  11407730 gacatccacttgatatatcttgattgtatgacgcacttggatgctattgggaagtggtcatggggagggatgaccctagcttacctatatgattattttg 11407631  T
Q  215 atgattatgtccgtatgtgcaataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaa 274  Q
    |||||||||| ||| ||   || |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||    
T  11407630 atgattatgttcgtctgcttaacaagacgatggatggttgtgggacccttcttatggtaa 11407571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 46527531 - 46527394
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  46527531 tggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgatgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcag 46527432  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatg 186  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||    
T  46527431 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatg 46527394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Original strand, 10553603 - 10553751
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||  |    
T  10553603 tggtgtgtcaggagtttccttctatatctcgttggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatttatcttgattgtatggctg 10553702  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagctta 197  Q
    ||||| | | |||||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||||    
T  10553703 acttgcaggcgattgggaagtggtaatggggagggatggccttagctta 10553751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 100 - 220
Target Start/End: Original strand, 41963371 - 41963491
Alignment:
Q  100 aacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatc 199  Q
    |||||||| |||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||| | | ||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||| || |    
T  41963371 aacaaaacgaacagacacatcgacttgatacatcttgattgtatggcggacttgcaggcgattgagaagtggtcatggggagggatggccttagcatacc 41963470  T
Q  200 tgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    |||| ||  |||| |||||||    
T  41963471 tgtacgactatctagatgatt 41963491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 13907883 - 13907811
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagt 87  Q
    ||||||| |||| ||||| |||| ||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13907883 ggaggagatgctggagagagatatgaggaggcagtggtgtgcgaggagttttcttctatatctcgtcggtagt 13907811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0097 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0097
Description:

Target: scaffold0097; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 274
Target Start/End: Original strand, 26347 - 26606
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    ||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| |||| |    
T  26347 ggaggagatgctggagagagatacgagaaggagttgttgtgtgaggagttttcttttatatcttgtcggtagtgcgttgttcactaacaaaacgaacaga 26446  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcg 214  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| |||| |    
T  26447 cacatcgacttggtatatcttgattgtatggtggacctgaatgcaattgggaagtgatcatggggagggatgaccttagcttacctatatgattatcttg 26546  T
Q  215 atgattatgtccgtatgtgcaataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaa 274  Q
    |||||||||| ||| || |  | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  26547 atgattatgttcgtctgggtgacaagacgatggctggttgtgtgacccttcttatggtaa 26606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 274
Target Start/End: Original strand, 20722518 - 20722777
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    ||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||| |||| |    
T  20722518 ggaggagatgctggagagagatacgagaaggagttgttgtgtgaggagttttcttttatatcttgtcggtagtgcgttgttcactaacaaaacgaacaga 20722617  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcg 214  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| |||| |    
T  20722618 cacatcgacttggtatatcttgattgtatggtggacctgaatgcaattgggaagtgatcatggggagggatgaccttagcttacctatatgattatcttg 20722717  T
Q  215 atgattatgtccgtatgtgcaataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaa 274  Q
    |||||||||| ||| || |  | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  20722718 atgattatgttcgtctgggtgacaagacgatggctggttgtgtgacccttcttatggtaa 20722777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Original strand, 29901174 - 29901379
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||| |||   ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |  |||||| ||||||||| |||| |    
T  29901174 ggaggagatgctggagagagataggaggaggcagtggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgccggtagtgcgttgttcactaacaaaacgaacaga 29901273  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcg 214  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| | |  ||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||| ||||| ||| |||| |    
T  29901274 cacatcgacttgatatatcttgattgtatggcggacttgcaggcaattgggaagtgatcaaggggagggatgactttatcttacctgtacgattatctgg 29901373  T
Q  215 atgatt 220  Q
    ||||||    
T  29901374 atgatt 29901379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 4173790 - 4173965
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| || | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4173790 tggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaacgaatagacacatcgacatgatatatcttgattgtatggtgg 4173889  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||| |   |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  4173890 acttgcagacgattgggaagtggtcatggggagggatggccttagcgtacctgtacgactatctggatgattatgt 4173965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 31502251 - 31502077
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  | |  |||||| ||||||||| |||| | |||||||  |||||||||||||||| |||| ||    
T  31502251 tggtgtgtgaggagtttccttctatatctcgtcggttttgcgttgttcactaacaaaacgaacagatacatcgacttgatatatcttgattgcatggcgg 31502152  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||| | | ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||| |||| |||||||||||    
T  31502151 acttgcaggcgattgagaagtggtcatggggagggatgaccttagcttacct-tacgattatctggatgattatgt 31502077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 695856 - 695708
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||| || |  |||||| ||||||||| |||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||    
T  695856 tggtgtgtgaggagtttccttttatatctcgttggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcaacttgatatatcttgattgtatggcgg 695757  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagctta 197  Q
    ||||| | | |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  695756 acttgcaggcgattggaaagtggtcatggggagggatgaccttagctta 695708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 26390634 - 26390808
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  ||    
T  26390634 tggtgtgtgaggagtttccttctatatctcgtcggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatgacgg 26390733  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||| | | |||||||||||||||| | ||||||||| |  |||||||  |||| ||  |||| |||||||||||    
T  26390734 acttgcaggcgattgggaagtggtca-ggggagggatggccctagcttacatgtacgactatctagatgattatgt 26390808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 134 - 274
Target Start/End: Original strand, 21832518 - 21832658
Alignment:
Q  134 ttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgtccgtatgtg 233  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| | || |||||| |||||||| || |||||| ||||  |||||| | | ||| ||      
T  21832518 ttgattgtatggtggacttgtaggcgattgggaagtggtcatgggaagagatgaccttagcttacctatatgattatcttaatgattctattcgtttgaa 21832617  T
Q  234 caataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaa 274  Q
     || |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  21832618 taacaagacgatggctggttgtgtgacccttcttacggtaa 21832658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 35 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 13827514 - 13827275
Alignment:
Q  35 ataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatct 134  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |  |||||| ||||||||| |||| ||| || ||  || |||||||    
T  13827514 ataggaggaggagttggtgtgtgaggagttttcttttatatctcgttggtagtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacaaattgacttggtatatct 13827415  T
Q  135 tgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgtccgtatgtgc 234  Q
    ||||||||||   ||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||| ||||  |||||||||| ||| ||||     
T  13827414 tgattgtatgacagacttgaatgctatttggaagtggtcatggggagggatgaccttagcttacctatatgattatctttatgattatgttcgtctgtgt 13827315  T
Q  235 aataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggtaa 274  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  13827314 aacaagacgatagctggttgtgtgacccttcttatggtaa 13827275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 47868101 - 47867926
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||    
T  47868101 tggtgtgtggagagttttcttctatatctcgtcggtagtgcgctgttcactaacaaaacgaacaaacacatcaacttgatatatcttgattgtatggcgg 47868002  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||    
T  47868001 acttgcaggtgattgtgaagtggtcatggggagggatgaccttagcttacctgtacgattatctggatgattatgt 47867926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 38110125 - 38110300
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| || | ||||||| ||||||||  |||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||  ||    
T  38110125 tggtgtgtgaggagtttccttctatatttcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaatgaacagacacatcaacttgatatatcttgattgtatgacgg 38110224  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  38110225 acttgtaggcgattgggaagtggtcatgtggagggatgaccttagcttacctgtacgactatctggatgattatgt 38110300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 48163801 - 48163976
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| || ||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  48163801 tggtgtatgaggagttttcttctatatctcgttggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 48163900  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||||||    
T  48163901 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatggccttagcgtacctgtacgactatctggatgattatgt 48163976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 49 - 185
Target Start/End: Original strand, 18907203 - 18907339
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  18907203 tggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacatacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 18907302  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggat 185  Q
    ||||| | | |||| ||||||||||||| ||||||||    
T  18907303 acttgcaggcgattcggaagtggtcatggggagggat 18907339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 181448 - 181277
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||  |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  ||    
T  181448 tggtgtgtcaggagtttccttctatatctcgtcggttgtgcgttgttcactaacaaaatgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatgacgg 181349  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||| ||  |||| |||||||    
T  181348 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggattgccttagcttacctgtacgactatctggatgatt 181277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Original strand, 45033663 - 45033834
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  || ||||| |||||||||||| ||    
T  45033663 tggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttggtatattttgattgtatggcgg 45033762  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| |   |||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||| || ||||| ||  |||| |||||||    
T  45033763 acttgcagacgattgggaagtggttatagggagggatgaccttagcgtacctgtacgactatctggatgatt 45033834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 18943878 - 18943707
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||    |||||| | ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  18943878 tggtgtgtgaggagtttgcttctatatctcgtcgattgtgtgttgttcacttacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 18943779  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | | |||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||    
T  18943778 acttgcaggcgattgggatgtggtcatggggagggatggccttagcgtacctgtacgactatctggatgatt 18943707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 49 - 203
Target Start/End: Original strand, 8174 - 8328
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||  |    
T  8174 tggtgtgtcaggagtttccttctatatctcgtcggttgtgcgatgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgcatggctg 8273  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgta 203  Q
    ||||| | | ||||||||||| |||| | |||||||||  ||||||||| |||||    
T  8274 acttgcaggcgattgggaagttgtcaaggggagggatggttttagcttacctgta 8328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 15 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 23714704 - 23714446
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    ||||||| |||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||||| |||| |    
T  23714704 ggaggagatgctggagagagatatgaggaggagttggtgtgtgaggatttttcttctatatctcgtcggtagtgcgttgttcactaacaaaacgaacaga 23714605  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcg 214  Q
    |||||| |  | ||||||||||| |||||||  |||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||   |||| |    
T  23714604 cacatcaacttaatatatcttgactgtatggcagacttgcatgcgattgggaagtggtcatggggagggatgaccttagcttacctttatgggtatcttg 23714505  T
Q  215 atgattatgtccgtatgtgcaataagacgatggctggatgtgtgacgcttcttatggta 273  Q
    |||||||||| ||| ||   || |||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  23714504 atgattatgttcgtctgaataacaagatgatggctgattgtgtgacccttcttatggta 23714446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 44117035 - 44116864
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| | || ||    
T  44117035 tggtgtgtgaggagtttccttctatatctcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaacgaacatacacatcgacttgatatatcttgattgcacggcgg 44116936  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| ||| |||| |||||||    
T  44116935 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatgaccttagcttacttgtacgattatctggatgatt 44116864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 182
Target Start/End: Original strand, 41268851 - 41268984
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  41268851 tggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 41268950  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagg 182  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| |||||    
T  41268951 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagg 41268984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 42096898 - 42096727
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |  |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |     
T  42096898 tggtgtgtgaggggtttccttctatatctcgtcggttgcgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcga 42096799  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | | |||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||  |||| |||||||    
T  42096798 acttgcaggcgattgggaagtgatcatggagagggatgaccttagcttacctgtacgactatctggatgatt 42096727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 49 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 20478499 - 20478345
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  20478499 tggtatgtcaggagtttccttctatatctcgttggtggtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggctg 20478400  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgta 203  Q
    ||||| | | ||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||| |||||    
T  20478399 acttgcaggcgattgggaagtggtcttggggagggatggccttagcttacctgta 20478345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 5e-41; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 42056452 - 42056307
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  42056452 tggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtacgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 42056353  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagc 194  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  42056352 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatgaccttagc 42056307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 51 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 46193427 - 46193258
Alignment:
Q  51 gtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggac 150  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||| | ||||||| | |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||  |||    
T  46193427 gtgtgtgaggagtttccttctatatcttgtcggttgtgcgctgttaactaacaaatcgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggctgac 46193328  T
Q  151 ttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||| | | |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  46193327 ttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatggccttagcttacctgtacgattatctggatgatt 46193258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Original strand, 31386551 - 31386726
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| |||| ||||||| |  || ||||||||||||| |||| |     
T  31386551 tggtgtgtgaggagtttccttctatatctcgtcggtcgtgcgctgttcactaacaaaacgaacagacacatccacttgttatatcttgattgcatggcga 31386650  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| |||| |||||||||||    
T  31386651 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatgaccttaacttacctgtacgattatctggatgattatgt 31386726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Original strand, 18241944 - 18242092
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  18241944 tggtgtgtaaagagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggctg 18242043  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagctta 197  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  18242044 acttgcaggagattgggaagtggtcatggggagggatggccttagctta 18242092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 49 - 203
Target Start/End: Original strand, 50913869 - 50914023
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  50913869 tggtgtgtcaggagtttccttctatatctcgttggttgtgcgatgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggctg 50913968  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgta 203  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  50913969 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatgaccttagcttacctgta 50914023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 4913051 - 4912880
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||| |||| ||    
T  4913051 tggtgtgtgaggagtttccttctatatctcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaacgaacaaacacatcgacttaatatatcttgattgcatggcgg 4912952  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | | | |||||||||||||||| | ||||||| | |||| |||  |||| ||| |||| |||||||    
T  4912951 acttgtaggcggttgggaagtggtcatgggaagggatgcccttagtttacatgtacgattatctggatgatt 4912880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 52 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 27107135 - 27106968
Alignment:
Q  52 tgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggact 151  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||    |||||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||    
T  27107135 tgtgtgaggagtttccttctatatctcgttggttgtgtgttgttcactaacaaaacaaacagacacatcgacttgatatatcttgattgcatggcggact 27107036  T
Q  152 tgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    || | | |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||  ||| |||| |||||||    
T  27107035 tgcaggcgattggcaagtggtcatg-ggagggatgaccttatcttacctgttcgattatctggatgatt 27106968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 154
Target Start/End: Original strand, 8645416 - 8645542
Alignment:
Q  28 gagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtga 127  Q
    ||||| |||||||| |||   |||||||| |||||||||||  ||||||| || ||  ||||  |||||| ||| || ||  ||||||||| ||| || |    
T  8645416 gagagagataggaggagggagtggtgtgttaggagttttctgatatatctcgttgggtgtacgttgttcactaataagacggacaaacacaccgaggtaa 8645515  T
Q  128 tatatcttgattgtatggtggacttga 154  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||    
T  8645516 taaatcttgagtgtatggtggacttga 8645542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9040024 - 9039853
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  9040024 tggtgtgtgaggagttttcttttatatctcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 9039925  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| || ||||| ||  |||| |||||||    
T  9039924 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatggccttagcgtacctgtacgactatctagatgatt 9039853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Original strand, 7252525 - 7252673
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| || ||||||| | ||||||||  |||| | |||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  7252525 tggtgtgtgagaagtttccttctatatctcgtcggttgtgcactgtttactaacaaaatgaacagatacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 7252624  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagctta 197  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  7252625 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatgaccttagctta 7252673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 37981393 - 37981245
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||  |    
T  37981393 tggtgtgtcaggagtttccttctatatctcgttggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggctg 37981294  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagctta 197  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  37981293 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatgaccttagctta 37981245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 52 - 186
Target Start/End: Original strand, 19875615 - 19875748
Alignment:
Q  52 tgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggact 151  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  19875615 tgtgtgatgagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatgg-ggact 19875713  T
Q  152 tgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatg 186  Q
    || | |  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  19875714 tgcaggcaattgggaagtggtcatggggagggatg 19875748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 39389921 - 39389750
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||| | ||    
T  39389921 tggtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtgcgttgttcactaacaaaacgaacatacacatcgacttgatatatcttgattgtatcgcgg 39389822  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||| ||  |||| |||||||    
T  39389821 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggagggatggccttagcgtatctgtacgactatctggatgatt 39389750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 12025991 - 12025823
Alignment:
Q  52 tgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggact 151  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || | | || | ||||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||    
T  12025991 tgtgtgaggagtttccttctatatctcgtagattgtgcgctgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcggact 12025892  T
Q  152 tgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    || | | |||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||  |||| |||||||    
T  12025891 tgcaggcgattggaaagtggtcatggggagggatggccttagcttacctgtacgactatctggatgatt 12025823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11868548 - 11868366
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| | |||   |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||| ||||||  |||||| || |||| |    
T  11868548 ggaggagttgctaaagagagatagggggaggcagtggtgtgttaggagttttatcctatatctcgtcgggagtacgctgttcgctaacaagacgaacata 11868449  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagctta 197  Q
    |||||| |  | |||||||| || |||||||||||| |||||  | | |||| |||||| || || || ||||| ||||||||    
T  11868448 cacatcaacatcatatatctggagtgtatggtggacctgaatacggtggggaggtggtcgtggggtggtatgacattagctta 11868366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0850 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0850
Description:

Target: scaffold0850; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 49 - 220
Target Start/End: Original strand, 1175 - 1346
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||  |||||| |||||| |  |||| |||||||||  ||||||||||||||||||||| ||    
T  1175 tggtgtgtgaggagtttccttctatatctcgtcggttgtacgatgttcactaacaagaagaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggcgg 1274  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||||| | |  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| ||| |||| |||||||    
T  1275 acttgcaggcaattgggaagtggtcatggggagggatgaccttagcttacatgtacgattatctggatgatt 1346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 176
Target Start/End: Original strand, 23058458 - 23058619
Alignment:
Q  15 ggaggagctgctagagagggataggagaaggagttggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaa 114  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||  |||   |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||| |||| |    
T  23058458 ggaggagatgttagagagagataggaagaggcagtggtgtgtgaggtgttttcttctatatctcgtcggtagtacgttgttcactaacaaaacgaacaga 23058557  T
Q  115 cacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggacttgaatgtgattgggaagtggtcatg 176  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||||    
T  23058558 cacatcgacttgatatatcttgattgtatggcggacttgcaggcgattgagaagtggtcatg 23058619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 51 - 220
Target Start/End: Original strand, 5619312 - 5619481
Alignment:
Q  51 gtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtggac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||  |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||  | |    
T  5619312 gtgtgtgaggagttttcttctatatctcgtcggttgtacgctgttcactaacaaaatgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgtatggccggc 5619411  T
Q  151 ttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgatt 220  Q
    ||| |   ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||  || ||||| ||  ||||||||||||    
T  5619412 ttgcagacgattgagaagtggtcatggggagggatgaccttagtgtacctgtacgactatctcgatgatt 5619481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 49 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 19326 - 19180
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| ||    
T  19326 tggtgtgtcaggagtttccttctatatctcgtcggttgtgcgatgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgcatggcgg 19227  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagct 195  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||    
T  19226 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggaggtatggccttagct 19180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 49 - 195
Target Start/End: Original strand, 53518 - 53664
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| || |  |||||| ||||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| |||| ||    
T  53518 tggtgtgtcaggagtttccttctatatctcgtcggttgtgcgatgttcactaacaaaacgaacagacacatcgacttgatatatcttgattgcatggcgg 53617  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagct 195  Q
    ||||| | | |||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||    
T  53618 acttgcaggcgattgggaagtggtcatggggaggtatggccttagct 53664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1868 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold1868
Description:

Target: scaffold1868; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 49 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 747 - 572
Alignment:
Q  49 tggtgtgtgaggagttttcttctatatcttgtcggtagtacactgttcattaacaaaacaaacaaacacatcgatgtgatatatcttgattgtatggtgg 148  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| || | ||||||| ||||||||| || | |||| ||||  |||||||||||||||| |||| ||    
T  747 tggtgtgttaggagattccttctatatctcgtcggttgtgcgctgttcactaacaaaacgaatagacacgtcgacttgatatatcttgattgcatggcgg 648  T
Q  149 acttgaatgtgattgggaagtggtcatgaggagggatgactttagcttatctgtatgatcatctcgatgattatgt 224  Q
    ||||  | | |||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||  | |||||| |||| |||||||||||    
T  647 acttacaggcgattgggaagtggtcatggggaggtatggccttagcttacttttatgattatctggatgattatgt 572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University