View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2024-Insertion-3 (Length: 954)

Name: NF2024-Insertion-3
Description: NF2024
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2024-Insertion-3
NF2024-Insertion-3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-886)||(19337738-19338622)
chr3 (842-886)||(19428200-19428245)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 768; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 768; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 19338622 - 19337738
Alignment:
Q  7 attatgactatcaagttcatattaaacaacaataaaacgttaacgattacaaacaaaacacataagtaaatatcccnnnnnnnnccaaacataaacaagt 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||    
T  19338622 attatgactatcaagttcatattaaacaacaataaaacgttaacgattacaaacaaaacacataagtaaatatcccaaaaaaaaccaaacataaacaagt 19338523  T
Q  107 ttaagcatctgaaggcttgaagtaagtttctggatattaaaactgatcttttgttctcctaaaatgcctaaaaaatcataatataatataaatttctgaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19338522 ttaagcatctgaaggcttgaagtaagtttctggatattaaaactgatcttttgttctcctaaaatgcctaaaaaatcataatataatataaatttctgaa 19338423  T
Q  207 gcattaagtgaccgctattaaagagggtatgatatccgctacagaaaatcaccctactacagatttcaaaatagacgcgactggctgctatgtcgccata 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19338422 gcattaagtgaccgctattaaagagggtatgatatccgctacagaaaatcaccctactacagatttcaaaatagacgcgactggctgctatgtcgccata 19338323  T
Q  307 gcagactgtagcaggatttggaataaagtgcttaattatgttctttgttgtcgtaaaaatctggatgtaaagctttatcaaaatgaaatgaacaacaaaa 406  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19338322 gcagactatagcaggatttggaataaagtgcttaattttgttctt-gttggcgtaaaaatctggatgtaaagctttatcaaaatgaaatgaacaacaaaa 19338224  T
Q  407 gcattctcctttaaatgatcacaacaaaggactttgtagactcattgcaacacaaaccaatatgagaaaaatgatgcatataacggtcacctctgatatg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||     
T  19338223 gcattctcctttaaatgatcacaacaaaggactttgtagactcattgcaacacaaaccaatatgagaaaaatgatgcatataatggttacctctgatata 19338124  T
Q  507 acatttatcaacttcccagttaaacgaaataacaaagttataattatttgataacaggaaagattaccaaaactcgtcgtggtagagctgaatgctgaga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19338123 acatttatcaacttcccagttaaacgaaataacaaagttataattatttgataacaggaaagattaccaaaactcgtcgttgtagagctgaatgctgaga 19338024  T
Q  607 tatagaaaactctgaattttgtaaccgacttgcagaa-gcaaatttccaagcactgaaacgacagctagaaaacctcaaagacacatgcatcaactttag 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19338023 tatagaaaactctgaattttgtaaccaacttgcagaaggcaaatttccaagcactgaaacgacagctagaaaacctcaaagacacatgcatcaactttag 19337924  T
Q  706 tcttctttgagataaaatgtgaatctcagtaagtcattggtggaggaaatatcttatcgac-awacataaacaaaggcaataaaagcggggctttgctca 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19337923 tcttctttgagataaaatgtgaatctcagttagtcattggtggaggaaatatcttatcgacaatacataaacaaaggcaataaaagcggggctttgctca 19337824  T
Q  805 -gccat-aaactttgatctaaaactgtacttaatcatag-tttaattatttattataca-ttacacttgagagtttaggcttcaaa 886  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19337823 ggccataaaactttgatctaaaactgtacttaatcatagttttaattatttattatacatttacacttgagagtttaggcttcaaa 19337738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 842 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 19428245 - 19428200
Alignment:
Q  842 tttaattatttattatacatt-acacttgagagtttaggcttcaaa 886  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19428245 tttaattatttattatacatttacacttgagagtttaggcttcaaa 19428200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University