View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20316_high_29 (Length: 305)

Name: NF20316_high_29
Description: NF20316
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20316_high_29
NF20316_high_29
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (20-300)||(55908675-55908955)
chr4 (20-290)||(553361-553631)
chr4 (60-257)||(546828-547025)
chr4 (20-185)||(1524433-1524598)
chr4 (73-200)||(8184030-8184157)
chr4 (100-176)||(1548451-1548527)
chr4 (35-257)||(55505070-55505289)
chr4 (20-182)||(659701-659861)
chr4 (100-290)||(640797-640987)
chr4 (20-257)||(7225830-7226067)
chr4 (43-144)||(12116545-12116646)
chr4 (74-165)||(1519143-1519234)
chr4 (100-198)||(8187118-8187216)
chr4 (79-192)||(7307840-7307953)
chr4 (127-281)||(566080-566234)
chr4 (111-192)||(3438604-3438684)
chr4 (74-182)||(1513408-1513516)
chr4 (74-145)||(12121458-12121529)
chr4 (103-185)||(1552797-1552879)
chr4 (98-182)||(1508028-1508112)
chr4 (23-90)||(6006409-6006477)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-300)||(1037611-1037891)
chr2 (74-251)||(45245086-45245263)
chr2 (74-157)||(32785773-32785856)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (20-290)||(571-841)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (20-257)||(14820608-14820845)
chr6 (97-258)||(14818296-14818457)
chr6 (20-249)||(6394787-6395016)
chr6 (20-249)||(6432084-6432313)
chr6 (52-257)||(6402775-6402980)
chr6 (52-276)||(6594585-6594809)
chr6 (52-251)||(6585216-6585415)
chr6 (101-230)||(6409948-6410077)
chr6 (24-249)||(7119080-7119305)
chr6 (24-249)||(7131558-7131783)
chr6 (67-251)||(19632360-19632544)
chr6 (20-251)||(6426432-6426663)
chr6 (20-251)||(7994129-7994360)
chr6 (101-251)||(6603230-6603380)
chr6 (100-257)||(10579763-10579921)
chr6 (100-257)||(6415881-6416038)
chr6 (20-267)||(11936222-11936469)
chr6 (20-267)||(11948202-11948449)
chr6 (127-176)||(14802332-14802381)
chr6 (100-201)||(6423188-6423289)
chr6 (100-173)||(6596955-6597028)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (20-257)||(51113728-51113965)
chr3 (52-258)||(51764419-51764625)
chr3 (20-257)||(13470679-13470916)
chr3 (52-249)||(51120872-51121069)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (79-251)||(27922429-27922601)
chr8 (74-251)||(18315274-18315451)
chr8 (100-185)||(32151288-32151373)
chr8 (79-173)||(17628020-17628114)
chr8 (98-215)||(34936188-34936305)
chr8 (74-158)||(17636402-17636486)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (20-251)||(32267396-32267624)
chr5 (60-230)||(41889541-41889711)
chr5 (100-257)||(20478109-20478266)
chr5 (75-242)||(41901537-41901704)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (109-245)||(7554415-7554551)
chr1 (29-230)||(19468455-19468656)
chr1 (98-290)||(9586521-9586713)
chr1 (127-244)||(29718977-29719094)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (137-251)||(10170145-10170259)
chr7 (137-251)||(10177670-10177784)
chr7 (61-249)||(15092139-15092327)
chr7 (100-244)||(10614521-10614665)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (129-166)||(1523-1560)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 265; Significance: 1e-148; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 20 - 300
Target Start/End: Original strand, 55908675 - 55908955
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908675 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 55908774  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55908775 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 55908874  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgcctatgctact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  55908875 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgttact 55908955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 553631 - 553361
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||  ||| || | | |||||||||||||   || | |||||||| |||||||||      
T  553631 gttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgttgaacttgtcatt 553532  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| | |||||||||||| ||||  || |||| ||||| | ||||| ||||||||| ||||||||  ||    |||||  ||| |||||||| || ||     
T  553531 tacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgcaactgttgttgttttattgtagtgatgtcacagataaagga 553432  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgc 290  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  553431 gtgaatcatgtggtagaaaactgcacacaacttagagagatcgatttggggggttgtgataaagtgcatgc 553361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 60 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 547025 - 546828
Alignment:
Q  60 agtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaac 159  Q
    |||||| ||| || |||| |||||| |||||||| |||| |||||| | |||||||||| ||||  |||  ||||||||||||||||| ||||||||||     
T  547025 agtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaattgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaag 546926  T
Q  160 aattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
    | |||||||||||||||  || |||| |||||| | |||  | | ||||||||||| || |||||||||||  | |||||||||||| |||| |||||    
T  546925 agttgttgtgggcttttggaattgttactggaagaatgttttcatgtcacagagaagggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacaaaactaagaga 546828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 185
Target Start/End: Original strand, 1524433 - 1524598
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  |||| |||||||| |||||| ||||||||| | |  |||| | | |||| |||||| |||||||  | || |||||||| || |||||||     
T  1524433 gttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaacttcatggaatgaactttgaagttcccaatttggaggtgttgaatttgtcacg 1524532  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtt 185  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||| ||||||||    
T  1524533 tacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtgggcttttgcaactgtt 1524598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 73 - 200
Target Start/End: Original strand, 8184030 - 8184157
Alignment:
Q  73 agaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggc 172  Q
    ||||| |||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||  | ||||||||   |||||||| | |||||||||||    
T  8184030 agaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggc 8184129  T
Q  173 ttttacaactgtttctggaaaattgtga 200  Q
    ||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  8184130 ttttggaactgttactggaaaattgtga 8184157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 100 - 176
Target Start/End: Original strand, 1548451 - 1548527
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctttt 176  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||    
T  1548451 gaggtgttgaacttgtcacatacaagtattgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggctttt 1548527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 35 - 257
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505289
Alignment:
Q  35 atttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatga 134  Q
    |||||||  ||||||||||||| | |||||| ||| || |||| ||||||| ||| ||  || |||||||||| ||||||||| |||||   ||||| ||    
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 55505169  T
Q  135 tgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtc 234  Q
    || |||||| ||| ||| |||||| |||||| |||| ||||| ||  ||||  || ||||| | |||   ||||||||||| || |||||||| ||  |     
T  55505170 tggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgcatttgttattgaaaaatagcgat---gtcacagagaagggagtgaaacacgtgtta 55505266  T
Q  235 gaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||    
T  55505267 gaaaactgcacacaactaagaga 55505289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 659861 - 659701
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  ||||| |||| || ||||||| |||||| |||| ||| ||||    |||||| ||| |||||||  || |||||||||| |||||||||||    
T  659861 gttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcaca 659762  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaact 182  Q
    |||| ||||| || ||||||||  |||| |||||||||  ||||||| |||| ||||||||||    
T  659761 tacaagtgttaataatgaaaca--ctatgtgatctcaaggaattgttttggggttttacaact 659701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 640987 - 640797
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 199  Q
    |||||||| ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||  ||| |||||| |||||  |||| ||||| || ||||| |||||| |||||     
T  640987 gaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgccgtggtcttttgcatctgttactggaagattgtc 640888  T
Q  200 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgc 290  Q
    || | || ||| |||| || ||||| ||||| || |||||||||| | || | ||||| ||| ||||   ||||||| |||| ||||||||    
T  640887 attatgtaacaaagaagggagtgaatcatgtggtagaaaactgcaaagaattaagagaggtcaatttaaagggttgtaataaagtgaatgc 640797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 20 - 257
Target Start/End: Original strand, 7225830 - 7226067
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||| ||||  |  || |||||| ||||||  ||||| ||||| || |||||||||||    
T  7225830 gttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaattggaggtcttgaacttgtcaca 7225929  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| | ||||||||  ||  |||   | |||| ||||| | ||||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||  ||| ||||| ||||| ||     
T  7225930 tacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaaagttgttttgaggtcaccgagaaggga 7226029  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
     |||| || || || ||||||||||  ||||| |||||    
T  7226030 ttgaagcacgtggtagaaaactgcaagcaactgagaga 7226067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 43 - 144
Target Start/End: Original strand, 12116545 - 12116646
Alignment:
Q  43 ttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacac 142  Q
    |||||||||||||| | | | ||||| | |||||| |||||| | |||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  12116545 ttagcctactgttcaaaaataaaactgcgtagaatgaactttgatgttccaaatttagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcac 12116644  T
Q  143 tc 144  Q
    ||    
T  12116645 tc 12116646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 74 - 165
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519234
Alignment:
Q  74 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgt 165  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||  || |||||||| |||||||||||| ||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctcaaacacttgt 1519234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 198
Target Start/End: Original strand, 8187118 - 8187216
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgt 198  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||   || ||||| | ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||    
T  8187118 gaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaacactttatgcaatttcaaagagttgttgtgggcttttgcagttgttactggaaaattgt 8187216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 7307953 - 7307840
Alignment:
Q  79 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 178  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| || ||||||||| |||||   |||||||||||| ||||   |||||||||||| | ||||||| ||||||| |    
T  7307953 aactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggcttttgc 7307854  T
Q  179 aactgtttctggaa 192  Q
    | ||||| ||||||    
T  7307853 acctgttactggaa 7307840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 566234 - 566080
Alignment:
Q  127 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaac 226  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| |||||||||| || ||||  ||| || ||  | |  | || |||||||| || |||||||    
T  566234 gttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagtactgtcgtgggcttttgcagctgtcactgcaatataatcaaaatgttacagagaagggagtgaaac 566135  T
Q  227 atgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataa 281  Q
    |  | || ||||||||||||||||| |||||| || | |||| ||||||| ||||    
T  566134 acctggtggaaaactgcacacaactgagagaaatcaagttggagggttgttataa 566080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 111 - 192
Target Start/End: Original strand, 3438604 - 3438684
Alignment:
Q  111 cttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaa 192  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| ||| |||| || | |||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  3438604 cttgtcacatacaagagttgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactggaa 3438684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 182
Target Start/End: Original strand, 1513408 - 1513516
Alignment:
Q  74 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 173  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||| ||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||  | ||||||||   |||| |||||||    
T  1513408 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggct 1513507  T
Q  174 tttacaact 182  Q
    ||| |||||    
T  1513508 tttgcaact 1513516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 74 - 145
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121529
Alignment:
Q  74 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactct 145  Q
    |||| |||||| |||||||  || |||| ||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactct 12121529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 103 - 185
Target Start/End: Original strand, 1552797 - 1552879
Alignment:
Q  103 gtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtt 185  Q
    ||||| || ||||||||||||  | || |||||||||||||| || |||| ||||| |||||| |||||||||| || |||||    
T  1552797 gtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaattgtcgtgggcttttgcagctgtt 1552879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 98 - 182
Target Start/End: Original strand, 1508028 - 1508112
Alignment:
Q  98 tagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaact 182  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||| | | | ||||||||   |||| |||||||||| |||||    
T  1508028 tagaagtgttgaacttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaact 1508112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 6006477 - 6006409
Alignment:
Q  23 gtaaggttagacatttgaatttag-cctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagtt 90  Q
    ||||| ||||||||||||| |||  || ||||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  6006477 gtaagattagacatttgaacttaaaccaactgttcaagactgaagctacttagaatagactttaaagtt 6006409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 20 - 300
Target Start/End: Original strand, 1037611 - 1037891
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037611 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 1037710  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1037711 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 1037810  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgcctatgctact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  1037811 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgccaatgttact 1037891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 251
Target Start/End: Original strand, 45245086 - 45245263
Alignment:
Q  74 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 173  Q
    ||||||||||| |||||||  || | |||||||| || |||||| | |||   |||||||||||||||||| || |||||||||| | |||| |||||||    
T  45245086 gaataaactttgaagttccaaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggct 45245185  T
Q  174 tttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||| ||||| ||  || |||| ||| || | |||||||| || || ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  45245186 tttgcaactattattgaaaaaatgttatcatgtcacagataagggagtgaaacatgtggtagaaaattgcacacaact 45245263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 157
Target Start/End: Original strand, 32785773 - 32785856
Alignment:
Q  74 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaa 157  Q
    |||| |||||||||| |||  || |||||||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  32785773 gaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgatgatgaagcactttatgtgatctcaa 32785856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 20 - 290
Target Start/End: Original strand, 571 - 841
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  571 gttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 670  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  671 tacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactggaaaattgtgatgaagtcatagagaatggt 770  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgc 290  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  || || ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  771 gtgaaacatgtagtagaaaactgcacacaacttcgataaatcgattttgggggttgtgataatgtgaatgc 841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 14820845 - 14820608
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||||  |  |||||  |||||||||||| | |||| ||||||  ||||||  | ||||||||||| ||||| ||| |    
T  14820845 gttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttgcagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaa 14820746  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    ||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| | | | || || ||||| ||| |||| ||||||||||| |||    
T  14820745 tacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgcgattattacttgaaaaatgtaatgatgtcacagagaagggt 14820646  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||||||| || |||||    
T  14820645 gtgaaacatgtggtaaaaaactgcacacagctgagaga 14820608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 97 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 14818457 - 14818296
Alignment:
Q  97 ttagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaatt 196  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| | | | || || |||||||    
T  14818457 ttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgcgattattacttgaaaatt 14818358  T
Q  197 gtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaa 258  Q
    || || | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  14818357 gtaataatgtcacagagaagggtgtgaaacatgtagtagaaaactgcacacagctgagagaa 14818296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 6395016 - 6394787
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||| | ||||||||||| | |||| ||||||  |||||| ||  | |||||||| ||||||||| |    
T  6395016 gttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaa 6394917  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| | |||||||||||||| || | | |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    || || |||||| |  | |||||||| || |||    
T  6394916 tacaagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaattacaacttgataattgtaaaaatgtcacagaaaagggt 6394817  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 249  Q
    ||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  6394816 gtggaacatgtggtagaaaactgcacacaa 6394787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 6432313 - 6432084
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  ||| ||||||||| |||||||| |||   | |||||| |||| | |||| |||||| |||||||  |  |  ||||||| ||||||||| |    
T  6432313 gttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaa 6432214  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| | ||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||| | ||||| || ||| | ||||||||| | |||||| |||| ||     
T  6432213 tacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggcttctgcaactattcctgtacaattgtgataatgtcacacagaaggga 6432114  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 249  Q
    ||||||| ||| || ||||| |||||||||    
T  6432113 gtgaaacttgtggtagaaaaatgcacacaa 6432084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 52 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 6402980 - 6402775
Alignment:
Q  52 tgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatga 151  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||  ||||||  || |||| ||||| ||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||| |||    
T  6402980 tgttcaagagtgaagctacttggaataaactttgcagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtga 6402881  T
Q  152 tctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||  |||| ||  ||  | ||||| || | |||||||| || || | |||||||||  | |||||||| ||||||||    
T  6402880 tctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactattattgagagattgttataatgtcacagaaaagggagcgaaacatgtgatagaaaactgtacacaact 6402781  T
Q  252 cagaga 257  Q
     |||||    
T  6402780 gagaga 6402775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 276
Target Start/End: Original strand, 6594585 - 6594809
Alignment:
Q  52 tgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatga 151  Q
    ||||| |||||||| |||| | |||||||||||  ||||||  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||| |||||   | |||    
T  6594585 tgttcaagagtgaagctacatggaataaactttttagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtga 6594684  T
Q  152 tctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||    || |||||||||||| |  |||||||| | || |  |||||||| || ||||||||||||||| |    
T  6594685 tctcaaagaattgttgtgggcttttacaactaaaactagaaaattgtgatcatctcacagaggagggagccaaacatgtggtagaaaactgcacacaatt 6594784  T
Q  252 cagagaagtcgatttggggggttgt 276  Q
     |||||| |  ||||| ||||||||    
T  6594785 gagagaaatgtatttgaggggttgt 6594809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 52 - 251
Target Start/End: Original strand, 6585216 - 6585415
Alignment:
Q  52 tgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatga 151  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||||||||||  |||| |  | || ||||| || ||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| |||    
T  6585216 tgttcaagagtgaagctacttggaataaactttttagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtga 6585315  T
Q  152 tctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||||||| | ||||| || ||||||  |||| || ||| ||  ||||||  | ||||||||||| ||  |||||||||| || ||||  |||||||||||    
T  6585316 tctcaaagagttgttctgcgcttttggaactattactgaaaggttgtgaaaatgtcacagagaagggactgaaacatgtggtagaaatttgcacacaact 6585415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 101 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 6410077 - 6409948
Alignment:
Q  101 aggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtga 200  Q
    ||||||| |||| |||| ||||| | |||||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| || | || |||||    
T  6410077 aggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcggcttttgcaactatttttgtacaactgtga 6409978  T
Q  201 tgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgt 230  Q
    | | |||||| |||| || |||||||||||    
T  6409977 taatgtcacacagaagggagtgaaacatgt 6409948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 7119305 - 7119080
Alignment:
Q  24 taaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacataca 123  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||   ||||   |  | |||||||| ||||||||| ||||     
T  7119305 taagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacg 7119206  T
Q  124 tgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtga 223  Q
       |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  |||| || ||| || ||||| || | |||||| | || |  ||||    
T  7119205 aaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaaaaaagaagtga 7119106  T
Q  224 aacatgtagtcgaaaactgcacacaa 249  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||    
T  7119105 aacatgtggaagaaaactgcacacaa 7119080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 7131783 - 7131558
Alignment:
Q  24 taaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacataca 123  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||   ||||   |  | |||||||| ||||||||| ||||     
T  7131783 taagattaaacatttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacg 7131684  T
Q  124 tgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtga 223  Q
       |||||||||||||||||| || ||||||| || |||||||| ||||||||  |||| || ||| || ||||| || | |||||| | || |  ||||    
T  7131683 aaggttgatgatgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgttattatgtcacaaacaaagcagtga 7131584  T
Q  224 aacatgtagtcgaaaactgcacacaa 249  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||    
T  7131583 aacatgtggaagaaaactgcacacaa 7131558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 67 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 19632544 - 19632360
Alignment:
Q  67 ctacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgtt 166  Q
    |||||| |||||||||||  ||||||  |  ||||||||||  |||||||  |||||   |||||||||||   ||| | | |||||||||| |||||||    
T  19632544 ctacttggaataaactttctagttcccaagctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgtt 19632445  T
Q  167 gtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    |||||||||| ||||| || ||| ||||||||| | |  |||||||||| || |||||||| || || |||||||||| ||||||    
T  19632444 gtgggcttttgcaactcttactgaaaaattgtgctaatatcacagagaagggagtgaaacacgtggtagaaaactgcaaacaact 19632360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 6426663 - 6426432
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||||| | |||||| |  |||||||||| | |||| ||||||  |||||| ||  | |||||||| || |||||| |    
T  6426663 gttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcaaa 6426564  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
     ||| |  |||||||||||||  | |||  ||||||||| ||||||||| || |||| ||| | || || ||||||||| | |  ||||||  ||| |||    
T  6426563 cacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgtaaaggtgtcacaatgaagggt 6426464  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    |||||||| || || |||||||||||||||||    
T  6426463 gtgaaacaagtggtagaaaactgcacacaact 6426432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 251
Target Start/End: Original strand, 7994129 - 7994360
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||| | || ||||||||  ||||| | ||| | |||||||| |||||  |||| ||||||  ||||||  |  |||||||||| ||| ||||| |    
T  7994129 gttgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaa 7994228  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| | ||| |||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| || || |||  |||| |||| || || ||| | ||     
T  7994229 tacaagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattacttgaactttgtaatgatgttaccgaggaggga 7994328  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  7994329 gtgaaacatgtggtagaaaactgcacgcaact 7994360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 101 - 251
Target Start/End: Original strand, 6603230 - 6603380
Alignment:
Q  101 aggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtga 200  Q
    |||||||  ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||| | ||||  |||||||||  |||| ||  || || ||||| |    
T  6603230 aggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaactattattgaaatattgtta 6603329  T
Q  201 tgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    | | ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  6603330 ttatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcaaacaact 6603380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 257
Target Start/End: Original strand, 10579763 - 10579921
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgttt-ctggaaaattgt 198  Q
    |||||||| ||||||||| |||||   ||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||  |||| ||| ||| |||| |||    
T  10579763 gaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaactgt 10579862  T
Q  199 gatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
     |    |||||| |||| || || |||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  10579863 aaaagggtcacaaagaagggagttaaacatgtggtagaaaactgcacacaacttagaga 10579921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 100 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 6416038 - 6415881
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 199  Q
    |||||||| ||||||||| |||||   ||| ||||| |||| |||||| |||||||||| |||||| | |||||||| ||||| || || |||  |||||    
T  6416038 gaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattacttgaattttgtg 6415939  T
Q  200 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
    || | ||||||||    || ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||    
T  6415938 ataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtggtagagaactgcacacaactaagaga 6415881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Original strand, 11936222 - 11936469
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| |   |||||| ||| |||| |||| || | | |||||| |||||||  || | ||||||||  ||||||||      
T  11936222 gttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatt 11936321  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| | ||||| ||| || ||||||||  ||||||||| | |||| |||||||||| |||||||  ||  ||  |||||| |  |||||||| || ||     
T  11936322 tacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgtcacttaaattttgtgaaggtgtcacagacaaagga 11936421  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttg 267  Q
    ||||  ||||| || ||||| ||||||||| | ||||| |||||||||    
T  11936422 gtgacgcatgtggttgaaaaatgcacacaaatgagagaggtcgatttg 11936469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 267
Target Start/End: Original strand, 11948202 - 11948449
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| |   |||||| ||| |||| |||| || | | |||||| |||||||  || | ||||||||  ||||||||      
T  11948202 gttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttggacttgtcatt 11948301  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    |||| | ||||| ||| || ||||||||  ||||||||| | |||| |||||||||| |||||||  ||  ||  |||||| |  |||||||| || ||     
T  11948302 tacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgtcacttaaattttgtgaaggtgtcacagacaaagga 11948401  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttg 267  Q
    ||||  ||||| || ||||| ||||||||| | ||||| |||||||||    
T  11948402 gtgacgcatgtggttgaaaaatgcacacaaatgagagaggtcgatttg 11948449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 14802381 - 14802332
Alignment:
Q  127 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctttt 176  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  14802381 gttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgtggtctttt 14802332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 6423289 - 6423188
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 199  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| | |||   ||| |||||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||| ||||| || || ||| ||||||    
T  6423289 gaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtgggattttgcaactattacttgaagattgtg 6423190  T
Q  200 at 201  Q
    ||    
T  6423189 at 6423188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 100 - 173
Target Start/End: Original strand, 6596955 - 6597028
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 173  Q
    |||||||| |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||||    |||||||| ||||||| ||||||    
T  6596955 gaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgggct 6597028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 257
Target Start/End: Original strand, 51113728 - 51113965
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||| | | |||| |||||| |||| |||||| ||| |||  || | ||||||||  |||||||| |    
T  51113728 gttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaa 51113827  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    ||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |  | ||||||||||| ||     
T  51113828 tacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatgtcacagagaaggga 51113927  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
    ||||| ||||| || ||||| |||||| |||| |||||    
T  51113928 gtgaagcatgtggtagaaaaatgcacaaaactaagaga 51113965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 52 - 258
Target Start/End: Original strand, 51764419 - 51764625
Alignment:
Q  52 tgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatga 151  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||| ||||||  ||||||  |  | ||||||||  ||||||||  ||||   ||||||||| |||||||||||  ||    
T  51764419 tgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagttgatgataaaacactctatgcga 51764518  T
Q  152 tctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||| |||||||| | ||||  ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  51764519 tctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgtgataatgtcaaggagaagggagtgaaacatgtggttgaaaactgcacacaatt 51764618  T
Q  252 cagagaa 258  Q
     ||||||    
T  51764619 gagagaa 51764625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 20 - 257
Target Start/End: Original strand, 13470679 - 13470916
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||| |||   | |||||| |||||| |||| ||||||   |||||  |  | |||||||| ||||||||| |    
T  13470679 gttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaa 13470778  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
    ||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || |||  |||| || | ||||||||  | ||     
T  13470779 tacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactattacttgaactttgtcataatgtcacagaagaggga 13470878  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||| || |||||    
T  13470879 gtgaaacatgtggtagagaactgcacacagctaagaga 13470916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 52 - 249
Target Start/End: Original strand, 51120872 - 51121069
Alignment:
Q  52 tgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatga 151  Q
    ||||| ||||||||||| | | |||| |||||| ||||||   |||| |||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||| ||| ||| | |    
T  51120872 tgttcaagagtgaaactgcatggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaa 51120971  T
Q  152 tctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 249  Q
    ||||||| | |||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||  |||    | |||||| | || || ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  51120972 tctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaattgtctctagaaagctgtttgtatgtcacacaaaaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgcacacaa 51121069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 79 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 27922601 - 27922429
Alignment:
Q  79 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttac 178  Q
    |||||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||      
T  27922601 aactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttga 27922502  T
Q  179 aactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    || |||  || ||||||||| ||||  ||||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||||    
T  27922501 aattgtcacttgaaaattgtaatgatttcacaaagaagggagtgaaccatgtggtagaaaactgcactcaact 27922429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 251
Target Start/End: Original strand, 18315274 - 18315451
Alignment:
Q  74 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 173  Q
    |||| ||||||||||||||  || | |||||||| |||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||||| | |||| || ||||    
T  18315274 gaatgaactttaaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggct 18315373  T
Q  174 tttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||| ||||||||  |||||   |||  ||| ||||||||||| || |  ||  |||| || |||||||||||||||||    
T  18315374 tttgcaactgttattggaacgctgttgtgatgtcacagagaaaggagaaaagtatgtggtagaaaactgcacacaact 18315451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 100 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 32151373 - 32151288
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtt 185  Q
    |||||||| |||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| |||||||||| ||||||||    
T  32151373 gaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgtt 32151288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 79 - 173
Target Start/End: Original strand, 17628020 - 17628114
Alignment:
Q  79 aactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggct 173  Q
    ||||||||| || || |||| |||||||| ||||||||||||||  | ||||||||| || |||||  | |||||||||| ||||||| ||||||    
T  17628020 aactttaaactttctaaattggaggtgttgaacttgtcacatactagagttgatgataaagcactccgtgtgatctcaaagaattgttttgggct 17628114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 98 - 215
Target Start/End: Original strand, 34936188 - 34936305
Alignment:
Q  98 tagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattg 197  Q
    ||||||||||  |||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||   ||| |||| | |||| |||||||||| ||||| || ||  |||||||    
T  34936188 tagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattacttcaaaattg 34936287  T
Q  198 tgatgaagtcacagagaa 215  Q
    |  ||| ||||| |||||    
T  34936288 ttgtgatgtcacggagaa 34936305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 158
Target Start/End: Original strand, 17636402 - 17636486
Alignment:
Q  74 gaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaa 158  Q
    |||| |||||| |||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |||||| || | ||| ||||||||||    
T  17636402 gaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaacaggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaa 17636486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 32267624 - 32267396
Alignment:
Q  20 gttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcaca 119  Q
    |||||||  ||||||||||||| ||| || | ||||| | ||||||||||     ||| |||||| |||||||  |||| ||||| || |||||||||||    
T  32267624 gttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaactaga---aatgaactttgaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcaca 32267528  T
Q  120 tacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggt 219  Q
     |||   |||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||||  || |||  ||  |||||||| ||||  ||||| |||| ||     
T  32267527 aacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgtaatgatatcacaaagaaggga 32267428  T
Q  220 gtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaact 251  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  32267427 gtgaagcatgtagtagaaaactgcacgcaact 32267396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 60 - 230
Target Start/End: Original strand, 41889541 - 41889711
Alignment:
Q  60 agtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaac 159  Q
    |||||| ||||||  ||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||| |||||   ||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  41889541 agtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgatgaaacactttataagatctcaaag 41889640  T
Q  160 aattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgt 230  Q
    | |||||| |||||||   || |||| ||  |||||||| |||| |||||| |||| || ||||| |||||    
T  41889641 agttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgttatgatgtcacaaagaagggagtgaatcatgt 41889711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 100 - 257
Target Start/End: Original strand, 20478109 - 20478266
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 199  Q
    |||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| |||||| | | | |||||||||  ||||||||||||||||| ||| |  | ||| ||||||| |    
T  20478109 gaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttgcaaatactactgaaaaattgcg 20478208  T
Q  200 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagaga 257  Q
    || | ||||||  ||| || | ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||    
T  20478209 ataatgtcacaatgaaaggagcgaaacatgtcgtagaaaactgcacacaactgagaga 20478266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 242
Target Start/End: Original strand, 41901537 - 41901704
Alignment:
Q  75 aataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggctt 174  Q
    |||| ||||| |||||||  || | |||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||||||| |||    
T  41901537 aatagactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggactt 41901636  T
Q  175 ttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactg 242  Q
    ||  || |||  ||  || ||||| |||| |||||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||    
T  41901637 ttgaaattgtcacttcaagattgtaatgatgtcacaaagaagggagtgaagcatgtggtagaaaactg 41901704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 109 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 7554551 - 7554415
Alignment:
Q  109 aacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtca 208  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||| ||| ||   |||||| | ||||    
T  7554551 aacttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaaggatgtgataatgtca 7554452  T
Q  209 cagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcac 245  Q
    |||| || || ||||| ||||| || |||||||||||    
T  7554451 cagaaaagggagtgaagcatgtggtagaaaactgcac 7554415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 230
Target Start/End: Original strand, 19468455 - 19468656
Alignment:
Q  29 ttagacatttgaatttagcctactgttctagagtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgt 128  Q
    |||| ||||| || |||||| ||||||| |||||||| |||||| || | ||||||  ||||||  |  | |||||||| || |||||| |||||   ||    
T  19468455 ttaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaaggt 19468554  T
Q  129 tgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacat 228  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||||  || | ||| ||||   |||| |||| ||||||||||| || |||||||||    
T  19468555 tgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttggaattatttgtggacggttgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacat 19468654  T
Q  229 gt 230  Q
    ||    
T  19468655 gt 19468656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 98 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 9586713 - 9586521
Alignment:
Q  98 tagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattg 197  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||  |||| ||||||||||||| ||| ||| |||||  |||||| |||| ||||| || || || | | |||||||    
T  9586713 tagaggtgttgaacttgtcatatacagatgttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgcatcttttacagaaaaattg 9586614  T
Q  198 tgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaactcagagaagtcgatttggggggttgtgataatgtgaatgc 290  Q
    | || | ||||||   |||||  |||| | ||| || ||||| |||||||| || | |||| |||||||| | |||||||||||  |||||||    
T  9586613 ttatcatgtcacaagcaatggattgaagcgtgtggtagaaaattgcacacatctaaaagaaatcgatttgagaggttgtgataaattgaatgc 9586521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 244
Target Start/End: Original strand, 29718977 - 29719094
Alignment:
Q  127 gttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaa-gtcacagagaatggtgtgaaa 225  Q
    ||||||||| || ||||| |||| || ||||  | ||||||||| ||||| ||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  29718977 gttgatgataaatcactccatatcatatcaacgagttgttgtggccttttgcaattgttactggaaagttgt-atgaatgtcacagagaatggagtgaaa 29719075  T
Q  226 catgtagtcgaaaactgca 244  Q
    ||||| ||  |||||||||    
T  29719076 catgtggttcaaaactgca 29719094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 137 - 251
Target Start/End: Original strand, 10170145 - 10170259
Alignment:
Q  137 aaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcga 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||  |||| ||| || | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||    ||    
T  10170145 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10170244  T
Q  237 aaactgcacacaact 251  Q
    ||||||| |||||||    
T  10170245 aaactgctcacaact 10170259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 137 - 251
Target Start/End: Original strand, 10177670 - 10177784
Alignment:
Q  137 aaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcga 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||  |||| ||| || | |||||| |||| ||||||||||| || |||||||||||    ||    
T  10177670 aaacactctatgtgatctcaaagtattgttgtggacttttgaaactatttgtgaacaattgtaatgatgtcacagagaaaggagtgaaacatgtgaaaga 10177769  T
Q  237 aaactgcacacaact 251  Q
    ||||||| |||||||    
T  10177770 aaactgctcacaact 10177784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 61 - 249
Target Start/End: Original strand, 15092139 - 15092327
Alignment:
Q  61 gtgaaactacttagaataaactttaaagttcctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaaca 160  Q
    |||||||||| | |||| ||||||  |||||| ||  | |||||||| || |||||| | |||   ||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |    
T  15092139 gtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaaga 15092238  T
Q  161 attgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtgatgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgcacacaa 249  Q
    |||||||||||||||| ||||| || || |||  |||| || | ||||||||    || |||||||||||  | |||||||||||||||    
T  15092239 attgttgtgggcttttgcaactattacttgaattttgttataatgtcacagaagtgggagtgaaacatgtgctagaaaactgcacacaa 15092327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 100 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 10614665 - 10614521
Alignment:
Q  100 gaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgttgtgggcttttacaactgtttctggaaaattgtg 199  Q
    |||||||| ||||||||| ||||    ||| ||||| ||||||||||| ||||||| || || ||| |||||||||| ||||| || || |||  || |     
T  10614665 gaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtgggcttttgcaactattacttgaactttctc 10614566  T
Q  200 atgaagtcacagagaatggtgtgaaacatgtagtcgaaaactgca 244  Q
    || | ||||||||  | || ||||||||||| || ||||||||||    
T  10614565 ataatgtcacagaagaaggagtgaaacatgtggtagaaaactgca 10614521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 129 - 166
Target Start/End: Original strand, 1523 - 1560
Alignment:
Q  129 tgatgatgaaacactctatatgatctcaaacaattgtt 166  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  1523 tgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtt 1560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University