View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20331_low_6 (Length: 255)

Name: NF20331_low_6
Description: NF20331
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20331_low_6
NF20331_low_6
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (1-240)||(26694587-26694826)
chr3 (1-240)||(26690426-26690665)
chr3 (1-240)||(26731737-26731976)
chr3 (20-242)||(26750971-26751193)
chr3 (10-240)||(26675425-26675655)
chr3 (10-240)||(26698637-26698867)
chr3 (10-240)||(26733800-26734030)
chr3 (14-237)||(26744040-26744263)
chr3 (10-235)||(26737025-26737250)
chr3 (10-235)||(26713789-26714014)
chr3 (62-114)||(47212252-47212304)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (10-116)||(21098712-21098818)
chr7 (14-116)||(21108331-21108433)
chr7 (10-127)||(21123260-21123377)
chr7 (10-116)||(21130388-21130494)
chr7 (59-116)||(18658599-18658656)
chr7 (10-127)||(21111428-21111545)
chr7 (62-113)||(29213014-29213065)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-116)||(39132242-39132348)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 26694826 - 26694587
Alignment:
Q  1 ttgtactaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26694826 ttgtactaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactcc 26694727  T
Q  101 aaacattcttcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagtta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26694726 aaacattcttcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagtta 26694627  T
Q  201 aagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26694626 aagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 26694587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 26690665 - 26690426
Alignment:
Q  1 ttgtactaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactcc 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26690665 ttgtagtaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactcc 26690566  T
Q  101 aaacattcttcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagtta 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  26690565 aaacattcttcatgtaaatatgcaagacactttgcagttccgagagcaattttatacctcttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgcta 26690466  T
Q  201 aagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26690465 aagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 26690426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 26731976 - 26731737
Alignment:
Q  1 ttgtactaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactcc 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26731976 ttgtagtaacttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaatcagagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactcc 26731877  T
Q  101 aaacattcttcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagtta 200  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  26731876 aaacattcttcatgtaaatatgcaagacactttgcagttccgagagcaattttatacctcttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgcta 26731777  T
Q  201 aagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26731776 aagaacctttttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 26731737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 242
Target Start/End: Original strand, 26750971 - 26751193
Alignment:
Q  20 ccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaat 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26750971 ccaaaatcagctaccttcggttggtaatcggagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaat 26751070  T
Q  120 aggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctttttccatgta 219  Q
    | ||||| | |||||||||||| | |||||| || |||||||||||||||| |||  |||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||||||    
T  26751071 acgcaagtccctttgcagttcccatagcaatgttatacctcttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacccttttccatgta 26751170  T
Q  220 ctcaaaaactaacaatctgtgct 242  Q
    |||| |||| |||||||| ||||    
T  26751171 ctcataaaccaacaatctatgct 26751193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 240
Target Start/End: Original strand, 26675425 - 26675655
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||||||||||||  |||  |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26675425 cttagacaacccaaaatctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattct 26675524  T
Q  110 tcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctt 209  Q
    ||||||||||| ||||||  |||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||| |  || |||| ||||||||| |    
T  26675525 tcatgtaaatatgcaagagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagaggttttcagctaaagaaccct 26675624  T
Q  210 tttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 240  Q
    |||| | | |||| ||||| |||||||||||    
T  26675625 tttctacgaactctaaaaccaacaatctgtg 26675655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 240
Target Start/End: Original strand, 26698637 - 26698867
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  26698637 cttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactct 26698736  T
Q  110 tcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctt 209  Q
    || |||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| || ||||| |||||||||| |||  || ||||||| | |||||||| ||||| ||| |    
T  26698737 tcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccat 26698836  T
Q  210 tttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 240  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26698837 tttccatgtactcataaaccaacaatctgtg 26698867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 240
Target Start/End: Original strand, 26733800 - 26734030
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||  |||||||  ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  26733800 cttagacaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactct 26733899  T
Q  110 tcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctt 209  Q
    || |||||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| || ||||| |||||||||| |||  || ||||||| | |||||||| ||||| ||| |    
T  26733900 tcgtgtaaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccat 26733999  T
Q  210 tttccatgtactcaaaaactaacaatctgtg 240  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  26734000 tttccatgtactcataaaccaacaatctgtg 26734030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 237
Target Start/End: Original strand, 26744040 - 26744263
Alignment:
Q  14 gacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcat 113  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26744040 gacaaaccaaaatccgctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcgt 26744139  T
Q  114 gtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctttttc 213  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||||| | |||||| || ||||| |||| ||||| |||   ||||||||| | |||||| | ||||| ||| |||||    
T  26744140 gtaaataagcaaggccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttactccaatcaagtttatttgatgaaagattatcggctaaagtaccgttttc 26744239  T
Q  214 catgtactcaaaaactaacaatct 237  Q
    |||| ||||  |||| ||||||||    
T  26744240 catgcactcgtaaaccaacaatct 26744263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 235
Target Start/End: Original strand, 26737025 - 26737250
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||| ||| | ||||  |||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  26737025 cttagacaaaccaaaatctgcaaccttaggtcgataatcagagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactct 26737124  T
Q  110 tcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctt 209  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||    || ||||| ||||||| |||  |||||||||| | |||||||| ||||| ||| |    
T  26737125 tcatgtaaataagcaagacattttgcagttcctatagcaataccatatctctttccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtaccat 26737224  T
Q  210 tttccatgtactcaaaaactaacaat 235  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||    
T  26737225 tttccatgtactcataaaccaacaat 26737250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 10 - 235
Target Start/End: Original strand, 26713789 - 26714014
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||| ||| | ||||   ||||||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  26713789 cttagacaaaccaaaatctgcaaccttaggtcgataatcatagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactct 26713888  T
Q  110 tcatgtaaataggcaagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctt 209  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||    || ||||| ||||||| |||  |||||||| | | |||||||| ||||| ||| |    
T  26713889 tcatgtaaataagcaagacattttgcagttcctatagcaataccatatctctttccccaatcaagttcatttgataagagattatcagctaaagtaccat 26713988  T
Q  210 tttccatgtactcaaaaactaacaat 235  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||    
T  26713989 tttccatgtactcataaaccaacaat 26714014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 62 - 114
Target Start/End: Original strand, 47212252 - 47212304
Alignment:
Q  62 atgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatg 114  Q
    |||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47212252 atgttttgtggcttcacatcacaatgcaaaatccactccaaacactcttcatg 47212304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 21098818 - 21098712
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| | | || || ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  21098818 cttagacaatccaaaatccgctaacttgggttcgaagttagaatcaagaagtatattttgcggctttatatcacaatgtaaaatccattccaaacattct 21098719  T
Q  110 tcatgta 116  Q
    |||||||    
T  21098718 tcatgta 21098712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 14 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 21108433 - 21108331
Alignment:
Q  14 gacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcat 113  Q
    ||||| |||||||| |||| |||||| ||| | || || ||||  ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21108433 gacaatccaaaatcggctaacttgggctggaagttagaatcaagaagtatgttttgtggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcat 21108334  T
Q  114 gta 116  Q
    |||    
T  21108333 gta 21108331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 127
Target Start/End: Original strand, 21123260 - 21123377
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||||||  | || || ||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21123260 cttagacaatccaaaatctgctaacttgggttgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccatacattct 21123359  T
Q  110 tcatgtaaataggcaaga 127  Q
    ||||||| ||| ||||||    
T  21123360 tcatgtagataagcaaga 21123377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 116
Target Start/End: Original strand, 21130388 - 21130494
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||| ||  | || || ||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21130388 cttagacaatccaaaatcggctaacttgggctgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacattct 21130487  T
Q  110 tcatgta 116  Q
    |||||||    
T  21130488 tcatgta 21130494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 59 - 116
Target Start/End: Original strand, 18658599 - 18658656
Alignment:
Q  59 agtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgta 116  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18658599 agtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacattcttcatgta 18658656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 127
Target Start/End: Original strand, 21111428 - 21111545
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| |||||||| |||| |||||| ||  | || || ||||  ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || | |||||||    
T  21111428 cttagacaatccaaaatctgctaacttgggctgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaatatccattcgagacattct 21111527  T
Q  110 tcatgtaaataggcaaga 127  Q
    ||||||| ||| ||||||    
T  21111528 tcatgtagataagcaaga 21111545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 62 - 113
Target Start/End: Original strand, 29213014 - 29213065
Alignment:
Q  62 atgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcat 113  Q
    |||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29213014 atgttttgtggcttcacatcacaatgcaaaatccactccaaacactcttcat 29213065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 39132348 - 39132242
Alignment:
Q  10 cttagacaacccaaaatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattct 109  Q
    ||||||||| ||||| || |||| ||||||||| || || || ||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39132348 cttagacaatccaaagtctgctaacttgggttgatagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgtaaaatccactccaaacattct 39132249  T
Q  110 tcatgta 116  Q
    |||||||    
T  39132248 tcatgta 39132242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University