View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20262_low_89 (Length: 321)
Name: NF20262_low_89
Description: NF20262
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20262_low_89 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Original strand, 36445268 - 36445565
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatag |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36445268 |
tcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatag |
36445367 |
T |
|
| Q |
101 |
tggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtgcatgaagatagata |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36445368 |
tggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtgcatgaagat----- |
36445462 |
T |
|
| Q |
201 |
agatatcattatgattagttttgagttttgtcctcagtttgctcggcaccgtgaccaccgtgaccacctccaccgtgtcctccgtgtccacctccaccgt |
300 |
Q |
| |
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||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36445463 |
agatatcattatgatcagttttgagttttgtcctcagtttgctcggcaccgtgaccaccgtgaccacctccaccgtgtcctccgtgtccacctccaccgt |
36445562 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 7 - 303
Target Start/End: Original strand, 36435370 - 36435665
Alignment:
| Q |
7 |
ttttttggaaaagctta----tcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatagtg |
102 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
36435370 |
ttttttggaaaagcttaataatcatcgttacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatagtg |
36435469 |
T |
|
| Q |
103 |
gcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtgcatgaagatagataag |
202 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |
|
|
| T |
36435470 |
gcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtacatggtgcatgaagat-----ag |
36435564 |
T |
|
| Q |
203 |
atatcattatgattagttttgagttttgtcctcagtttgctcggcaccgtgaccaccgtgaccacctccaccgtgtcctccgtgtccacctccaccgtgg |
302 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36435565 |
atatcattatgatcagttttgagttttgtcctcagtttgctcggcaccgtgaccaccgtgaccacctccaccatgtcccccgtgtccacctccaccgtgg |
36435664 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Original strand, 36467737 - 36468005
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatag |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36467737 |
tcatcattttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatag |
36467836 |
T |
|
| Q |
101 |
tggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtgcatgaagatagata |
200 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36467837 |
tggcaagatagataaatacaccattatatcaacacacaacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtgcatgaagat----- |
36467931 |
T |
|
| Q |
201 |
agatatcattatgattagttttgagttttgtcctcagtttgctcggcaccgtgaccaccgtgaccacctccacc |
274 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
36467932 |
agatatcattatgatcagttttgagttttgtcctcagtttgctcggcaccgtgactaccgtgtccacctccacc |
36468005 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 277
Target Start/End: Original strand, 36411144 - 36411275
Alignment:
| Q |
137 |
caacattatttttattcatgaaatatattactgagaaagagtgcatggtgcatgaagatagataagatatcattatgattagttttgagttttgtcctca |
236 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |
|
|
| T |
36411144 |
caacattatttttattcatgaaatatattactaagaaagagtgtatggtgcatg---------atgatatcattacgattagtttcgagtttcgtcctca |
36411234 |
T |
|
| Q |
237 |
gtttgctcggcaccgtgaccaccgtgaccacctccaccgtg |
277 |
Q |
| |
|
|||| | ||||||| |||||||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
36411235 |
gtttccacggcaccatgaccaccgtgaccacgtctaccgtg |
36411275 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 7 - 61
Target Start/End: Original strand, 36411013 - 36411067
Alignment:
| Q |
7 |
ttttttggaaaagcttatcatcattacaaatacatagtctgatgcaaatttatac |
61 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
36411013 |
ttttttggaaaagcttatcatcgttacaaatacatagtcttatgcaaatttatac |
36411067 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 115
Target Start/End: Original strand, 36475606 - 36475716
Alignment:
| Q |
4 |
tcattttttggaaaagcttatcatcattacaaa-tacatagtctgatgcaaatttatacatgatttctcccgaagaaatatctatctatactatatagtg |
102 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||| |||||| | ||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| | ||| |||||||| |
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| T |
36475606 |
tcattttttggaaacgctcatcatcgtcacaaaatacatagattgttgcaaatttatacatgatttccactaatgaaatatctatat-tac-atatagtg |
36475703 |
T |
|
| Q |
103 |
gcaagatagataa |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
36475704 |
acaagatagataa |
36475716 |
T |
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