View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20262_low_49 (Length: 420)

Name: NF20262_low_49
Description: NF20262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20262_low_49
NF20262_low_49
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (12-420)||(26087006-26087414)
chr7 (12-420)||(26110793-26111202)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (12-420)||(15821790-15822198)
chr6 (12-420)||(4498238-4498646)
chr6 (12-420)||(34307784-34308192)
chr6 (323-375)||(6956001-6956053)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (12-420)||(552595-553003)
chr5 (12-420)||(30283007-30283415)
chr5 (281-366)||(41220940-41221025)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Original strand, 26087006 - 26087414
Alignment:
Q  12 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26087006 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcac 26087105  T
Q  112 aatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26087106 aatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 26087205  T
Q  212 gtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacatagatcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataacaa 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26087206 gtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcatagatcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaacaa 26087305  T
Q  312 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26087306 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttgcaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 26087405  T
Q  412 caaataatc 420  Q
    |||||||||    
T  26087406 caaataatc 26087414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Original strand, 26110793 - 26111202
Alignment:
Q  12 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26110793 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcac 26110892  T
Q  112 aatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26110893 aatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatcttaaccattgttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 26110992  T
Q  212 gtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacatagatcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataacaa 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26110993 gtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcatagatcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaacaa 26111092  T
Q  312 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatc-aaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaa 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26111093 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttgcaaaatcaaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaa 26111192  T
Q  411 tcaaataatc 420  Q
    ||||||||||    
T  26111193 tcaaataatc 26111202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 15822198 - 15821790
Alignment:
Q  12 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15822198 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcac 15822099  T
Q  112 aatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15822098 aatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 15821999  T
Q  212 gtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacatagatcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataacaa 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  15821998 gtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcatagatcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaacaa 15821899  T
Q  312 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15821898 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttgcaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 15821799  T
Q  412 caaataatc 420  Q
    |||||||||    
T  15821798 caaataatc 15821790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 4498646 - 4498238
Alignment:
Q  12 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4498646 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcac 4498547  T
Q  112 aatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4498546 aatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatcttaaccatggttcatgaaggagatttgaaacaggaggaggatttagg 4498447  T
Q  212 gtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacatagatcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataacaa 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4498446 gtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcatagattgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaacaa 4498347  T
Q  312 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4498346 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttgcaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 4498247  T
Q  412 caaataatc 420  Q
    |||||||||    
T  4498246 caaataatc 4498238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 34308192 - 34307784
Alignment:
Q  12 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  34308192 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccttgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcgc 34308093  T
Q  112 aatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 211  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34308092 aatggttttagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 34307993  T
Q  212 gtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacatagatcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataacaa 311  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34307992 gtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaatgcgacccgcatagatcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaacaa 34307893  T
Q  312 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34307892 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttgcaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 34307793  T
Q  412 caaataatc 420  Q
    |||||||||    
T  34307792 caaataatc 34307784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 323 - 375
Target Start/End: Original strand, 6956001 - 6956053
Alignment:
Q  323 ggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatc 375  Q
    ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||  |||||||    
T  6956001 ggattttcattaggatgaaggtaataaggatttgaagggttggtggcaaaatc 6956053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Original strand, 552595 - 553003
Alignment:
Q  12 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  552595 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcac 552694  T
Q  112 aatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  552695 aatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 552794  T
Q  212 gtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacatagatcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataacaa 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  552795 gtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcatagatcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaacaa 552894  T
Q  312 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  552895 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttgcaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 552994  T
Q  412 caaataatc 420  Q
    |||||||||    
T  552995 caaataatc 553003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 420
Target Start/End: Original strand, 30283007 - 30283415
Alignment:
Q  12 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgaacacaccaaatgattgatttcac 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30283007 caagaatatcagcaactctgaaaatatcaccctgtgcaaaacggttctccaatcgcttccaaaccacggaggctcgatcacaccaaatgattgatttcac 30283106  T
Q  112 aatgctttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatcttgtgacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 211  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30283107 aatggtttcagaaatacatcgttgaagccaagacagaaccatgttgttacatcttaaccatggttcatgaaggagatctgaaacaggaggaggatttagg 30283206  T
Q  212 gtgccatcaacaaattttaatttgttcttggaaattaaggccacccacatagatcgctaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggaataacaa 311  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  30283207 gtgccatcaacaaatttcaatttgttcttggaaattaaggcgacccgcatagatcgcgaccaagtctggtaattcttgttatccaatgatggagtaacaa 30283306  T
Q  312 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttacaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30283307 gaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggttgcaaaatcaaaaaatggtggattctccatagagatgaaagaaat 30283406  T
Q  412 caaataatc 420  Q
    |||||||||    
T  30283407 caaataatc 30283415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 281 - 366
Target Start/End: Original strand, 41220940 - 41221025
Alignment:
Q  281 taattcttgttatccaatgatggaataacaagaacaagtgatggattttcattaggatgcaagtagtaaggatttgaaggattggt 366  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| | |||||||| |  || ||||||||||||||||| | |||  |||| ||||||| ||||||    
T  41220940 taattcttgttgtccaataatggagttacaagaaccacagaaggattttcattaggatgtaggtaaaaagggtttgaagcattggt 41221025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University