View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20328_low_5 (Length: 466)
Name: NF20328_low_5
Description: NF20328
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20328_low_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 457
Target Start/End: Original strand, 2797894 - 2798333
Alignment:
| Q |
18 |
gttgagctcacaataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaata |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2797894 |
gttgagctcacaataactccagatttctcatgggatgacagagtacatggatgtgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaata |
2797993 |
T |
|
| Q |
118 |
tccttcatcacgagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaata |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2797994 |
tccttcatcacgagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgagaatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaata |
2798093 |
T |
|
| Q |
218 |
ctttatccgtgttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctact |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2798094 |
ctttatccgtgttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctact |
2798193 |
T |
|
| Q |
318 |
gagctgttggatctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacac |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2798194 |
gagctgttggatctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacac |
2798293 |
T |
|
| Q |
418 |
aagtcttcacagctctgtataattctgatgacaatgcctt |
457 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2798294 |
aagtcttcacagctctgtataattctgatgacaatgcctt |
2798333 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 1673816 - 1673392
Alignment:
| Q |
35 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt |
132 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1673816 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt |
1673717 |
T |
|
| Q |
133 |
attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
232 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1673716 |
attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
1673617 |
T |
|
| Q |
233 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
332 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1673616 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgatttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
1673517 |
T |
|
| Q |
333 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
432 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1673516 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
1673417 |
T |
|
| Q |
433 |
tgtataattctgatgacaatgcctt |
457 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1673416 |
tgtataattctgatgacaatgcctt |
1673392 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 1676291 - 1675867
Alignment:
| Q |
35 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt |
132 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1676291 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt |
1676192 |
T |
|
| Q |
133 |
attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
232 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1676191 |
attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
1676092 |
T |
|
| Q |
233 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
332 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1676091 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgatttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
1675992 |
T |
|
| Q |
333 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
432 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1675991 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
1675892 |
T |
|
| Q |
433 |
tgtataattctgatgacaatgcctt |
457 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1675891 |
tgtataattctgatgacaatgcctt |
1675867 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 1682819 - 1682395
Alignment:
| Q |
35 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatat--gttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatatccttcatcacgagt |
132 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
1682819 |
tccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaatattcttcatcacgagt |
1682720 |
T |
|
| Q |
133 |
attttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
232 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682719 |
attttatgctgaaaaaacaatatgttgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaatactttatccgtgttgt |
1682620 |
T |
|
| Q |
233 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
332 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682619 |
ttctgataggtggcttggatcccaaactggtttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctactgagctgttggatctg |
1682520 |
T |
|
| Q |
333 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
432 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682519 |
cagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacacaagtcttcacagctc |
1682420 |
T |
|
| Q |
433 |
tgtataattctgatgacaatgcctt |
457 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1682419 |
tgtataattctgatgacaatgcctt |
1682395 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Original strand, 29267067 - 29267502
Alignment:
| Q |
18 |
gttgagctcacaataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaata |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |
|
|
| T |
29267067 |
gttgagctcacaataactccagattttgcatgggatgacagaatgcatggatatgttgagccgttctgggtgattgtggaggataatgatggtgaatata |
29267166 |
T |
|
| Q |
118 |
tccttcatcacgagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaata |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||| || ||||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29267167 |
tccttcatcatgagtattttttgctgaaaaaacagtacattgaggaggaccacactttgaattttacagtgccgatatacgagcctcttcctcctcaata |
29267266 |
T |
|
| Q |
218 |
ctttatccgtgttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctact |
317 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
29267267 |
cttcatccgtgttgtttctgataaatggcttggatcccaaactgttctgcctgtttctttcaggcatctaattttacctgaaaagtatcctccgcctact |
29267366 |
T |
|
| Q |
318 |
gagctgttggatctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacac |
417 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||| ||||| || || || |||||| || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| |
|
|
| T |
29267367 |
gaactattggatctgcaaccacttccagttactgccttaagaaatccatcatatgaagctctttatcaggattttaagcatttcaacccagtacagacac |
29267466 |
T |
|
| Q |
418 |
aagtcttcacagctctgtataattctgatgacaatg |
453 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29267467 |
aagtcttcacagtgctatataattctgatgacaatg |
29267502 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 18 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 29186276 - 29185844
Alignment:
| Q |
18 |
gttgagctcacaataaatccagatttctcatgggatgacagagtacatggatatgttgagccgttttgggtgattgtggaggataatgatggggaaaata |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| | | | | |
|
|
| T |
29186276 |
gttgagctcacaataactccagattttgcatgggatgacataatgcatggatatgttgagccgttctgggtgattatggaggataaagatggtgcacaga |
29186177 |
T |
|
| Q |
118 |
tccttcatcacgagtattttatgctgaaaaaacaatatattgatgaggatcatactttgaatttcatagtaccaatatatgaacctcttcctcctcaata |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||| | |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| | | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
29186176 |
tccttcatcatgagtattttttgctgaaaaaacagcacattaaggaggatcacactttgaatttcacagtgtcaatagacaagtgtcttcctcctcaata |
29186077 |
T |
|
| Q |
218 |
ctttatccgtgttgtttctgataggtggcttggatcccaaactgttttacctgtttctttcaggcacataattttacctgaaaagtatcctccacctact |
317 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||| |||||| |||||| |
|
|
| T |
29186076 |
ctctatccgtgttgtttctgataaatggcttggatcccaaacagttttacctgtttcttgcagtcatctcattttacctgaaaactatcct---cctact |
29185980 |
T |
|
| Q |
318 |
gagctgttggatctgcagccactgcctgtgacagccttacaaagtccttcttatgaaactctttatcaggattttaagcattttaatcctatacagacac |
417 |
Q |
| |
|
|| || |||||||||| ||||| || || || |||||| || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29185979 |
gaactactggatctgcaaccacttccggttactgccttaagaaatccatcatatgaagctctttatcaggattttaagcatttcaatccagtacagacac |
29185880 |
T |
|
| Q |
418 |
aagtcttcacagctctgtataattctgatgacaatg |
453 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29185879 |
aagtcttcacagtactgtataattctgatgacaatg |
29185844 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University