View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20334_low_2 (Length: 523)

Name: NF20334_low_2
Description: NF20334
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20334_low_2
NF20334_low_2
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (14-466)||(43542036-43542476)
chr1 (116-348)||(31438480-31438712)
chr1 (182-345)||(726205-726368)
chr1 (310-497)||(9438416-9438603)
chr1 (188-497)||(15262192-15262495)
chr1 (247-403)||(1257180-1257335)
chr1 (468-507)||(43543982-43544021)
chr1 (434-490)||(726058-726114)
chr1 (292-345)||(37350714-37350766)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (114-507)||(7103723-7104116)
chr4 (114-507)||(40756333-40756726)
chr4 (114-495)||(7109036-7109417)
chr4 (217-504)||(43473021-43473307)
chr4 (329-507)||(17318628-17318806)
chr4 (188-497)||(9745361-9745669)
chr4 (114-493)||(2059011-2059388)
chr4 (114-343)||(11422868-11423095)
chr4 (172-420)||(28033546-28033789)
chr4 (191-475)||(44527404-44527693)
chr4 (116-324)||(9747680-9747886)
chr4 (328-505)||(11422674-11422851)
chr4 (114-272)||(9742037-9742195)
chr4 (371-497)||(9741905-9742031)
chr4 (437-497)||(50429979-50430039)
chr4 (298-381)||(21947408-21947491)
chr4 (267-459)||(24388960-24389151)
chr4 (297-363)||(2577366-2577432)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (114-507)||(19237482-19237875)
chr8 (114-507)||(19310666-19311059)
chr8 (114-507)||(8970010-8970403)
chr8 (114-433)||(16435723-16436042)
chr8 (114-414)||(9492602-9492902)
chr8 (282-507)||(14154162-14154386)
chr8 (114-496)||(2537732-2538117)
chr8 (170-493)||(38311879-38312206)
chr8 (343-507)||(25481835-25481998)
chr8 (436-507)||(9492531-9492602)
chr8 (220-309)||(9414558-9414647)
chr8 (422-507)||(38141509-38141594)
chr8 (394-497)||(1154583-1154686)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (114-507)||(25616304-25616696)
chr7 (114-507)||(11790481-11790875)
chr7 (114-403)||(9111878-9112167)
chr7 (114-232)||(14069151-14069269)
chr7 (114-232)||(14379179-14379297)
chr7 (236-496)||(31001478-31001732)
chr7 (328-497)||(14054368-14054537)
chr7 (328-497)||(14364396-14364565)
chr7 (236-344)||(23663448-23663557)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (114-507)||(32401615-32402003)
chr5 (114-379)||(27214098-27214363)
chr5 (234-505)||(43462647-43462917)
chr5 (189-497)||(16055037-16055336)
chr5 (191-497)||(15907974-15908281)
chr5 (246-364)||(27160718-27160836)
chr5 (166-351)||(4719096-4719282)
chr5 (369-456)||(43570231-43570318)
chr5 (372-492)||(12882941-12883060)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (125-507)||(23496861-23497232)
chr2 (114-475)||(26024583-26024946)
chr2 (293-507)||(5007391-5007605)
chr2 (114-391)||(17538753-17539030)
chr2 (188-457)||(24310247-24310515)
chr2 (330-505)||(35025016-35025191)
chr2 (406-507)||(17539064-17539165)
chr2 (14-64)||(7741463-7741513)
chr2 (453-507)||(20559382-20559436)
chr2 (14-64)||(41246231-41246281)
chr2 (287-348)||(12622387-12622448)
chr2 (237-420)||(38115793-38115976)
chr2 (257-308)||(35025199-35025250)
[»] scaffold0524 (1 HSPs)
scaffold0524 (114-491)||(9759-10132)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (118-458)||(9490868-9491205)
chr3 (114-505)||(1661325-1661714)
chr3 (114-419)||(19624862-19625168)
chr3 (115-465)||(8085729-8086083)
chr3 (118-493)||(3362860-3363233)
chr3 (229-377)||(28388644-28388792)
chr3 (182-346)||(19646080-19646244)
chr3 (356-497)||(46513246-46513387)
chr3 (393-505)||(31497040-31497152)
chr3 (328-467)||(19650493-19650632)
chr3 (236-348)||(26832374-26832485)
chr3 (14-64)||(23263379-23263429)
chr3 (432-497)||(28388812-28388878)
chr3 (14-64)||(27051873-27051923)
[»] scaffold0578 (1 HSPs)
scaffold0578 (293-507)||(4073-4287)
[»] scaffold0129 (1 HSPs)
scaffold0129 (182-507)||(44577-44898)
[»] scaffold0785 (1 HSPs)
scaffold0785 (343-507)||(343-509)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (321-497)||(34182185-34182361)
chr6 (244-484)||(17518715-17518948)
chr6 (414-507)||(35241753-35241846)
chr6 (114-178)||(30270431-30270495)
chr6 (453-507)||(29618478-29618532)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 466
Target Start/End: Original strand, 43542036 - 43542476
Alignment:
Q  14 acttcactagtgttttcaggtataagtgcaaagatactatcatttttagaaggtatctataagctttagcaggtaaccaaacgtgtaaccaaatgtatgc 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||            |||||||||||    
T  43542036 acttcactagtgttttcaggtataagtgcaaggatactatcatttttagaaggtatctataagctttagcagataac------------caaatgtatgc 43542123  T
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43542124 ttagaggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataagtggggtattaggattgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 43542223  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43542224 tggtgctagtttttggcaaatcttttcattaccagattcagaggttgcagaagctttagctatgcggaagggtttggagtttgcgaaagacatgtctttt 43542323  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43542324 ctgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtggttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcccaactatgctggctctattattcaagattgta 43542423  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaa 466  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43542424 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaa 43542476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 116 - 348
Target Start/End: Original strand, 31438480 - 31438712
Alignment:
Q  116 agtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttg 215  Q
    ||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||| || | |||||| |||||| | ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31438480 agtggttgctataagttaaatgttgatgcagcatgtccgacagaggggggtaaatgaggtattggtgttgcagtgagagataacgaaggtgttgtcgttg 31438579  T
Q  216 gtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttct 315  Q
     ||||||||  || ||| | |||||||||  | ||||| ||||  || ||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||    
T  31438580 ctgctagttgctgacaagtattttcattactaaattcataggtaccaaaagctttagctatgcggaaggggttgcaatttgcaaaagacatatcttttct 31438679  T
Q  316 gaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgt 348  Q
     ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  31438680 aaatcttatattagaatcatatgcttctaatgt 31438712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 182 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 726368 - 726205
Alignment:
Q  182 gttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcgga 281  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||  | |||||||||  |||||||||| | ||||||| ||||| ||  | ||    
T  726368 gttgttgtgagagattatgaaggtcttgtcgttagtgctagttgttgtcacgttttttcattactagattcagagatagcagaagttttagctacacaga 726269  T
Q  282 agggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaa 345  Q
    | |  || || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  726268 aagagttagaatttgcaaaagacgtgtcttttctgaatcttatagtggaatcagacgcttctaa 726205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 310 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 9438603 - 9438416
Alignment:
Q  310 ttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagat 409  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||  |||| |||||||| |||||| ||||   |||||| | ||||||||||  | |     
T  9438603 ttttatgaatcttatagcagaatcagatgtttctaatgtggttttgacgtttaatgctcatcaacaacctccctcctatgtcgactctattattataaag 9438504  T
Q  410 tgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaat 497  Q
    ||||||||||| || | || |||  |||| |||| ||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9438503 tgtattagttttaatgttaatttatgtagcttaatttttttgcatgttaggcatgaagccaaccaaactgcttattatttagctaaat 9438416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 188 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 15262495 - 15262192
Alignment:
Q  188 gtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtt 287  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||  | |||| |||||||||||| || || |||| ||||| |||| ||||||||| || ||||||    
T  15262495 gtgagagataatgaaggtgttgttgttgctgttagttgcttgcaagtcttttcattattaggtttagagattgcaaaagccttagttatgtggtagggtt 15262396  T
Q  288 tggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaacta 387  Q
    | || ||||| |||||||| |||||| ||| ||| || | |||||  |||| ||||||||| || || ||||| || ||||| |||||| || | | |||    
T  15262395 ttgaatttgcgaaagacatatcttttttgagtctcattgcagaatttgatgtttctaatgtggtctttgcgttaaacgctcatcaacaaacttccaccta 15262296  T
Q  388 tgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaa-attttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcatta 486  Q
    |||||| ||      | |||||||||||||||| || | |  ||| ||||||||||  |||||||||||||  |  | || ||||||||| ||||| |||    
T  15262295 tgttggttc------tgaagattgtattagttttaatgtttatttccgtagtttaattttttttgcatgttttg-cttaatccaaccaagttgctcgtta 15262203  T
Q  487 tttagctaaat 497  Q
    |||||||||||    
T  15262202 tttagctaaat 15262192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 247 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 1257335 - 1257180
Alignment:
Q  247 agattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaat 346  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||  | ||| | ||||| |||||||| |||||||||||| ||| || ||||||| |||||| ||||    
T  1257335 agattcaaaggttgcagaagctttagatatacagaaaagcttgaa-tttgcgaaagacatatcttttctgaatgttacagcagaatcatatgcttttaat 1257237  T
Q  347 gtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattatt 403  Q
    ||  |||| |  ||||||| ||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||    
T  1257236 gtgattttgggtttgaatgttcatcaacaatctcccacctatgtcggctctattatt 1257180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 468 - 507
Target Start/End: Original strand, 43543982 - 43544021
Alignment:
Q  468 ccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43543982 ccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 43544021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 434 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 726114 - 726058
Alignment:
Q  434 cgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattattta 490  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  726114 cgtagtttaactttcttgcatgttaggcgtgagtccaaccaagctgcccattattta 726058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 292 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 37350766 - 37350714
Alignment:
Q  292 gtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaa 345  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  37350766 gtttgtaaaagacatgtctattatgaat-ttatagtagaatcaaatgcttctaa 37350714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Original strand, 7103723 - 7104116
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7103723 ttagtggtttctataagcttaatgttgacgcagaaagtccgatagagggtgataagtggggtattggtgttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 7103822  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    || |||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  7103823 tgatgctagttattggcaagtcttttcattaccaaattcagaggttgcagaatccttagctatgcggaagggtttggaatttgcaaatgacatgtctttt 7103922  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7103923 ctgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtggttttagcgttaaatgctcaccaacaacctcccaactatgttggctctattattcgagattgta 7104022  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    | ||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  7104023 taagtattaagggtagttttcgtagtttaatttttttgcatgttaggcgtgaagccaaccaagctgcttattatttagctaaatatgctcttaa 7104116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 40756726 - 40756333
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40756726 ttagtggtttctacaagcttaatgttgatgcagcaggtccgatagagggtgataaatgggatattggtgttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 40756627  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    |||||||||||| || ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  40756626 tggtgctagttcctgacaagtattttcattaccagattcagaggttgcggaagctttagctatgtagaagggattgtaatttgcaaaagacatgtctttt 40756527  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| |||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40756526 ctgaatcttatagcaaaatcagatgcttcttatgggatttcagcgttgaatgctcaccaacaatctcccaactatgttggctctattattcgagattgta 40756427  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  40756426 ttagttttaagggtaatttttgtagtttaaattttttgcatgttaggcgtgaagtcaaccaaactgctcattatttagcaaaatatgctcttaa 40756333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 114 - 495
Target Start/End: Original strand, 7109036 - 7109417
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7109036 ttagtggtttctataagcttaatgtcgacgcagaaagtccgatagagggtgataagtggggtattggtgttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 7109135  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||   ||| ||||| |||||||||| | |||| ||| ||||||||||||    
T  7109136 tggtgctagttcttggcaagtcttttcatcaccagattcagaggttgcaaaagacatagctatgcagaagggtttgaaatttgtaaatgacatgtctttt 7109235  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  7109236 ttgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtggttttagcgttaaatgctcgccaacaacctcctaactatgttggctctattattcgagactgta 7109335  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaa 495  Q
    | ||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  7109336 taagcattaagggtagttttcgtagtttaatttttttgcatgttaggcgtgaagtcaaccaagctgcttattatttagctaa 7109417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 217 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 43473307 - 43473021
Alignment:
Q  217 tgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctg 316  Q
    ||||||||  |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||     
T  43473307 tgctagttgctggcaagtattttcattaccagattcagaggttgcagaagttttagctatacggaagggtttgaa-tttgcaaaagacatgtcttttcta 43473209  T
Q  317 aatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtatta 416  Q
     ||||||||| |||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  43473208 gatcttatagcagaatccgatgcttctaacgtggttctggcgttgaatgctcatcaacaatctcccacctatgtcggctctattattggagattgtatta 43473109  T
Q  417 gtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctct 504  Q
    |||| || ||| | |||||  |||||||||||  ||||||||||  |||| | ||||||  | |||||||||||||||||| ||||||    
T  43473108 gttttaacggttgctttcgcggtttaaattttcggcatgttaggcatgaagcaaaccaaatttctcattatttagctaaatatgctct 43473021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 329 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 17318806 - 17318628
Alignment:
Q  329 gaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggta 428  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  17318806 gaattagatgtttctaatgtggttttagcgttgaatactcaccaccaatctcctaactatgttgactctattattcgagattgtattagtttgaagggta 17318707  T
Q  429 gttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||| | |||||||||    
T  17318706 gttttcgtagtataatttttttgcatgttaggcgtgaagccaaccaagctgttcattacttagctaattatgctcttaa 17318628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 188 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 9745669 - 9745361
Alignment:
Q  188 gtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtt 287  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||||||| |||  ||||  | ||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  9745669 gtgatagataatgaagttgtcgtcgttgctgcgggttccagtcaaatattttcattacaagatttagaggttgcagagtctttagttatgcggaagggtt 9745570  T
Q  288 tggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaacta 387  Q
    || | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||| ||  |||||||||||||  ||    
T  9745569 tgaaatttgcgaaagaaatgtcttttctgaatcttatagcagaatcggatgctcttaatgtagttttggcgttgaatgttcgtcaacaatctcctactta 9745470  T
Q  388 tgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattat 487  Q
    |||||||| ||  |||  ||||||||||||||| || | ||||||| || |||||  |||||||| | ||||| |||||||||| ||||| | |||||||    
T  9745469 tgttggctataaaattggagattgtattagttttaatgttagtttttgttgtttattttttttgcctattaggcgtgaaaccaa-caagcagttcattat 9745371  T
Q  488 ttagctaaat 497  Q
    || |||||||    
T  9745370 ttggctaaat 9745361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 114 - 493
Target Start/End: Original strand, 2059011 - 2059388
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||||||  |||||||| ||||| || ||| || |||||||||| || | |||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2059011 ttagtggttgatataagctaaatgtggacgcaacaggtccgatagaggggggtaaatgaggtattggtgttgttgtgagagataatgaaggtgtggtcgt 2059110  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    ||||||||||| |||| || |||||||||||  |||||| ||||| ||  ||| ||||| ||||| |||||| ||| | ||||| |||||||||| ||||    
T  2059111 tggtgctagttgttggaaagtcttttcattactagattcggaggtagctaaagttttagctatgcagaaggggttgtaatttgctaaagacatgtgtttt 2059210  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    |||||| ||||||  ||||  |||||||||||||| |||  |||||||||  |||| ||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||  |||||| |    
T  2059211 ctgaattttatagcggaatatgatgcttctaatgtggttcaagcgttgaacactcatcaacaatatcccaactatg-tggatctattattggagattgca 2059309  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagct 493  Q
    ||| ||| ||  ||  ||||| ||| |||| ||| |||||||||||| ||||  | ||||||| ||| | ||||||||||    
T  2059310 ttaattttaa-tgtctttttcataggttaagtttcttgcatgttaggcgtgaggctaaccaagttgccctttatttagct 2059388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 114 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 11423095 - 11422868
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| | |  | ||||||||||||  | ||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  11423095 ttagtggtttctataatcttaatgttgatgcagcaagtctgataaaggagggtaaatggggtatcggtgttgtggtaagagataatgaaggtgtt-tcgt 11422997  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
     | |||||| |  |||||| ||||||  |||||||| || ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||    
T  11422996 agctgctagctgctggcaagtcttttt-ttatcagactcggaggttgcataagctatagctatgcgaaagggtttggagtgtgtgaaagtcatgtgtttt 11422898  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttct 343  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11422897 atgaatcttatagaagaatcagatgcttct 11422868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 172 - 420
Target Start/End: Original strand, 28033546 - 28033789
Alignment:
Q  172 gggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagcttta 271  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||||  || |||||| |||| ||||||||||    
T  28033546 gggtattggtgttgtggtgagagataatgaagatgttgtcgttgatgctagttgctgacaaatcttttcattaaaagtttcagaagttggagaagcttta 28033645  T
Q  272 gttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcacc 371  Q
    | |||||| || | |||  | |||||||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||||||||||| || | ||  |  |||  |||||||| |    
T  28033646 gctatgcgaaacgatttaaaatttgcaaaagacatg--ttttctgaatcttatatcagaatcagatgcttct-atattgtcgtgacgt--aatgctcatc 28033740  T
Q  372 aacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagttt 420  Q
    |||||||||  | |||||| |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  28033741 aacaatctctcacctatgtcggctctcttattgaatattgtattagttt 28033789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 191 - 475
Target Start/End: Original strand, 44527404 - 44527693
Alignment:
Q  191 agagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttgg 290  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  || ||||| ||||| ||| |||| ||| |||||| | ||||| |||||||||||||| ||||      
T  44527404 agagataatgaagatgttgtcgttgctgctagctgctgacaaatattttctttaccagactcataggttgtaaaagctctagttatgcggaagagtttaa 44527503  T
Q  291 agtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgt 390  Q
    | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | | ||||||||||| || ||  | ||||||||||| |||||||||   | ||||||    
T  44527504 aatttgcgaaagacatgtcttttatgaatcttataacagaattacacgcttctaatgtggtattgacattgaatgctcatcaacaatctttcacctatgt 44527603  T
Q  391 tggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagttta-----aattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaa 475  Q
      ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || | | ||||| ||||||||     | |||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  44527604 atgctttatcattgaagaatgtattagttttaatgtttgtttttgtagtttattattatttttttgcatgttagatgtgaaatcaaccaa 44527693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 116 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 9747886 - 9747680
Alignment:
Q  116 agtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttg 215  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||  || || || | ||| ||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||| | || ||    
T  9747886 agtggtttctgtaagcttaatgttgatgcagtaggtctaatggatgggg-taagtggggtattagtgttgtggggatagataatgaaggtgtcgccgctg 9747788  T
Q  216 gtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttct 315  Q
     | ||||| | || ||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| | |||| |||||| |||||||||||    
T  9747787 ctactagt-catgtcaagtgttttcattaacagatttagaggttgcagaatctttagctatgcagaagggtttgaaatttggaaaagagatgtcttttct 9747689  T
Q  316 gaatcttat 324  Q
    |||||||||    
T  9747688 gaatcttat 9747680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 328 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 11422851 - 11422674
Alignment:
Q  328 agaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggt 427  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||| | | |||| | |||||||||||| ||||||||||||| || |  | |    
T  11422851 agaatcagatgtttctaatgtagtcttggcgttgaatactcatcaacaatcttccacctatttcggctctattattgaagattgtattagcttaagtgtt 11422752  T
Q  428 agttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctctt 505  Q
     ||||||||||||||||    || |||||||||  |||| |||| |||| ||||||||||||| |||||  |||||||    
T  11422751 tgttttcgtagtttaaaaaaatttcatgttaggcatgaagccaatcaagttgctcattatttatctaaacatgctctt 11422674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 114 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 9742195 - 9742037
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaa-ggtgttgtcg 212  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || || |  || ||||||||||||||||| |||| ||||| |||| ||||||||||    
T  9742195 ttagaggtttctataagcttaatgttgatgcagcatgtccgatggatgg-gggaagtggggtattagggttgtggtgatagatactgaagggtgttgtcg 9742097  T
Q  213 ttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttag 272  Q
    ||  ||||||||| |  |||  ||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  9742096 ttactgctagttcctatcaagccttttcactaccagatttagaggttgcagaatctttag 9742037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 371 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 9742031 - 9741905
Alignment:
Q  371 caacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaacca 470  Q
    ||||||||||| | ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||  ||||| |||    
T  9742031 caacaatctcccacctatgtttgctctattattggagattgtattagttttaattgtagattttgtagtttaattttttttcatgttagacgtgaagcca 9741932  T
Q  471 accaagctgctcattatttagctaaat 497  Q
    ||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  9741931 accgagcagctcatcatttagctaaat 9741905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 437 - 497
Target Start/End: Original strand, 50429979 - 50430039
Alignment:
Q  437 agtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaat 497  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  50429979 agtttaaattttttgcatgttaggcgtgaagtcaaccaaactgctcattatttagctaaat 50430039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 298 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 21947491 - 21947408
Alignment:
Q  298 aaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcc 381  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||| || |||||||||||    
T  21947491 aaaaaacatgtattttctaaatcttaaagtggaatcaaatgcttctaatatagttttgacgttgaatgcacatcaacaatctcc 21947408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 267 - 459
Target Start/End: Original strand, 24388960 - 24389151
Alignment:
Q  267 ctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgc 366  Q
    |||||| |||| | ||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||  ||||||| || | || || ||| ||||||| | |||||  ||||| | ||    
T  24388960 ctttagctatgtgtaagagtttggactttgcaaaagatatg-cttttcaaaatcttacagcaaaaccaaatgtttctaatttggttttgacgttggaagc 24389058  T
Q  367 tcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttag 459  Q
    ||| ||||||||||  | ||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| || | | ||| || ||||||||| |||| | |||||||    
T  24389059 tcatcaacaatctcacacctatgttggatctattattggagattgtattaattttaatgtttgttatcatagtttaaaattttcgtatgttag 24389151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 297 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 2577432 - 2577366
Alignment:
Q  297 caaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaa 363  Q
    |||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||| || |||||||||||    
T  2577432 caaaggacgtgtcttttctgattcttatagtggaatcatatgctcctaatgtggtattagcgttgaa 2577366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Original strand, 19237482 - 19237875
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||| ||  ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19237482 ttagtggtttttataagcttaacgttgatgcaacatatccgatagagggtgataagtggggtattggtgttgcggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 19237581  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    |||||||||||| || || || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  19237582 tggtgctagttcatgacatatattttcattaccagattcaaaggttgcagaagctttagctatgcgaaagggtttggaatttgcaacagacatgtctttt 19237681  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  19237682 ctaaatcttatagcagaatcagctgcttctaatgtagttttagcgttgaatgttcacctacaatctcccaactatgttggctctattatttgagattgta 19237781  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  19237782 ttagttttaaaggtagtttttgtagtttaaattgtttgcatgttaggcgtgaagccaaccaagctgctcattatttagctgaatatgctcttaa 19237875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Original strand, 19310666 - 19311059
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||| ||  ||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  19310666 ttagtggtttttataagcttaacgttgatgcaacatatccgatagagggtgataagtggggtattggtgttgcggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 19310765  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    |||||||||||| || || || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  19310766 tggtgctagttcatgacatatattttcattaccagattcaaaggttgcagaagctttagctatgcgaaagggtttggaatttgcaacagacatgtctttt 19310865  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    || |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  19310866 ctaaatcttatagcagaatcagctgcttctaatgtagttttagcgttgaatgttcacctacaatctcccaactatgttggctctattatttgagattgta 19310965  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  19310966 ttagttttaaaggtagtttttgtagtttaaattgtttgcatgttaggcgtgaagccaaccaagctgctcattatttagctgaatatgctcttaa 19311059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Original strand, 8970010 - 8970403
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  8970010 ttagtggtttttataagtttaatgttgatgcagcaggtctgatagaaggtgataagtggggtattggtgttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 8970109  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    ||||| |||||  | |||| ||||||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8970110 tggtgttagtttctagcaagtcttttcattaccggatttaaaggttgcagaagctttagctatacggaagagtttggaatttgcaaaagacatgtctttt 8970209  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  8970210 ctgaatcttatagcagaatcaaatgcttctgatgtggttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcccaactatgttgactctattcttcaagattgta 8970309  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  8970310 ttagtttaaagggtagttttcgtagtttaaattttgtacatgttaggcgtgaagccaaccaaacatctcattattaagctaaatatgctcttaa 8970403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 114 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 16436042 - 16435723
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  16436042 ttagtggtttctataagcttaatgctgatgcagcaagtctgatagagggtgataagtggggtagtggtgttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 16435943  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    |||||||||||| || ||   |||||||||| || ||| |||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  16435942 tggtgctagttcctgacatggcttttcattaccaaattaagaggttgcagaagttttagctatgggaaagggtttgaaatttgcaaaagacatgtctttt 16435843  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |  |||||||| ||||||||    
T  16435842 ctgaatcttatagcagaatcagatgtttctaatgtggttttagcgttgaatgctcactaacaatctcccaactatgttgaccttattattcgagattgta 16435743  T
Q  414 ttagtttgaagggtagtttt 433  Q
    ||| ||| ||||||||||||    
T  16435742 ttaattttaagggtagtttt 16435723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 114 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 9492902 - 9492602
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  9492902 ttagtggtttctataagctaaatattgatgcagcaggtccgatagagggtgataaagggggtattggtgttgtggtgagagataatgaaagtgttgtcct 9492803  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    || ||||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| | |||| ||||||| ||| ||||    
T  9492802 tgatgctagttcctgacaagtcttttcattaccagattcaggggttgtagaagctttagctatgcgaaagggtttgaaatttgtaaaagacgtgtgtttt 9492703  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9492702 ctgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgttgttttagcgttgaatgctcatcaacaatctcccaattatgttggctctattattcaagactgta 9492603  T
Q  414 t 414  Q
    |    
T  9492602 t 9492602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 282 - 507
Target Start/End: Original strand, 14154162 - 14154386
Alignment:
Q  282 agggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcc 381  Q
    ||||||| || ||||||||||||   | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  14154162 agggtttagaatttgcaaaagacgcttattttctgaatcttatggcagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgttcactaacaatctct 14154261  T
Q  382 taactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgct 481  Q
     || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||    
T  14154262 caattatgttggctcaattattcaagattgtattagttttaatggtagttttcgtagtttaaa-tttttgcatgtcaggcgtgaagccaaccaatctgct 14154360  T
Q  482 cattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||||||| |||| | |||||||    
T  14154361 cattatttagcaaaatatcctcttaa 14154386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 114 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 2538117 - 2537732
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||| || || ||||||||||||| ||||| |||| | || | ||| | |||||||   ||||  |||||||||||||| |||||||| ||    
T  2538117 ttagtggtttctacaaacttaatgttgatgcagtaagtctgataaaggggggtaagttgggtattgatgttgcggtgagagataatgacggtgttgtagt 2538018  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattat----cagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtc 309  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||     || ||| ||| |||||||||| ||||  |||||  ||||||||| | ||||  |||||||||||    
T  2538017 tggtgttagttgctggcaaatcttttcattaattgccatatttagatgttgcagaagttttatctatgcaaaagggtttgaaatttgtgaaagacatgtc 2537918  T
Q  310 ttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagat 409  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||||| |||| |||| | | |||||| ||||||||||||  ||||    
T  2537917 ttttctgaatcttttagtagaatcagatgcttctaatgtggtcttggcgctgaatgctcatcaacgatcttccacctatgtcggctctattattggagat 2537818  T
Q  410 tgtattagttt-gaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaa 496  Q
    ||| ||| |||  |||  |  |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2537817 tgtgttaatttcaaagtttttttttcgtag--taaattttttgcatgttaggcgtgaatccaaccaggctgctcattatttagctaaa 2537732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 170 - 493
Target Start/End: Original strand, 38311879 - 38312206
Alignment:
Q  170 tggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctt 269  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||| |||||||| |||| |||| |||||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||    
T  38311879 tggggtattggtgttgttgtaagagattatgaaggtattgtggttgctgctagttgttgtcaagtcttttcattaccagattcaaaggtaggagaagctt 38311978  T
Q  270 tagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatg---tcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgc 366  Q
    ||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||   |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||   ||| ||||  |    
T  38311979 tagctatgcggaaggggttgaaatttgcaaaagacatgttttctttttttaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtgattcaggcgctgaacac 38312078  T
Q  367 tcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaa-attttttgcatgttaggagtga 465  Q
    ||| ||||||  ||  ||||||||||| ||||||| |  |||||| |||| ||| || |    |||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  38312079 tcatcaacaacatctcaactatgttggatctattactggagattgcattaattttaatgtcttttttcggagtttaagattttttgcatgttagacgtga 38312178  T
Q  466 aaccaaccaagctgctcattatttagct 493  Q
     || |||||| ||||||||||| |||||    
T  38312179 gactaaccaaactgctcattatctagct 38312206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 343 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 25481998 - 25481835
Alignment:
Q  343 taatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagttta 442  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |||||||  ||| ||||||||    
T  25481998 taatgtggttttagagttgaatgttcac-aacaacctcccaactatgttgactctattattcgagattgtattagctttaagggtaacttttgtagttta 25481900  T
Q  443 aattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    |||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  25481899 aattttctgcatgttaggcgtcaagccaaccaagctgctcattatttagctaaatatgctattaa 25481835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 436 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 9492602 - 9492531
Alignment:
Q  436 tagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  9492602 tagtttaaattttctgcatgttaggcatgaagccaaccaagctgcacattatttagctaaatatgctcttaa 9492531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 220 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 9414647 - 9414558
Alignment:
Q  220 tagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtc 309  Q
    ||||| ||| ||| ||||||| |||| ||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| | |||| |||||| |||||    
T  9414647 tagttgttgacaagtcttttctttattagactcggaggttgcagaagatttagctatgcggaagggtttgaaatttgtaaaagatatgtc 9414558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 38141594 - 38141509
Alignment:
Q  422 aagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||||| |||| || ||||||    
T  38141594 aagggtagttttcgtagtttattttttttgtattttaggcgtgaagccgaccaatctgttcattatttagcaaaatatgttcttaa 38141509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 394 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 1154686 - 1154583
Alignment:
Q  394 ctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagct 493  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| || |    ||||| ||||||||| | ||||||| ||| | ||||| || ||||| ||| |||||||||||||    
T  1154686 ctctattattaaggattgtattagttttaatgtatattttcatagtttaaactatttgcatattaagcgtgaatccgaccaaactgttcattatttagct 1154587  T
Q  494 aaat 497  Q
    ||||    
T  1154586 aaat 1154583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 25616696 - 25616304
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | ||| ||| |||| |||||| ||||||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  25616696 ttagtggtttctataagcttaatgttgatacagtaggtctgatggaagatgataagtggggtattggtattgt-gtgagagataatgaaggtgttgtcct 25616598  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    ||||||||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25616597 tggtgctagctcctggcaagtcttttcattaccagattcagaggttgcagaggctttagctatgcggaagggtttggaatttgcaaaagacatgtctttt 25616498  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
     |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  25616497 ttgaatcttatagcagaatcagttgcttctaatgtggttttagcgttgaatgctaaccaacaatctcccaactatgttggctcaattattcgagattgta 25616398  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  25616397 ttaattttaagggtagttttcgtagtttaaatttttcgcatgttaggcgtgaatccaaccaatctgctcattatttagcaaaatatgcttttaa 25616304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 11790875 - 11790481
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || |||||| |||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  11790875 ttagtggtttctataagcttaatgttgatgcagcagatctgatagagggtgataagtggggtattggtgttgcggtgagagataatgaaggtgttatcgt 11790776  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    |||||||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||| ||||||| ||||| |||| || |||||||    
T  11790775 tggtgctagtttctggcaagtcttttcattactagattcagaggttgcagaaacttaagctatgtggaagagtttggaatttgctaaaggcaggtctttt 11790676  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11790675 ctgaatcttatagcagaatcagacgcttctaatgtggttttagcattgaatgctcaccaacattctctcacctatgttggctctattattcaagattgta 11790576  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaa-attttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11790575 ttagttttaagggtagtttttgtagtttaattttttttgcatgttaggcatgaagccaaccacgctgctcattatttagctaaatatgatcttaa 11790481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 114 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 9112167 - 9111878
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |  |||| || || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9112167 ttagtggtttctataagttaaatgttgatgcagcaggctcgatcgagggggataaatggggtattggtgttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 9112068  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    || |||||||| ||||||| || ||||||||  |||||| || || ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  9112067 tgctgctagttgttggcaagtcctttcattactagattcggatgtagcagaagctttagctatgcggaaggggttggaatttgctaaagacatgtgtttt 9111968  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattatt 403  Q
    | ||||| ||||| | |||  |||||||| |||||  ||   | | ||||  |||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  9111967 cagaatcatatagcaaaatttgatgcttccaatgtgattcaggagctgaacactcatcaacaatatcccaactatgttggatctattatt 9111878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 114 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14069269 - 14069151
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14069269 ttagtggttcctataagcttaatgttgatgcagcaggtccgatagaaggtgataagtggggcattggggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 14069170  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaa 232  Q
    ||||| |||||| ||||||    
T  14069169 tggtgttagttcctggcaa 14069151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 114 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14379297 - 14379179
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14379297 ttagtggttcctataagcttaatgttgatgcagcaggtccgatagaaggtgataagtggggcattggggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 14379198  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaa 232  Q
    ||||| |||||| ||||||    
T  14379197 tggtgttagttcctggcaa 14379179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 236 - 496
Target Start/End: Original strand, 31001478 - 31001732
Alignment:
Q  236 ttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttc-tgaatcttatagtagaatca 334  Q
    ||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| | ||||| |||||||||||||||  |||||||||| | |||||||    
T  31001478 ttttctttaccagactcataggttgcagaagctttagctatgcagaaggttttgaaatttgcgaaagacatgtctttttatgaatcttatggcagaatca 31001577  T
Q  335 gatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttc 434  Q
    ||  |       || || ||  |||||||| |||| ||||||||| | | |||| | ||||| |||||| |||||||||||||||| || | | ||||||    
T  31001578 gacac-------gtggtattgacgttgaatactcatcaacaatcttccacctatatcggctcaattattgaagattgtattagtttcaatgtttgttttc 31001670  T
Q  435 gtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaa 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| || ||||||||||||||    
T  31001671 gtagtttaaattttttgcatgttaggtgtgaagccaatcaagctactaattatttagctaaa 31001732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 328 - 497
Target Start/End: Original strand, 14054368 - 14054537
Alignment:
Q  328 agaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggt 427  Q
    |||||||||| ||| ||| || || || |||||||||| ||| ||||||||||| |  ||||  | ||||||||||  ||||||||||| |||  | | |    
T  14054368 agaatcagatacttttaaggtggtcttggcgttgaatgttcatcaacaatctcccacgtatgccgactctattattgtagattgtattaattttgatgtt 14054467  T
Q  428 agttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaat 497  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||  ||||| ||| ||||||||||    
T  14054468 tgttttcgtagtttaaattttttgcatgttaaacgtaaaaccaaccaaattgctcgttacttagctaaat 14054537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 328 - 497
Target Start/End: Original strand, 14364396 - 14364565
Alignment:
Q  328 agaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggt 427  Q
    |||||||||| ||| ||| || || || |||||||||| ||| ||||||||||| |  ||||  | ||||||||||  ||||||||||| |||  | | |    
T  14364396 agaatcagatacttttaaggtggtcttggcgttgaatgttcatcaacaatctcccacgtatgccgactctattattgtagattgtattaattttgatgtt 14364495  T
Q  428 agttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaat 497  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||  ||||| ||| ||||||||||    
T  14364496 tgttttcgtagtttaaattttttgcatgttaaacgtaaaaccaaccaaattgctcgttacttagctaaat 14364565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 344
Target Start/End: Original strand, 23663448 - 23663557
Alignment:
Q  236 ttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttc-tgaatcttatagtagaatca 334  Q
    |||||||||  |||||||||||| ||| ||||||||  |||| |||| |  ||| | ||| ||||| |||||| ||||  |||||||||||| | |||||    
T  23663448 ttttcattactagattcagaggtagcataagctttaactatgtggaatgagttgaaatttacaaaacacatgtttttttatgaatcttatagcaaaatca 23663547  T
Q  335 gatgcttcta 344  Q
    ||||||||||    
T  23663548 gatgcttcta 23663557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 114 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 32402003 - 32401615
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  32402003 ttagtagtttctataagcttaatgttgacgcagcaggtccgattgagggtgataagtggggtattggtgttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcct 32401904  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    | ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  32401903 tagtgttagttcttggcaagtcttttcattaccagattcagaggttgtagaagccttaactatgcgaaagggtttggaatttgcaaaagacatgtcttt- 32401805  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
        |||||||||| |||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32401804 ----atcttatagttgaatgagatgcttttaatgttgttgtagcgttgaatgctcaccaacaatctcccaactatgttggctctattattcgagattgta 32401709  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32401708 ttaattttaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggcatgaagccaaccaagctgctcattatttagctaaatatgctcttaa 32401615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 114 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 27214363 - 27214098
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  | ||| ||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  27214363 ttagtggcttctataagcttaatgttgatgcagcaggtccgatagaagagggtaagtggggtattggtgttgtggtaagagataatgaaggtgttgtcgt 27214264  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
     | |||||| |  ||| || ||||||| | |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  27214263 agctgctagctgctggaaagtcttttcttgactagactcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgtgaaagacatgtgtttt 27214164  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatct 379  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||| |||||||||    
T  27214163 atgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtggtcttggcgttgaatactcatcaacaatct 27214098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 234 - 505
Target Start/End: Original strand, 43462647 - 43462917
Alignment:
Q  234 tcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatc 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||  ||||||| |||| || ||||||||||||| ||||||||| || |  |||    
T  43462647 tcttttcattatcagattcagaggttgcata-gctttagctatgcgaaaaagtttggaatttgtaagagacatgtcttttatgaatcttaaagcattatc 43462745  T
Q  334 agatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagtttt 433  Q
    | |||||| |||||||||||| ||||||||||  || | ||||||||||| |||| | || |||||||||  ||||||||||| ||| || | | |||||    
T  43462746 atatgcttgtaatgtagttttggcgttgaatgtacatcgacaatctcctacctatatcggttctattattggagattgtattatttttaatgtttgtttt 43462845  T
Q  434 cgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctctt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||    
T  43462846 cgtagtttaaattttttgcatgttaggcgtaaagccaaccatgcttctcgttatttagctaaatatgctctt 43462917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 189 - 497
Target Start/End: Original strand, 16055037 - 16055336
Alignment:
Q  189 tgagagataatg-aaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtt 287  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| |||    
T  16055037 tgagagataatggaaggtgttgtcgttgtcgctagttgctggcaagtcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttaactatgcgaaagagtt 16055136  T
Q  288 tggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaacta 387  Q
    || ||||||| | | ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||          |  |||| ||||| | |||    
T  16055137 tgaagtttgcgataaacatgacttttttgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtggtttttgcg----------ataaacattctcccaccta 16055226  T
Q  388 tgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattat 487  Q
    ||| ||||||||||||  ||||||||||  ||| || | | ||||||||||||||| | ||||||| |||||   |||| ||||||||||||||||||||    
T  16055227 tgtcggctctattattgtagattgtatttattttaatgtttgttttcgtagtttaactattttgcacgttagacatgaagccaaccaagctgctcattat 16055326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 191 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 15908281 - 15907974
Alignment:
Q  191 agagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttgg 290  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||     
T  15908281 agagataatgaaggtgttgtcgctgccgctagttgttgacaaatcttttcattaccaggttcataggttgcaaaagctttagctatgcagaagagtttga 15908182  T
Q  291 agtttgcaaaaga-catgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatg 389  Q
    | ||||  ||||| || ||||||| || | ||||||| | ||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| |||||||||||   || ||    
T  15908181 aatttgtgaaagatcacgtcttttatggaacttatagcaaaatcagatgcttctaacatggttttggcgttgaatgctcatcaacaatctccctcctctg 15908082  T
Q  390 ttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattattt 489  Q
    | | ||||||||||  | ||||||||| ||| || | | | |||| ||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||  ||||||||    
T  15908081 tcgcctctattattggaaattgtattaatttcaatgtttgctttcatagtttaaattgtttgcatgttaggcatgaagccaaccaagctgaacattattt 15907982  T
Q  490 agctaaat 497  Q
    ||||||||    
T  15907981 agctaaat 15907974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 246 - 364
Target Start/End: Original strand, 27160718 - 27160836
Alignment:
Q  246 cagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaa 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  27160718 cagattcagaggttgcagaagctttagctatgtggaagggtttgaagtttgcgaaaaacatgtgttttatgaatcttatagcagaatcagatacttctaa 27160817  T
Q  346 tgtagttttagcgttgaat 364  Q
    | |  |||| |||||||||    
T  27160818 tttgattttggcgttgaat 27160836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 166 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 4719282 - 4719096
Alignment:
Q  166 taaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaa-atcttttcattatcagattcagaggttgcaga 264  Q
    ||||| ||||||| | ||||| | |||||||||||||| ||||||| || |||||||||   |||||  | |||| ||||||||||| |||| | |||||    
T  4719282 taaatagggtattggtgttgtggcgagagataatgaagatgttgtcatttgtgctagttgccggcaagttttttttattatcagatttagagatagcaga 4719183  T
Q  265 agctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagt 351  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||| | ||  ||  ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4719182 agctttagtcatgcagaatggtttgaaattaacagtagatatctcttttctgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtagt 4719096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 369 - 456
Target Start/End: Original strand, 43570231 - 43570318
Alignment:
Q  369 accaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgt 456  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||||||||  |||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43570231 accaacaatcttccaactatgttgactctattatttgagattgtatatgttttaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgt 43570318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 372 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 12883060 - 12882941
Alignment:
Q  372 aacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaa 471  Q
    |||||||||| | ||| || |||| |||||||  ||||||||||||||| || | |  ||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||| | ||    
T  12883060 aacaatctcccacctacgtcggctttattattggagattgtattagttttaatgtttcttttcatagtttaaaatttt-gcatgttaggtgtgaagcaaa 12882962  T
Q  472 ccaagctgctcattatttagc 492  Q
     |||| |||||||||||||||    
T  12882961 tcaagttgctcattatttagc 12882941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 125 - 507
Target Start/End: Original strand, 23496861 - 23497232
Alignment:
Q  125 tataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagtt 224  Q
    |||||||| ||||||||||||| | || ||||||| |||||||| |||||||||  |||        |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23496861 tataagcttaatgttgatgcagtaggttcgatagagggtgataagtggggtatt--ggt--------gagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagtt 23496950  T
Q  225 cttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttat 324  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  23496951 cttggcaagtcttttcattaccagattcagaggttgcagaagctttaactacgcagaagggattggaatttgcaaaagacatgtcttttctgaattttgt 23497050  T
Q  325 agtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaag 424  Q
    || |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||   ||||||||||||||| |||    
T  23497051 agcagaatcggatgcttctaatgtggttttagcgttgaatggtcaccaacaatctcccaactatgttgactctattatatgagattgtattagttttaag 23497150  T
Q  425 ggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23497151 ggtagttttcgtaatttaatttttttgcatgttagacgt-aagccaaccaagctgctcattatttagctaaatatgctcttaa 23497232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 114 - 475
Target Start/End: Original strand, 26024583 - 26024946
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26024583 ttagtggtttctataagcttgatgttgatgcagcaggtccgatagaaggtgatgagtggggtattggtgttgttttgagagataatgaaggtgttgtcgt 26024682  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    ||||| | |||| |||||| ||| ||||||| ||||||||||||||  | ||||||||| ||||  |||||||||||| ||||| |||||  ||||||||    
T  26024683 tggtgttggttcctggcaagtctcttcattaccagattcagaggttatataagctttagctatgtagaagggtttggaatttgcgaaagatgtgtctttt 26024782  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26024783 ctgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtggttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcgagattgta 26024882  T
Q  414 ttagttt-gaagggtagttttcgtagttta-aattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaa 475  Q
    ||| |||  |||| |||||| |||||||||   ||||||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  26024883 ttaatttaaaaggatagtttccgtagtttatttttttttgtatgttaggcgtgtagccaaccaa 26024946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 293 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5007605 - 5007391
Alignment:
Q  293 tttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttg 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||    
T  5007605 tttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagcagaattagatggttcaaatgtggttctagcgttgaatccccaccaacaatctctcaactatgttg 5007506  T
Q  393 gctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagc 492  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5007505 gctctattatttgagattgtattagttttaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgtgcgccgtgaagccaaccaagctgctcattatttagc 5007406  T
Q  493 taaatttgctcttaa 507  Q
    ||||| |||| ||||    
T  5007405 taaatatgcttttaa 5007391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 114 - 391
Target Start/End: Original strand, 17538753 - 17539030
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || ||||||| || ||||| |||| ||||   ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  17538753 ttagtggtttctataagcttaatgttgatggagcatgttcgatagagggggataagtgggatattgatgttgtggtgagagatgatgaaggtgttgtcgt 17538852  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    || ||| ||||| || ||| |||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||| |||||  ||||| ||| | ||||| ||||| | || ||||    
T  17538853 tgctgcaagttcctgacaagtctttttattaccagatttagaggttgcaaaagctttagctatgcataagggattgaattttgcgaaagatacgtgtttt 17538952  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgtt 391  Q
     |||||||||||| | ||||||||||||||| |||  |||| ||||||||| |||| |||| || ||| |||||||||    
T  17538953 atgaatcttatagcataatcagatgcttctagtgtgattttggcgttgaatactcatcaacgatttcccaactatgtt 17539030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 188 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 24310515 - 24310247
Alignment:
Q  188 gtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtt 287  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||  | |||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||| | |  ||||||||||||||    
T  24310515 gtgagagataacgaaggtgttgtcgttgatgttagttgctcgcaagtcttttcattataagatttagaagttgcagaagcctcaactatgcggaagggtt 24310416  T
Q  288 tggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaac-aatctcctaact 386  Q
    | || ||||| ||| ||||||||||| |||||||  |  | || |||||||||| || ||| ||||| ||||||||| |||  |||| ||||||  | ||    
T  24310415 ttgaatttgcgaaaaacatgtcttttgtgaatctcgt--tggagtcagatgcttttattgtggtttttgcgttgaatactcgtcaacaaatctctcagct 24310318  T
Q  387 atgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgtt 457  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||  || | | ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  24310317 atgtcggctctattattggagattatattagttataatgtttgtttttgtagtttaaattttttgcatgtt 24310247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 330 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 35025191 - 35025016
Alignment:
Q  330 aatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtag 429  Q
    |||||||||||||||| || || || ||  |||||||||| ||||||||| | | |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| || | | |    
T  35025191 aatcagatgcttctaaggtggtcttggcactgaatgctcatcaacaatcttccacctatgtcggctctattattggagattgtattagtttcaatgtttg 35025092  T
Q  430 ttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctctt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||  || ||||||||||||| |||  |||||||    
T  35025091 ttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggcgtgaagctaaccagactactcattatttagcaaaacatgctctt 35025016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 406 - 507
Target Start/End: Original strand, 17539064 - 17539165
Alignment:
Q  406 agattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctctt 505  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||    
T  17539064 agattgttttagttttaatggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttagacgtgcagccaaccaagctgctcattatttaactaaatacgctctt 17539163  T
Q  506 aa 507  Q
    ||    
T  17539164 aa 17539165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 64
Target Start/End: Original strand, 7741463 - 7741513
Alignment:
Q  14 acttcactagtgttttcaggtataagtgcaaagatactatcatttttagaa 64  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7741463 acttcacttgtgttttcagatataagtgcaaggatactatcatttttagaa 7741513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 453 - 507
Target Start/End: Original strand, 20559382 - 20559436
Alignment:
Q  453 atgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  20559382 atgttaggtgtgaagccaaccaagcttcttattatttagctaaatatgctcttaa 20559436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 41246281 - 41246231
Alignment:
Q  14 acttcactagtgttttcaggtataagtgcaaagatactatcatttttagaa 64  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  41246281 acttcactagtgttttctgatataagtgcaaggatattatcatttttagaa 41246231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 287 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 12622448 - 12622387
Alignment:
Q  287 ttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgt 348  Q
    ||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||    
T  12622448 ttggaatttgcaaaagatgtgtattttctgaatcttataacggaatcagatgcttctaatgt 12622387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 420
Target Start/End: Original strand, 38115793 - 38115976
Alignment:
Q  237 tttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttata-gtagaatcag 335  Q
    |||||||| |||||| ||||||| | ||| ||||||||||  | ||| ||||| |  |||| |||||||||| || | ||||||||||| | |||||||     
T  38115793 tttcattagcagattaagaggttaccgaaactttagttatatgaaagagtttgaaaattgcgaaagacatgttttct-tgaatcttataaggagaatcat 38115891  T
Q  336 atgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagttt 420  Q
    |||||||||| || || |   | ||||||||||||||| ||||| | | |||| | | || ||||||  ||||||||||||||||    
T  38115892 atgcttctaacgtggtctcgccattgaatgctcaccaataatcttccacctatatcgactttattatcgaagattgtattagttt 38115976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 257 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 35025250 - 35025199
Alignment:
Q  257 gttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgt 308  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  35025250 gttgcagaagctttaactatgcggaagggtttggaatttacaaaatacatgt 35025199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0524 (Bit Score: 188; Significance: 1e-101; HSPs: 1)
Name: scaffold0524
Description:

Target: scaffold0524; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 114 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 10132 - 9759
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||| | |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10132 ttagtggtttttataagcttaatgttgatgtagcacgtccgataaagggtgataagtggggtatcagtgttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcgt 10033  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
     ||||||||||| |||||| |||||| |||| || |||||| || | |  ||||||||| |||||||||||||||||| || | |||||||| |||  ||    
T  10032 cggtgctagttcctggcaagtctttttattaccaaattcagcggatacttaagctttagctatgcggaagggtttggaattcgtaaaagacacgtc-att 9934  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| | ||||||   | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  9933 ctgaatcttatagcagaatcagatgcttctaatgtggttttagcgttgaaatctcaccagctatctcc---caatgttggctcaattattcaagattgta 9837  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttag 491  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  9836 ttagttttaagggtagttttcgtagtttaaatttttcgcatgttaggcgcgaagccaaccaaattgctcattatttag 9759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 7e-75; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 118 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 9491205 - 9490868
Alignment:
Q  118 tggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggt 217  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||| || ||||| |||||| || | ||||| ||||||||| ||| |||||||||   || |    
T  9491205 tggtttctataagtttaatgttgatgcagtaggtccgatagagggggataagtggggttttggtgttgtggtgagagattatgtaggtgttgt---tgct 9491109  T
Q  218 gctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctga 317  Q
    ||||| || |  ||| ||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||| ||||||||    
T  9491108 gctaggtcctaacaagtcttttcattaccaaattcagaagttgcataagctttagctatgcggaagggcttgtaatttgcgaaagatatgtattttctga 9491009  T
Q  318 atcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattag 417  Q
    |||| |||| ||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  9491008 atctgatagcagaatcatatgcttctagtgtaattttgacgttgaatgctcatcaacaatctcacagctatgttgactctattattcgagattgtattag 9490909  T
Q  418 tttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgtta 458  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9490908 ttttaatggtagttttcgtagtttaaactttttgcatgtta 9490868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 114 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 1661714 - 1661325
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgt 213  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||| | || ||| |||| ||||   ||||| || ||| |||||||| ||| |  | |    
T  1661714 ttagtgatttctataagcttaatgttgatgcatcaggtctgatagatgatggtaagtggg-tattgatgttgtagtaagaaataatgaaagtgataccct 1661616  T
Q  214 tggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtctttt 313  Q
    || ||||||||  || | | ||||||||||| || ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||||||    
T  1661615 tgctgctagttgctgactagtcttttcattaccaaattcagaggttgcagaagccttggctatgcggaagggtttgaaatttgcaaaatacatctctttt 1661516  T
Q  314 ctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgta 413  Q
     ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  1661515 ttgaatctcatagcagaatcagatgcttctaatgtggtcttagcgttgaatgctcatcaataatcttccacctatgtttgctctattattggagattgta 1661416  T
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctctt 505  Q
    ||||||| || | | |  ||| |||||||| ||||||||||||| |  ||||| ||||||||| |||| |||||||  |||||| |||||||    
T  1661415 ttagttttaatgtttg-cttcatagtttaatttttttgcatgttcgacgtgaagccaaccaagttgctaattatttcactaaatatgctctt 1661325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 114 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 19625168 - 19624862
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtga-taaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcg 212  Q
    |||||||||||| ||| || ||||| ||||||| | |||||||||| ||||  ||| |||| |||| | ||| | ||||||||||||||||||||||||     
T  19625168 ttagtggtttctgtaaacttaatgtcgatgcagaaggtccgatagagggtgggtaagtgggatattggtgttttggtgagagataatgaaggtgttgtca 19625069  T
Q  213 ttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttt 312  Q
    ||| | ||||||     ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||  | |||   ||||||||||||||    
T  19625068 ttgctactagttaccaacaaaatttttcattatcagattcagaggttgcagaagatttagctatgcagaagagtttcaaatttttgaaagacatgtcttt 19624969  T
Q  313 tctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgt 412  Q
    |||||||||||||  ||||||| | || ||||| ||||| || | |||||||||||| |||| || | | |  ||| | ||||||||||||| |||||||    
T  19624968 tctgaatcttataacagaatcaaaagcatctaaggtagtcttggtgttgaatgctcatcaactattttccacatatatcggctctattattcgagattgt 19624869  T
Q  413 attagtt 419  Q
    |||||||    
T  19624868 attagtt 19624862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 115 - 465
Target Start/End: Original strand, 8085729 - 8086083
Alignment:
Q  115 tagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataat----gaaggtgttgt 210  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||| || | |||||||||| ||   ||||||||||||||| ||    |||||||||||    
T  8085729 tagtggttgctataagctaaatgttgatgcagcaggtctaatagaggggggtaaatggggtgttgatgttgttgtgagagattatatatgaaggtgttgt 8085828  T
Q  211 cgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtct 310  Q
     |||| | ||||||  || ||| |||||| ||||  ||||| ||||||   | ||| ||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||    
T  8085829 tgttgctcctagttgatgtcaagtcttttgattactagatttagaggtaagaaaagttttagctatgcggaaggggttgaaatttgcaaaagacatatct 8085928  T
Q  311 tttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagatt 410  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||   | | ||||  |||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  8085929 tttttgaatcttataatagaatcagatgtttctaatgtggttcaggtgatgaacactcatcaacaatatcccaactatgttggatctattattgaagatt 8086028  T
Q  411 gtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtga 465  Q
    | |||| ||| || |    |||| ||||||||| || ||| ||||||||| ||||    
T  8086029 gcattaattttaatgtcttttttagtagtttaagttatttacatgttaggcgtga 8086083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 118 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 3363233 - 3362860
Alignment:
Q  118 tggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtattagggttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggt 217  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||| ||||| || | ||| |||||||||   |||||||||||| |  |||||||| |||| |||  |    
T  3363233 tggttgctataagctaaatgttgatgcagtatgtccaatagaggggg-taagtggggtattgatgttgttgtgagatactatgaaggtattgtggttact 3363135  T
Q  218 gctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctga 317  Q
    ||||| |  || ||| ||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |    
T  3363134 gctagatgctgtcaagtcttttcattaccagattcagaggtagaaaaagctttagctatgcggaaggggttggaatttgcaaaagacatgttttttctaa 3363035  T
Q  318 atcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattag 417  Q
    |||||||||  ||||||||||||| |||||| |||   | | ||||  |||| | ||||  ||| ||||||||||| || ||||||  |||||| ||||     
T  3363034 atcttatagcggaatcagatgcttttaatgtggttcaggtgctgaacactcatctacaacatcccaactatgttggatc-attattggagattgcattaa 3362936  T
Q  418 tttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagct 493  Q
    ||| || |    ||||||||||||||  || |||||||||||  ||||  | |||||| ||||||||||| |||||    
T  3362935 ttttaatgtattttttcgtagtttaagattcttgcatgttagacgtgaggctaaccaaactgctcattatctagct 3362860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 229 - 377
Target Start/End: Original strand, 28388644 - 28388792
Alignment:
Q  229 gcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagta 328  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28388644 gcaagtctttttattatcagattcaaaggttgcagaagccttagctatgcggaaggttttggaatttatgaaagacatgtcttttctgaatcttatagca 28388743  T
Q  329 gaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaat 377  Q
    |||||| ||||||||||| | || || | ||| ||||||| ||||||||    
T  28388744 gaatcaaatgcttctaatatggtcttggtgttaaatgctctccaacaat 28388792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 182 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 19646244 - 19646080
Alignment:
Q  182 gttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcgga 281  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  || ||| | ||||  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||    
T  19646244 gttgtggtgagagataatgaaggtgttgtcattgctgctagttactgacaagtttttttcttaccagattcagaggttgcagaagatttagctatacgga 19646145  T
Q  282 agggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaat 346  Q
    ||  |||||| |||   ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||    
T  19646144 agaatttggaatttttgaaagacatgtcttttgtgaatcttatagcagaatcaaatgcttataat 19646080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 356 - 497
Target Start/End: Original strand, 46513246 - 46513387
Alignment:
Q  356 gcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatg 455  Q
    |||||||||| ||| | ||||||| | | |||||| | |  |||||||  ||||||||||||||| || | |  |||||||||||||| |||||||||||    
T  46513246 gcgttgaatgttcatccacaatcttccacctatgtcgtcaatattattggagattgtattagttttaacgtttattttcgtagtttaatttttttgcatg 46513345  T
Q  456 ttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaat 497  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46513346 ttaggcgtgaagccaaccaagctgctcattatttagctaaat 46513387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 393 - 505
Target Start/End: Original strand, 31497040 - 31497152
Alignment:
Q  393 gctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagc 492  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| || |  | |  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||||| ||||||||||    
T  31497040 gctctattattgaagattgtattagcttaagtgtttattttcgtagtttaaattttttgcatgttaggcgtgaagctaatcaagctgcttattatttagc 31497139  T
Q  493 taaatttgctctt 505  Q
    ||||  |||||||    
T  31497140 taaacatgctctt 31497152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 328 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 19650632 - 19650493
Alignment:
Q  328 agaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggt 427  Q
    ||||||| |||||| |||  |||| || | |||||||||||| |||| |||| | |  ||| | ||||||||||||  ||||||||||||||| || | |    
T  19650632 agaatcaaatgcttttaagatagtcttggtgttgaatgctcatcaactatcttccacatatatcggctctattatttgagattgtattagtttcaatgct 19650533  T
Q  428 agttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaa 467  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  19650532 tgttttcgtagtttaatttttttgcatgttaggcgtgaaa 19650493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 236 - 348
Target Start/End: Original strand, 26832374 - 26832485
Alignment:
Q  236 ttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcag 335  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||  |||||| ||| ||||| | ||| |||||||| |||| ||| |||||||| ||   |||||||    
T  26832374 ttttcattatcaaattcagaggtagcataagctttatatatgcgtaagagtttgaaattttcaaaagacgtgtc-tttatgaatcttttaaaggaatcag 26832472  T
Q  336 atgcttctaatgt 348  Q
    |||||||||||||    
T  26832473 atgcttctaatgt 26832485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 23263429 - 23263379
Alignment:
Q  14 acttcactagtgttttcaggtataagtgcaaagatactatcatttttagaa 64  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  23263429 acttcactagtgttttcagatacaagtgcaaggatattatcatttttagaa 23263379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 432 - 497
Target Start/End: Original strand, 28388812 - 28388878
Alignment:
Q  432 ttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaacc-aagctgctcattatttagctaaat 497  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| | ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  28388812 ttcgtagtttaaattttaagcatgttaagcgtgaagccaaccaaagctgctcactatttagctaaat 28388878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 27051923 - 27051873
Alignment:
Q  14 acttcactagtgttttcaggtataagtgcaaagatactatcatttttagaa 64  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  27051923 acttcactagtgttttaagttataagtgcatggatactattatttttagaa 27051873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0578 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0578
Description:

Target: scaffold0578; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 293 - 507
Target Start/End: Original strand, 4073 - 4287
Alignment:
Q  293 tttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttg 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||    
T  4073 tttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagcagaattagatggttcaaatgtggttctagcgttgaatccccaccaacaatctctcaactatgttg 4172  T
Q  393 gctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagc 492  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4173 gctctattatttgagattgtattagttttaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgtgcgccgtgaagccaaccaagctgctcattatttagc 4272  T
Q  493 taaatttgctcttaa 507  Q
    ||||| |||| ||||    
T  4273 taaatatgcttttaa 4287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0129 (Bit Score: 122; Significance: 2e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0129
Description:

Target: scaffold0129; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 182 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 44898 - 44577
Alignment:
Q  182 gttgttgtgagagataatgaaggtgttgtcgttggtgctagttcttggcaaatcttttcattatcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcgga 281  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| | ||||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||  ||    
T  44898 gttgtggtgagagataatgaagatgttgtcattgct-ctagttcctaacaagtcttttcattaccagattcagaggttgcagaagctctaactatgtaga 44800  T
Q  282 agggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcc 381  Q
    |||||||| | ||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||| ||||||   |||||||| |    
T  44799 agggtttgaaatttgcgaaagagatggcttttatgaatcttatagt-gaatcagatgcttctaatgtggttttggtgttg-atgctcgtaaacaatcttc 44702  T
Q  382 taactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgct 481  Q
     ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||||| |  |  |    
T  44701 caactatgttgg-tatattattcgagattgtattagttttaattgtagttttcgtagtttaattttttggcatgttaggcgtgaagccaacccaattatt 44603  T
Q  482 cattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  44602 cattatttagctaaatatgctcttaa 44577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0785 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0785
Description:

Target: scaffold0785; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 343 - 507
Target Start/End: Original strand, 343 - 509
Alignment:
Q  343 taatgtagttttagcgttga---atgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagtttgaagggtagttttcgtagt 439  Q
    |||||| |||||||||||||   ||| |||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||  |||||||||||| || |||||||| ||||||| |    
T  343 taatgtggttttagcgttgatgaatgttcac-aacaacctcccaactatgttgactctattattagagattgtattagctttaagggtagctttcgtaat 441  T
Q  440 ttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  442 ttaaattttctgcatgttagacgtgaagccaaccaaactgctcattatttagctaaatatgctattaa 509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 321 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 34182361 - 34182185
Alignment:
Q  321 ttatagtagaatcagatgcttctaatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtattagttt 420  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||   |||||||  ||| ||||||| |   | |||||  || ||||| ||| |||||||||||| |||    
T  34182361 ttataggagaatcagatgcttctaatgtggtttttatgttgaatattcatcaacaatttgtcacctatgccggttctatcatttaagattgtattaattt 34182262  T
Q  421 gaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaat 497  Q
     || | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  34182261 taatgtttgttttcgtagtttaatttttttgcatgttaggcatgaaactaactaagatgctcattatttagctaaat 34182185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 244 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 17518948 - 17518715
Alignment:
Q  244 atcagattcagaggttgcagaagctttagttatgcggaagggtttggagtttgcaaaagacatgtcttttctgaatcttatagtagaatcagatgcttct 343  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| | |  |||||| |||||||||||| |||||||    ||| ||     |||||| ||||||| ||| ||||    
T  17518948 atcagattcagaggttgcagaagttttagctgtatggaaggatttggagtttgcgaaagaca----tttgct-----ttatagcagaatcaaatgattct 17518858  T
Q  344 aatgtagttttagcgttgaatgctcaccaacaatctcctaactatgttggctctattattcaagattgtatt--agtttgaagggtagttttcgtagttt 441  Q
    ||||| || ||  |||||||| |||| ||||||||| | | |||| |  ||||||||||| |||||||||||  || || |  | | |||||||||||||    
T  17518857 aatgtggtcttgacgttgaatactcatcaacaatcttccacctatatcagctctattattaaagattgtatttaagcttaagtgttggttttcgtagttt 17518758  T
Q  442 aaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcat 484  Q
    |||||||||| ||||||||  |||| ||||  |||||||||||    
T  17518757 aaattttttgtatgttaggcatgaagccaattaagctgctcat 17518715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 414 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 35241846 - 35241753
Alignment:
Q  414 ttagtttgaagggtagttttcgtagtttaaattttttgcatgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || || |||||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  35241846 ttagttttaatgatagttttcgtagtttaaattttttacatgttaggcgtaaagccaaccagactgctcattatttagctaaatatgttcttaa 35241753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 114 - 178
Target Start/End: Original strand, 30270431 - 30270495
Alignment:
Q  114 ttagtggtttctataagctgaatgttgatgcagcaagtccgatagaaggtgataaatggggtatt 178  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  30270431 ttagtggtttctataagcttaatgtttatgcaacgagtccgatagagggtgataagtggggtatt 30270495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 453 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 29618532 - 29618478
Alignment:
Q  453 atgttaggagtgaaaccaaccaagctgctcattatttagctaaatttgctcttaa 507  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  29618532 atgttaggcgtgaagccaaccaaactgttcattatttagttaaatatgctcttaa 29618478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University