View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20315_high_3 (Length: 688)

Name: NF20315_high_3
Description: NF20315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20315_high_3
NF20315_high_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (10-672)||(31351591-31352255)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 626; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 626; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 31352255 - 31351591
Alignment:
Q  10 gcaaaggtgaagagggttcgattatagtcattgagaatgcaatatgaattattgtaaatgcttcaatgcaacaattcaagaaaaatgatgtagaataatt 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31352255 gcaaaggtgaagagggttcgattatagtcattgagaatgcaatatgaattattctaaatgcttcaatgcaacaattcaagaaaaaagatgtagaataatt 31352156  T
Q  110 ggttcactcttgtcttccaatttatttctcttagcatctggtatgttctcatagcataaagaatcaaatactctaaaat--gagtgacatcatgctttcc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  31352155 ggttcactcttgtcttccaatttatttctcttagcatctggtatgttctcatagcataaagaatcaaatactctaaaatatgagtgacatcatgctttcc 31352056  T
Q  208 ttctaaccaccctttctcatgaaccattgtcttcaacttcttattaggacattttttcaagatttaagttgcagtgatcactgcttctccctataattca 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31352055 ttctaaccaccctttctcatgaaccattgtcttcaacttcttattaggacattttttcaagatttaagttgcagtgatcactgcttctccctataattca 31351956  T
Q  308 cgtggcaacttcttctgctttaacatacttgtttccatgtctagctcacttctatttctcctctaaacaagaccatgtgttgagcgtgcagtaagtttga 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31351955 cgtggcaacttcttctgctttaacatacttgtttccatgtctagctcacttctatttctcctctaaacaagaccatgtgttgagcgtgtagtaagtttga 31351856  T
Q  408 tttcacgtattattctcagtcttgcacaatatgcttcaaacttttttgaagtgcattaatgaagataataatgaagacctcaccaacactgaagttgtga 507  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31351855 cttcacgtattattctcagtcttgcacaatatgcttcaaacttttttgaagtgcattaatgaagataataatgaagacctcactaacactgaagttgtga 31351756  T
Q  508 gtggatagtcaaactcatatgaggatcacgatgtgaatgttagactacatagaaacaaacaacttcctaagagaccagcaaatttcgaactagttcatga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31351755 gtggatagtcaaactcatatgaggatcacgatgtgaatgttagactacatagaaacaaacaacttcctgagagaccagcaaattttgaactagttcatga 31351656  T
Q  608 ttatcaagtagacaattttggtgagttaatacattttgtaatgcttgtagatgttgagccattag 672  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31351655 ttatcaagtagacaattttggtgagttaatacattttgtaatgcttgtagatgttgagccattag 31351591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University