View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20287_low_10 (Length: 449)
Name: NF20287_low_10
Description: NF20287
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20287_low_10 |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 39230109 - 39229688
Alignment:
| Q |
13 |
aatatcaatgcaatgaggtctaattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtgtatctaaactctatcaatcttacatatgcaatactttgctta |
112 |
Q |
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| T |
39230109 |
aatatcaatgcaatgaggtctgattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtgtatctaaactctattaatcttacatatgcaatactttgctta |
39230010 |
T |
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| Q |
113 |
gatatcatcatcctttaattggataagtataaaactaccgatgctcaataatttaagcttgtttaaagatgattaatgacatagtattattagaactttt |
212 |
Q |
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| T |
39230009 |
gatatcatcatcctttaattggataagtataaaactaccgatgctcaataatttaagcttgttgaaagatgattaatgacatagtattattagaactttt |
39229910 |
T |
|
| Q |
213 |
ataatggaccagtaattatgtaataaaacttttaattggatagatatcatcatccttagtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacacgt |
312 |
Q |
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| T |
39229909 |
ataatggaccagtaattatctaataaaacttttaattggatagatatcatcatccttagtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacccgt |
39229810 |
T |
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| Q |
313 |
tgggtaatgacaccaccacttcctcctcttattaagaagcaaagaaatnnnnnnntaaatgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctacc |
412 |
Q |
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| T |
39229809 |
tgggtaatgacaccaccacttcctcctcttattaagaagcaaagaaataaaaaaataaatgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctacc |
39229710 |
T |
|
| Q |
413 |
catgattggtatttgtgatatg |
434 |
Q |
| |
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| T |
39229709 |
catgattggtatttgtgatatg |
39229688 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 25549444 - 25549022
Alignment:
| Q |
13 |
aatatcaatgcaatgaggtctaattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtgtatctaaactctatcaatcttacatatgcaatactttgctta |
112 |
Q |
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| T |
25549444 |
aatatcaatgcaatgaggtctgattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtgtatctaaactctattaatcttacatatgcaatactttgctta |
25549345 |
T |
|
| Q |
113 |
gatatcatcatcctttaattggataagtataaaactaccgatgctcaataatttaagcttgtttaaagatgattaatgacatagtattattagaactttt |
212 |
Q |
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| T |
25549344 |
gatatcatcatcctttaattggataagtataaaactactgatgctcaataatttaagcttgttgaaagatgattaatgacatagtattaatagaactttt |
25549245 |
T |
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| Q |
213 |
ataatggaccagtaattatgtaataaaacttttaattggatagatatcatcatccttagtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacacgt |
312 |
Q |
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| T |
25549244 |
ataatggaccagtaattatgtaataaaacttttaattggatagatatcatcatccttagtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacacgt |
25549145 |
T |
|
| Q |
313 |
tgggtaatgacaccaccacttcctcctc-ttattaagaagcaaagaaatnnnnnnntaaatgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctac |
411 |
Q |
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| T |
25549144 |
tgggtaatgacaccaccacttccgcctctttattaagaagcaaagaaataaaaatataaatgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctac |
25549045 |
T |
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| Q |
412 |
ccatgattggtatttgtgatatg |
434 |
Q |
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| T |
25549044 |
ccatgattggtatttgtgatatg |
25549022 |
T |
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