View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20336_high_1 (Length: 751)

Name: NF20336_high_1
Description: NF20336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20336_high_1
NF20336_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-740)||(42184885-42185596)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 612; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 612; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 42185596 - 42184885
Alignment:
Q  17 acaattggatcaggcccacacaagaaataatactattgttttggcattcattaattgttagtattagtacactctcacag------gcagagactagaga 110  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||    
T  42185596 acaattggatcaggaccacacaacaaataacactattgttttggcattcattaattgttagtattagtacactctcacagtcacaggcagagactagaga 42185497  T
Q  111 tggagtacaacacaacacaacacagcaaagagtcttattcacataaaacagaaacactggttgtacagaaacactgagttgttgacttgttgtttcatca 210  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||    
T  42185496 tggagtacaacacgacacaacatagcaaagagtcttattcacataaaacagaaacactggttgt------------------tgacttgttgtttcatca 42185415  T
Q  211 gtttttcttctactatataatataacaacaaacatcactgaacaataggctataatgcatagttgaattttgataaatatgcaagcacaataagattaca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42185414 gtttttcttctactatataatataacaacaaacatcactgaacaataggctataatgcatagttgaattttgataaatatgcaagcacaataagattaca 42185315  T
Q  311 ttatagaacagaacaataatcttaggttaaatgaaacttaaaagcagaaggtgctaattaattaatttacatatgaaatatgattaaacttattgagtaa 410  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42185314 ttacagaatagaacaataatcttaggttaaatgaaacttaaaatcagaaggtgctaattaattaatttacatatgaaatatgattaaacttattgagtaa 42185215  T
Q  411 ggcaatttcagaattagctcttgatgatgcaacatttggactgctattaccactactatcagaaaatgaagcaagtgttttattatgcaaaacaccagat 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42185214 ggcaatttcagaattagctcttgatgatgcaacatttggactgctattaccactactatcagaaaatgaagcaagtgttttattatgcaaaacaccagat 42185115  T
Q  511 ggagaggataccattcctgttcctgaagtgccaatggattcgacacgatttgttgttgtgagaggtgaagatggattagaatttgttgcatcactgatgg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42185114 ggagaggataccattcctgttcctgaagtgccaatggattcgacacgatttgttgttgtgagaggtgaagatggattagaatttgttgcatcactgatgg 42185015  T
Q  611 aagtaacattgcttggccttagaacttcagctagtggaccaccaggtgttgaacctaaccaaggttgtgctgaattgagccaatttgataatgctatttt 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42185014 aagtaacattgcttggccttagaacttcagctagtggaccaccaggtgttgaacctaaccaaggttgtgctgaattgagccaatttgataatgctatttt 42184915  T
Q  711 attactatcatcgtcacccgcagcattcat 740  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42184914 agtactatcatcgtcacccgcagcattcat 42184885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University