View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20329_low_1 (Length: 650)

Name: NF20329_low_1
Description: NF20329
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20329_low_1
NF20329_low_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (11-636)||(5982397-5983013)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 636
Target Start/End: Original strand, 5982397 - 5983013
Alignment:
Q  11 caaaggagcaacaaaatgcatgaccaaaataacatgtttgattttggtaatcaacatgcacaaccacgaccggctgctggacaccaacacgcgcaaccac 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5982397 caaaggagcaacaaaatgcatgaccaaaataacatgtttgattttcgtaatcaacatgcacaaccacgaccggctgctggacaccaacacgcgcaaccac 5982496  T
Q  111 caccgactgctggaaaccatcgcgcacccccaccaccatttgctggatatcaacccggaccccaaccaccgtttgctggatatcgaccaccgccaccagg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  5982497 caccgactgctggaaaccatcgcgcacccccaccaccatttgctggatatcaacccggaccccaaccaccgtttgctggatatcgaccaccgccac---- 5982592  T
Q  211 cccaccaccaatgtcagggtaccgaccattctcaccaccaatgtcagggtatcaaccattctcaggatatcgtccaccaccaatgccttggtaccaacct 310  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5982593 -----caccaatgtcagggtaccgaccattctcaccaccaatgtcagggtatcaaccattctcaggatatcgtccaccaccaatgccttggtaccaacct 5982687  T
Q  311 caacatgctggatatgcaataccaccaccaatgtatccaggatcagggcctctacatggttacaatggatatagtcatcccatgggaccacatggttaca 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5982688 caacatgctggatatgcaataccaccacaaatgtatccaggatcagggcctctacatggttacaatggatatagtcatcccatgggaccacatggttaca 5982787  T
Q  411 atggatatggtcatctcatgggaccggattatggacattatggttcaaggatgccaatgtcaagacccaatcccatgatccactacaacagttatgctga 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5982788 atggatatggtcatctcatgggaccggattatggacattatggttcaaggatgccaatgtcaagacccaatcccatgatccactacaacagttatgctga 5982887  T
Q  511 caattatcgctatactatgtagatgaagtatgtcaaagttgttggctacaagaacttactatggtttacttttcagactannnnnnncggtcttggtatc 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||    
T  5982888 caattatcgctatactatgtagatgaagtatgtcaaagttgttggctacaagaacttactatggtttacttttcagactatttttttcggtcttggtatc 5982987  T
Q  611 tacttttaagacatattttggatact 636  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  5982988 tacttttaagacatattttggatact 5983013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University