View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20262_low_86 (Length: 332)

Name: NF20262_low_86
Description: NF20262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20262_low_86
NF20262_low_86
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (119-322)||(18561011-18561214)
chr7 (119-322)||(29327788-29327991)
chr7 (119-322)||(15148146-15148349)
chr7 (119-322)||(15152447-15152650)
chr7 (119-322)||(11536062-11536265)
chr7 (120-322)||(11542980-11543182)
chr7 (121-318)||(12738542-12738739)
chr7 (119-322)||(12750830-12751033)
chr7 (119-322)||(18257842-18258045)
chr7 (1-79)||(18560891-18560969)
chr7 (121-299)||(13392157-13392334)
chr7 (137-322)||(2364917-2365101)
chr7 (121-208)||(39111819-39111905)
chr7 (148-262)||(7396221-7396336)
chr7 (189-232)||(3132748-3132791)
chr7 (165-264)||(10234179-10234278)
chr7 (23-79)||(12738443-12738499)
chr7 (23-79)||(12750733-12750789)
chr7 (144-194)||(29982995-29983045)
chr7 (119-147)||(2653207-2653235)
chr7 (23-79)||(2653275-2653331)
chr7 (23-79)||(15152350-15152406)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (119-322)||(16566320-16566523)
chr6 (119-322)||(188977-189180)
chr6 (119-322)||(17684469-17684672)
chr6 (119-322)||(17691440-17691643)
chr6 (119-322)||(25537159-25537362)
chr6 (119-322)||(29308894-29309097)
chr6 (119-322)||(29315854-29316057)
chr6 (119-322)||(11651727-11651930)
chr6 (119-322)||(27381252-27381455)
chr6 (119-322)||(27471635-27471838)
chr6 (119-322)||(13359269-13359472)
chr6 (138-322)||(27925772-27925961)
chr6 (134-268)||(8509941-8510076)
chr6 (154-322)||(20553587-20553755)
chr6 (153-322)||(17850495-17850663)
chr6 (122-177)||(31258065-31258120)
chr6 (153-321)||(20736604-20736773)
chr6 (153-230)||(28605854-28605931)
chr6 (23-79)||(17684712-17684768)
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (119-322)||(28393134-28393337)
chr4 (119-322)||(4426604-4426806)
chr4 (119-322)||(19926760-19926963)
chr4 (119-322)||(10621333-10621536)
chr4 (119-322)||(26970467-26970670)
chr4 (119-322)||(55612687-55612890)
chr4 (121-322)||(868603-868804)
chr4 (119-322)||(5707324-5707527)
chr4 (127-322)||(8845215-8845410)
chr4 (127-322)||(8858179-8858374)
chr4 (119-322)||(10628412-10628615)
chr4 (119-322)||(18262216-18262419)
chr4 (119-322)||(26963644-26963847)
chr4 (119-322)||(5713952-5714155)
chr4 (119-322)||(18269072-18269280)
chr4 (123-322)||(20311299-20311499)
chr4 (119-230)||(12357140-12357251)
chr4 (121-322)||(5668125-5668327)
chr4 (121-322)||(10677555-10677753)
chr4 (121-322)||(10891195-10891393)
chr4 (121-322)||(35223576-35223767)
chr4 (119-260)||(5616217-5616358)
chr4 (141-322)||(21454137-21454319)
chr4 (164-231)||(39074278-39074346)
chr4 (23-79)||(5713856-5713912)
chr4 (23-79)||(19927003-19927059)
chr4 (23-79)||(26963548-26963604)
chr4 (23-79)||(26970371-26970427)
[»] chr3 (36 HSPs)
chr3 (119-322)||(13516815-13517018)
chr3 (119-322)||(18522667-18522870)
chr3 (121-322)||(17781118-17781319)
chr3 (119-322)||(6110068-6110271)
chr3 (119-322)||(10572592-10572795)
chr3 (119-322)||(16482483-16482686)
chr3 (121-322)||(15600884-15601085)
chr3 (121-322)||(15607429-15607630)
chr3 (119-322)||(18519982-18520182)
chr3 (119-322)||(13211306-13211509)
chr3 (119-322)||(17200184-17200387)
chr3 (121-322)||(19089745-19089946)
chr3 (119-299)||(8490492-8490672)
chr3 (119-322)||(13248611-13248814)
chr3 (121-322)||(10579355-10579556)
chr3 (121-322)||(15357586-15357787)
chr3 (121-322)||(32056900-32057101)
chr3 (121-322)||(1647521-1647726)
chr3 (134-322)||(15342219-15342407)
chr3 (119-272)||(18640796-18640949)
chr3 (121-314)||(29924977-29925170)
chr3 (121-314)||(29974130-29974323)
chr3 (135-322)||(16200145-16200331)
chr3 (135-291)||(16200451-16200607)
chr3 (122-322)||(24253388-24253589)
chr3 (221-322)||(17136465-17136566)
chr3 (119-178)||(18534760-18534819)
chr3 (119-162)||(18510926-18510969)
chr3 (23-79)||(17200427-17200483)
chr3 (22-79)||(17136136-17136193)
chr3 (22-79)||(32057144-32057201)
chr3 (23-79)||(6109972-6110028)
chr3 (23-79)||(8490396-8490452)
chr3 (23-79)||(13248515-13248571)
chr3 (23-79)||(13516719-13516775)
chr3 (202-322)||(19345656-19345776)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (121-322)||(6094129-6094330)
chr8 (120-322)||(21940670-21940872)
chr8 (121-322)||(24642655-24642856)
chr8 (119-322)||(22171493-22171694)
chr8 (119-316)||(28554887-28555084)
chr8 (121-248)||(24636860-24636987)
chr8 (127-319)||(38232380-38232570)
chr8 (136-290)||(2375027-2375179)
chr8 (153-216)||(10920234-10920297)
chr8 (145-306)||(32872857-32873019)
chr8 (23-79)||(28554791-28554847)
chr8 (237-322)||(14983920-14984004)
chr8 (23-79)||(6094031-6094087)
chr8 (23-75)||(24642556-24642608)
[»] scaffold0234 (4 HSPs)
scaffold0234 (119-322)||(2321-2524)
scaffold0234 (119-322)||(11212-11415)
scaffold0234 (23-79)||(2564-2620)
scaffold0234 (23-79)||(11455-11511)
[»] chr1 (19 HSPs)
chr1 (119-322)||(18252034-18252237)
chr1 (119-322)||(16359035-16359238)
chr1 (119-322)||(27131409-27131612)
chr1 (119-322)||(27310577-27310780)
chr1 (119-322)||(21171233-21171436)
chr1 (119-322)||(18532514-18532717)
chr1 (121-322)||(36816633-36816834)
chr1 (119-322)||(3855919-3856122)
chr1 (121-322)||(22657221-22657423)
chr1 (121-322)||(27277557-27277756)
chr1 (149-322)||(12006539-12006712)
chr1 (149-322)||(12014284-12014457)
chr1 (127-298)||(9917942-9918106)
chr1 (145-217)||(3403248-3403320)
chr1 (145-217)||(3443499-3443571)
chr1 (121-190)||(30720625-30720694)
chr1 (23-79)||(18251936-18251992)
chr1 (23-79)||(18532757-18532813)
chr1 (23-79)||(27310821-27310877)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (119-322)||(5533-5736)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (121-322)||(21330248-21330449)
chr2 (134-322)||(18796525-18796713)
chr2 (122-322)||(18619812-18620011)
chr2 (121-260)||(19692598-19692737)
chr2 (179-315)||(20977956-20978092)
chr2 (149-322)||(36270199-36270373)
chr2 (149-291)||(18822115-18822259)
chr2 (235-322)||(18852059-18852146)
chr2 (23-79)||(21330493-21330549)
[»] scaffold0390 (2 HSPs)
scaffold0390 (119-322)||(6934-7137)
scaffold0390 (119-322)||(13950-14153)
[»] scaffold0657 (2 HSPs)
scaffold0657 (121-322)||(999-1200)
scaffold0657 (23-79)||(901-957)
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (121-322)||(18569863-18570064)
chr5 (119-322)||(19714498-19714701)
chr5 (119-322)||(24695466-24695669)
chr5 (121-322)||(19707218-19707419)
chr5 (120-322)||(27347478-27347679)
chr5 (121-322)||(22547016-22547217)
chr5 (121-217)||(39537968-39538064)
chr5 (119-291)||(17285763-17285935)
chr5 (181-322)||(18807034-18807175)
chr5 (121-247)||(31886537-31886663)
chr5 (228-320)||(39538701-39538793)
chr5 (119-291)||(17298916-17299088)
chr5 (141-231)||(33477389-33477479)
chr5 (23-79)||(19714742-19714798)
chr5 (165-233)||(11479420-11479489)
chr5 (23-79)||(19707462-19707518)
chr5 (23-79)||(24695709-24695765)
chr5 (23-79)||(27347722-27347778)
[»] scaffold0433 (1 HSPs)
scaffold0433 (122-322)||(7114-7314)
[»] scaffold0220 (2 HSPs)
scaffold0220 (119-322)||(18292-18495)
scaffold0220 (23-79)||(18196-18252)
[»] scaffold0186 (1 HSPs)
scaffold0186 (121-322)||(25990-26191)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (119-298)||(230365-230543)
[»] scaffold0176 (1 HSPs)
scaffold0176 (121-178)||(8447-8504)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (134-165)||(10127-10158)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (144-216)||(92194-92267)
[»] scaffold0203 (1 HSPs)
scaffold0203 (23-79)||(23769-23825)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 18561011 - 18561214
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  18561011 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgagaccc 18561110  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  18561111 cgttaaacattaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 18561210  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18561211 tgat 18561214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 29327788 - 29327991
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29327788 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 29327887  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29327888 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 29327987  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  29327988 tgat 29327991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 15148146 - 15148349
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15148146 ggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttgattgaacattaagtataacttaattgtgagaccc 15148245  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  15148246 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 15148345  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  15148346 tgat 15148349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 15152447 - 15152650
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15152447 ggcatttctttattgagtttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 15152546  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  15152547 cgttaaacatacggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 15152646  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  15152647 tgat 15152650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 11536265 - 11536062
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11536265 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtacaacttaattgtgagaccc 11536166  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11536165 cattaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 11536066  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  11536065 tgat 11536062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 5e-87
Query Start/End: Original strand, 120 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 11543182 - 11542980
Alignment:
Q  120 gcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11543182 gcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtcagacccc 11543083  T
Q  220 gttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgat 319  Q
     |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  11543082 attaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgat 11542983  T
Q  320 gat 322  Q
    |||    
T  11542982 gat 11542980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 121 - 318
Target Start/End: Original strand, 12738542 - 12738739
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  12738542 catttctttattgattttattttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtttgtttaatgaaacattaattataacttaattgtgagaccttg 12738641  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  12738642 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 12738739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 12750830 - 12751033
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  12750830 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgagacct 12750929  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  12750930 cgttaaacataaagaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagttggatatcattaaagcatagagactattatgtggatagactga 12751029  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  12751030 tgat 12751033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 18258045 - 18257842
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18258045 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgacttaattgtgagaccc 18257946  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||  | || ||||| || ||| || || |||| ||||||||| |||| |||    
T  18257945 cattaaacacaaggacattattcttaaagtatccgtagtcaagtttttttgttaagtaggataacaataatgcataaagactattatgtggatagattga 18257846  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18257845 tgat 18257842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 79
Target Start/End: Original strand, 18560891 - 18560969
Alignment:
Q  1 tattctcaagtaaacaatagcgtgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18560891 tattctcaagtaaacaatagcgtgttggagtaagcccttaaaggcaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 18560969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 121 - 299
Target Start/End: Original strand, 13392157 - 13392334
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||     
T  13392157 catttctttgttgactttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaacaattagtctgcttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccca 13392255  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagac 299  Q
    |||||   ||||| | |||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||   |||||| ||||||| | |||||||    
T  13392256 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatcaatagtcaaactttattgtgaaaagggataacattaaaacatagagac 13392334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 322
Target Start/End: Original strand, 2364917 - 2365101
Alignment:
Q  137 ttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaac 236  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |  |||||| |||||| ||| ||||||  || || |     
T  2364917 ttgttatgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctttctaatggaacattaagtgtggcttaatcgtgagaacccattaaactaaatgacat 2365016  T
Q  237 tattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    |||||||||| |||  |||||||| | |||||| ||  || |||| ||||||| | ||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  2365017 tattcttaaaatattcgtagtcaa-ccttattgtgaaatgagataacattaaaacatagagactatcatgtgggtcgactgatgat 2365101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 208
Target Start/End: Original strand, 39111819 - 39111905
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaat 208  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||  |||||||    
T  39111819 catttctttattaattttgttttatttcaaaa-aataaagtccctagaatagcgagtccgtttaatgaaacattaagtacgacttaat 39111905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 148 - 262
Target Start/End: Original strand, 7396221 - 7396336
Alignment:
Q  148 caaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaa 246  Q
    |||||||| || ||| ||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  7396221 caaaataaaaatgtcgctagaatagttagttcatttaaatggaacattaagtatgacttaatcttgagaccctattaaacataagaaaattattcttaaa 7396320  T
Q  247 gtatctgtagtcaagc 262  Q
      || |||||||||||    
T  7396321 acatatgtagtcaagc 7396336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 189 - 232
Target Start/End: Original strand, 3132748 - 3132791
Alignment:
Q  189 aacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataagg 232  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3132748 aacattaagtgtaacttaattgtgagaccccattaaacataagg 3132791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 264
Target Start/End: Original strand, 10234179 - 10234278
Alignment:
Q  165 tagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctt 264  Q
    |||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||  |||||  || |||||||||| || |||| | ||||| ||  |||||||||||||    
T  10234179 tagaatagttagtccgtttaatgaaccattaaatataacttaatcatgagattccattaaacataaagacactaatattaaaataaatgtagtcaagctt 10234278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 12738443 - 12738499
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  12738443 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 12738499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 12750733 - 12750789
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  12750733 tgttggagtaagccctaatagctaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 12750789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 144 - 194
Target Start/End: Original strand, 29982995 - 29983045
Alignment:
Q  144 gtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacatt 194  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  29982995 gtttcaaagtaataaagtctttagaacagttaatctgtttaatggaacatt 29983045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 119 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 2653235 - 2653207
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgttt 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2653235 ggcatttctttattgattttgttttgttt 2653207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 2653331 - 2653275
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  2653331 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggattggctttgtatcatg 2653275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 15152350 - 15152406
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  15152350 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgggtttggttttgtatcatg 15152406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16566523 - 16566320
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16566523 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 16566424  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  16566423 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 16566324  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  16566323 tgat 16566320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 189180 - 188977
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  189180 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 189081  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  189080 cattaaacataaggaaactattcttaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 188981  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  188980 tgat 188977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 17684672 - 17684469
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17684672 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 17684573  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  17684572 cgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 17684473  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  17684472 tgat 17684469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 17691643 - 17691440
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17691643 ggcatttctttattgattttgttttctttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 17691544  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||    
T  17691543 cattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttagtgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagactga 17691444  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  17691443 tgat 17691440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 25537362 - 25537159
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25537362 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaataattagtccgtttaatggaacattaagtataactttattgtgagaccc 25537263  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||    
T  25537262 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagactga 25537163  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  25537162 tgat 25537159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 29308894 - 29309097
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29308894 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgagagcc 29308993  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29308994 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 29309093  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  29309094 tgat 29309097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 29315854 - 29316057
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29315854 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgagagcc 29315953  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  29315954 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 29316053  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  29316054 tgat 29316057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 11651727 - 11651930
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11651727 ggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 11651826  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11651827 cattaaaaataaggaaactattctaaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 11651926  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  11651927 tgat 11651930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 27381455 - 27381252
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27381455 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 27381356  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  27381355 cattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 27381256  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  27381255 tgat 27381252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 27471838 - 27471635
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27471838 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 27471739  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  27471738 cattaaacatatggaaactattctcaaagtatccatagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 27471639  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  27471638 tgat 27471635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 13359472 - 13359269
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||| |||| || |    
T  13359472 ggcatttatttatttattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgcttaatggagcattaagtataacttaatcgtgaaactc 13359373  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||||||||  | | |||| |||||||||| |||||||| |||||||| ||  ||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  13359372 cattaaacataaaaacattatttttaaagtatccgtagtcaacctttattgtgaaatgggacaacattaaagcgtagagactattatatggatagactga 13359273  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  13359272 tgat 13359269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 138 - 322
Target Start/End: Original strand, 27925772 - 27925961
Alignment:
Q  138 tgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacat---taagtata--acttaattgtgagaccccgttaaacataagg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| ||||||| |||||||   ||||| |   ||||||| ||||||| || ||||||  |||     
T  27925772 tgttttgtttcaaaataataaagtccttagaataactagtatgtttaacggaacataattaagtgtgtgacttaatcgtgagactccattaaactaaaga 27925871  T
Q  233 aaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||  || |||| ||| |||| ||||  | |||| ||||||||| || |||||||||    
T  27925872 aaattattcttaaagtatctctagtcaaactttatttggaagtggtatagcattgaagcacaaagactattatgtggataaactgatgat 27925961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 134 - 268
Target Start/End: Original strand, 8509941 - 8510076
Alignment:
Q  134 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-ccccgttaaacataagg 232  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||| |||| ||||| || |||    
T  8509941 attttattttgttttaaaataataaagtctatagaataattagtctatttgatggaacattatgtacgacttaattatgagacccccattaaatatgagg 8510040  T
Q  233 aaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttatt 268  Q
    |   |||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  8510041 atgatattattaaagtatatgtagttaagctttatt 8510076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 20553755 - 20553587
Alignment:
Q  154 aataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctg 253  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||| |||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| ||| ||||| ||||| | | ||||||||||| ||| |    
T  20553755 aataaagtctctaggatagctagtccgtttaatgaaatattaagtacgacttaatcgtgagatcccattaaatataagaatattattcttaaagcatccg 20553656  T
Q  254 tagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    |||| ||  ||||||| || ||| ||||  |||||||| || |||   |||||| ||||||||||||||    
T  20553655 tagtgaatttttattgtgaagtgagataaaattaaagcataaagatttttatgttggtagactgatgat 20553587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 153 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 17850663 - 17850495
Alignment:
Q  153 taataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatct 252  Q
    |||||||||||||| ||||| |||| |||||  |||||||||| |||  |||||||||||| | ||  ||||| | ||||| |||||||||||| ||||     
T  17850663 taataaagtccctataatagctagtttgtttgttggaacattatgtaagacttaattgtgatatccaattaaaaacaaggacactattcttaaattatcc 17850564  T
Q  253 gtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
     |||||||||||| ||| || ||   ||| |||| |||  || |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  17850563 atagtcaagcttt-ttgtgaagtcaaataacattcaagtatatagactattatatgggtagactgatgat 17850495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 31258120 - 31258065
Alignment:
Q  122 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagt 177  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  31258120 atttctttattgcttttgttttgtttcaaaataataaagtctctaaaataattagt 31258065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 20736773 - 20736604
Alignment:
Q  153 taataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaa-actattcttaaa-gtat 250  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||  || |||||| | ||||||| | |||||||  |||||   | |||| ||||| ||| | |||||||||| ||||    
T  20736773 taataaagttcctagaatagatagttcgtgtaatggtatattaagtttgacttaatcatgagattacattaa-cataaagaacattattcttaaatgtat 20736675  T
Q  251 ctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatga 321  Q
    |||||||||||||||| | |||  |||||||  | |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||    
T  20736674 ctgtagtcaagctttaataagaactgggataataataaagcgtcgagactattatgtatgtagactgatga 20736604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 153 - 230
Target Start/End: Original strand, 28605854 - 28605931
Alignment:
Q  153 taataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataa 230  Q
    |||||||||  |||||||||||| | |||||||||| || |||||| | ||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  28605854 taataaagtatctagaatagttattttgtttaatgggactttaagtgtgactaaattgtgagacctcgttaaagataa 28605931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 17684768 - 17684712
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  17684768 tgttggaataagccctaatagccaatctatgttgaatgggtttggctttgtatcatg 17684712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 9e-95; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 28393337 - 28393134
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28393337 ggcatttctttattgattttgatttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 28393238  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28393237 cattaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 28393138  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  28393137 tgat 28393134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 4426806 - 4426604
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4426806 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 4426707  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  4426706 cgttaaacataagg-aactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 4426608  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  4426607 tgat 4426604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 19926963 - 19926760
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19926963 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 19926864  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  19926863 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 19926764  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  19926763 tgat 19926760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10621536 - 10621333
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10621536 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagagcc 10621437  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10621436 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 10621337  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  10621336 tgat 10621333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 26970467 - 26970670
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970467 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 26970566  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  26970567 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 26970666  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  26970667 tgat 26970670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 55612687 - 55612890
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55612687 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 55612786  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  55612787 cattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 55612886  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  55612887 tgat 55612890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Original strand, 868603 - 868804
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  868603 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 868702  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  868703 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 868802  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  868803 at 868804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 5707324 - 5707527
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5707324 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 5707423  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5707424 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 5707523  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  5707524 tgat 5707527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 127 - 322
Target Start/End: Original strand, 8845215 - 8845410
Alignment:
Q  127 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaac 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8845215 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8845314  T
Q  227 ataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  8845315 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8845410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 127 - 322
Target Start/End: Original strand, 8858179 - 8858374
Alignment:
Q  127 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaac 226  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8858179 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagatcccgttaaac 8858278  T
Q  227 ataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  8858279 ataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtcggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtaggctgatgat 8858374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10628615 - 10628412
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10628615 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctggaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagagcc 10628516  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10628515 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatattattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 10628416  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  10628415 tgat 10628412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 18262216 - 18262419
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18262216 ggcatttctttattgattttgtttcgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 18262315  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18262316 cgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 18262415  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18262416 tgat 18262419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 26963644 - 26963847
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26963644 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaaatataacttaattgtgagaccc 26963743  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  26963744 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 26963843  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  26963844 tgat 26963847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 5713952 - 5714155
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5713952 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagcccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 5714051  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5714052 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 5714151  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  5714152 tgat 5714155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 18269072 - 18269280
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgatttt-----gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtga 213  Q
    ||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18269072 ggcatttctttattgattttgttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtga 18269171  T
Q  214 gaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtag 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  18269172 gaccccgttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgatgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtag 18269271  T
Q  314 actgatgat 322  Q
    |||||||||    
T  18269272 actgatgat 18269280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 123 - 322
Target Start/End: Original strand, 20311299 - 20311499
Alignment:
Q  123 tttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaag-tataacttaattgtgagaccccgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||| | |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  20311299 tttctttattgattttgttttgttttaaaataataaagtacttataatagttaatatgttcaatggagcattaaggtataacttaattgtgagaccccat 20311398  T
Q  222 taaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatga 321  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||| ||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  20311399 taaacataaggacactgtttttaaagtatttgttgtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatagagactattttgtgggtagattgatga 20311498  T
Q  322 t 322  Q
    |    
T  20311499 t 20311499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 119 - 230
Target Start/End: Original strand, 12357140 - 12357251
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12357140 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 12357239  T
Q  219 cgttaaacataa 230  Q
    | ||||||||||    
T  12357240 cattaaacataa 12357251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 5668327 - 5668125
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| | | ||||| |||||| |||     
T  5668327 catttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtctctagaataattagtctatttaatggagcattaagtgtgatttaatcgtgaga-ccca 5668229  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaag--tatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||   ||||| | |||||||||||  ||| |||||||||||||||||| ||   | |||| ||||||| | ||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  5668228 ttaaatgaaaggacattattcttaaagtatatttgtagtcaagctttattgtgaaaagagataacattaaatcatagagactattatgtggatagaccga 5668129  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  5668128 tgat 5668125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10677753 - 10677555
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| |||     
T  10677753 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10677655  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    ||||||  || || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  || |||| ||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  10677654 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagctttagtgaaa--tgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10677557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10891393 - 10891195
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| | |||| |||     
T  10891393 catttttttattgattttcttttgtttcaataaaataaagcccctaaaataattagtctgtataatggagcattaagtatgacttaatcgcgaga-ccca 10891295  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    ||||||  || || | ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  || |||| ||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||    
T  10891294 ttaaacgaaatgatattattcttaaagtatccgtagtcaagctttagtgaaa--tgagataacattaaagtatatagactattatgtgggtagactgatg 10891197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Original strand, 35223576 - 35223767
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||          ||    
T  35223576 catttctttgttgattttgttttgttttaaaataataaagtccctagaataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaat----------cg 35223665  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    | ||||  ||||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||  |    ||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||    
T  35223666 taaaacgaaaggacattattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgtaaaaaaggataacattaaagcatatagactattatgtgggtagacggatg 35223765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 119 - 260
Target Start/End: Original strand, 5616217 - 5616358
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||  ||||||||||||| | ||| |||  ||||| ||    
T  5616217 ggcatttctttattcattttgttttgtttcaaaataataaagttcctaaaataattagtctatttcttggaacattaagtctgactaaatcatgagatcc 5616316  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaa 260  Q
    ||||||||   |||| | ||||||||||||||| || |||||    
T  5616317 cgttaaactagaggacattattcttaaagtatccgttgtcaa 5616358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 21454319 - 21454137
Alignment:
Q  141 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacatt-aagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactat 239  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| || ||||||||||||| || | | |||||||  ||||||||| ||||  |||| || | |||    
T  21454319 tttgtttcaaagtaataaagttcttagaatagttagtttgattaatggaacattaaaatgtgacttaatattgagaccccattaattataatgacattat 21454220  T
Q  240 tcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    | ||||| ||||| ||||||| |||||||| ||  || |||| || ||| || || |||  |||||||| ||||| |||||||    
T  21454219 ttttaaaatatctatagtcaaactttattgtgaaatgagataacaataatgcataaagattattatgtgagtagattgatgat 21454137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 39074346 - 39074278
Alignment:
Q  164 ctagaatagttagtctgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataag 231  Q
    |||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  39074346 ctagaataattagtccgtttaaattgaacattaagtatgacttaatcatgagaccccattaaacataag 39074278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 5713856 - 5713912
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  5713856 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 5713912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 19927059 - 19927003
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19927059 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 19927003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 26963548 - 26963604
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  26963548 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 26963604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 26970371 - 26970427
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  26970371 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 26970427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 9e-95; HSPs: 36)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 9e-95
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 13516815 - 13517018
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13516815 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttcatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 13516914  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  13516915 cgttaaacataaggaaacgattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcacagagactattatgtgggtagactga 13517014  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  13517015 tgat 13517018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 18522667 - 18522870
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18522667 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 18522766  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18522767 cattaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcatttaagcatagagactattatgtaggtagactga 18522866  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18522867 tgat 18522870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 17781319 - 17781118
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  17781319 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 17781220  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  17781219 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 17781120  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  17781119 at 17781118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 6110068 - 6110271
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6110068 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 6110167  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  6110168 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 6110267  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  6110268 tgat 6110271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10572795 - 10572592
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10572795 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 10572696  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  10572695 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 10572596  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  10572595 tgat 10572592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16482686 - 16482483
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16482686 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 16482587  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  16482586 cattaaacataaggaaactactctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 16482487  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  16482486 tgat 16482483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 15601085 - 15600884
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15601085 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 15600986  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  15600985 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 15600886  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  15600885 at 15600884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 15607630 - 15607429
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15607630 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 15607531  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  15607530 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 15607431  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  15607430 at 15607429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 18519982 - 18520182
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18519982 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 18520081  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18520082 cgttaaacataaggaaactattcttaa---atccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 18520178  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18520179 tgat 18520182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 13211306 - 13211509
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13211306 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 13211405  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  13211406 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 13211505  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  13211506 tgat 13211509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 17200387 - 17200184
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17200387 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgataccc 17200288  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  17200287 ctttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagttaagctttattgagatgtgtgatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 17200188  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  17200187 tgat 17200184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 19089946 - 19089745
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19089946 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccct 19089847  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  19089846 ttaaacataatgaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaatcatagagactattatgtaggtagactgatg 19089747  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  19089746 at 19089745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 119 - 299
Target Start/End: Original strand, 8490492 - 8490672
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8490492 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 8490591  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagac 299  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  8490592 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagac 8490672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 13248611 - 13248814
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13248611 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 13248710  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  13248711 cattaaacataaggaaactattctcaaagtattcgtagtcaagctttgttgagaagtgggataacattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 13248810  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  13248811 tgat 13248814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 10579556 - 10579355
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10579556 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgttaaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 10579457  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  10579456 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgagatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 10579357  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  10579356 at 10579355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 15357787 - 15357586
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15357787 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagattagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 15357688  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  15357687 ttaaacataaggaacctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatg 15357588  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  15357587 at 15357586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 32057101 - 32056900
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  32057101 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacatcaagtataactttattgtaagaccccg 32057002  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||    
T  32057001 ttaaacataaagaaactattcttaaagtgtccgtagtcaaactttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactaatg 32056902  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  32056901 at 32056900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 1647726 - 1647521
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataa----cttaattgtgagac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||    
T  1647726 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataattaacttaattgtgagac 1647627  T
Q  217 cccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagact 316  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  1647626 cccgttaaacataaggaaactatttttaaagtatccgtaatcaagctttattgagaaaagggatataattaaagcatagagactattatgtggatagact 1647527  T
Q  317 gatgat 322  Q
    ||||||    
T  1647526 gatgat 1647521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 134 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 15342407 - 15342219
Alignment:
Q  134 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataagga 233  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15342407 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagtttgttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccattaaacataagga 15342308  T
Q  234 aactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  15342307 acctattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtaggtagactgatgat 15342219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 119 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 18640949 - 18640796
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18640949 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 18640850  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgaga 272  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18640849 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgaga 18640796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Original strand, 29924977 - 29925170
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  29924977 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgagacccca 29925076  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtaga 314  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||| ||||    
T  29925077 ttaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgtggataga 29925170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Original strand, 29974130 - 29974323
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||     
T  29974130 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagcccctaaaatagttagtccgtttaatggattattaagtataatttaattgtgagacccca 29974229  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtaga 314  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||| | ||| | ||||||||| ||||    
T  29974230 ttaaatataaggacattattcttaaaatatatgtagtcaagctttattgtgaagtgagatatcattaaagcatggaggctattatgtggataga 29974323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 135 - 322
Target Start/End: Original strand, 16200145 - 16200331
Alignment:
Q  135 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaa 234  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  16200145 ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagttcgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagaccccattaaacataaggac 16200244  T
Q  235 actattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    | ||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| ||| |||||  |||||||||||    
T  16200245 attattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatatcattaaagcatggagactatt-tgtggagagactgatgat 16200331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 135 - 291
Target Start/End: Original strand, 16200451 - 16200607
Alignment:
Q  135 ttttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaa 234  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||     
T  16200451 ttttattttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattatgtataacttaattgtgagactccaataaacataaggac 16200550  T
Q  235 actattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagc 291  Q
    | ||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||| ||||||||||    
T  16200551 attattcttaaagtattcgtagtcaagatttattgtgaagtgggatgtcattaaagc 16200607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 122 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 24253589 - 24253388
Alignment:
Q  122 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgaga-ccccg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| | ||  |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||     
T  24253589 atttctttattgattttgttttacttcaaaataataaagtccttagaatagctcgttcgtttgatggaacattaagtatgacttaatcgtgagatcccca 24253490  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||  |||||||  | ||| | || ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| |||    
T  24253489 tcaaacataaggacactattcttaaagtatatgtggtcaaaatttattgtaaagtgaggtaacattaaagcatagagactattatgtcggtagactaatg 24253390  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  24253389 at 24253388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 221 - 322
Target Start/End: Original strand, 17136465 - 17136566
Alignment:
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17136465 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaaacatagagactattatgtgggtagactgatg 17136564  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  17136565 at 17136566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 119 - 178
Target Start/End: Original strand, 18534760 - 18534819
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtc 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18534760 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccatagaatagttagtc 18534819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 119 - 162
Target Start/End: Original strand, 18510926 - 18510969
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 162  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18510926 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtc 18510969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 17200483 - 17200427
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  17200483 tgttggagtaagccctaatagccaatctatgttgattgggtttggctttgtagcatg 17200427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 79
Target Start/End: Original strand, 17136136 - 17136193
Alignment:
Q  22 gtgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  17136136 gtgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgagtttggctttgtatcatg 17136193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 32057201 - 32057144
Alignment:
Q  22 gtgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||| || | ||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  32057201 gtgttggagtaagctctaatagccaatctatgttgattgggtttgactttgtatcatg 32057144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 6109972 - 6110028
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  6109972 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 6110028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 8490396 - 8490452
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  8490396 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 8490452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 13248515 - 13248571
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  13248515 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 13248571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 13516719 - 13516775
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||| | |||||| |||||||||    
T  13516719 tgttggagtaagccctaatagccaatctatgttgattgagtttggctgtgtatcatg 13516775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 202 - 322
Target Start/End: Original strand, 19345656 - 19345776
Alignment:
Q  202 acttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaa 301  Q
    ||||||| ||||||| || ||||  ||||| | ||||||||||||| |||   | | ||| || |||| || |||| ||| |||||||||||| |||  |    
T  19345656 acttaatcgtgagactccattaattataagaacactattcttaaagaatcctcaattaaggttcattgtgaagtggtataacattaaagcgtaaagatca 19345755  T
Q  302 ttatgtgggtagactgatgat 322  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  19345756 ttatgtgggtatactgatgat 19345776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Original strand, 6094129 - 6094330
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6094129 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 6094228  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  6094229 ttaaacataaggaaactatttttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatatgggtagagtgatg 6094328  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  6094329 at 6094330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 120 - 322
Target Start/End: Original strand, 21940670 - 21940872
Alignment:
Q  120 gcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21940670 gcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 21940769  T
Q  220 gttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgat 319  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||    
T  21940770 attaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgat 21940869  T
Q  320 gat 322  Q
    |||    
T  21940870 gat 21940872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Original strand, 24642655 - 24642856
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24642655 catttctttattgattttgttttgtttcaaaatcataaagtccctagaattgttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24642754  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24642755 ttaaacataaggaaactattcttaaagtattcgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcattaaagtatagagactattatgtgggtagactgatg 24642854  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  24642855 at 24642856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 22171493 - 22171694
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22171493 ggcatttccttattgattttgttttatttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 22171592  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  22171593 cattaaacata--gaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 22171690  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  22171691 tgat 22171694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 119 - 316
Target Start/End: Original strand, 28554887 - 28555084
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28554887 ggcatttctttattgattttgtttagtttcaaaataataaaatacctaaaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 28554986  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagact 316  Q
    | |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  28554987 cattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagact 28555084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 121 - 248
Target Start/End: Original strand, 24636860 - 24636987
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24636860 catttctttcttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccttttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 24636959  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagt 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24636960 ttaaacataaggaaactattcttaaagt 24636987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 127 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 38232570 - 38232380
Alignment:
Q  127 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaac 226  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||  |   ||| ||||||||||||  ||| || || ||||||    
T  38232570 tttattgattttgttttatttcaaaataataaa-tctctagaatagttagtctgtttaataaatttttaggtataacttaatcatgacactccattaaac 38232472  T
Q  227 ataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgat 319  Q
     |||  | | |||||||||||||| ||||||||| ||||||||  | ||| ||||   ||||||| || | || ||| |||||||||||||||    
T  38232471 gtaa-aatagtattcttaaagtatttgtagtcaaactttattgtaaagtgagatagtcttaaagcataaaaactattttgtgggtagactgat 38232380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 290
Target Start/End: Original strand, 2375027 - 2375179
Alignment:
Q  136 tttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaa 235  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||  |||||||||||||| |  || |||||||  ||| | ||| ||||||||| | | |    
T  2375027 tttgttttgtttcaaaataataaactccctataataattagtcaatttaatggaacatttatgatgacttaatcatga-aacccattaaacatacgaata 2375125  T
Q  236 ctattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaag 290  Q
     |||| ||||||||| |||||||| | ||||||| || ||| |||| ||||||||    
T  2375126 ttatttttaaagtatatgtagtcacgatttattgcga-gtgagataacattaaag 2375179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 216
Target Start/End: Original strand, 10920234 - 10920297
Alignment:
Q  153 taataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagac 216  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  10920234 taataaaattcctagaataattagtctgtttaatggaacattaagtatgagttaatcgtgagac 10920297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 145 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 32873019 - 32872857
Alignment:
Q  145 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgttta-atggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattctt 243  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||  ||  |||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | | || || | |  || | || | ||    
T  32873019 tttcaaaataataaagtccttataatagttcatccatttatatagaacattaagtatgacttaattgtgagatctcattgaaaagagtgacaatactatt 32872920  T
Q  244 aaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatg 306  Q
    ||| ||| |||||| ||| ||||||| || |||||||| ||| ||||| ||||||| ||||||    
T  32872919 aaaatatttgtagttaagatttattgtgaagtgggataacatcaaagcatagagactattatg 32872857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 28554791 - 28554847
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28554791 tgttggagtaagccctaatagccaatctttgttgattgggtttggctttgtatcatg 28554847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 14984004 - 14983920
Alignment:
Q  237 tattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    |||||||||||||||| || ||||  ||||||| || |||||||| |||| |||  ||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  14984004 tattcttaaagtatctataatcaaaatttattgtgaagtgggataacatt-aagaatagggactattatgtgggtagactaatgat 14983920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 6094031 - 6094087
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  6094031 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgagtttggctttgtatcatg 6094087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 75
Target Start/End: Original strand, 24642556 - 24642608
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtat 75  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  24642556 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtat 24642608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 4)
Name: scaffold0234
Description:

Target: scaffold0234; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 2524 - 2321
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2524 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 2425  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  2424 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 2325  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  2324 tgat 2321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 11415 - 11212
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11415 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 11316  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  11315 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 11216  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  11215 tgat 11212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 2620 - 2564
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  2620 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 2564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0234; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 11511 - 11455
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  11511 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 11455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 19)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 18252034 - 18252237
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18252034 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 18252133  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18252134 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 18252233  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18252234 tgat 18252237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16359238 - 16359035
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16359238 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagaataacttaattgtgagaccc 16359139  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  16359138 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtaaccctagtcaagctttattgagaaatggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 16359039  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  16359038 tgat 16359035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 27131612 - 27131409
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27131612 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 27131513  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||    
T  27131512 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatttgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagactga 27131413  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  27131412 tgat 27131409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 27310780 - 27310577
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27310780 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacca 27310681  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  27310680 cgttgaacataaggaaactattcttaaagtatcagtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 27310581  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  27310580 tgat 27310577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 21171436 - 21171233
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21171436 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccgtttcatggaacattaaatataacttaattgtgagaccc 21171337  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  21171336 cgttgaacataaggaaactattcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagactga 21171237  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  21171236 tgat 21171233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 18532717 - 18532514
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18532717 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 18532618  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||    
T  18532617 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtagatagactga 18532518  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18532517 tgat 18532514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 36816834 - 36816633
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  36816834 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaatagttcgtctgtttaatggaacattaagtataaattaattgtgagactccg 36816735  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  36816734 ttaaacataaggacattattcttaaagtatccatagtcaagctttattgagaagtgggataccattaaagcatagagactattatgtggatagactgatg 36816635  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  36816634 at 36816633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 3856122 - 3855919
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3856122 ggcatttctttgtttattttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagcccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 3856023  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | ||||||||||||| | |||||||||| ||| ||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||| | ||||| |||| |||||||||||||    
T  3856022 cattaaacataaggacattattcttaaaatatttgtagtcaaactttattgtgaagtgggatattattaaagcatggagactattacgtgggtagactga 3855923  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  3855922 tgat 3855919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22657423 - 22657221
Alignment:
Q  121 catttctttattgatttt-gttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 219  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22657423 catttctttattgatttttgttttgtttcaaaataataaagttcctagaatagttagtctgtttaatggaacattaaatataacttaattgtgagacccc 22657324  T
Q  220 gttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgat 319  Q
     ||||||||||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||  || |||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||||    
T  22657323 tttaaacataaggacacaattcttaaagtgtctctagtcaagctttattctgaaatgagatatcattaaagcatagagactatcatgtggatagactgat 22657224  T
Q  320 gat 322  Q
    |||    
T  22657223 gat 22657221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 27277756 - 27277557
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||| ||| ||||| || | ||||||| | ||||||       
T  27277756 catttctttgttgtttttgttttgtttcaaaataataacgtccctagaataattagtccatttaacggagcatta-gtgtgacttaatcgcgagacctt- 27277659  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||| |  || || | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||   |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  27277658 ttaaccgaaatgacattattcttaaagtatccgtagtcaggctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactattatgtgggtagaccgatg 27277559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 149 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 12006712 - 12006539
Alignment:
Q  149 aaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagt 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |  |||||| |||||||||| | ||||||||||| | |||| |||||      
T  12006712 aaaataataaagtccctagaatagttagtctatttaatggaatattaagtgtgccttaatcgtgagaccccatgaaacataaggacattattattaaaac 12006613  T
Q  249 atctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    ||  |||||||||| ||| || || | |||||| ||||||| | ||||||   |||||||  ||||||||||||    
T  12006612 attcgtagtcaagccttagtgtgaagagggataacattaaaacttagagattgttatgtgcatagactgatgat 12006539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 149 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 12014457 - 12014284
Alignment:
Q  149 aaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagt 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||| ||| |||||||||| ||   ||||||||||      
T  12014457 aaaataataaagtcactagaatacatagtccgtttaatggaatattaagtgtaaattaatcgttagatcccattaaacataatgatgttattcttaaaac 12014358  T
Q  249 atctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    ||| ||||| |||||||| || || | ||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||    
T  12014357 atccgtagttaagctttagtgtgaagagggatacgattaaagcgtaaagaccattatgtgggtagaatgatgat 12014284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 9918106 - 9917942
Alignment:
Q  127 tttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaac 226  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||       ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||   ||||  || |||||     
T  9918106 tttattgattttgttttgttacaaaataataaagtcact------tttagtttgtttaatcgaacattaagtataacttgatcacgaga-tccattaaat 9918014  T
Q  227 ataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagaga 298  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||| |||| |||||||||||  | |||||||| |||| |||| ||||||    
T  9918013 ataaggacattattcttaaaatatctatagttaagctttattgttaagtgggatagcattgaagcatagaga 9917942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 145 - 217
Target Start/End: Original strand, 3403248 - 3403320
Alignment:
Q  145 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 217  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||    
T  3403248 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagacc 3403320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 145 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3443571 - 3443499
Alignment:
Q  145 tttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 217  Q
    ||||||| ||||||||||  || ||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||    
T  3443571 tttcaaagtaataaagtctataaaatagttagtctgattaatggaatattaagtgtgacttaaatgtgagacc 3443499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 121 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 30720694 - 30720625
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaa 190  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||  |||||||||||    
T  30720694 catttttttattggttttattttgttttaaaataataaagttcctggaataattagttcgtttaatggaa 30720625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 18251936 - 18251992
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  18251936 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 18251992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 18532813 - 18532757
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  18532813 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 18532757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 27310877 - 27310821
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  27310877 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgagtttggctttgtatcatg 27310821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 168; Significance: 5e-90; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 5533 - 5736
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5533 ggcatttctttattgatttatttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 5632  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  5633 cgttaaacataaggaaattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtgggtagactga 5732  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  5733 tgat 5736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 8e-89; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 8e-89
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 21330449 - 21330248
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21330449 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccca 21330350  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  21330349 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtggactgatg 21330250  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  21330249 at 21330248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 134 - 322
Target Start/End: Original strand, 18796525 - 18796713
Alignment:
Q  134 attttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataagga 233  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  18796525 attttgttttgtttcaaaataacaaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacctcttttaacataagga 18796624  T
Q  234 aactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
     | |||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18796625 tattattcttaaattatctgtagtcaagctttattgtgaagtggtatatcattaaagcattgagactattatgtgggtagactgatgat 18796713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 122 - 322
Target Start/End: Original strand, 18619812 - 18620011
Alignment:
Q  122 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgt 221  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| ||| |    
T  18619812 atttctttgttgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctataataattagtctgtttaatggagcattaagtgtgacttaattatgaga-cccat 18619910  T
Q  222 taaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatga 321  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||   ||||||  |||||||| || |||| ||||||||||||| | |||||    
T  18619911 taaacaaaaggatattattcttaaagtatctgtggtcaaactttattgtgaaaagggataatattaaagcatatagactattatgtgggtaggccgatga 18620010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 121 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 19692737 - 19692598
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||||||  ||||| | |     
T  19692737 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataatgaagtccctagaataattagtctgtttaatggaacattaagcctgacttaatcatgagatctca 19692638  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaa 260  Q
    ||||||  ||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  19692637 ttaaactaaaggaaattattcttaaagtatccttagtcaa 19692598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 179 - 315
Target Start/End: Original strand, 20977956 - 20978092
Alignment:
Q  179 tgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtggg 278  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||| || || ||| |    
T  20977956 tgtttaatggaacattaagaataatttaatcatgagatcccattaaaaataaggaaattattcttaaaacatccgtagtcaagctttaatgtgaagtgag 20978055  T
Q  279 atatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagac 315  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  20978056 atatcactaaagcatagagactattatgtggatagac 20978092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 149 - 322
Target Start/End: Original strand, 36270199 - 36270373
Alignment:
Q  149 aaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaag 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| || ||  |||||| | ||||||| |||||||  | ||||||| || || ||||||||||||     
T  36270199 aaaataataaagtccctagaatagttagtttacttaaatgaaatgttaagtgtgacttaatcgtgagacatcattaaacacaatgacactattcttaaaa 36270298  T
Q  248 tatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
     ||| ||| |||||||||| || || | |||||| ||||||||  || |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  36270299 catccgtaatcaagctttagtgtgaagagggataacattaaagtataaagactattgtgtgggtagactgatgat 36270373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 149 - 291
Target Start/End: Original strand, 18822115 - 18822259
Alignment:
Q  149 aaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaa-tggaaca-ttaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataaggaaactattcttaaa 246  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||||  |||||| ||||| | |||||| |  |||||| ||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  18822115 aaaataataaagtctatagaattgttagttcgtttaaatggaaaaattaagtgtggcttaatcgtgagacaccattaaacacaaggacactattcttaaa 18822214  T
Q  247 gtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagc 291  Q
      || |||| |||||||||| |  || ||||||||||||||||||    
T  18822215 acatatgtaatcaagctttagtttgaagtgggatatcattaaagc 18822259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 235 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 18852146 - 18852059
Alignment:
Q  235 actattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||| || || ||||| |||||||  ||| |||| ||||||| |||||||| |||||    
T  18852146 actattcttaaagtatatgtagtccaactttattgtgaagtaggataacattaaattgtatagactattatgtcggtagactaatgat 18852059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 21330549 - 21330493
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  21330549 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 21330493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390 (Bit Score: 164; Significance: 1e-87; HSPs: 2)
Name: scaffold0390
Description:

Target: scaffold0390; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 7137 - 6934
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7137 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgagaccc 7038  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  7037 tattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 6938  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  6937 tgat 6934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0390; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 14153 - 13950
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14153 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctacaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaactgtgagaccc 14054  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||    
T  14053 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcataaagactattatgtaggtagactga 13954  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  13953 tgat 13950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 2)
Name: scaffold0657
Description:

Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Original strand, 999 - 1200
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  999 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctaaaatagttagtccgtttaatgaaacattaagtataacttaattgtgagacccca 1098  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  1099 ttaaacataaagaaactattctcaaagtatctgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatg 1198  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  1199 at 1200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0657; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 901 - 957
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  901 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 18570064 - 18569863
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18570064 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaattgaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 18569965  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||    
T  18569964 ttaaacataaggaaactactcttaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtggaatatcattaaagcataaagactattatgttggtagactgatg 18569865  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  18569864 at 18569863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 19714701 - 19714498
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19714701 ggcatttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 19714602  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  19714601 cgttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactga 19714502  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  19714501 tgat 19714498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 24695669 - 24695466
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24695669 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 24695570  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  24695569 cattaaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgagatatcaataaagcatagagactattatgtaggtagactga 24695470  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  24695469 tgat 24695466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 19707419 - 19707218
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19707419 catttctttattgattttgttttatttcaaagtaataaagtccctagaatagttagtcagtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 19707320  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19707319 ttaaacataaggaatctattcttaaaatatccgaagtcaagctttattgagaagtaggatatcattaaagcatagagactattatgtgggtagactgatg 19707220  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  19707219 at 19707218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 120 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 27347679 - 27347478
Alignment:
Q  120 gcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacccc 219  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||    
T  27347679 gcatttctttgttgattttgttttgattcaaaataataaagtccttagaataattaatctgtttaatggagcattaagtgtgacttaatcgtgaga-ccc 27347581  T
Q  220 gttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgat 319  Q
     ||||||  ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||   |||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| ||| | |||    
T  27347580 attaaacgaaaggacattattcttaaagtatatgtagtcaagctttattgtgaaaagggataacattaaagcatagagactattttgtggataggccgat 27347481  T
Q  320 gat 322  Q
    |||    
T  27347480 gat 27347478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 22547217 - 22547016
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||  | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |     
T  22547217 catttatttattcattttgttttattttaaaataataaaaccgctataatagttagtcggtttaatggaacattaagtataacttaatcgtgagatctca 22547118  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    ||||| ||| ||| | |||| |||||||||  | |||||| |||||||| || ||| |||| |||||||   ||||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  22547117 ttaaatatatggacattatttttaaagtattcgcagtcaaactttattgtgaagtgagataacattaaaatatagagactattatgtggatagaccgatg 22547018  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  22547017 at 22547016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 121 - 217
Target Start/End: Original strand, 39537968 - 39538064
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39537968 catttctttaatgattttgttttgtttcaaaatggttaagtccttagaatagttggttcgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagacc 39538064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 119 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 17285935 - 17285763
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||    
T  17285935 ggcatttatttattgattttgttatgtttcaaaataataatctccagagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgaaaccc 17285836  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagc 291  Q
       |||||  || || | ||||||||||||||   ||||| | |||||||| ||  |||||||  ||||||||    
T  17285835 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgtgaattgggatagtattaaagc 17285763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 181 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 18807175 - 18807034
Alignment:
Q  181 tttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataa-ggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtggga 279  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || ||||| |||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||  ||    
T  18807175 tttaatggaacattaagtgtgacttaatcgtgagacaccattaaa-ataatggacattattcttaaagtatctatagtcaagcgttattgtgaagtaaga 18807077  T
Q  280 tatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatgat 322  Q
    || || |||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  18807076 taacaataaagcatagagactattatgcgggtagactgatgat 18807034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 121 - 247
Target Start/End: Original strand, 31886537 - 31886663
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||   |||||| |||||| |||||  ||||||| ||||||| ||     
T  31886537 catttctttagtgattttgttttgtttcaaattaataaagtccttagaataattagttcatttaattgaacatcaagtacgacttaatcgtgagactcca 31886636  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaag 247  Q
    ||||  ||||| | | |||||||||||    
T  31886637 ttaattataagaacaatattcttaaag 31886663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 228 - 320
Target Start/End: Original strand, 39538701 - 39538793
Alignment:
Q  228 taaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||||||| || |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||||||||    
T  39538701 taaggacactattcttaaaatatccatagttaagctttattgtgaagtgggatatcattaaagcatgaagactattatgtgggtagactgatg 39538793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 119 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 17299088 - 17298916
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||||  |||  ||||||||||||| | |||||||||||||||||   ||||||| |||| ||||    
T  17299088 ggcatttatttattgattttgttatgtttataaataataatatccagagaatagttagtccgattaatggaacattaagtgcgacttaatcgtgaaaccc 17298989  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagc 291  Q
       |||||  || || | ||||||||||||||   ||||| | ||||||||  | ||||||||  ||||||||    
T  17298988 tagtaaactaaatgacattattcttaaagtattcatagtcgatctttattgttaagtgggatagtattaaagc 17298916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 141 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 33477479 - 33477389
Alignment:
Q  141 tttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgttaaacataag 231  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||||| |||||||| | |  |||| |||||||| | |||| ||||||    
T  33477479 tttgtttcaaaataataaagtccttacaatagttaggctgattaatggatcattaagtgtgatctaatcgtgagacctcattaatcataag 33477389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 19714798 - 19714742
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  19714798 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 19714742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 165 - 233
Target Start/End: Original strand, 11479420 - 11479489
Alignment:
Q  165 tagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc-cgttaaacataagga 233  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| || ||||||| | |||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  11479420 tagaataattagtgtgtttaatgaaatattaagtgtgacttgattgtgagaccctcattaaacataagga 11479489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 19707518 - 19707462
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  19707518 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgagtttggctttgtatcatg 19707462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 24695765 - 24695709
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  24695765 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 24695709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 27347778 - 27347722
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    |||||||||||||||| | ||  ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||    
T  27347778 tgttggagtaagccctaatagccaatctatattgattgcgtttggctttgtatcatg 27347722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0433 (Bit Score: 161; Significance: 8e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0433
Description:

Target: scaffold0433; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 8e-86
Query Start/End: Original strand, 122 - 322
Target Start/End: Original strand, 7114 - 7314
Alignment:
Q  122 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccgt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  7114 atttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccgtttaatagaacattaagtataacttaattgtgagaccccat 7213  T
Q  222 taaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatga 321  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  7214 taaacataatgaaactattctaaaagtatccgtagtcaagctttattgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactgatga 7313  T
Q  322 t 322  Q
    |    
T  7314 t 7314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 2)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 119 - 322
Target Start/End: Original strand, 18292 - 18495
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18292 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtccatttaattgaacattaagtataacttaattgtgagaccc 18391  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactga 318  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||    
T  18392 cattaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttgttgagaagtgggatatcattaaagcatagagactattatgtaggtagactga 18491  T
Q  319 tgat 322  Q
    ||||    
T  18492 tgat 18495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Original strand, 18196 - 18252
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  18196 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 18252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0186 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 1)
Name: scaffold0186
Description:

Target: scaffold0186; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 121 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 26191 - 25990
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccccg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  26191 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccttagaatagttagtccatttaatggaacattaaatataacttaattgtgagacccca 26092  T
Q  221 ttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagagacaattatgtgggtagactgatg 320  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  26091 ttaaacataaggaaactattctcaaagtatccgtagtcaagctttattgaaaagtgggatatcattaaagcatagcgactattatgtaggtagactgatg 25992  T
Q  321 at 322  Q
    ||    
T  25991 at 25990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 136; Significance: 6e-71; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 119 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 230543 - 230365
Alignment:
Q  119 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  230543 ggcatttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagttcttataatagttagtccgtttaatggaacattaagtataacttaattgtgagaccc 230444  T
Q  219 cgttaaacataaggaaactattcttaaagtatctgtagtcaagctttattgagaggtgggatatcattaaagcgtagaga 298  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  230443 c-ttaaacataaggaaaccattcttaaagtatttgtagtcaagatttattgagaagtgggatatcattaaagcatagaga 230365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0176 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0176
Description:

Target: scaffold0176; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 121 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 8504 - 8447
Alignment:
Q  121 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtc 178  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8504 catttctttattgattttgttttgtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtc 8447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 134 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 10158 - 10127
Alignment:
Q  134 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 165  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10158 attttgttttgtttcaaaataataaagtccct 10127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 216
Target Start/End: Original strand, 92194 - 92267
Alignment:
Q  144 gtttcaaaataataaagtccctagaatagttagtctgtttaa-tggaacattaagtataacttaattgtgagac 216  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  92194 gttttaaagtaataaagtctctagaatatctagttattttaaatggaacattaagtataacttaatcgtgagac 92267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0203 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0203
Description:

Target: scaffold0203; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 23825 - 23769
Alignment:
Q  23 tgttggagtaagcccttaaaggaaatctatgttgattgggcttggctttgtatcatg 79  Q
    ||||||| |||||||| | ||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  23825 tgttggaataagccctaatagccaatctatattgattgggtttggctttgtatcatg 23769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University