View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20240_low_15 (Length: 325)

Name: NF20240_low_15
Description: NF20240
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20240_low_15
NF20240_low_15
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (1-310)||(2592291-2592600)
chr6 (1-310)||(2440345-2440654)
chr6 (3-310)||(2623835-2624142)
chr6 (1-310)||(2568670-2568979)
chr6 (1-305)||(2672045-2672349)
chr6 (1-310)||(2596229-2596538)
chr6 (1-310)||(2640885-2641194)
chr6 (1-310)||(2451067-2451376)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (27-305)||(17870107-17870385)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 2592600 - 2592291
Alignment:
Q  1 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2592600 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccat 2592501  T
Q  101 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2592500 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagct 2592401  T
Q  201 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2592400 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcat 2592301  T
Q  301 gagcacttgc 310  Q
    ||||| ||||    
T  2592300 gagcatttgc 2592291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 2440654 - 2440345
Alignment:
Q  1 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccat 100  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2440654 ctttctcaacaacaattcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgaatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccat 2440555  T
Q  101 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2440554 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagct 2440455  T
Q  201 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2440454 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcgt 2440355  T
Q  301 gagcacttgc 310  Q
    ||||| ||||    
T  2440354 gagcatttgc 2440345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 3 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 2624142 - 2623835
Alignment:
Q  3 ttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccatga 102  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2624142 ttctcaacaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatga 2624043  T
Q  103 ccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagctct 202  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2624042 ccttttctaaagtgtcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagctct 2623943  T
Q  203 agctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatga 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2623942 agctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctgtcaccacacaatgtgtcatatccatcttttaagcttgatatgaaatcatga 2623843  T
Q  303 gcacttgc 310  Q
    ||| ||||    
T  2623842 gcatttgc 2623835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 2568670 - 2568979
Alignment:
Q  1 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccat 100  Q
    ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  2568670 ctttctcaacaacaatgcccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgccacaaccacacttgtccttccaaccat 2568769  T
Q  101 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagct 200  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2568770 aaccctttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagct 2568869  T
Q  201 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2568870 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 2568969  T
Q  301 gagcacttgc 310  Q
    ||||||||||    
T  2568970 gagcacttgc 2568979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 2672045 - 2672349
Alignment:
Q  1 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  2672045 ctttctcaacaacacttcccttgtctaaaacagcaatcaaatcgcaattttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacacttgtccttccaaccat 2672144  T
Q  101 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagct 200  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2672145 aaccctttctaaagcatcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagct 2672244  T
Q  201 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2672245 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctgtcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 2672344  T
Q  301 gagca 305  Q
    |||||    
T  2672345 gagca 2672349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 2596229 - 2596538
Alignment:
Q  1 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccat 100  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  2596229 ctttctcaacaacaattcccttatccaagacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgccacaaccacacttgtccttccaaccat 2596328  T
Q  101 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagct 200  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2596329 aaccctttctaaagtatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagct 2596428  T
Q  201 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  2596429 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcgt 2596528  T
Q  301 gagcacttgc 310  Q
    ||||| ||||    
T  2596529 gagcatttgc 2596538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 2640885 - 2641194
Alignment:
Q  1 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccat 100  Q
    |||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||    
T  2640885 ctttttcaacaacaatccccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgcgacaactacacttgtccttccaaccat 2640984  T
Q  101 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagct 200  Q
     ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||    
T  2640985 aactctttctaaagcatcttgcactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagtaacacctttggattcttcaatatagct 2641084  T
Q  201 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 300  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  2641085 ctagctattgcaatcctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttgtaagcttgatatgaaatcat 2641184  T
Q  301 gagcacttgc 310  Q
    ||||| ||||    
T  2641185 gagcatttgc 2641194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 2451376 - 2451067
Alignment:
Q  1 ctttctcaataacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccat 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||    
T  2451376 ctttctcaataacactacccttatccaaaacaacaatcatatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgttcttccaatcat 2451277  T
Q  101 gaccttttctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagct 200  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  2451276 aaccctttctaaagcatcttgcactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagct 2451177  T
Q  201 ctagctattgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcat 300  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2451176 ctagctattgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcat 2451077  T
Q  301 gagcacttgc 310  Q
    ||||| ||||    
T  2451076 gagcatttgc 2451067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 305
Target Start/End: Original strand, 17870107 - 17870385
Alignment:
Q  27 aaaacagcaatcaaatcacagttttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgttcttccaaccatgaccttttctaaagcatcttggacta 126  Q
    ||||||||||| | |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||| |  || |||||||| ||||    
T  17870107 aaaacagcaataacatcacaattgtgtatggtactcaacctatgtgctacaaccacactagtccttccaaccattaccttattcaatgcatcttgcacta 17870206  T
Q  127 atttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagctctagctattgcaattctttgtttttg 226  Q
      || ||||| | | ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||    
T  17870207 ccttttctgaattattatcaagtgcacttgttgcttcatctagaagcaacacctttggattcttcaacatggctctagctattgctatcctttgtttttg 17870306  T
Q  227 accaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagca 305  Q
     || ||   |||||| |||||| | || |||||| |||| ||||| |||||||| || ||||  || ||||||||||||    
T  17870307 cccccctgaaagttgcactcctttgtccccacaccatgtctcatacccatctttcaaacttgcaatgaaatcatgagca 17870385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University