View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20298_high_9 (Length: 496)

Name: NF20298_high_9
Description: NF20298
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20298_high_9
NF20298_high_9
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (1-477)||(13336675-13337151)
chr5 (1-477)||(13340013-13340492)
chr5 (1-477)||(13345814-13346293)
chr5 (3-477)||(13354511-13354988)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 13337151 - 13336675
Alignment:
Q  1 actctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttgattccccaagcccaggataatccacaaacacactcaatcttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13337151 actctaacccactcaggcagaacgctcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttgattccccaagcccaggataatccacaaacgcactcaatcttt 13337052  T
Q  101 tagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactgaatcaatagaaccaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13337051 tagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactgaatcaatagaaccaac 13336952  T
Q  201 gtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggattttgagatgcaata 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336951 gtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggattttgagatgcaata 13336852  T
Q  301 agtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaagtaaacccgtctccgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336851 agtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaagtaaacccgtctccgt 13336752  T
Q  401 ggaggcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggttttatcc 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13336751 ggaggcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatcc 13336675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 13340492 - 13340013
Alignment:
Q  1 actctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttg-attcc--ccaagcccaggataatccacaaacacactcaatc 97  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||   |||   ||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  13340492 actctaacccattcaggtagaacactcctcaaatcaacaacaaaagagacaccagttgcattcttaccactaccaggataagccacaaacacacttaatc 13340393  T
Q  98 ttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactgaatcaatagaacc 197  Q
    ||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || ||| || || ||||||||||| | ||||||     |||||||| |||||    
T  13340392 ttttagattcagagttatagtttatactagcttcccctaaagcatttgtttgcacaaaatcaagaggccaattcacagttgcgcgcgaatcaatggaacc 13340293  T
Q  198 aacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggattttgagatgca 297  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13340292 aacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagctggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggattttgagatgga 13340193  T
Q  298 ataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaagtaaacccgtctc 397  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||    
T  13340192 ataagtgcagtttccggattgaaaaggccaagatatcctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtccaagaaagaaagtaaatccatctc 13340093  T
Q  398 cgtggaggcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggttttatcc 477  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13340092 cgtggagtcttgaaccgtttgtgttcacgataaaagagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatcc 13340013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 13346293 - 13345814
Alignment:
Q  1 actctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttgattccc---caagcccaggataatccacaaacacactcaatc 97  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||   ||  |||||| ||||  ||||||||||||||||    
T  13346293 actctaacccattcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgagacaccagttgctttcctcccactcccagggtaattgacaaacacactcaatc 13346194  T
Q  98 ttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactgaatcaatagaacc 197  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  13346193 ttttagactcggagttatagtttatgttagcttctcctaaagcatttcttggcaaaaaatcaacaggccagtccacagttgcaactgaatcaatagaacc 13346094  T
Q  198 aacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggattttgagatgca 297  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| | |    
T  13346093 aacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagcaggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctattataggatttttagaagga 13345994  T
Q  298 ataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaagtaaacccgtctc 397  Q
       | ||||||||| |||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| | | |||||| ||| || ||||    
T  13345993 tcgaatgcagtttctgggtcgaaaagaccaagatagccgccacttgaattttttggtacttcaaaatgaagtggtccgatatagaaagcaaatccatctc 13345894  T
Q  398 cgtggaggcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggttttatcc 477  Q
    |||||||   |||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| | || |||||| |||||||||    
T  13345893 cgtggagttctgaaccatttgtgttcacgaaaaagaagaaacgagtggagaaatctgctagttttccactagttttatcc 13345814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 3 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 13354988 - 13354511
Alignment:
Q  3 tctaacccactcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttga-ttcccc--aagcccaggataatccacaaacacactcaatctt 99  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||| | ||| || |||| |  |  |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13354988 tctaacccattcaggcaaaacactccttagatcaacaacaactgaaaccctagtggaattccactgagtcccaggataagccacaaacacactcaatctt 13354889  T
Q  100 ttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttgaaactgaatcaatagaaccaa 199  Q
    |||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |  |||  |  ||  ||| |||| || ||||    
T  13354888 ttagactctgagttatagtttatgttagcttctcctaaagcatttcttggcacaaaattaataggccattgtgcatattcaagggaaacaattgacccaa 13354789  T
Q  200 cgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattggattttgagatgcaat 299  Q
    | |||||||||||||||| | ||||| ||| |||||  || |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||  |||  |||| |      
T  13354788 catcaattccaatgtgaggagattgaaatgatgaaggagggtcccattcatttgtaaaaccatcaaattcaatagctaatattggggttttggatggagg 13354689  T
Q  300 aagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaaagaaagtaaacccgtctccg 399  Q
    || |||| |||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||  || ||||||||     
T  13354688 aaatgcattttctgggtcgaaaagaccaagataccctccgcttgaattttttggtacgtcaaaatgtagtggtcccagatagaaagcgaatccgtctcca 13354589  T
Q  400 tggaggcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggttttatcc 477  Q
    |||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||||||||    
T  13354588 tggagatctgaatcgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatcagctagttctccactagttttatcc 13354511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University