View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20312_high_1 (Length: 807)

Name: NF20312_high_1
Description: NF20312
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20312_high_1
NF20312_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-791)||(41835110-41835887)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 41835887 - 41835110
Alignment:
Q  8 ccaataatatggtaagaaaaggtcattattgtaaggagcaagccttatcaagtatatatggtttaggttcgacgtacaattacatttaacaatgtaaagg 107  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41835887 ccaacaatatggtaagaaaaagtcattattgtaaggatt--gccttatcaaatatatatggtttaggttcgacgtgcaattacatttaacaatgtaaagg 41835790  T
Q  108 aacaactctctaagttttatctagatctaacaacaacgtaatggttataaagtcatggcaaacactaaggattgaccaattgaaaagcaaagaatgtaat 207  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835789 aacaacact-taagttttatctagatctaacaacaacgtaacggttataaagtcatggcaaacattaaggattgaccaattgaaaagcaaagaatgtaat 41835691  T
Q  208 agtatccgggaactaaccactgtaaatagtaagttcacccctaggtataaa-tcacatctcacataaatcatgtctgcaccatgccttactttgacatca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835690 agtatccgggaactaaccactgtaaatagtaagttcacccctaggtataaaatcacatctcacataaatcatgtctgcaccatgccttactttgacatca 41835591  T
Q  307 aataatctttgcatgtgcatccccacatttgaagaagtagcacaataagtggtgtagagaccacatcaatagttcagaggcttaaccttgagtttcatac 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835590 aataatctttgcatgtgcatccccacatttgaagaagtagcacaataagtggtgtagagaccacatcaatagttcagaggcttaaccttgagtttcatac 41835491  T
Q  407 atcaaaattgatattttctcataaccattgaagttataatccaacatagatgatttgcaattctggtgcgagaagaaaatctcatcatatgcacttcgct 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41835490 atcaaaattgatattttctcataaccattgaagttataatccaacatagatgattagcaattctggtgcaagaagaaaatctcatcatatgcacttcgct 41835391  T
Q  507 tgttctcatggaagttccatgtttgtagtacccatatattatataatccaaaagagaggattcacaattcttgtgcaagacaaaatttcaaatttcaaat 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  41835390 tgttctcatggaagttccatgtttgtagtacccatatattatataatccaaaagagaggattcacagttcttgtgcaagacaatatctcaaatttcaaat 41835291  T
Q  607 ttaaatagcaggataagatagtttatctcactttcatcttgtttgcaacctgccttac-ttttgcatcatagcgtcattttaggtacatcctcgtctttt 705  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  41835290 ttaaatagcaggataagatagtttatctcactttcatcttgtttgcaacctgccttactttttgcatcatagcgtcattttaggtacattctcgtttttt 41835191  T
Q  706 gaagaagaatcgaatgaaaagtggtgtcgagattccatcactagcttatctgattaacc----ttatttatgtttcatatatgaaaatta 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||| |||||||||    |||||||||||||||||||||||||||    
T  41835190 gaagaagaatcgaatgaaaagtggtgtc---------tcactagcttatttgattaaccttatttatttatgtttcatatatgaaaatta 41835110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University