View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20264_low_24 (Length: 306)

Name: NF20264_low_24
Description: NF20264
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20264_low_24
NF20264_low_24
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (11-289)||(20035579-20035857)
chr3 (14-287)||(19956951-19957221)
chr3 (14-283)||(19839260-19839529)
chr3 (22-287)||(19832696-19832961)
chr3 (110-287)||(19819460-19819637)
chr3 (65-198)||(20033401-20033534)
chr3 (115-287)||(19813224-19813396)
chr3 (40-220)||(26647897-26648077)
chr3 (28-285)||(20006237-20006491)
chr3 (14-181)||(19951991-19952158)
chr3 (47-122)||(20007415-20007490)
chr3 (65-122)||(26654066-26654123)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (40-151)||(22685454-22685565)
chr8 (97-130)||(22655478-22655511)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-98)||(1718094-1718171)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (134-193)||(27472712-27472771)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 11 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 20035857 - 20035579
Alignment:
Q  11 cacagaccacatgtaggaaaattaaataaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20035857 cacagaccacatgtaggaaaattaaacaaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatg 20035758  T
Q  111 tttgtgatgatggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatca 210  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20035757 tttgtgatgatgggtcaaaagctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattttttaagagctaatca 20035658  T
Q  211 aaaaattgatcttgatggttctgcaagtcttcctccaaaaaataacactcttgttccctccatatctgttgaggattat 289  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20035657 aaaaattgatgttgatggttctgcaagtcttcctccaaaaaataccattcttgttccctccatatctgttgaggattat 20035579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 287
Target Start/End: Original strand, 19956951 - 19957221
Alignment:
Q  14 agaccacatgtaggaaaattaaataaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgttt 113  Q
    ||||| || |||||||| || || | ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  19956951 agacctcacgtaggaaagtttaacagaagtggtatggaggtttgtgttcaacctggattttctcccaatcttgttgatactcttacttttgaaaatgttt 19957050  T
Q  114 gtgatgatggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatcaaaa 213  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||   ||| |||||| ||||| |    
T  19957051 gtgatgatggctcaaaagctaaaactaggaaggtcgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattctgttcatga---tttgagagctgatcaaga 19957147  T
Q  214 aattgatcttgatggttctgcaagtcttcctccaaaaaataacactcttgttccctccatatctgttgaggatt 287  Q
     ||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19957148 tatttatgctgatggttcttcaagtcttcctccaaaacataacactcttgttccctccatatctgttgaggatt 19957221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 283
Target Start/End: Original strand, 19839260 - 19839529
Alignment:
Q  14 agaccacatgtaggaaaattaaataaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgttt 113  Q
    ||||| ||||||||||| || || | |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  19839260 agacctcatgtaggaaagtttaacataagtggtattgaggtttgtgttcaacctggattttctcccaatctggttgatactcttacttttggaaaagttt 19839359  T
Q  114 gtgatgatggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatcaaaa 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  19839360 gtgatgatggctcaaaagctaaaactaggaaggttaatgaattttgtgttgatgttccttatgaaaattctgttcatgattgtttgagagctgatcaaaa 19839459  T
Q  214 aattgatcttgatggttctgcaagtcttcctccaaaaaataacactcttgttccctccatatctgttgag 283  Q
     ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||| |||||||    
T  19839460 tattgatgctgatggttcttcaagtcttcctccaaaacataacattcttgttctttccatatgtgttgag 19839529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 22 - 287
Target Start/End: Original strand, 19832696 - 19832961
Alignment:
Q  22 tgtaggaaaattaaataaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgtttgtgatgat 121  Q
    ||||||||| || |||  |||||||||||||| |  || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||    
T  19832696 tgtaggaaattttaatgcaagtggtattgaagctgatgctctacctggattttctcccaatcttgttgatactcctatttttgaaaaagtttgtgatgat 19832795  T
Q  122 ggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatcaaaaaattgatc 221  Q
    ||||||||  | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||||||| ||||||     
T  19832796 ggctcaaaggcaataactaggaaggttgatgaattttatgttgatgttccttatgaaaattctgttcatgattgtttcagagctgatcaaaatattgatg 19832895  T
Q  222 ttgatggttctgcaagtcttcctccaaaaaataacactcttgttccctccatatctgttgaggatt 287  Q
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  19832896 ccgatggttcttcaagtcttcctccaaaacataacactcttgttacatccatatctgttgaggatt 19832961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 110 - 287
Target Start/End: Original strand, 19819460 - 19819637
Alignment:
Q  110 gtttgtgatgatggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatc 209  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||    
T  19819460 gtttgtgatgatggctcaaattctaaaactaggaaggttaacgaattttgtgttgatgttccttatgaaaattctgttcatgattgtttgagagctgatc 19819559  T
Q  210 aaaaaattgatcttgatggttctgcaagtcttcctccaaaaaataacactcttgttccctccatatctgttgaggatt 287  Q
    |||| ||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  19819560 aaaatattgatgctgatgcttcttcaagtcttcctccaaaacataacactcttgttccttccatatctgtcgaggatt 19819637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 65 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 20033534 - 20033401
Alignment:
Q  65 cctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgtttgtgatgatggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttg 164  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||  ||    
T  20033534 cctggatttcctcccaatcttgttgacactcttatgtttggaaaattttgtgatgatggttcaaaatctaaaactaggaagattgatgatctttatactg 20033435  T
Q  165 atgttccttatgaaaattatgttcctgattgttt 198  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  20033434 atgttccttatgaaaattctgttcataattgttt 20033401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 115 - 287
Target Start/End: Original strand, 19813224 - 19813396
Alignment:
Q  115 tgatgatggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatcaaaaa 214  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||| ||||| ||||  ||||||||   ||||||| |||||||||| ||||| |||  || | |||||| || |||      
T  19813224 tgatgatggttcaaaaactaaaactatgaaggctgatggattttatgccaatgttccatatgaaaattctgttcatgagagtctgagagctgatgaaagt 19813323  T
Q  215 attgatcttgatggttctgcaagtcttcctccaaaaaataacactcttgttccctccatatctgttgaggatt 287  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19813324 attgatgctgatggttcttcaagtcttcctcgaaaacataagactcttgttccttccatatctgttgaggatt 19813396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 40 - 220
Target Start/End: Original strand, 26647897 - 26648077
Alignment:
Q  40 aagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgtttgtgatgatggctcaaaacctaaaact 139  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||  ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||| || |||| || ||| ||||||||    
T  26647897 aagtggtaatgatgttggtgttccccctggttttcctcccaatcttgttgacactcttatttttggaaaattttgttataatggttccaaaactaaaact 26647996  T
Q  140 aggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatcaaaaaattgat 220  Q
    |||||||||| | | |||||||  ||||||||||||||||||  ||||| | ||||||| | |||| || |||| ||||||    
T  26647997 aggaaggttgctgatttttatgccgatgttccttatgaaaatgctgttcataattgtttgaaagctgatgaaaatattgat 26648077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 28 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 20006491 - 20006237
Alignment:
Q  28 aaaattaaataaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgtttgtgatgatggctca 127  Q
    |||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||    ||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||| | ||||||| |||    
T  20006491 aaaattgaatagaagtggtattgatgttggtgttccagatggatttcctcccaatcttgttggcactcttatttttggaatt-tttat-atgatggttca 20006394  T
Q  128 aaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgattgtttaagagctaatcaaaaaattgatcttgatg 227  Q
    ||| | ||||||| ||| | |||| | ||| | |  |||||||||||| ||||| |||||| ||||  ||| ||| || || |||  ||||||  ||| |    
T  20006393 aaaacaaaaactatgaatgctgatgattttaaagccgatgttccttattaaaat-atgttcatgataatttgagacctgatgaaagtattgatgctgacg 20006295  T
Q  228 gttctgcaagtcttcctccaaaaaataacactcttgttccctccatatctgttgagga 285  Q
     | || ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  20006294 ctccttcaagtcttcctccaaaacataacactcttgttccttccatacttgttgagga 20006237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 14 - 181
Target Start/End: Original strand, 19951991 - 19952158
Alignment:
Q  14 agaccacatgtaggaaaattaaataaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgttt 113  Q
    ||||| ||||||||||||   || | |||||||| ||  ||| ||||||  ||||||||| || |||||  |||||| |||||| | ||||||||| |||    
T  19951991 agacctcatgtaggaaaagctaacataagtggtaatgttgttggtgttccacctggatttcctaccaattgtgttgaaactcttgtctttggaaattttt 19952090  T
Q  114 gtgatgatggctcaaaacctaaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaat 181  Q
    |||||||||| || | | |||||| |||||||||||||||   | ||| |||||||||| ||||||||    
T  19952091 gtgatgatggttccagaactaaaattaggaaggttgataatcatgatgctgatgttcctaatgaaaat 19952158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 47 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 20007490 - 20007415
Alignment:
Q  47 attgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgtttgtgatgatg 122  Q
    ||||| ||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  20007490 attgatgttggtgttccacctggatttcctcccaatcttgttgatgctcttgtttttggaaaattttgtgatgatg 20007415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 122
Target Start/End: Original strand, 26654066 - 26654123
Alignment:
Q  65 cctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgtttgtgatgatg 122  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||  |||||| |||||    
T  26654066 cctggatttcctcccaatcttgttgacactcatatttatggaaaattttgtgctgatg 26654123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 40 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 22685565 - 22685454
Alignment:
Q  40 aagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactcttatttttggaaatgtttgtgatgatggctcaaaacctaaaact 139  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||  ||||||||||||  |||||||||| | || |||| |||||||||  |  |||||| ||| |||||| ||||||||    
T  22685565 aagtggtaatgatgttggtgttccacctggattttctttcaatcttgttaacacacttaattttggaaacttcagtgatggtggttcaaaagctaaaact 22685466  T
Q  140 aggaaggttgat 151  Q
    ||||||||||||    
T  22685465 aggaaggttgat 22685454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 22655511 - 22655478
Alignment:
Q  97 tatttttggaaatgtttgtgatgatggctcaaaa 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22655511 tatttttggaaatgtttgtgatgatggctcaaaa 22655478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 21 - 98
Target Start/End: Original strand, 1718094 - 1718171
Alignment:
Q  21 atgtaggaaaattaaataaaagtggtattgaagtttgtgttcagcctggattttctcccaatcttgttgatactctta 98  Q
    |||||||||||   || |||||||||| ||| ||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  1718094 atgtaggaaaagctaacaaaagtggtaatgatgttggtgttccacctggatttcctcccaatcttgttgacactctta 1718171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 134 - 193
Target Start/End: Original strand, 27472712 - 27472771
Alignment:
Q  134 aaaactaggaaggttgataaattttatgttgatgttccttatgaaaattatgttcctgat 193  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| || ||||| |||| |||||    
T  27472712 aaaactaggaaggttgatgatttttatgctgatgttccttgtgcaaattttgttgctgat 27472771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University