View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20280_low_3 (Length: 453)

Name: NF20280_low_3
Description: NF20280
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20280_low_3
NF20280_low_3
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (11-437)||(15519431-15519857)
chr2 (14-437)||(15495393-15495816)
chr2 (12-437)||(15656272-15656697)
chr2 (10-403)||(15535727-15536120)
chr2 (11-437)||(15646952-15647378)
chr2 (11-437)||(15608575-15609001)
chr2 (11-437)||(15626626-15627052)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 437
Target Start/End: Original strand, 15519431 - 15519857
Alignment:
Q  11 taatacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15519431 taatacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccatg 15519530  T
Q  111 tcattttgtatctaccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaattggggtttcttttcagcattaagtt 210  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| | |||||  ||||||  ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  15519531 tcattttgtatcttccttgcaaagcagcatactgaataggagcacatccttttgcaccctttataattggtaacttggggtttattttcagcattaagtc 15519630  T
Q  211 aacaattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatagc 310  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| || ||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15519631 aacaattttcatgtttccagctgcagcagcaataaaaaaagcagtgtttccgttcatatcttgcaatgttatatcattgtcatcaagcatcttcaatagc 15519730  T
Q  311 tccttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctctttgtcta 410  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15519731 tccttcacaaagtgaatatggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctctttgtcta 15519830  T
Q  411 taatgcgcttagctgctggccagtttc 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  15519831 taatgcgcttagctgctggccagtttc 15519857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 437
Target Start/End: Original strand, 15495393 - 15495816
Alignment:
Q  14 tacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccatgtca 113  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||    
T  15495393 tacttaccatagatgccagtgtagatacaagcaaagaacaataattcccagtcattgtcttcaaaacaatgtattgttttatcatatagatgccatgcca 15495492  T
Q  114 ttttgtatctaccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaattggggtttcttttcagcattaagttaac 213  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  15495493 ttttgtatcttccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaatcggggtttcttttcagcattaagtcaac 15495592  T
Q  214 aattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatagctcc 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15495593 aattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatagctcc 15495692  T
Q  314 ttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctctttgtctataa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||  |    
T  15495693 ttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagaaatatgcagtagtgtatgccacccatttgctatggcagcatttttaagctcattctgtttgtctaaga 15495792  T
Q  414 tgcgcttagctgctggccagtttc 437  Q
    |||| || ||||| ||||||||||    
T  15495793 tgcgtttggctgcaggccagtttc 15495816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 12 - 437
Target Start/End: Original strand, 15656272 - 15656697
Alignment:
Q  12 aatacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccatgt 111  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||   |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  15656272 aatacttaccgtagatgccagtgtagatacaagcaaagaacaacgaatcccagtccgcatcttcaaaacaatgtgtggttttatcatatagatgccatgt 15656371  T
Q  112 cattttgtatctaccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaattggggtttcttttcagcattaagtta 211  Q
    ||||||| |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||| |||   | ||| |||| | | |||||| |  | |||| | | || || ||||| |    
T  15656372 cattttgcatcttccttgcagagcagcatactgaataggagtatttccatttccacttctttttacaggtaattgtgagtttgtatccaacagtaagtca 15656471  T
Q  212 acaattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatagct 311  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||| || ||   ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15656472 acaatttcaatgtttccagctgcagcagcaaagcaaaaagcagtgtttccgttcatatcttgcaatgttatatcattgtcatcaagcatcttcaatagct 15656571  T
Q  312 ccttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctctttgtctat 411  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  15656572 ccttcacaaagtgaatgtggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcatttttgagcttattctctttctctat 15656671  T
Q  412 aatgcgcttagctgctggccagtttc 437  Q
     |||||||||||||| ||||||||||    
T  15656672 gatgcgcttagctgccggccagtttc 15656697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 10 - 403
Target Start/End: Original strand, 15535727 - 15536120
Alignment:
Q  10 ataatacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccat 109  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| | |||||| | || |||||||| |||||| |||||||||    
T  15535727 ataatccttaccatagatgccagtgtagatacaagcaaagaacaatgaattccagtccttgttttcaaaacgatttatggttttatcataaagatgccat 15535826  T
Q  110 gtcattttgtatctaccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaattggggtttcttttcagcattaagt 209  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  || ||| |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  15535827 gtcattttgtatcttccttgcaaagcagcatactgaataggagtatatccttctgtaccccttataattggtaaaatggggtttattttcagcattaagt 15535926  T
Q  210 taacaattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatag 309  Q
     ||||||||  || |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| || ||   |||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  15535927 caacaatttcaatatttccagcagcagcagcaataaagaaagcagtgtttccgttcatatctagcaattctatatctttgtcatcaagcatcttcaataa 15536026  T
Q  310 ctccttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctct 403  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15536027 ctccttcacaaagtgaatgtggtttgcacctgcagcaatatgcaatagagtaggagacccaaatgctatggcagcatttttgagcttattctct 15536120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 11 - 437
Target Start/End: Original strand, 15646952 - 15647378
Alignment:
Q  11 taatacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccatg 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15646952 taatacttaccatagatgccagtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtcctcagcatcaaaacgatgtatggttttatcatatagatgccatg 15647051  T
Q  111 tcattttgtatctaccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaattggggtttcttttcagcattaagtt 210  Q
    |||||||| |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||  | |||| ||| | | |||||| |  | ||| || |  | ||||||||     
T  15647052 tcattttgcatcttccttgcagagcagcatactgaataggagtatatccttttccacccctttttacaggtaactgtgagttcctatctaacattaagtc 15647151  T
Q  211 aacaattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatagc 310  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||| |    
T  15647152 aacaatttccatgtttccagctgcagcagcaaagcaaaaagcagtgtttccgttgacatcttgcaatgctaaatctttgtcatcaagcatattcaataac 15647251  T
Q  311 tccttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctctttgtcta 410  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15647252 tccttcacaaagtggatgtggtttgcacctgctgcaatatgcaatagtgtaggccacccatttgttatggcagcatttttgagcttcttctctttgtcta 15647351  T
Q  411 taatgcgcttagctgctggccagtttc 437  Q
      ||||| ||||||||| |||| ||||    
T  15647352 agatgcggttagctgctagccaatttc 15647378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 11 - 437
Target Start/End: Original strand, 15608575 - 15609001
Alignment:
Q  11 taatacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccatg 110  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||| ||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  15608575 taatacttaccatagatgccagtgtagatacaagcaaagaacaataacttccagtcctcatcttgaaaacaaggtgtggttttatcatatagatgccatg 15608674  T
Q  111 tcattttgtatctaccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaattggggtttcttttcagcattaagtt 210  Q
    |||||||  |||| |||||||  || |||| ||||||||||||||||||   | || | ||| | | |||||| |  | ||| || | || || |||||     
T  15608675 tcattttagatcttccttgcagagccgcatactgaataggagtatatccatttccagccctttttacaggtaattgtgagttcctatccaacagtaagtc 15608774  T
Q  211 aacaattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatagc 310  Q
    ||||||||  ||||||||| |||| ||||||   || ||||| ||||| ||  |   ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  15608775 aacaatttcaatgtttccagctgccgcagcatagcaaaaagcggtgtttccgatcttatcttgcaatgttatatcattctcatcaagcatcttcaatagc 15608874  T
Q  311 tccttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctctttgtcta 410  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||    
T  15608875 tccttcacaaagtgaatgtggtttgcacctgcagcgatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcatttttgagcctgttctcgttgtcta 15608974  T
Q  411 taatgcgcttagctgctggccagtttc 437  Q
      ||| | || |||||| |||||||||    
T  15608975 agatgtgtttggctgctcgccagtttc 15609001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 11 - 437
Target Start/End: Original strand, 15626626 - 15627052
Alignment:
Q  11 taatacttaccatagatgcctgtgtagatacaagcaaagaacaataactcccagtccttctcttcaaagcaatgtatggtttcatcatatagatgccatg 110  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  15626626 taatacttaccatagatgccattgtggatacaagcaaagaacaataaatcccagtcatcatcttcaaaacaatgtatggttttctcatatagatgccatg 15626725  T
Q  111 tcattttgtatctaccttgcaatgcagcattctgaataggagtatatcctaatgcacctcttataataggtaaattggggtttcttttcagcattaagtt 210  Q
    || ||||  | || |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  | || | ||||| | |||||| |  | ||| || | || || |||||     
T  15626726 tcgttttacaccttccttgcaaagcagcatactgaataggagtatatccttttccatcccttattacaggtaattgtgagttcctatccaacagtaagtc 15626825  T
Q  211 aacaattttcatgtttccaactgcagcagcaatacagaaagcagtgttaccattggcatcttgcaatgctatatcattgtcatgaagcatcttcaatagc 310  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||| || ||   ||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||  |||||| |    
T  15626826 aacaatttcaatgtttccagctgcagcagcaaagcaaaaagcagtgtttcctttcatatcttgcaacgctatgtcattgtcatcaagaatactcaataac 15626925  T
Q  311 tccttcacaaagtgaatttggtttgcacctgcagcaatatgcagtagagtaggatacccatttgttatggcagcattttttagcttattctctttgtcta 410  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| || ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||| |||||    
T  15626926 tccttcacaaagtgaatgcggtttgcacctgcagcaatatgcaatagtgttggacacccatttgctatggcagcatttttcagcttatcgtcttcgtcta 15627025  T
Q  411 taatgcgcttagctgctggccagtttc 437  Q
      |||||||| ||||||||||||||||    
T  15627026 agatgcgcttggctgctggccagtttc 15627052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University