View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20298_low_1 (Length: 836)

Name: NF20298_low_1
Description: NF20298
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20298_low_1
NF20298_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-792)||(8524452-8525243)
chr3 (134-183)||(14554452-14554501)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (82-783)||(42125003-42125704)
chr5 (91-794)||(42130226-42130920)
chr5 (89-663)||(34230708-34231288)
chr5 (91-657)||(41711694-41712256)
chr5 (89-536)||(34238763-34239204)
chr5 (91-397)||(42118787-42119097)
chr5 (430-727)||(42118489-42118780)
chr5 (90-719)||(41569923-41570546)
chr5 (2-45)||(42130948-42130991)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-794)||(25520847-25521633)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (93-727)||(11119842-11120467)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (91-657)||(12249956-12250516)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 519; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 519; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 792
Target Start/End: Complemental strand, 8525243 - 8524452
Alignment:
Q  1 tatgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattataaattctgaatatgctcatt---atggttgtgatgaattttctcttttgaaaacag 97  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||   ||  ||||||||||| |  ||||||||||||||    
T  8525243 tatgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcactataaattctgaacctgcttattcttatttttgtgatgaatctcgtcttttgaaaacag 8525144  T
Q  98 caacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaaggtct 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  8525143 caacatggaaaaatgagattgattgctgctcatgggatggtgtcacgtgtgacaccatcagtggtcacgtgattggcctcaaccttggctgtgaaggtct 8525044  T
Q  198 tcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattca 297  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  8525043 tcaaggcatactcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaaccttgctaacaatgatttctctggctcttattttcattca 8524944  T
Q  298 aagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaat 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524943 aagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcatagttaccttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaat 8524844  T
Q  398 cacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgttttt 497  Q
    |||||||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8524843 cacttcatctctctgggtcttatcaatacaatttagtttggaaagagagcaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaaacttgagggagttgttttt 8524744  T
Q  498 ggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggatta 597  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |   ||| |||||    
T  8524743 ggatgatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctattcaaccaatcttcctctttggtcactcttaatcttgcagagacaagatta 8524644  T
Q  598 agaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagtt 697  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  8524643 agcggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaggtattcaagaactagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccagaattaagtt 8524544  T
Q  698 gcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctct 792  Q
    ||| ||||||||||||||||||  ||||||   |||||  |||  | |||| |||||   | ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8524543 gcaacacttctcttagaatcttggatctgtcaaattgtcaattccatggggaaattc---caatgtctttttctaacctaacacaccttacctct 8524452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 14554501 - 14554452
Alignment:
Q  134 atggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacctt 183  Q
    ||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| |||||    
T  14554501 atggtgtcacgtgcgacaccatatcaggtcacgtgattgaactagacctt 14554452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 783
Target Start/End: Complemental strand, 42125704 - 42125003
Alignment:
Q  82 tctcttttgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaacc 181  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  || || |    
T  42125704 tctcttctgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgataccatcactcgtcacgtgattggcctcaatc 42125605  T
Q  182 ttggctgtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttga 281  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |  |||||||||||||||||||| |||||| | || |||||| ||||||||||||||||||| |||||| | |    
T  42125604 ttggctgtgaaggccttcaaggtaaactacatcctaacagtacccttttcaatcttgttcatcttcaaacactcaacctttctaacaatgatttctctta 42125505  T
Q  282 ctcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacac 381  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42125504 ctctcattttcattctaagtttggtgggtttatgagtcttgcacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaattcaaatctcacac 42125405  T
Q  382 ctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcat---tattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaa 478  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||  ||     |||| |  | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||    
T  42125404 ctttccaaattacaatcacttcatctctctggatataccggttatgatcagttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaa 42125305  T
Q  479 acttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaa 578  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42125304 atttgagggagctgtttttggataatacaaatatgtcttcaataagaccaaactccattgctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttactcttaa 42125205  T
Q  579 ccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaaggg 678  Q
     |||  ||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     ||| ||||     
T  42125204 tcttaaatcaacaggattaactggaaaactgaaaagaagcctactttgtttaccaagtattcaagagttagatatgtcatataatcacaaccttgaagga 42125105  T
Q  679 caactttcagaattaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaa 778  Q
    |||||  ||||||| ||||| || |||||||||||||| ||| || | |    ||| ||||| ||||||| |||||   || |||||||||||||||| |    
T  42125104 caactaccagaattgagttgtagtacttctcttagaatattagatttttcacgttgctcattcaaaggggaaattc---ctttgtctttttctaacctca 42125008  T
Q  779 cacat 783  Q
    |||||    
T  42125007 cacat 42125003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 91 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 42130920 - 42130226
Alignment:
Q  91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 190  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  || |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  42130920 aaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggcgtcacgtgtgacacagtctctggtcacgtgattgacctcaaccttggctgtg 42130821  T
Q  191 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 290  Q
    |||| |||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  42130820 aaggccttacaggtacattcaatcctaatagtaccctttttcatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctttgactctcattt 42130721  T
Q  291 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 390  Q
    |||||  |||||| |||| |||  |||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||    
T  42130720 tcattataagttttgtggatttcagagtcttacacatcttgacttgtctgatagtaacttagaaggtgaaattccaactcaaatctctcacctatccaaa 42130621  T
Q  391 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagt 490  Q
    ||||||||||||||||| ||||   |  ||||| ||   ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||  ||||| | ||  | |||     
T  42130620 ttacaatcacttcatctctctg---aaaattatgac---ttaatttggaaagagactaccttgaagaggctgttgcaaaatgcaacagatttacgagagc 42130527  T
Q  491 tgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttac 590  Q
    ||||||||||    |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||  ||||| || |||||||| |||   |  ||    
T  42130526 tgtttttggactccacagatatgtcttcaataagaccaaactccattgctttgctcctcaaccaatctttatctttagtcactcttaatcttcattacac 42130427  T
Q  591 aggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaa 690  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||| |||||    
T  42130426 aagattaagcggaaaactgaaaagaagccttatttgtttagcaagtattcaagagctagatatgtcatataatgatgaacttcaaggccaacttccagaa 42130327  T
Q  691 ttaagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacct 790  Q
    || ||||| |||||||||||||||||| || || |||     ||| ||||  |||||| |||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  42130326 ttgagttgtagcacttctcttagaatcatagatttgtcaggatgtgcattcgaaggggaaattc---ctatgtatttttctaacctcacacatcttacct 42130230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 89 - 663
Target Start/End: Original strand, 34230708 - 34231288
Alignment:
Q  89 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 188  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||||||    
T  34230708 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggctg 34230807  T
Q  189 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaatt------------atttc 276  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||  ||||||||||| |||||||            |||||    
T  34230808 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttccatcttgctcaccttcaaatgctcaacctttcgaacaattatttctctaacgatttc 34230907  T
Q  277 tttgactcttattttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatct 376  Q
    | || |||  |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||  | |||||||| ||| |||||||||  |||||||||    
T  34230908 tctggctcccattttcattctaagtttggcgggtttatgagtcttacacatctcgacttgtcttcttgtttctttcaagatgaaattccttctcaaatct 34231007  T
Q  377 cacacctttgcaaattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac 476  Q
    |  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || ||      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34231008 cggacctttccaaattacaatcacttcatctttctgggaatgat------aagttagtttggaaagagactaccttgaagagacttgtgcaaaacgcaac 34231101  T
Q  477 aaacttgagggagttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactctt 576  Q
    ||  || |||||| ||||||||||| |||||||  ||||||   ||||||||||||||||    ||||| ||||| | ||||| |||| |||||||||||    
T  34231102 aagtttaagggagctgtttttggattatacagacatgtctttgataagaccaaactccataaacttgctcttcaatcgatctttctctctggttactctt 34231201  T
Q  577 aaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataat 663  Q
    || ||| ||   |||   ||||| |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34231202 aatcttagagagacaatcttaagtggaaaattgaaaaagagcattctttgtttaccaagtattcaagagctagatatgtcatataat 34231288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 9e-94
Query Start/End: Original strand, 91 - 657
Target Start/End: Original strand, 41711694 - 41712256
Alignment:
Q  91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 190  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||||||| ||  ||||| |||| |||  || |||||||||||||    
T  41711694 aaaacaacaacatggaaaaatgagactgattgttgctcatggcccggtgtcacatgtgacaccgtctatggtcgcgtggttggcctcaaccttggctgtg 41711793  T
Q  191 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 290  Q
    | || ||||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||| | || | |||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||  ||||    
T  41711794 atggccttcaaggtatattccatcctaataatactcttttccatcttgttcatctccaaacactcaacctttcttacaatgatttctcttactcccattt 41711893  T
Q  291 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 390  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||    
T  41711894 tcattctaagtttggtcggtttttgagtcttgcacatcttgacatgtcttatagttactttgaaggtgaaattccaattcaaatctcacacctctccaaa 41711993  T
Q  391 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaac--aaacttgaggga 488  Q
    ||||||||||||||||| |||  | |||||       | |||||||||||||| |||||||| || || ||| |||||||| ||||  | | || ||  |    
T  41711994 ttacaatcacttcatctctctcagaattat------gaattagtttggaaagaaaccaccttaaataggcttatgcaaaacgcaactaatatttaagcaa 41712087  T
Q  489 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggattt 588  Q
      | ||||||||| | |||||| |||||||| ||| |||||||||||| | |||||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||| |  |    
T  41712088 actatttttggatgacacagatatgtcttcaataaaaccaaactccatggatttgctcttcaatcattcttccactttggtgactcttaatcttgcagat 41712187  T
Q  589 acaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 657  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||  | | |||| || |||||| | |||||||||||||||||||||    
T  41712188 acaggattaagcggaaaccttaaaaataacattctctgcttaccaggcattcaagaactagatatgtca 41712256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 89 - 536
Target Start/End: Original strand, 34238763 - 34239204
Alignment:
Q  89 tgaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctg 188  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||  || |||||||| ||    
T  34238763 tgaaaacagcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacgtgtgacaccgtatctggtcacgtcattggccttaaccttggttg 34238862  T
Q  189 tgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttat 288  Q
    ||||||  ||||||||||| || ||||||| |||||||||||| || ||| | || | |||| |||||||||||||||||||  ||||| ||  || |||    
T  34238863 tgaaggctttcaaggtatactccatcctaatagtacccttttcaatattgttcatctccaaacactcaacctttctaacaatggtttctatggttcctat 34238962  T
Q  289 tttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 388  Q
    ||| |||| ||||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||  || |    ||   |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||    
T  34238963 tttgattctaagtttggcaggtttacgagtcttacacatcttgacttgtctaatactcatgttggcggtgaaattccttctcaaatctcatacctttcca 34239062  T
Q  389 aattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgaggga 488  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  || |||||    
T  34239063 aattacaatcacttcatctttctgggcattat------gagttagtttggaaagagaccaccttaaagagacttgtgcaaaacgcaacaagtttaaggga 34239156  T
Q  489 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccat 536  Q
    | ||||||||||| || ||||| ||||||| |||||||  ||||||||    
T  34239157 gctgtttttggattattcagatatgtcttctttaagacataactccat 34239204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 91 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 42119097 - 42118787
Alignment:
Q  91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcat---ggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggct 187  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||   || |||||||| |||||| ||   || |||||||||||||||  || ||||||||||    
T  42119097 aaaactgcaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatcatggcatggtgtcgcgtgtgtcagagtctctggtcacgtgattggtctcaaccttggct 42118998  T
Q  188 gtgaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactctta 287  Q
     | || | |||   |||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||| | || | |||| ||| |||||| |   |||| ||||||  |  |||      
T  42118997 tttaacgccttactggtaaattacatcctaacaatacccttttccatcttgttcatctccaaacactaaaccttgcatccaataatttctccgcttctcg 42118898  T
Q  288 ttttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtag-tttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttg 386  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |     
T  42118897 ttttcattctaagtttggtggttttttgagtcttacacatcttgacttgtctcatagttttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacttatc 42118798  T
Q  387 caaattacaat 397  Q
    |||||||||||    
T  42118797 caaattacaat 42118787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 430 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 42118780 - 42118489
Alignment:
Q  430 ttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggataatacagattt----gtcttcattaaga 525  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |    ||||||| |||||    
T  42118780 ttagtttggaaagagacgaccttgaagagatttgttcaaaatgcaacaaatttgagggagatgtttttggataatacaaatatatatgtcttcaataaga 42118681  T
Q  526 ccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttcttt 625  Q
    ||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  42118680 ccaaactc-------------ttcaaccaatcttcctctttggttactcttaatcttgcagagacaggattaagtggaaaactgaaaagaagcctacttt 42118594  T
Q  626 gtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcagc------acttctcttagaatctt 719  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||||||||||| |||   || | || |||| |||| | ||||||| |||||||||      |||||||||||||||||    
T  42118593 gtttaccaagcatggaagagctagatatgtcatttaa---tgaatttgaaggccaacatccagaattgagttgcagcaatactacttctcttagaatctt 42118497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 90 - 719
Target Start/End: Original strand, 41569923 - 41570546
Alignment:
Q  90 gaaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgt 189  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||  |||| || |||||| ||||||||||||| ||| |  || |||||| ||||||||  ||  |||||||||||    
T  41569923 gaaaacatcaacatggaaaattgagacaaattgttgttcatggcatggtgtcacgtgcgacgctgtctctggtcgcgtgattggtctcgaccttggctgt 41570022  T
Q  190 gaaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttatt 289  Q
    ||| | |||||||||| | |  |||||||||  || ||||| ||||||||| || | |||  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||  |||    
T  41570023 gaatgccttcaaggtaaaatttatcctaacaacactctttttcatcttgctcatctccaatcactcaacctttctcacaatgatttcttcaactccaatt 41570122  T
Q  290 ttcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtc-tcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgca 388  Q
    | |||||  |||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||| ||| ||||  ||||||||||| ||||||       
T  41570123 tgcattctcagtttggtggatttaagagtcttacacatcttgacttgtcttcgt-gtaactttcaaggcgaagttcctcctcaaatctcataccttttgc 41570221  T
Q  389 aattacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgaggga 488  Q
    |||||  |||||||| ||| ||      | |  || || | |||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||   ||    
T  41570222 aattaacatcacttcgtctttc------taaaaatgacgagttaagttggaaagaaaccactttgaagagacttgtgcaaaacgcaacaattttgcaaga 41570315  T
Q  489 gttgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggattt 588  Q
    ||| | ||||||| | |||||| || ||||| | |  |||||||   |   || | | |||||  |||||||||||||| ||| |||||  |||  |       
T  41570316 gttatatttggatgaaacagatatgacttcaatcaacccaaacttgttgaattcgatcttcaataaatcttcctctttgattagtcttagtcttcaaaga 41570415  T
Q  589 acaggattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcag 688  Q
    ||||||||||| |||||   |||||  | | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||  |   ||| |||| |||||| |||    
T  41570416 acaggattaagtggaaattggaaaaataacattctttgtttaccaaatattcaagagctagatatgtcaaagaatgataaccttgaaggtcaacttccag 41570515  T
Q  689 aattaagttgcagcacttctcttagaatctt 719  Q
    | || || || ||||||||||||||||||||    
T  41570516 atttgagctgtagcacttctcttagaatctt 41570546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 2 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 42130991 - 42130948
Alignment:
Q  2 atgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattata 45  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  42130991 atgacagctctgctttgcttcagttcaagtcatccttcattata 42130948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 794
Target Start/End: Original strand, 25520847 - 25521633
Alignment:
Q  2 atgagagctctgctttgcttcatttcaagtcatccttcattataaattctgaatatgctcattatggttgtgatgaattttctcttttgaaaacagcaac 101  Q
    |||||||||||||| ||||||| || || || ||||||| |||||||||||||| | ||   |||  |||||||||||   ||||| |||||||||||||    
T  25520847 atgagagctctgctctgcttcagtttaaatcctccttcactataaattctgaatcttct---tatccttgtgatgaat---ctcttctgaaaacagcaac 25520940  T
Q  102 atggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaaggtcttcaa 201  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    ||||| ||||||||  || ||||||||||||||||| || |||    
T  25520941 atggaaatatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgcgacaccacttttggtcgcgtgattggcctcaaccttggctgtgaaggcctccaa 25521040  T
Q  202 ggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttcattcaaagt 301  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||  |||||||| | ||||    
T  25521041 ggtatattccatcctaatagtactcttttccatcttgctcatattcaaaaactcaacctttcttacaatgatttcactggctcccattttcatgctaagt 25521140  T
Q  302 ttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaattacaatcact 401  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25521141 ttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtctggtagtttctttaaaggtaaaattccaactcaaatctcacacctttccaaattacaatcact 25521240  T
Q  402 tcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttgtttttggat 501  Q
    |||||| |||||| ||| |  |||   |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||  ||||||| ||   ||||||||||||||||    
T  25521241 tcatctttctgggtattttggttatgttttagtttggaaagagaccatcttaaagaggcttttgcaaaatgcaacaaatttacaggagttgtttttggat 25521340  T
Q  502 aatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacaggattaagag 601  Q
     ||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||  |||||||||||||    
T  25521341 tatacaaatatgtcttctataagaccaaactccattgctttgcttttcaaccaatcttcctctttggttactctaaatcttaaatcaacaggattaagag 25521440  T
Q  602 gaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaattaagttgcag 701  Q
    ||||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  || ||||||||| |||||| | ||||| || || ||    
T  25521441 gaaaattcaaaaggagcattctttgtttaccaagtattcaagaaatagatatgtcatttaatgatgaacttcaaggccaacttccggaattgagctgtag 25521540  T
Q  702 cacttctcttagaatcttaaatctgttttattgttcattgaaaggggcaattcatactatgtctttttctaacctaacacatcttacctctct 794  Q
    ||||||||||||||| ||  || |||    ||||  |||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  25521541 cacttctcttagaatattggatttgtcagcttgtggattcgaaggggaaattcctactatgtctttttctaaccttacatatcttacctctct 25521633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 167; Significance: 5e-89; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 93 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 11120467 - 11119842
Alignment:
Q  93 aacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtgaa 192  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||  || || ||||||||||||    
T  11120467 aacaacaacatggaaaaatgggactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgcgacaccatctctggtcgcgtgattggcctcaatcttggctgtgaa 11120368  T
Q  193 ggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattttc 292  Q
    ||||||||||| |||||  |||| || ||||||||||||||||||| | || | |||| ||||||||||    ||||| ||||||  | ||||  |||||    
T  11120367 ggtcttcaaggcatattacatccgaatagtacccttttccatcttgttcatctccaaacactcaaccttgtatacaataatttctccggctctcgttttc 11120268  T
Q  293 attcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaatt 392  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||  ||||  | || | |||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  11120267 attctaagtttggtgggtttcagagtcttacacatctttacttgtcttatagtaacatttatggtgaaattccaactcaaatctcatatctttccaaatt 11120168  T
Q  393 acaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagttg 492  Q
    |||||| ||| |||| |||||| ||          | ||||||| |||||||| ||||||||| |||||  |||||||  ||||| | ||    ||| ||    
T  11120167 acaatccctttatctctctgggaat---------gagttagttttgaaagagatcaccttgaacagactgctgcaaaatgcaacagatttacaagagctg 11120077  T
Q  493 tttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttacag 592  Q
    |||||| |||  ||  || |||||||| |||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||  |||  |   || |    
T  11120076 tttttgtatagaactaatatgtcttcaataagaccaaactcctttcctttgctcttcaaccaatcttcctctttggttatacttagtcttaaagcaactg 11119977  T
Q  593 gattaagaggaaaactgaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtcatataatcttggacttcaagggcaactttcagaatt 692  Q
     |||||| || ||  ||||||  | | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||      || |||| |||||| |||||||    
T  11119976 aattaagtgggaacttgaaaaataactttctttgtttaccaagtattcaagagctatatatgtcggataatcccaactttgaaggccaacttccagaatt 11119877  T
Q  693 aagttgcagcacttctcttagaatcttaaatctgt 727  Q
     |||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  11119876 gagttgcagcatttctcttagaatcttagatctgt 11119842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 91 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 12250516 - 12249956
Alignment:
Q  91 aaaacagcaacatggaaaaatgagactgattgctgctcatggaatggtgtcacgtgtgacaccatcactggtcacgtgattgaactaaaccttggctgtg 190  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||||||  ||  ||||||||  ||    
T  12250516 aaaacagcaacatggcaaaatgggactgattgctgctcatggcatggtgtcacatgtgacacaatctatggtcatgtgattggcctcgaccttggcgatg 12250417  T
Q  191 aaggtcttcaaggtatattcaatcctaacagtacccttttccatcttgcttatattcaaaaactcaacctttctaacaattatttctttgactcttattt 290  Q
    |||| ||| | ||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||||| || | |||| |||||||||||||  |||| ||||||   ||||  ||||    
T  12250416 aaggccttgatggtatattacaacctaatagtacccttttcgatcttgctcatctccaaacactcaacctttcttccaatgatttctcaaactcccattt 12250317  T
Q  291 tcattcaaagtttggtgggtttttgagtctcacacatcttgacttgtctcgtagtttctttaaaggtgaaattccaactcaaatctcacacctttgcaaa 390  Q
    |||||| ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  12250316 tcattctaagtttggtggattctttaatcttacacatcttgacttgtctaatagtttctttaaaggtgaagttccaactcaaatctcacacctttccaaa 12250217  T
Q  391 ttacaatcacttcatctatctgggcattattattacaatttagtttggaaagagaccaccttgaagagacttgtgcaaaacacaacaaacttgagggagt 490  Q
    ||| ||||||||||||| || | | ||| |       ||||| |||||   || ||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||     
T  12250216 ttagaatcacttcatctctccgagaatttt------gatttaatttggggggaaaccacgttgaagaggtttgtgcaaaatgcaacaaatttgagggagc 12250123  T
Q  491 tgtttttggataatacagatttgtcttcattaagaccaaactccattgctttgctgttcaaccaatcttcctctttggttactcttaaccttggatttac 590  Q
    | |||||  || | ||| |  |||||||| |||||| |||||||||   ||| || |||||  ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||  ||    
T  12250122 tatttttaaatcaaacaaacatgtcttcaataagactaaactccataaattttctcttcaataaatcttcctatttggttactcttaatcttaaatcaac 12250023  T
Q  591 aggattaagaggaaaact-gaaaagaagccttctttgtttaccaagtattcaagaactagatatgtca 657  Q
    || |||||| |||||| |  |||||||  | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||    
T  12250022 agaattaagtggaaaattaaaaaagaatgc-tctttgtttgccaagtattcaagagctagacatgtca 12249956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University