View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20262_low_87 (Length: 328)

Name: NF20262_low_87
Description: NF20262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20262_low_87
NF20262_low_87
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (9-328)||(36411775-36412094)
chr4 (9-328)||(36417106-36417425)
chr4 (9-328)||(36404461-36404783)
chr4 (9-328)||(36397528-36397847)
chr4 (24-328)||(36425956-36426260)
chr4 (11-321)||(36387751-36388061)
chr4 (9-296)||(36369170-36369457)
chr4 (21-322)||(36373801-36374102)
chr4 (21-327)||(36433810-36434116)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-169; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 9 - 328
Target Start/End: Original strand, 36411775 - 36412094
Alignment:
Q  9 agagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatat 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36411775 agagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatat 36411874  T
Q  109 ctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411875 ctggggcagttgccatagatggtttgactttggaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 36411974  T
Q  209 tggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36411975 tggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaa 36412074  T
Q  309 cttggtaagatattccctcc 328  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  36412075 cttggtaagatattccctcc 36412094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 9 - 328
Target Start/End: Original strand, 36417106 - 36417425
Alignment:
Q  9 agagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatat 108  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36417106 agagatgggttgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttaacaaagttttaagggtgaaagttcctgatatat 36417205  T
Q  109 ctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36417206 ctggggcagttgccatagatggtttgactttggaagaatgtgagaaagattgcttgagaaactgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 36417305  T
Q  209 tggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36417306 tggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaa 36417405  T
Q  309 cttggtaagatattccctcc 328  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  36417406 cttggtaagatattccctcc 36417425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 9 - 328
Target Start/End: Original strand, 36404461 - 36404783
Alignment:
Q  9 agagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatat 108  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  36404461 agagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgcatctatttgtgggaatggagaagggtttataaaagttgtaagtgtgaaagttgctgatatat 36404560  T
Q  109 ctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 208  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36404561 ctggagcagttgccatagatggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaattgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 36404660  T
Q  209 tggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagta---atcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagtt 305  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  36404661 tggtggtagtggatgtttggcatggcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtcgataaagtt 36404760  T
Q  306 gaacttggtaagatattccctcc 328  Q
    ||||| |||||||||| ||||||    
T  36404761 gaactaggtaagatatcccctcc 36404783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 9 - 328
Target Start/End: Original strand, 36397528 - 36397847
Alignment:
Q  9 agagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatat 108  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| || | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  36397528 agagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgcatctgtctgtgggaatggcgaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatatat 36397627  T
Q  109 ctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 208  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| | |||||||||| || |||||||||||    
T  36397628 ctggggcagttaccatagatggtttgagtttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcctgtacttcctatgcagtagccgatgtgaggaa 36397727  T
Q  209 tggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaa 308  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  36397728 tggtggtagtggatgtttggcatggcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatatttgcgcgtcgataaagttgaa 36397827  T
Q  309 cttggtaagatattccctcc 328  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  36397828 cttggtaagatattccctcc 36397847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 24 - 328
Target Start/End: Original strand, 36425956 - 36426260
Alignment:
Q  24 ggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttgcca 123  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |  |||  |||||||||||    
T  36425956 ggatgtgtaagaaagaaaggtgcatctgtttgtggaaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcgtaaaagttcctgaaacgtctacggcagttgcca 36426055  T
Q  124 tagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtggatg 223  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||    
T  36426056 tagatggtttgaatttggatgaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgacgtgaagaatggtggaagtggatg 36426155  T
Q  224 tttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaacttggtaagatattc 323  Q
    |||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||| |||    
T  36426156 tttggcatggcatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttttacgcgtcgctaaagttgaactaggtaagattttc 36426255  T
Q  324 cctcc 328  Q
    |||||    
T  36426256 cctcc 36426260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 11 - 321
Target Start/End: Original strand, 36387751 - 36388061
Alignment:
Q  11 agatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatatct 110  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || | |||  | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  36387751 agatgggacgggagggtgtgtaaggaagaaaggctcgtctgtttgtgagaatggagaagggtttatcaaagttgtaagcttgaaagttcctgatacatct 36387850  T
Q  111 ggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatg 210  Q
    | ||||||||| | |  |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  36387851 gtggcagttgctaaaagtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgcaaaactgttcttgtactgcctattcaattgctgatgtgaggaatg 36387950  T
Q  211 gtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaact 310  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||    
T  36387951 gtggaagtggatgtttggcatggcatggggatttaatagacattcaaaaacttaatgatcaaggccaagatttatttctacgcgtcgataaaattgaact 36388050  T
Q  311 tggtaagatat 321  Q
     ||||||||||    
T  36388051 aggtaagatat 36388061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 9 - 296
Target Start/End: Original strand, 36369170 - 36369457
Alignment:
Q  9 agagatgggctgggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatat 108  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| || | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||  |||||||||| |||| ||    
T  36369170 agagatgggtcgggagggtgtgtaaggaagaaaggtgtatcggtttgtgggaatggagaagggtttgtcaaagttgtgagcttgaaagttcccgatacat 36369269  T
Q  109 ctggggcagttgccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 208  Q
    ||| ||| ||||| | || |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36369270 ctgtggcggttgctaaaggtggtttgagtttggaagaatgtgagaaagaatgcttgagaaactgctcttgtactgcctatgcagttgctgatgtgaggaa 36369369  T
Q  209 tggtggtagtggatgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtc 296  Q
    |||||| ||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  36369370 tggtggaagtggttgtttggcatggcatggggatttaatggacgttcagaaacttagcgatcaaggccaggatttatttttacgcgtc 36369457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 21 - 322
Target Start/End: Original strand, 36373801 - 36374102
Alignment:
Q  21 ggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttg 120  Q
    ||||| |||||||| || | ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||     
T  36373801 ggagggtgtgtaaggaagaaaggcgcatctatttgtcggaatggagaagggtttatcaaagttgcaagcttgaaagttcctgatatatctgtggcagtta 36373900  T
Q  121 ccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtgg 220  Q
    | | || |||| ||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||||| || ||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  36373901 ctaaaggtggtctgagtttggaagaatgcgaggaagaatgcttgagaaactgctcttgtacttcctatgcagttgctgatgtgagtaatggtggaagtgg 36374000  T
Q  221 atgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaacttggtaagata 320  Q
     |||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| | || |||||   ||||||||| |||||| ||    
T  36374001 ctgtttggcatggtatggggatttaatggacattcaaaaacttagtgatcaaggccaagatttatttgtacgtgtcgatgcagttgaactaggtaaggta 36374100  T
Q  321 tt 322  Q
    ||    
T  36374101 tt 36374102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 327
Target Start/End: Original strand, 36433810 - 36434116
Alignment:
Q  21 ggaggatgtgtaagaaaaagaggtgcatctgtttgtgggaatggagaagggtttagcaaagttgtaagggtgaaagttcctgatatatctggggcagttg 120  Q
    ||||| |||||||| || |  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||  ||||||||||||||| |||   ||||  ||    
T  36433810 ggagggtgtgtaaggaagaacggttcatctgtttgtgggaatggagaagggtttatcaaaattgtcagcttgaaagttcctgatacatcgatggcaaatg 36433909  T
Q  121 ccatagatggtttgactttggatgaatgtgagaaagattgcttgagaaattgttcttgtaatgcctatgcagttgctgatgtgaggaatggtggtagtgg 220  Q
    ||| || |||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||| | ||||||| |||||||| || ||    
T  36433910 ccaaaggtggtttgagtttggaagaatgtgaaaaagaatgcttcagaaactgttcttgtacagcctatgcagttgataatgtgagcaatggtggaagcgg 36434009  T
Q  221 atgtttgacgtggcatgggaatttaatggacattcaaaaacttagtaatcagggccaagatttatttttgcgcgtcgagaaagttgaacttggtaagata 320  Q
     |||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||| |    
T  36434010 gtgtttggcatggcatggtgatttaatggacattcaaaaagtaagcgatcaaggccaagatttatttttacgtgtcgataaagttgaactaggtaagaaa 36434109  T
Q  321 ttccctc 327  Q
    |||||||    
T  36434110 ttccctc 36434116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University