View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20265_high_1 (Length: 634)
Name: NF20265_high_1
Description: NF20265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20265_high_1 |
 | |
|
| [»] scaffold0096 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 484; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 484; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 629
Target Start/End: Complemental strand, 12533657 - 12533043
Alignment:
| Q |
17 |
aaatatttcttaataacattcattcacaattttttatattgtggaaattgattttgacacccctcccattaatccaattactctgaaaatccttattacc |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533657 |
aaatatttctgaataacattcattcacaattttttatattgtggaaattgattttgacacccctcccattaatccaattactctgaaaatccttattacc |
12533558 |
T |
|
| Q |
117 |
ttctaaaatctaccagcaagtttt--agggttaaggcttaacacaagatgctttcagaagtgaactgcattaacaaacaggaccattcatttttatgcat |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533557 |
ttctaaaatctaccagcaagttttttagggttaaggcttagcacaagatgctttcagaagttaattgcattaacgaacatgaccattcatttttatgcat |
12533458 |
T |
|
| Q |
215 |
catagattaatatgagccattttgtaaagttgttgcagataagctgcaaactgaattaaacaaatagtttaagcagatatgcacccatgaatggtgccct |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533457 |
catagattaatatgagccattttgtaaagttgttgcagacaagctgcaaactgaattaaacaaggagtttaagcagatgtgcacccatgaatggtgccct |
12533358 |
T |
|
| Q |
315 |
atagaacagaagtagtaaatgctgatgttttttgctcaatgcacttaccattattgcaaaaatccttgatatactaaagacagctacttcattttatatt |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
12533357 |
atagaacagaagtagtaaatgatgatgttttttgctcaatgcacttatcattattgcaaaaatccttgatatagtaaagacagctacttcagtttatatt |
12533258 |
T |
|
| Q |
415 |
tgtggagggctcgagctaaattcctgttacatgtatcatgtgctcaattatagctactcagcatccacaaatgaaattgaagataagcattggtaaaagt |
514 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12533257 |
tgtgcagggctcgaggtaaattcctgttacatgtgttgtgtgctcaattatagctactcagcatccacaaatgaaattgaagataagcattggtataagt |
12533158 |
T |
|
| Q |
515 |
agtgttctcaatttaggccttcagctgatgaaattactcctgtcagttctcaaagtaggttggcttacgctatgtgatcaggacctcaacattcctaaaa |
614 |
Q |
| |
|
||||| |||| | ||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533157 |
agtgtgctcagtgtaggcctacacctgatgaaataactcctttcagttctcaatgtacgttggcttacgctatgtgataaggacctcaacattcctaaaa |
12533058 |
T |
|
| Q |
615 |
aattagcttcttctc |
629 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
12533057 |
aattagcttcttctc |
12533043 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 12534645 - 12534156
Alignment:
| Q |
17 |
aaatatttcttaataacattcattcacaattttttatattgtggaaattgattttgacacccctcccattaatccaattactctgaaaatccttattacc |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12534645 |
aaatatttctgaataacattcattcacaattttttatattgtggaaattgattttgacacccctcccattaatccaattactctgaaaatccttattacc |
12534546 |
T |
|
| Q |
117 |
ttctaaaatctaccagcaagtttt--agggttaaggcttaacacaagatgctttcagaagtgaactgcattaacaaacaggaccattcatttttatgcat |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12534545 |
ttctaaaatctaccagcaagttttttagggttaaggcttagcacaagatgctttcagaagttaattgcattaacgaacatgaccattcatttttatgcat |
12534446 |
T |
|
| Q |
215 |
catagattaatatgagccattttgtaaagttgttgcagataagctgcaaactgaattaaacaaatagtttaagcagatatgcacccatgaatggtgccct |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12534445 |
catagattaatatgagccattttgtaaagttgttgcagacaagctgcaaactgaattaaacaaggagtttaagcagatgtgcacccatgaatggtgccct |
12534346 |
T |
|
| Q |
315 |
atagaacagaagtagtaaatgctgatgttttttgctcaatgcacttaccattattgcaaaaatccttgatatactaaagacagctacttcattttatatt |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
12534345 |
atagaacagaagtagtaaatgatgatgttttttgctcaatgcacttatcattattgcaaaaatccttgatatattaaagacagctacttcagtttatatt |
12534246 |
T |
|
| Q |
415 |
tgtggagggctcgagctaaattcctgttacatgtatcatgtgctcaattatagctactcagcatccacaaatgaaattgaagataagcat |
504 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12534245 |
tgtgcagggctcgaggtaaattcctgttacatgtgttgtgtgctcaattatagctactcagcatccacaaatgaaattgaagataagcat |
12534156 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0096 (Bit Score: 474; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0096
Description:
Target: scaffold0096; HSP #1
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 626
Target Start/End: Original strand, 29810 - 30419
Alignment:
| Q |
17 |
aaatatttcttaataacattcattcacaattttttatattgtggaaattgattttgacacccctcccattaatccaattactctgaaaatccttattacc |
116 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29810 |
aaatatttctgaataacattcattcacaattttttatattgtggaaattaattttgacacccctcccattaatccaattattctgaaaatccttattacc |
29909 |
T |
|
| Q |
117 |
ttctaaaatctaccagcaagtttt--agggttaaggcttaacacaagatgctttcagaagtgaactgcattaacaaacaggaccattcatttttatgcat |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29910 |
ttctaaaatctaccagcaagttttttagggataaggtttaacacaagatgctttcagaagtgaactgcattaacgaacaggaccattcatttttatgcat |
30009 |
T |
|
| Q |
215 |
catagattaatatgagccattttgtaaagttgttgcagataagctgcaaactgaattaaacaaatagtttaagcagatatgcacccatgaatggtgccct |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30010 |
catagattaatataagccattttgtaaagttgttgcaggcaagctgcaaactgaattaaacaaggagtttaagcagatatgcacccatgaatggtgccct |
30109 |
T |
|
| Q |
315 |
atagaacagaagtagtaaatgctgatgttttttgctcaatgcacttaccattattgcaaaaatccttgatatactaaagacagctacttcattttatatt |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
30110 |
atagaacagaagtagtaaatgc--atgttttttgctcaatgcacttatcattattgcaaaaatccttgatatactaaagacagctacttcagtttatatt |
30207 |
T |
|
| Q |
415 |
tgtggagggctcgagctaaattcctgttacatgtatcatgtgctcaattatagctactcagcatccacaaatgaaattgaagataagcattggtaaaagt |
514 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
30208 |
tgtgcagggctcgaggtaaattcctgttacatgtgttgtgtgctcaattatagctactcagcatccacaaatgaaattgaagataagcactggtataagt |
30307 |
T |
|
| Q |
515 |
agtgttctcaatttaggccttcagctgatgaaattactcctgtcagttctcaaagtaggttggcttacgctatgtgatcaggacctcaacattcctaaaa |
614 |
Q |
| |
|
||||| |||||| ||||||| || |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30308 |
agtgtgctcaatgtaggcctacacctgatgaaataactcctttcagttctcaatgtaggctggcttacgctatgtgataaggacctcaacattcctaaaa |
30407 |
T |
|
| Q |
615 |
aattagcttctt |
626 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
30408 |
aattagcttctt |
30419 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University