View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20302_high_1 (Length: 694)

Name: NF20302_high_1
Description: NF20302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20302_high_1
NF20302_high_1
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (312-690)||(32366496-32366882)
chr3 (17-317)||(32368024-32368327)
chr3 (62-390)||(8124473-8124805)
chr3 (353-652)||(32372243-32372544)
chr3 (417-602)||(8124285-8124470)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (17-489)||(4957886-4958363)
chr1 (261-465)||(26075234-26075442)
chr1 (130-179)||(50778506-50778555)
chr1 (419-492)||(31684037-31684109)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (17-489)||(18194370-18194847)
chr8 (354-649)||(10190869-10191168)
chr8 (17-188)||(1183146-1183317)
chr8 (353-489)||(18191034-18191171)
chr8 (369-488)||(411424-411545)
chr8 (64-179)||(37787003-37787118)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-468)||(26078526-26078980)
chr4 (547-591)||(13080231-13080276)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (17-333)||(12371020-12371332)
chr2 (329-415)||(12392028-12392112)
chr2 (64-179)||(301977-302092)
chr2 (419-467)||(41645459-41645507)
chr2 (419-467)||(41481212-41481260)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (353-655)||(3952406-3952707)
chr7 (17-218)||(5243405-5243606)
chr7 (242-504)||(5246998-5247255)
chr7 (139-227)||(35898323-35898411)
chr7 (599-649)||(5247350-5247400)
chr7 (354-415)||(5113466-5113527)
chr7 (555-612)||(5113642-5113698)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (354-492)||(35276804-35276944)
chr5 (545-606)||(35276680-35276741)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (354-524)||(17371979-17372147)
chr6 (354-477)||(21461927-21462051)
chr6 (397-492)||(14321143-14321240)
chr6 (404-477)||(21465202-21465276)
chr6 (419-497)||(11749657-11749734)
[»] scaffold1322 (1 HSPs)
scaffold1322 (397-492)||(382-479)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 312 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 32366882 - 32366496
Alignment:
Q  312 ttaggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggagtgtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32366882 ttaggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggagtgtattagtttgtgtgttttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactgtagtt 32366783  T
Q  412 tgttttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatccaacgtg 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  32366782 tgttttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatccaatgtg 32366683  T
Q  512 aataacaactttcaatactat--------nnnnnnnnnnnnatcaatctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattaggaaccc 603  Q
    |||||||||||||||||||||                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32366682 aataacaactttcaatactattccctctctctctctctctcatcaatctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattagaaaccc 32366583  T
Q  604 taatttctgattgcttgtatgagaagaaaccatagctgcgctaataattagttctgtcacttctgtttcttgatcttaatttgcttg 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32366582 taatttctgattgcttgtatgagaagaaaccatagctgcgctaataattagttctgtcacttctgtttcttgatcttaatttgcttg 32366496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 17 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 32368327 - 32368024
Alignment:
Q  17 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32368327 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctaaagattga 32368228  T
Q  117 caacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaa 216  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32368227 caacatatctgctataaatatggcagagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaa 32368128  T
Q  217 ggaatgattgaa---gtgtactgtcccatgaagctcagctagcagatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagtt 313  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32368127 ggaatgattgaagtggtgtactgtcccatgaagctcagctagcagatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagtt 32368028  T
Q  314 aggt 317  Q
    ||||    
T  32368027 aggt 32368024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 62 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 8124805 - 8124473
Alignment:
Q  62 atgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattgacaacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatgg 161  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  8124805 atgtgatgaaggaactcaactatgaagtgaagaaaccactgaagctgaagattgacaacaaatcaactataaatttggccaagaatccaataacacatgg 8124706  T
Q  162 caggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaaggaatgattgaagtg---tactgtccca-tgaagctcagctagca 257  Q
    |||||| || || || ||||| || ||| |||||||   ||||||| | |||||||||||||||||||||   |||||||| | ||||||||| ||||||    
T  8124705 caggagcaagcatatagaaaccagattttacttcatcaaagaacaagtcacaaaaggaatgattgaagtggaatactgtcctactgaagctcaactagca 8124606  T
Q  258 gatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagttaggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggagtgtatt 357  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  8124605 gatggtttcacaaaagctttgaagattgataggttcacttgcttgagggacaagttaggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggggtgaatt 8124506  T
Q  358 agtttgtgtattttaatccataatcatgattag 390  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  8124505 agtttgtgtgttttaatccataatcttgattag 8124473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 353 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 32372544 - 32372243
Alignment:
Q  353 gtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagact 452  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32372544 gtattagtttgtgtgttttaatccataatcatgattaacaagtgcttaagactttagtttattttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagact 32372445  T
Q  453 tgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatccaacgtgaataacaactttcaatactat----nnnnnnnnnnnnatca 548  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||                ||||    
T  32372444 t--tctctaagtcattgtatatatacttacctgtaactcatttttcataatccaatgtgaataacaactttcaatgctattctctctctctctctcatca 32372347  T
Q  549 atctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattaggaaccctaatttctgattgcttgtatgagaagaaaccatagctgcgctaat 648  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  32372346 atctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatctccttcattagaaaccctaatttatgattgcttgcatgagaagaaaccatagatgtgctaat 32372247  T
Q  649 aatt 652  Q
    ||||    
T  32372246 aatt 32372243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 417 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 8124470 - 8124285
Alignment:
Q  417 tgtttggataagcttgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatccaacgtgaataa 516  Q
    |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8124470 tgtttggataagtttgttacgaagttacaagagacttgatctctaagttattgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatccaatgtgaataa 8124371  T
Q  517 caactttcaatactatnnnnnnnnnnnnatcaatctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattaggaacc 602  Q
    |||||||||| |||||            ||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  8124370 caactttcaaaactattctctctctttcatcaatccataacaacctctaaccaccataaccaacttcatcttctccattagaaacc 8124285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 17 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 4958363 - 4957886
Alignment:
Q  17 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 116  Q
    ||||||| || ||||||| || |||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4958363 acattgctggtacatttgaagaatgttaagcaatctggctggacaatgtgatgaaggatctgaattgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattaa 4958264  T
Q  117 caacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaa 216  Q
    ||||| |||  | |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| ||   ||||||| | ||||||    
T  4958263 caacagatcaacaataaatttggccaagaatccaattgcacatggcaggagcaagcatatagaaactagatttcactttatcaaagaacaagtcacaaaa 4958164  T
Q  217 ggaatgattgaagtg---tactgtccca-tgaagctcagctagcagatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagt 312  Q
    |||||||||||||||   || ||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  4958163 ggaatgattgaagtggaatattgtcctactgaagctcaacttgcagatggtttcacaaaagctttgaagattaataggttcacttgcttgagggacaagt 4958064  T
Q  313 taggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggagtgtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagttt 412  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| | ||||| ||| ||| |||   ||||||| ||||||||    
T  4958063 taggtctcatagaatgttaggattatggattaagaggggtgtattagtttgtgt-gtttaaccaataattatgcttaacaaacacttaagagtttagttt 4957965  T
Q  413 gttttgtttggataagct---tgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaac 489  Q
    | ||  ||||||||| ||   | |||  ||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4957964 g-ttgctttggataaacttcattttatttagttacaagatacttactctataagtcattgtatatatacttgcttgtaac 4957886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 261 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 26075442 - 26075234
Alignment:
Q  261 ggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagttaggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggagtgtattagt 360  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  26075442 ggtttcacaaaagctttgaagattgataggttcacttgcttgagggacaagttaggtctcatagaatgttaggattatggattaagaggggtatattagt 26075343  T
Q  361 ttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgctt---aagactttagtttgttttgtttggataagctt--gttaggtagttacaagagacttgc 455  Q
    ||| || |||||||||||||||||| ||| |||   |||   |||| ||||||||||| | ||||||||| |||   |||| |||||||||||||||| |    
T  26075342 ttgcgtgttttaatccataatcatgcttaacaaacacttaagaagagtttagtttgttat-tttggataaacttcatttagttagttacaagagacttac 26075244  T
Q  456 tctctaagtc 465  Q
    ||| ||||||    
T  26075243 tctataagtc 26075234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 130 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 50778555 - 50778506
Alignment:
Q  130 ataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattga 179  Q
    |||| ||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  50778555 ataagtcttgcaaagaatccaatctcacatggcaggagtaaacacattga 50778506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 419 - 492
Target Start/End: Original strand, 31684037 - 31684109
Alignment:
Q  419 tttggataagcttgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactca 492  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |  | |||||||||||    
T  31684037 tttggataagtttgttagtttgttacaagtgacttgcactctaagtca-tgtatataaatattcttgtaactca 31684109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 17 - 489
Target Start/End: Original strand, 18194370 - 18194847
Alignment:
Q  17 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 116  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18194370 acattgctggtacatttgcaacatgtcaatcaatctggcttgacaatgtgatgaaggaactgcattgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 18194469  T
Q  117 caacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaa 216  Q
    ||||| |||  | |||||| |||| ||||||||||| |||| ||||||||| || || ||  || |||| |||||||| ||  |||||||| | ||||||    
T  18194470 caacagatcaacaataaatttggccaagaatccaattgcacgtggcaggagcaagcatataaaagctagatttcactttatccgagaacaagtcacaaaa 18194569  T
Q  217 ggaatgattgaagtg---tactgtccca-tgaagctcagctagcagatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagt 312  Q
    | |||||||||||||   || ||||| | ||||| ||| || | |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||| |    
T  18194570 gaaatgattgaagtggaatattgtcctactgaagttcaacttggagatggtttcacaaaagccttcaagattgataggttcacttgcttgagggacaaat 18194669  T
Q  313 taggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggagtgtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagttt 412  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||||||| ||| |||   ||||||| |||||||     
T  18194670 taggtctcatagaatgttaggattatggattaagagggatgtattagtttgtgt-gtttaatacataatcatgcttaacaaacacttaagattttagttc 18194768  T
Q  413 gttttgtttggataagct---tgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaac 489  Q
    ||| | ||||||||| ||   | |||| |||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18194769 gttat-tttggataaacttcattttagttagttacaagagacttactttataagtcattgtatatatacttgcttgtaac 18194847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 354 - 649
Target Start/End: Original strand, 10190869 - 10191168
Alignment:
Q  354 tattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagactt 453  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  10190869 tattagtttgtgtgttttaatccataatcatgattaacaaatgcttaagagtttagtttgttttgtttggataagtttgttaggaagttacaagatactt 10190968  T
Q  454 gctctctaagtcat--tgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatccaacgtgaataacaacttt-caatacta--tnnnnnnnnnnnnatca 548  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||| || ||||||||||  ||||| |||| || | ||||||||||||| ||||| ||  |            || |    
T  10190969 gctctctaagtcattgtgtataaatacataattgtaactca-atttcaaaatctaatgagaataacaactttccaatattatcttctctctctttcataa 10191067  T
Q  549 atctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattaggaaccctaatttctgattgcttgtatgagaagaaaccatagctgcgctaat 648  Q
    | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||||||||| | ||| ||||    ||||||||||||  |||||||||    
T  10191068 acctataacaacctctaaccaccataaccaacttcatcttctccgttggaaaccctaatttcagtttggttgtgcatgaagaaaccataattgcgctaat 10191167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 188
Target Start/End: Original strand, 1183146 - 1183317
Alignment:
Q  17 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 116  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  ||||| || || || |||||||||||| | || ||  ||||||||||  || |    
T  1183146 acatagcaggtacatttgcagcttgtcaagcaatttggctggatacagtgatgaaagagctaaactgtgaagtagaaaatcctttgaagctgaaatttaa 1183245  T
Q  117 caacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtt 188  Q
     |||| ||  ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||    
T  1183246 taacaaataagctattaatctagctaagaatcctatagcacatggaagaagtaaacacgttgaaactaggtt 1183317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 353 - 489
Target Start/End: Original strand, 18191034 - 18191171
Alignment:
Q  353 gtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttg---ttaggtagttacaagag 449  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| ||| |||  ||   ||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||    |||| ||||||||||||    
T  18191034 gtattagtttgtgtgttt-aatccataatgatgcttaagaaacacttaagagtttagtttgttat-tttggataaacttcattttagttagttacaagag 18191131  T
Q  450 acttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaac 489  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18191132 acttactctataagtcattgtatatatacttgcttgtaac 18191171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 369 - 488
Target Start/End: Original strand, 411424 - 411545
Alignment:
Q  369 tttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttg---ttaggtagttacaagagacttgctctctaagtc 465  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||   ||||||| |||||||||||   ||||||||| |||    |||  |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  411424 tttaatccataatcatgcttaacaaacacttaagagtttagtttgttac-tttggataaacttcattttaattagttacaagagacttactctataagtc 411522  T
Q  466 attgtatatatacttacttgtaa 488  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  411523 attgtatatatacttgcttgtaa 411545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 64 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 37787118 - 37787003
Alignment:
Q  64 gtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattgacaacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggca 163  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| | ||| || || |  ||||| |||||||||| ||| || |||| ||| ||||||||||||||  |||||||||    
T  37787118 gtgatgaaggaacttaagtgtgaagtgatgaagcctctaacactgaaaattgacaacaaatcagccataagtcttgcaaagaatccaatctcacatggca 37787019  T
Q  164 ggagtaaacacattga 179  Q
    | ||||||||||||||    
T  37787018 gaagtaaacacattga 37787003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 17 - 468
Target Start/End: Original strand, 26078526 - 26078980
Alignment:
Q  17 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 116  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  26078526 acattgctggtacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgttatgaaggaactgaattgtgaagtaaagaaaccattgaagttgaagattgg 26078625  T
Q  117 caacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaa 216  Q
    ||||| |||  | |||||| |||| |||||| |||| ||||||| ||| || || || || ||||| || |||| ||||||  |||||||| | || |||    
T  26078626 caacagatcaacaataaatttggccaagaatgcaattgcacatgccagaagcaagcatatagaaaccagatttcccttcatcagagaacaagtcactaaa 26078725  T
Q  217 ggaatgattgaagt-gtactgtccca-tgaagctcagctagcagatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagtta 314  Q
    |||||||||||||| | ||||||| | ||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||    
T  26078726 ggaatgattgaagtggaactgtcctactgaagttcaacttgcagatggtttcacaaaagctttgaagatttaaaggttcacttgcttgagggacaagtta 26078825  T
Q  315 ggtctgatagaatgttaggattatggattaagaggagtgtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgt 414  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| |||   ||||||| |||||||||     
T  26078826 ggtctcatagagtgttaggattatggattaagaggggtgtattagtttgtgt-gtttaatccataatcatgcttaacaaacacttaagagtttagtttg- 26078923  T
Q  415 tttgtttggataagct---tgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcatt 468  Q
    ||  |||||| || ||   | |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  26078924 ttactttggagaaacttcattttagttagttacaagagacttactctataagtcatt 26078980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 547 - 591
Target Start/End: Original strand, 13080231 - 13080276
Alignment:
Q  547 caatctataacaaaccctaa-ccaccataaccaacttcatcttctt 591  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13080231 caatccataacaaaccctaaaccaccataaccaacttcatcttctt 13080276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 138; Significance: 9e-72; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 17 - 333
Target Start/End: Original strand, 12371020 - 12371332
Alignment:
Q  17 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 116  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12371020 acattgctggtacatttggagcatgtcaagcaatctggcttgacaatgtgatgaaggatttgaattgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 12371119  T
Q  117 caacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaa 216  Q
    ||| |         ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||| |||||||| ||  |||||||| | ||||||    
T  12371120 caatag--------taaatttggccaagaatccaattgcacatggcaggagcaagcatataaaaactagatttcactttatcagagaacaagtcacaaaa 12371211  T
Q  217 ggaatgattgaagtg---tactgtccca-tgaagctcagctagcagatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagt 312  Q
    |||||||||||||||   |||||||| | ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  12371212 ggaatgattgaagtggaatactgtcctactgaagctcatcttgcagatggtttcacaaaagctttgaagattgataggttcacttgcttgagggacaagt 12371311  T
Q  313 taggtctgatagaatgttagg 333  Q
    ||||| | |||||||||||||    
T  12371312 taggttttatagaatgttagg 12371332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 415
Target Start/End: Original strand, 12392028 - 12392112
Alignment:
Q  329 ttaggattatggattaagaggagtgtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||| |||   ||||||| |||||||||||    
T  12392028 ttaggattatggattaagaggggtgtattagtttgtgt-gtttaatccat-atcatgcttaacaaacacttaagagtttagtttgtt 12392112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 64 - 179
Target Start/End: Original strand, 301977 - 302092
Alignment:
Q  64 gtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattgacaacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggca 163  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| | ||| || || |  ||||| |||||||||| ||| || | || ||| |||||||||| |||  |||||||||    
T  301977 gtgatgaaggaacttaagtgtgaagtgatgaagcctctaacactgaaaattgacaacaaatcagccacaagtcttgcaaagaatctaatctcacatggca 302076  T
Q  164 ggagtaaacacattga 179  Q
    ||||||||||||||||    
T  302077 ggagtaaacacattga 302092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 419 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 41645507 - 41645459
Alignment:
Q  419 tttggataagcttgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcat 467  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||    
T  41645507 tttggataagtttgttagttagttacaagagactcgcactctaagtcat 41645459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 419 - 467
Target Start/End: Original strand, 41481212 - 41481260
Alignment:
Q  419 tttggataagcttgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcat 467  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  41481212 tttggataagtttgttagttagttacataagacttgttctctaagtcat 41481260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 353 - 655
Target Start/End: Complemental strand, 3952707 - 3952406
Alignment:
Q  353 gtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagact 452  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||  ||||||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  3952707 gtattagtttgtgt-ttttaatccataatcatgtttagcaagtgattaagagtttagtttatttt--ttggataagtttgtcaggttgttacaagagact 3952611  T
Q  453 tgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatccaacgtgaataacaacttt-caatactat-nnnnnnnnnnnnatcaat 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||             |||||     
T  3952610 tgctctctaagtcattgtatatatacttgcttgtaactaacttttcataatccaacatgaataacaactttccaatactatctctctctctttcatcaaa 3952511  T
Q  551 ctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattaggaaccctaatttctgattgcttgtatgagaagaaaccatagctgcgctaataa 650  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||  | |||||||||||||| |||| |||||     
T  3952510 ctataacaaaccctaaccgccataactatcttcttctccttcattagaaaccctagtttcagattgcttgcttaagaagaaaccatagatgcgttaatac 3952411  T
Q  651 ttagt 655  Q
    |||||    
T  3952410 ttagt 3952406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 218
Target Start/End: Original strand, 5243405 - 5243606
Alignment:
Q  17 acattgcaggcacatttgcagcatgtcaagcaatttggcttgacaatgtgataaaggaactcaactgtgaagtaaagaaaccactgaagctgaagattga 116  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || || |||||||||||    
T  5243405 acattgcagacacatttgcagcttgtcaagcaatctggcttgacaatgtgatgaaggaactcaactgtgaagtagagaagcccctaaaactgaagattga 5243504  T
Q  117 caacatatctgctataaatctggcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaa 216  Q
    ||| | |||  |||||||| | || || |||| |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||    
T  5243505 caatagatcaactataaatttagctaacaatctaataacacatggtaggagaaaacacattgaaactaggtttcatttcataagggaacaagtgacaaaa 5243604  T
Q  217 gg 218  Q
    ||    
T  5243605 gg 5243606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 242 - 504
Target Start/End: Original strand, 5246998 - 5247255
Alignment:
Q  242 tgaagctcagctagcagatggtttcacaaaagcattgaagattgacaggttcacttgcttcagggacaagttaggtctgatagaatgttaggattatgga 341  Q
    |||||||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||||||||  ||  ||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  5246998 tgaagctcaggtagcagacggattcacgaaggcattgaagattgacaaattttcttactttagggacaagttaggtctcataaaatgctaggattatgga 5247097  T
Q  342 ttaagaggagtgtattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaaga--ctttagtttgttttgtttggataagcttgttaggta 439  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||||||| ||| ||||||||||  || | ||||||   ||||||||||    |||||||||| |||||||||     
T  5247098 ttaagaggggtgtattagtttgtg--ttttaatcaatagtcatgattag-tagagattaagagtgtttagtttgt----tttggataagtttgttaggtt 5247190  T
Q  440 gttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactcacttttcataatc 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||| ||||||| ||||    
T  5247191 gttacaagagacttgctctctaagtcattgtatataaatattcttgtaactcgcttttcacaatc 5247255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 227
Target Start/End: Original strand, 35898323 - 35898411
Alignment:
Q  139 gcaaagaatccaatagcacatggcaggagtaaacacattgaaactaggtttcacttcataggagaacaaatgacaaaaggaatgattga 227  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || || || |||||  |||| ||  |||| || |||||||||||    
T  35898323 gcaaagaatccaatatcacatggcaggagtaaacacattgagaccagattccatttcattagagagcaggtgactaatggaatgattga 35898411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 599 - 649
Target Start/End: Original strand, 5247350 - 5247400
Alignment:
Q  599 aaccctaatttctgattgcttgtatgagaagaaaccatagctgcgctaata 649  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||||    
T  5247350 aaccctaatttcagattgcttgcatgttaagaaaccatagatgcgctaata 5247400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 354 - 415
Target Start/End: Original strand, 5113466 - 5113527
Alignment:
Q  354 tattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgtt 415  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||   ||||||| |||| ||||||    
T  5113466 tattagtttgtgtgttttaatccataatcatgcttaacaaacacttaagagtttaatttgtt 5113527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 555 - 612
Target Start/End: Original strand, 5113642 - 5113698
Alignment:
Q  555 aacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattaggaaccctaatttctg 612  Q
    |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||    
T  5113642 aacaaactttaacctccataaccaacttcatcttctccatt-gaaaccctaatttctg 5113698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 86; Significance: 9e-41; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 354 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 35276944 - 35276804
Alignment:
Q  354 tattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagactt 453  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||    
T  35276944 tattagtttgtatgttttaatccataatcatgattaacaaatgcttaagagtttagtttgttttgtttggataagtttgttaggaagttacaagagagtt 35276845  T
Q  454 gctctctaagtcat--tgtatatatacttacttgtaactca 492  Q
    ||||||||||||||  |||| | |||||| |||||||||||    
T  35276844 gctctctaagtcattgtgtacaaatacttgcttgtaactca 35276804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 545 - 606
Target Start/End: Complemental strand, 35276741 - 35276680
Alignment:
Q  545 atcaatctataacaaaccctaaccaccataaccaacttcatcttcttcattaggaaccctaa 606  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  35276741 atcaatctataacaatctctaaccaccataaccaacttcatcttctccattagaaaccctaa 35276680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 354 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 17372147 - 17371979
Alignment:
Q  354 tattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttgttaggtagttacaagagactt 453  Q
    |||||||||||||   |||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||  |||  ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  17372147 tattagtttgtgt---ttaatccataatcatgtttagaaagtgattaagagtttagtttagttt--ttggataagtttgttagattgttacaagagactt 17372053  T
Q  454 gctctctaagtcattgtat--atatacttacttgtaactcacttttcataatccaa-cgtgaataacaactttc 524  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  17372052 gctctctaagtcattgtataaatatatttgcttgtaactcacttttcataatccaatagtgaataacaactttc 17371979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 354 - 477
Target Start/End: Original strand, 21461927 - 21462051
Alignment:
Q  354 tattagtttgtgtattttaatccataatcatgattagcaagtgcttaagactttagtttgttttgtttggataagcttg-ttaggtagttacaagagact 452  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||   ||||| | |||||||||||   |||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  21461927 tattagtttgtgtgttttaatccataatcatgattaacaaacacttaatagtttagtttgttacttttggataagcttgattagttagttacaagagact 21462026  T
Q  453 tgctctctaagtcattgtatatata 477  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
T  21462027 tactctctaagtcattgtatatata 21462051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 397 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 14321240 - 14321143
Alignment:
Q  397 cttaagactttagtttgttttgtttggataagcttg---ttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactca 492  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||||| |||    |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  14321240 cttaagagtttagtttgtta-gtttggataaacttcactttagttagttacaagagacttactctataagtcattgtatatatatttgcttgtaactca 14321143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 477
Target Start/End: Original strand, 21465202 - 21465276
Alignment:
Q  404 ctttagtttgttttgtttggataagcttg-ttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatata 477  Q
    ||||||||||||   |||||||||||||| |||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21465202 ctttagtttgttacttttggataagcttgattagttggttacaggagacttactctctaagtcattgtatatata 21465276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 419 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 11749734 - 11749657
Alignment:
Q  419 tttggataagcttgttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactcactttt 497  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||| |  | ||||||||||||||||    
T  11749734 tttggataagtttgttagtttgttacaagtgacttgcactctaagtca-tgtatataaatattcttgtaactcactttt 11749657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1322 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold1322
Description:

Target: scaffold1322; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 397 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 479 - 382
Alignment:
Q  397 cttaagactttagtttgttttgtttggataagcttg---ttaggtagttacaagagacttgctctctaagtcattgtatatatacttacttgtaactca 492  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||||| |||    |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  479 cttaagagtttagtttgtta-gtttggataaacttcactttagttagttacaagagacttactctataagtcattgtatatatacttgcttgcaactca 382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University