View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20327_high_4 (Length: 597)

Name: NF20327_high_4
Description: NF20327
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20327_high_4
NF20327_high_4
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-583)||(25522022-25522593)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (19-579)||(42124039-42124599)
chr5 (272-556)||(34239584-34239868)
chr5 (272-579)||(42129667-42129974)
chr5 (203-573)||(41712561-41712931)
chr5 (205-519)||(34231869-34232183)
chr5 (272-402)||(41571191-41571321)
chr5 (279-392)||(41432337-41432450)
chr5 (63-134)||(41571462-41571533)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (272-574)||(12249266-12249568)
chr2 (205-310)||(32681314-32681419)
chr2 (409-520)||(32681106-32681217)
chr2 (360-392)||(32681218-32681250)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (276-556)||(8523826-8524106)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (63-392)||(11118722-11119051)
chr4 (489-574)||(11119079-11119164)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 25522593 - 25522022
Alignment:
Q  12 atgaaatagttttgagagaggttcaaaaacttcaatgaannnnnnncatataaccaattgggcattcttccatcaagtttgttattggaaagatcaagat 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25522593 atgaaatagttttgagagaggttcaaaaacttcaatgaatttttttcatataaccaattgggcattcttccatcaagtttgttattggaaagatcaagat 25522494  T
Q  112 aatccaaattcgggaattttccttgcaatttgggaaatttgatcaaatttacggaagacagttccaattcttcaaggtaaaaaacactatgattgacatt 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25522493 aatccaaattcgggaattttccttgcaatttgggaaatttgatcaaatttacggaagacagttccaattcgtcaaggtaaaaaacactatgattgacatt 25522394  T
Q  212 ggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaaaatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaag 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25522393 ggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaaaatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaag 25522294  T
Q  312 tcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctcta 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25522293 tcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctcta 25522194  T
Q  412 aggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatgtaccaaagaaggtaaagataacaaagaggaaggaattgt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25522193 aggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatataccaaagaaggcaaagataacaaagaggaaggaattgt 25522094  T
Q  512 tccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataattttgttaggtaaagg 583  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25522093 tccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataattttgttaggtaaagg 25522022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 579
Target Start/End: Original strand, 42124039 - 42124599
Alignment:
Q  19 agttttgagagaggttcaaaaacttcaatgaannnnnnncatataaccaattgggcattcttccatcaagtttgttattggaaagatcaagataatccaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||       ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||  |   |||    
T  42124039 agttttgagagaggttcaaaaatagcaatgaatttttttcaagtaaccaattgggcattcttccatgaagtttgttatcagaaatatcaagtgatatcaa 42124138  T
Q  119 attcgggaattttccttgcaatttgggaaatttgatcaaatttacggaagacagttccaattcttcaaggtaaaaaacactatgattgacattggattcg 218  Q
    ||    ||||| |||||| || ||  | |||||||||||||| || ||||||| ||||||| |||  |||  | ||| ||||| |||||||||||||||     
T  42124139 atctaagaattctccttgtaaattatggaatttgatcaaattgacagaagacaattccaatacttgtaggctagaaaaactataattgacattggattca 42124238  T
Q  219 aagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaaaatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgttta 318  Q
    || ||||| || |||||| ||||||||||||||||||| | |   |||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||      
T  42124239 aaatttagagataattgactattccatgaaagggataacatttctagacatgtaagtttggagaagagttgaaaattgacaagaccactcaagtcgttcg 42124338  T
Q  319 aagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctctaaggaata 418  Q
    ||||||||||||  | || ||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||   | | ||| |||||    
T  42124339 aagatagaattaagtgagatagttttgttaggttgaaaatggactcaggaatattgccttgtagcctgttgttgcttagagttagcatgtttaaagaata 42124438  T
Q  419 tgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatgtaccaaagaaggtaaagataacaaagaggaaggaattgttccattt 518  Q
    ||||||  || ||||||||   |||||||||||||| |  ||||||| ||||  | |||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  42124439 tgatgatatttcactgatatgccctgtaagtcgattatatgatagatctaaaattgccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaactgttccattt 42124538  T
Q  519 aacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataattttgttaggta 579  Q
    | ||||||||| | |||| | ||||   ||||||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  42124539 agcaagttgtcttttaaattcaaatacattagcttttggagtcctgtaattttgttgggta 42124599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 272 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 34239868 - 34239584
Alignment:
Q  272 aagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaata 371  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||  |||  || ||||||||| ||| |||||||| || | |||||||    
T  34239868 aagttttgtaaagtcttgaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagacatagtgtaattaggtttgcaaggttgaaaattgaatttggaata 34239769  T
Q  372 ttgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaat 471  Q
    |  |||||||||||||||||| |||||  || |  ||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| | |     
T  34239768 tcaccttgtagcttgttgttgcatagagatagatactctaaggaatatgatgagatttcactgataggccctgtaagtcgattgtttgatagatacagaa 34239669  T
Q  472 gtaccaaagaaggtaaagataacaaagaggaaggaattgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttg 556  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||    
T  34239668 gtaccaaagaaggcaaagataacaaggaggaaggaattgttccatttagcaagttgtcatttaacctcaaataaattagcttttg 34239584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 272 - 579
Target Start/End: Original strand, 42129667 - 42129974
Alignment:
Q  272 aagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaata 371  Q
    |||||||||||||||||||||||  | || | ||||||||| |||| | ||||||  |||   ||||| ||||| ||| |||||||| |||| |||||||    
T  42129667 aagtttggaaaagtgttgaaaatcaataacatcactcaagttgtttgatgatagatctagcaaagttaagtttgcaaggttgaaaatagattttggaata 42129766  T
Q  372 ttgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaat 471  Q
    ||||||||||||||||||  |  ||||| ||   ||| |||||||||||||||| ||||| |||||   | |||||| ||||| || ||||||  |||||    
T  42129767 ttgccttgtagcttgttgccgcttagatctagcttctttaaggaatatgatgagattgcagtgatatgccttgtaagacgattatttgatagaactaaat 42129866  T
Q  472 gtaccaaagaaggtaaagataacaaagaggaaggaattgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataatttt 571  Q
    | |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| |||||| |||||||||| || ||||    
T  42129867 gaaccaaagacggcaaagataacaaggaggaaggaattgttccatttaacaagttgtcatttaatctcaaatcatttagctcttggaaccctgtagtttt 42129966  T
Q  572 gttaggta 579  Q
    ||| ||||    
T  42129967 gttgggta 42129974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 203 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 41712931 - 41712561
Alignment:
Q  203 attgacattggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaaaatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaa 302  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||   ||||||||| | | ||   ||||||  ||||| ||| |||| ||||||||  |||| |    
T  41712931 attgacaatggattcaaagtttagtgacaattgattattaagtgaaagggacagagatactagattttgaagttcggagaagtattgaaaatcaacaaca 41712832  T
Q  303 ccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagattta 402  Q
    ||||| |||| |||| | |||||   |||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||  | |||||| ||    
T  41712831 ccactgaagttgtttgatgataggtctagtctagttaggtttataagtttgaaaattgattctggaatattgccttctagtttgttgccgaatagatata 41712732  T
Q  403 aactctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatgtaccaaagaaggtaaagataacaaagagga 502  Q
        ||||||||||||||||||| ||||| |||||   ||| ||||||| || || ||||||| ||||| | |||||||||| || || ||||| ||||     
T  41712731 gctcctctaaggaatatgatgagattgcaatgatatgccctataagtcggttatttgatagatctaaatcttccaaagaaggaaaggaaaacaaggaggg 41712632  T
Q  503 aggaattgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataattttgt 573  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||   |||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41712631 aggaattgctccatttaacaagttgccatttaaatacaaattagttagcttttggaaccctgtaattttgt 41712561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 205 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 34232183 - 34231869
Alignment:
Q  205 tgacattggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaa-aatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaac 303  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||  ||||||||| ||| |||  ||  |||| |||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  34232183 tgacattggattcaaaggttagtgataattgtgtattctgtgaaagggacaaagaatacaaattttg-aagtttgccaaagtgttgaaaattgacaacac 34232085  T
Q  304 cactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgccttgtagcttgttgttgtatagatttaa 403  Q
    ||||||||| |||| | ||||||  ||    || ||  |||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |  ||||||||     
T  34232084 cactcaagttgtttgatgatagatctaatacagctaaatttacaaggttgaaaattgattctggaatattgccttgtagcttgttaccgcctagatttag 34231985  T
Q  404 actctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatgtaccaaagaaggtaaagataacaaagaggaa 503  Q
    |  |||||| ||||| || ||| |||||||||||   ||||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  34231984 agcctctaacgaataggacgagattgcactgatatgccctgtaagttgattgtttgatagatataaatttagcaaacgaggcaaagataacaaagaggaa 34231885  T
Q  504 ggaattgttccattta 519  Q
    ||||||||||| ||||    
T  34231884 ggaattgttccgttta 34231869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 272 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 41571321 - 41571191
Alignment:
Q  272 aagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaata 371  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||| | || ||   |||  |||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||||    
T  41571321 aagtttggaaaagtatttaaaattgacaataccactcaagttgtttgatgacaggcatagtgtagttaggtttacaaggttgaaaatagattcaggaata 41571222  T
Q  372 ttgccttgtagcttgttgttgtatagattta 402  Q
    | |||||||||||||||| || |||| ||||    
T  41571221 tcgccttgtagcttgttgctgcatagtttta 41571191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 279 - 392
Target Start/End: Original strand, 41432337 - 41432450
Alignment:
Q  279 gaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgcctt 378  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||   |  ||||| ||||||  ||| |||||||  |||||||||||||| ||||    
T  41432337 gaaaagagtttaaaattgacaaaaccactcaagttatttgaagatagacacaagttagtaaggtttacaaggttgaaaagtgattctggaatatttcctt 41432436  T
Q  379 gtagcttgttgttg 392  Q
    ||| | ||||||||    
T  41432437 gtaacatgttgttg 41432450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 63 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 41571533 - 41571462
Alignment:
Q  63 aaccaattgggcattcttccatcaagtttgttattggaaagatcaagataatccaaattcgggaattttcct 134  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||   |||| | ||||||||||||    
T  41571533 aaccaattgggcactcttccataaagtttgttgttggacaaatcaagatatctcaaactagggaattttcct 41571462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 272 - 574
Target Start/End: Original strand, 12249266 - 12249568
Alignment:
Q  272 aagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaata 371  Q
    ||||||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||| |||| | |||| |  |||  |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  12249266 aagtttggaaaagagttgaaaatcaacaacaccactcaagttgtttgatgataaatctagtctagttagggttgtaaggttgaaaatggattttggaata 12249365  T
Q  372 ttgccttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaat 471  Q
    |||||||||||||||||     |||||| ||   | ||||| ||||| |||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||| || || | || ||    
T  12249366 ttgccttgtagcttgttaccagatagatatagcgtatctaacgaatacgatgagattgcactgatatgtcctgtaaatcgattgtttgacagctctagat 12249465  T
Q  472 gtaccaaagaaggtaaagataacaaagaggaaggaattgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataatttt 571  Q
    || |||||||||| ||||||||||| | || |||||||||||| ||||  ||||| |||  |||||| |||| ||||| |||||| |||||| | |||||    
T  12249466 gttccaaagaaggcaaagataacaaggtgggaggaattgttccgtttagaaagttatcacttaaactgaaataagttaacttttgaaaccctgtgatttt 12249565  T
Q  572 gtt 574  Q
    |||    
T  12249566 gtt 12249568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 205 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 32681419 - 32681314
Alignment:
Q  205 tgacattggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaaaatcgaagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaacc 304  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||  | |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  32681419 tgacattggattcaaagtttagtgacaattgactattccatgaaagagatagaaagtggagatgtgtaagtttggagaagagttgaaaattgacaagacc 32681320  T
Q  305 actcaa 310  Q
    ||||||    
T  32681319 actcaa 32681314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 409 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 32681217 - 32681106
Alignment:
Q  409 ctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatgtaccaaagaaggtaaagataacaaagaggaaggaat 508  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||| | || || |||||||  |||| | ||||| |||| |||||||||||  ||||||||||    
T  32681217 ctaagtaatatgatgagattgcattgatataccctctaagtaggttatttgatagatccaaatattccaaataaggcaaagataacaagaaggaaggaat 32681118  T
Q  509 tgttccatttaa 520  Q
     |||||||||||    
T  32681117 cgttccatttaa 32681106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 360 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 32681250 - 32681218
Alignment:
Q  360 gattctggaatattgccttgtagcttgttgttg 392  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32681250 gattctgaaatattgccttgtagcttgttgttg 32681218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 8e-38; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 276 - 556
Target Start/End: Original strand, 8523826 - 8524106
Alignment:
Q  276 ttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggattctggaatattgc 375  Q
    ||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||  |||  || ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8523826 ttggaaatgttttggaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctagtctacttaggtttgcaaggttgaaaatggattctggaatattgc 8523925  T
Q  376 cttgtagcttgttgttgtatagatttaaactctctaaggaatatgatgaggttgcactgatagatcctgtaagtcgattgttagatagatataaatgtac 475  Q
    |||||||| |||||||   ||||  || |  ||||||||||||||||||| |||| ||||||   ||||||||| |||| || |||| || |||   ||     
T  8523926 cttgtagcctgttgttacttagagatagaaactctaaggaatatgatgagattgcgctgatattccctgtaagttgattatttgataaatctaatactag 8524025  T
Q  476 caaagaaggtaaagataacaaagaggaaggaattgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttg 556  Q
    |||| | || || |||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| |  |||| ||||||||||||    
T  8524026 caaaaatggcaaggataacaaggagggaggaattgtaccatttagcaagttgtcatttaatcgcaaattagttagcttttg 8524106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 63 - 392
Target Start/End: Original strand, 11118722 - 11119051
Alignment:
Q  63 aaccaattgggcattcttccatcaagtttgttattggaaagatcaagataatccaaattcgggaattttccttgcaatttgggaaatttgatcaaattta 162  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||    |||| | || |||| |||||| || ||| |||||| |||||| || |    
T  11118722 aaccaattgggcattcttccattaagtttgtttttggaaagatccagatgtgacaaacttggaaattctccttgtaagttgtgaaattcgatcaagttga 11118821  T
Q  163 cggaagacagttccaattcttcaaggtaaaaaacactatgattgacattggattcgaagtttagtgacaattgagtattccatgaaagggataaaaatcg 262  Q
    | ||||| | ||  | |  ||  |||| |  || ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| |      
T  11118822 cagaagataatttgagtatttgtaggttagtaaaactataagtgacattggattcgaattttagtgacaactgactattccttgaaagggataaaatttc 11118921  T
Q  263 aagatttgtaagtttggaaaagtgttgaaaattgacaaaaccactcaagtcgtttaaagatagaattagattagttaggtttgtaagattgaaaatggat 362  Q
     || |  | || |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||||  ||| | |  ||| ||||| ||  |||||||| ||    
T  11118922 caggtcagcaaatttggagaagagtttaaaattgacaacaccactcaagttgtttgatgatagatctagttcatctagctttgttaggctgaaaatgcat 11119021  T
Q  363 tctggaatattgccttgtagcttgttgttg 392  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11119022 tctggaatattgccttgtagccggttgttg 11119051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 489 - 574
Target Start/End: Original strand, 11119079 - 11119164
Alignment:
Q  489 gataacaaagaggaaggaattgttccatttaacaagttgtcatgtaaacttaaatcagttagcttttggaaccctataattttgtt 574  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11119079 gataacaaggaggaaggaattgttccatttatcaagttgtcatttaatctcaaatttgttagcttttggaaccctgtaattttgtt 11119164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University