View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20336_low_3 (Length: 507)

Name: NF20336_low_3
Description: NF20336
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20336_low_3
NF20336_low_3
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (17-497)||(44924348-44924820)
chr4 (19-497)||(6908377-6908847)
chr4 (233-497)||(6901428-6901692)
chr4 (307-494)||(44927080-44927267)
chr4 (58-160)||(6901713-6901816)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-497)||(202138-202610)
chr3 (58-497)||(206521-206961)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (117-494)||(24652658-24653035)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (87-494)||(29514334-29514747)
chr1 (121-497)||(43626038-43626417)
chr1 (183-323)||(43997926-43998065)
chr1 (83-117)||(43632255-43632289)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 405; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 405; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 497
Target Start/End: Original strand, 44924348 - 44924820
Alignment:
17 caggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatca 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44924348 caggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaa-------taatattctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatca 44924440  T
117 tcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatggaaa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44924441 tcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaggataaaaaa-caacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatggaaa 44924539  T
217 atggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatctt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
44924540 atggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaatgaaatcataatttaatctt 44924639  T
317 catcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
44924640 catcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcacttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgt 44924739  T
417 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
44924740 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 44924820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 497
Target Start/End: Original strand, 6908377 - 6908847
Alignment:
19 ggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatc 118  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
6908377 ggtataccataaaaacaagcaatatcaaacagctaaa-------taatattctcttacacacagcatcaagtaaaaagttcaattatcacaaagatcatc 6908469  T
119 aaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aaaa 217  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
6908470 aaatgtattggagcaaaact-aatacttagaaaagaaaagatcaaaaa-caacatgtcttgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaa 6908567  T
218 tggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6908568 tggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttc 6908667  T
318 atcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtg 417  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
6908668 atcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgtttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgtg 6908767  T
418 agtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6908768 agtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 6908847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 233 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 6901692 - 6901428
Alignment:
233 gcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcacc 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6901692 gcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggcgagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcacc 6901593  T
333 gtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatg 432  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
6901592 atcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatggacttgtgagtgaaaagtcaatg 6901493  T
433 tgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 497  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
6901492 tgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgttaacaacctgcctcccaactctatg 6901428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 307 - 494
Target Start/End: Original strand, 44927080 - 44927267
Alignment:
307 atttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccga 406  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||| ||| ||||||||||||| || |    
44927080 atttaatcttcatcctcctcatctccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttctttcacttcacgcgaccaggaagaccaccaccaa 44927179  T
407 aaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccct 494  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
44927180 agggacttgtgagggaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttaacaacctgcctcccaaccct 44927267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 58 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 6901816 - 6901713
Alignment:
58 ctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcat-caaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaa 156  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
6901816 ctaaataatattctcttacacacaccatcaggtaaaaggttcaattataacaaagataattcaaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaa 6901717  T
157 agat 160  Q
    ||||    
6901716 agat 6901713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 202610 - 202138
Alignment:
19 ggtataccatcaaaataagcaatatcaaacagctaaagcctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatc 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
202610 ggtataccatcaaaacaagcaatatcaaacagctaaa-------taatattctcttacacagagcatcaagtaaaaggttcaatcatcacaaagatcatc 202518  T
119 aaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
202517 aaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatcaaaaa-caacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaa 202419  T
218 tggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataa-tttaatctt 316  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
202418 tggtaaaagtcatttgcatgacagaaaatctaaagtctagggcagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataaatttaatctt 202319  T
317 catcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgt 416  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
202318 catcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgaccaggaagaccaccgccgaaaggacttgt 202219  T
417 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
202218 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 202138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 58 - 497
Target Start/End: Original strand, 206521 - 206961
Alignment:
58 ctaaataatgttctcttacacgcagcatcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatc-aaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaa 156  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
206521 ctaaataatattctcttacacacaccatcaagtaaaaggttcaattataacaaagatcatttaaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaa 206620  T
157 agatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtct 255  Q
    ||||       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
206621 agatcaaaaa-caacatgtctcaagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaaaacggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtct 206719  T
256 aggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttgg 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
206720 aggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttgg 206819  T
356 ctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcac 455  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
206820 ctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaacccttac 206919  T
456 catgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 497  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
206920 catgaaggatgggatgttcacaacctgcctcccaaccctatg 206961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 117 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 24653035 - 24652658
Alignment:
117 tcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aa 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
24653035 tcaaatgtattggagcaaaacttaatacttggaaaagaaaagatcaaaaa-caacatgttttgagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgggaa 24652937  T
216 aatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatct 315  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
24652936 aacggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagaaaatgaaaatcataatttaatct 24652837  T
316 tcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttg 415  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||    
24652836 tcatcctcctcatcaccatcaccaccggaagccttcttggctgcagccttaaggttcttacgcttcacacgaccaggaagaccaccaccgaatggacttg 24652737  T
416 tgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccct 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
24652736 tgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaacccttaccatgaaggatgggatgttcacaacctgcctcccaaccct 24652658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 87 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 29514747 - 29514334
Alignment:
87 aagtaaaaggttcaattatcacaaagatcatcaaatgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctcgagcaaag 186  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |        ||||| ||||||||||||    
29514747 aagtaaaaggttcaattatcataaagatcatcaaatgtattggagcaaaactctatacttggaaaagaaaagctcaaaaag-aacatctctcgagcaaag 29514649  T
187 atttcctcacacaataaacagggat-ggaaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaagga 285  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
29514648 atttactcgcacaataaacaaggataggaaaatggtaaaagtcatatgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatatcaagaggctagagcaagga 29514549  T
286 tctaagcaaaagaaaatcataatttaa------tcttcatcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgcagcctttaagttctttcgct 379  Q
    |||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
29514548 tctaagcaaaagaaaatcataatttaaatttaatcttcatcctcctcatcaccatcaccaccagaagccttcttggctgcagccttaaggttctttcgct 29514449  T
380 tcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaaggatgggatgttcaccac 479  Q
    |||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
29514448 tcacgcgaccgggaagaccaccaccaaaaggacttgtgagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccatgaatgatgggatgttcacaac 29514349  T
480 ctgcctcccaaccct 494  Q
    |||||||||||||||    
29514348 ctgcctcccaaccct 29514334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 121 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 43626417 - 43626038
Alignment:
121 atgtattggagcaaaacttaatacttagaaaagaaaagatnnnnnnncaacatgtctc-gagcaaagatttcctcacacaataaacagggatgg--aaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||       ||||| ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |||||   ||||    
43626417 atgtattggagcaaaacttaatatttggaaaagaagagataaaaaa-caacacgtctctgagaaaagatttccttacacaataaacaaggatgagaaaaa 43626319  T
218 tggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagcaaggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttc 317  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
43626318 tggtaaaagtcatatgcatcatagaaaatctaaagtctaggacagata--aaaaggctagagcaaggatctaagtaaaagaaaatcataatttaaccttc 43626221  T
318 atcctcctcatcaccgtcaccaccggaagccttcttggctgc-agcctttaagttctttcgcttcacacgatcaggaagaccaccgccgaaaggacttgt 416  Q
    ||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||||||||    
43626220 atcctcctcgtcaacatgaccaccggaagccttcttggctgccagtcttaaggttctttcgcttcacacgaccaggaagacaaccaccaaaaggacttgt 43626121  T
417 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctca--ccatgaaggatgggatgttcaccacctgcctcccaaccctatg 497  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||    
43626120 gagtgaaaagtcaatgtgcttctgtgaatcaaccctcaccccatgaaggatgggatgttaacaacctgcctcctaaccctatg 43626038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 183 - 323
Target Start/End: Original strand, 43997926 - 43998065
Alignment:
183 aaagatttcctcacacaataaacagggatgg-aaaatggtaaaagtcatttgcatgatagaaaatctaaagtctaggacagatataaaaaggctagagca 281  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||    
43997926 aaagatttcctcacacaataaacaaggatgggaaaatggtaaaagtcatatgcatcatagaaaatctaaagtctaggacagcta--aaaaggctagagca 43998023  T
282 aggatctaagcaaaagaaaatcataatttaatcttcatcctc 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
43998024 aggatctaagcaaaagaaaatcataatttaaccttcatcctc 43998065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 43632289 - 43632255
Alignment:
83 catcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
43632289 catcaagtaaaaggttcaattatcacaaagatcat 43632255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University