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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20254_high_9 (Length: 428)

Name: NF20254_high_9
Description: NF20254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20254_high_9
NF20254_high_9
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-428)||(11035670-11036095)
chr3 (21-198)||(8376948-8377123)
chr3 (217-273)||(5243156-5243213)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (30-418)||(33885470-33885850)
chr1 (30-418)||(33958402-33958782)
chr1 (33-198)||(22362181-22362350)
chr1 (21-136)||(41314883-41314999)
chr1 (108-198)||(41314792-41314882)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (21-198)||(37807056-37807234)
chr5 (34-198)||(37627927-37628091)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (21-193)||(1609371-1609544)
chr7 (21-198)||(19633453-19633633)
chr7 (33-193)||(2186518-2186679)
chr7 (21-231)||(21270469-21270683)
chr7 (21-201)||(48189374-48189552)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-181)||(19214854-19215016)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (21-198)||(7098411-7098593)
chr8 (21-169)||(29821142-29821291)
chr8 (21-198)||(7094678-7094853)
[»] scaffold0627 (1 HSPs)
scaffold0627 (33-240)||(3296-3505)
[»] scaffold0042 (2 HSPs)
scaffold0042 (21-240)||(6381-6601)
scaffold0042 (21-240)||(13793-14013)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (355-407)||(11993259-11993311)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (46-123)||(34519149-34519226)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 11036095 - 11035670
Alignment:
Q  1 atagagaccatgaagatgactgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11036095 atagagaccatgaagatgactgtaagaacccaatattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgtga 11035996  T
Q  101 tttattgagtgataatattattttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11035995 tttattgagtgataatattattttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgc 11035896  T
Q  201 caattgtgataaagaaaaatgacttggtcttgattgaattaacacatgtactggtagttagagtatcatagcatatgactaggttgggctttcattc--n 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||       
T  11035895 caattgtgataaagaaaaatgacttggtcttgattgaattaacacatgtactggtagttagagtatcatagc--atgactaggttgggctttcattcttt 11035798  T
Q  299 nnnnnnnnnnnncaatgcatgtacttgtagcaagcctctcattagatcatgttagtatgttactattaaactaattacatatattaattggtccataatt 398  Q
                |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  11035797 ttgtttctttttcaatgcatgtacttgtagcaagcctctcattatatcatgttagtatgttactattaaactaatcacatatat--attggtccataatt 11035700  T
Q  399 gtagaaaagaacatagggacaactctccct 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11035699 gtagaaaagaacatagggacaactctccct 11035670  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 198
Target Start/End: Original strand, 8376948 - 8377123
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacctt-gtgatttattgagtgataatat- 118  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  8376948 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctaaattattttatcttacttt------aaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatata 8377041  T
Q  119 -tattttgtatttt-tctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
     |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  8377042 ttattttgttttttttctttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataactatttat 8377123  T

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Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 217 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 5243213 - 5243156
Alignment:
Q  217 aaatgacttggtcttgattgaattaacacatgtactggtagtta-gagtatcatagca 273  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||    
T  5243213 aaatgacttggtcttgattcaattaccacatgttctagtagttaggagtatcatagca 5243156  T

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Target: chr1 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 418
Target Start/End: Original strand, 33885470 - 33885850
Alignment:
Q  30 ccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaattt-gacattaaaataatttacctt-gtgatttattgagtgataatattattttgta 127  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33885470 ccagtattttatcatatttttattttaaattattttatcttaattttgactttaaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatattattctgta 33885569  T
Q  128 tttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgcc---aattgtgataaagaaaaatgact 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||      
T  33885570 tttttctttcaaattatatagccaaaatccattgtactatttattagatagtgtaccctataattatttatgcctattattgtgataaagaaaaatga-- 33885667  T
Q  225 tggtcttgattgaattaacacatgtactggtagttagagtatcatagcatatgactaggttgggctttcattc---nnnnnnnnnnnnncaatgcatgta 321  Q
        ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||                |||||| ||||    
T  33885668 ----cttgagtgaattagcacatgtactggtagttagagtatcatagc--atgactaggctgggctttcattctttttgtttcttttttcaatgcgtgta 33885761  T
Q  322 cttgtagcaagcctctcattagatcatgttagtatgttactattaaactaattacatatattaattggtccataattgtagaaaagaacatagggac 418  Q
    ||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  33885762 cttgtagcaagcctctcattatatc--------atgttactattaaactgattacatttattaattggtccataattgtagaaaagaaaatggggac 33885850  T

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Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 30 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 33958782 - 33958402
Alignment:
Q  30 ccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaattt-gacattaaaataatttacctt-gtgatttattgagtgataatattattttgta 127  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33958782 ccagtattttatcatatttttattttaaattattttatcttaattttgactttaaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatattattctgta 33958683  T
Q  128 tttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgcc---aattgtgataaagaaaaatgact 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||      
T  33958682 tttttctttcaaattatatagccaaaatccattgtactatttattagatagtgtaccctataattatttatgcctattattgtgataaagaaaaatga-- 33958585  T
Q  225 tggtcttgattgaattaacacatgtactggtagttagagtatcatagcatatgactaggttgggctttcattc---nnnnnnnnnnnnncaatgcatgta 321  Q
        ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||                |||||| ||||    
T  33958584 ----cttgagtgaattagcacatgtactggtagttagagtatcatagc--atgactaggctgggctttcattctttttgtttcttttttcaatgcgtgta 33958491  T
Q  322 cttgtagcaagcctctcattagatcatgttagtatgttactattaaactaattacatatattaattggtccataattgtagaaaagaacatagggac 418  Q
    ||||||||||||||||||||| |||        |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  33958490 cttgtagcaagcctctcattatatc--------atgttactattaaactgattacatttattaattggtccataattgtagaaaagaaaatggggac 33958402  T

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Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 33 - 198
Target Start/End: Original strand, 22362181 - 22362350
Alignment:
Q  33 gtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacc-ttgtgatttattgagtgata--atattattttg-tat 128  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||| | |    
T  22362181 gtattttatcatatttttattctaaattattttatcttaatttgactttaaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatatattattttgtttt 22362280  T
Q  129 ttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  22362281 ttttctttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataactatttat 22362350  T

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Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 41314999 - 41314883
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacc-ttgtgatttattgagtgataatatt 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  41314999 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctaaattattttatcttaatttgactttaaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatatt 41314900  T
Q  120 attttgtatttttcttt 136  Q
    |||||||||||||||||    
T  41314899 attttgtatttttcttt 41314883  T

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Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 41314882 - 41314792
Alignment:
Q  108 agtgataatattattttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| || | ||| |||||||||||||||    
T  41314882 agtgataatattattttgtatttttctttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatggggtaccctataactatttat 41314792  T

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Target: chr5 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 37807234 - 37807056
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttg-tgatttattgagtgataatatt 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  37807234 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctaaattattttatcttaatttgactttaaaataatttacctttatgatttattgagtgataatatt 37807135  T
Q  120 attttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37807134 attttgtatttttctttcgaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaacctataactatttat 37807056  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 34 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 37628091 - 37627927
Alignment:
Q  34 tattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgtgatttattgagtgataatattattttgtatttttc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  37628091 tattttatcatatttttattctaaattattttatcttaatttgactttaaaataattacctttgtgatttattgagtgataatattattttgcatttttc 37627992  T
Q  134 tttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  37627991 tttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataactatttat 37627927  T

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Target: chr7 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 1609544 - 1609371
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacctt-gtgatttattgagtgataatatt 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  1609544 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctaaattattttatcttaatttgactttaaaataatttacctttgtgatttattgaatgataatttt 1609445  T
Q  120 attttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataacta 193  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  1609444 attttgtatttttctttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataacta 1609371  T

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Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 21 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 19633633 - 19633453
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacc-ttgtgatttattgagtgataatatt 119  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  19633633 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctaaattattttatcttaatttgactttaaaataatttacctttgtaatttattgagtgataatatt 19633534  T
Q  120 attttgtatttttctttcaaa--ttatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  19633533 attttgtatttttctttcaaagtatatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataactatttat 19633453  T

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Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 33 - 193
Target Start/End: Original strand, 2186518 - 2186679
Alignment:
Q  33 gtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacctt-gtgatttattgagtgataatattattttgtatttt 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2186518 gtattttatcatatttttattctaaattattttatcttaatttgactttaaaataatttatctttgtgatttattaagtgataatattattttgtatttt 2186617  T
Q  132 tctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataacta 193  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  2186618 tctttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataacta 2186679  T

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Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21270683 - 21270469
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacc-ttgtgatttattgagtgataa---t 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||   |    
T  21270683 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctagattattttatcttaagttgactttaaaataatttacctttgtaatttattgaatgataatatt 21270584  T
Q  117 attattttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgcc---aattgtgataaa 213  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    ||| |||||||    
T  21270583 attatttagtatttttctttcaaagtatatagccaaaatccatta---caattattaaataatgtaccctataactatttatgcctattattatgataaa 21270487  T
Q  214 gaaaaatgacttggtctt 231  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  21270486 gaaaaatgacttgatctt 21270469  T

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Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 21 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 48189552 - 48189374
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacc-ttgtgatttattgagtgataa---t 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |    
T  48189552 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctagattattttatcttaatttgactttaaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatatt 48189453  T
Q  117 attattttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgcc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |      |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  48189452 attattttgtatttttctttcaaagtatatagccaaaatctattaca------attaaatagtgtaccctataactatttatgcc 48189374  T

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Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Original strand, 19214854 - 19215016
Alignment:
Q  20 ctgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgt-gatttattgagtgataatat 118  Q
    |||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  19214854 ctgtaagatcccgatattttatcatatttttattctaaattattttatcttactttgattttaaaataatttacctttttgatttattgaatgataatat 19214953  T
Q  119 tattttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgt 181  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  19214954 tattttgtatttttctttcaaattatatagccaaaattcattatactaattattaaatagtgt 19215016  T

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Target: chr8 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 21 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 7098593 - 7098411
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacc-ttgtgatttattgagtgata--ata 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  7098593 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattttaaattattttatcttaatttgactttaaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatata 7098494  T
Q  118 ttattttg--tatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
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T  7098493 ttattttgtttttttttctttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataactatttat 7098411  T

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Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 21 - 169
Target Start/End: Original strand, 29821142 - 29821291
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacctt-gtgatttattgagtgataatatt 119  Q
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T  29821142 tgtaagatcccgatattttatcatatttttattttaaattattttatcttactttgattttaaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatatt 29821241  T
Q  120 attttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaatt 169  Q
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T  29821242 attttgtattttactttcaaattatatagccaaaattcattatactaatt 29821291  T

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Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 7094853 - 7094678
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttacctt-gtgatttattgagtgataatat- 118  Q
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T  7094853 tgtaagatcccggtattttatcatatttttattctaaattattttatcttacttt------aaaataatttacctttgtgatttattgagtgataatata 7094760  T
Q  119 -tattttgtattttt-ctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttat 198  Q
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T  7094759 ttattttgttttttttctttcaaagtatatagccaaaattcattatattaattattaaatagtgtaccctataactatttat 7094678  T

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Target: scaffold0627 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0627
Description:

Target: scaffold0627; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 33 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 3505 - 3296
Alignment:
Q  33 gtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgtgatttattgagtgataatattattttgtattttt 132  Q
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T  3505 gtattttatctgatttttattctaaattattttatcttaacttgacattaaaatagttgactttctgatttattgatttataatattattttgta-tttt 3407  T
Q  133 ctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgcc---aattgtgataaagaaaaatgacttggtc 229  Q
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T  3406 ctttggaattatatagccaaaatccattatactaattattaaatagtgtaccttataactatttaagcctattattatgataaacaaatatgacttggtc 3307  T
Q  230 ttgattgaatt 240  Q
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T  3306 ttcattcaatt 3296  T

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Target: scaffold0042 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 2)
Name: scaffold0042
Description:

Target: scaffold0042; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 6601 - 6381
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgtgatttattgagtgataatatta 120  Q
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T  6601 tgtaagatcccgatattttatctaatttttattctaaattattttatcttgacttgacattaaaatagttgactttctgatttattgattgataatatta 6502  T
Q  121 ttttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgcc---aattgtgataaagaaa 217  Q
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T  6501 ttttgta-ttttctttggaattatatagccaaaatccattacactaattatta-atagtgtaccttataactatttaagcctattattatgataaagaaa 6404  T
Q  218 aatgacttggtcttgattgaatt 240  Q
     ||||||||||||| ||| ||||    
T  6403 tatgacttggtcttcattcaatt 6381  T

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Target: scaffold0042; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 14013 - 13793
Alignment:
Q  21 tgtaagaacccagtattttatcatatttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgtgatttattgagtgataatatta 120  Q
    ||||||| |||  |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||||||||    
T  14013 tgtaagatcccgatattttttcttatttttattctaaattattttatcttgacttgacattaaaatagttgactttctgatttattgattgataatatta 13914  T
Q  121 ttttgtatttttctttcaaattatatagccaaaatccattagactaattattatatagtgtatcctataactatttatgcc---aattgtgataaagaaa 217  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| | |||||||||||| |||    ||| |||||||||||    
T  13913 ttttgta-ttttctttggaattatatagccaaaatccatttcactaattatta-atagtgtaccttataactatttaagcctattattatgataaagaaa 13816  T
Q  218 aatgacttggtcttgattgaatt 240  Q
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T  13815 tatgacttggtcttcattcaatt 13793  T

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Target: chr4 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 11993311 - 11993259
Alignment:
Q  355 atgttactattaaactaattacatatattaattggtccataattgtagaaaag 407  Q
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T  11993311 atgttactattaaactaattaaatatattgattgatcgataattgtaggaaag 11993259  T

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Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 34519226 - 34519149
Alignment:
Q  46 tttttattctaaattatgttatcttaatttgacattaaaataatttaccttgtgatttattgagtgataatattattt 123  Q
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T  34519226 tttttatgcttaagtattttatcataatttgacgtaaaaatattttatcgtatgatttattgagtgatgatattattt 34519149  T

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