View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20315_high_2 (Length: 698)

Name: NF20315_high_2
Description: NF20315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20315_high_2
NF20315_high_2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-685)||(11299022-11299706)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 685
Target Start/End: Complemental strand, 11299706 - 11299022
Alignment:
Q  1 aaaattgtaaaatataatgaaaagcatttagttagaacgttggtcttagtgtttgtgtttctttgaatgagtagtttagttgttgtgtgattatgaatta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11299706 aaaattgtaaaatataatgaaaagcatttagttagaacgttggtcttagtgtttgtgtttctttgaatgagtagtttagttgttgtgtgattatgaatta 11299607  T
Q  101 tgattgtttgtgatgttaaattttcagttggtcgagactctgcgtctttggttgaatttgacaacaatgattttagacaagggagtgtcattgaacatga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11299606 tgattgtttgtgatgttaaattttcagttggtcgagactctgcgtctttggttgaatttgacaataatgattttagacaagggagtgtcattgaacatga 11299507  T
Q  201 tcatcatgaaagggacggttttgtatcagatgaagaagaagatgaagaaatgatgtttggaaactctgaagctgtcaagcaactgtttgagaagctggca 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11299506 tcatcatgaaagggatggttttgtatcagatgaagaagaagatgaagaaatgatgtttggaaactctgaagctgtcaagcaattgtttgagaagctggca 11299407  T
Q  301 caagaacaactacaatcagaaattggtactgatgtcgatgatgacaacgtgaacgatatggatggcgacaagaacaacaatggagggaagcaagtgtttg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11299406 caagaacaactacaatcagaaattggtactgatgtcgatgatgacgacgtgaacgatatggatggcgacaagaacaacaatggagggaagcaagtgtttg 11299307  T
Q  401 attcttcagccttggccacccttttgaaaggagtaagatcaacaattgaagtggaacaaaacaatgtcgttgttattgataaccaattgaatgaagaaga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11299306 attcttcagccttggccacccttttgaaaggagtaagatcaacaattgatgtggaacaaaacaatgtcgttgttgttgataaccaattgaatgaagaaga 11299207  T
Q  501 aaaaatgaaattggagaaattgcagcaaatcagaatcaaattcttgagactatttctaaggcttggtttgactacacaggaatcaattgcagcccaagtg 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11299206 aaaaatgaaattggagaaattgcagcaaatcagaatcaaattcttgagactagttctaaggcttggtttgactacacaggaatcaattgcagcccaagtg 11299107  T
Q  601 cttcaaaggttaacccttattgctgctggaagggatccaagacaaactagtcaaatattcaatcttaatgctgctgaggaaagtg 685  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11299106 cttcaaaggttaacccttattgcttctggaagggatccaagacaaactagtcaaatattcaatcttaatgctgctgaggaaagtg 11299022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University