View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20340_low_27 (Length: 288)

Name: NF20340_low_27
Description: NF20340
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20340_low_27
NF20340_low_27
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (15-269)||(17653942-17654196)
chr2 (15-269)||(17701538-17701792)
chr2 (17-254)||(17619746-17619983)
chr2 (15-269)||(17664218-17664472)
chr2 (15-269)||(17714944-17715198)
chr2 (15-265)||(17645348-17645598)
chr2 (15-269)||(17708261-17708513)
chr2 (40-269)||(17727699-17727926)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (58-253)||(4204139-4204334)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (58-233)||(5981099-5981274)
chr3 (58-252)||(5975118-5975312)
chr3 (64-233)||(5915364-5915533)
chr3 (134-233)||(5902681-5902780)
chr3 (64-233)||(5877991-5878160)
chr3 (77-233)||(5929736-5929892)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17654196 - 17653942
Alignment:
Q  15 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17654196 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgaaactggtaa 17654097  T
Q  115 cttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatct 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17654096 cttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagctcttgagacgcgagcaacccctcatatct 17653997  T
Q  215 agactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttttagctggttgc 269  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17653996 agactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttttagctggttgc 17653942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17701792 - 17701538
Alignment:
Q  15 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaa 114  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||    
T  17701792 taggcaatatatgaatactatccggtagctgagttaggctcgcgcattccctcaagaacaattgtcggaggccaacaagatttctaattgaaaatggcaa 17701693  T
Q  115 cttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatct 214  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||    
T  17701692 cttatctatggaagtttggtctaaataaacatatcttatattctccattactcccaatacttcagggaagctcttgagacgcaaacaacccctcatatct 17701593  T
Q  215 agactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttttagctggttgc 269  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17701592 agagtctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttctagctggttgc 17701538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 17 - 254
Target Start/End: Complemental strand, 17619983 - 17619746
Alignment:
Q  17 ggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaact 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||    
T  17619983 ggcaatatacgaatactatccgttagctgagttaggctcatgcattccctcaagaacaatcgtcggaggccaacaagatttctaattgaaaatggcaact 17619884  T
Q  117 tatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctag 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  17619883 tatctatggaagtttggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagctcttgagacacgaacaacccctcatatctag 17619784  T
Q  217 actctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaa 254  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17619783 aatctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaa 17619746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17664472 - 17664218
Alignment:
Q  15 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||    
T  17664472 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagttaggctcatgcactccctcaagaacaattgtcggaggccaacaagatttctaattgaaaatggcaa 17664373  T
Q  115 cttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatct 214  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17664372 cttacctatggaagtttggtctaaataaacatatcttatattctccattactcccaatacttcagggaagctcttgagacgcgagcaaccccttatatct 17664273  T
Q  215 agactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttttagctggttgc 269  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  17664272 agagtctctagagatggcaggttgatgttgggcaccaaaagttctagctgtttgc 17664218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17715198 - 17714944
Alignment:
Q  15 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaa 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||    
T  17715198 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagttaggctcatgcactccctcaagaacatttgtcggaggccaacaagatttctaattgaaaatggcaa 17715099  T
Q  115 cttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatct 214  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17715098 cttacctatggaagtttggtctaaataaacatatcttatattctccattactcccaatacttcagggaagctcttgagacgcgagcaaccccttatatct 17714999  T
Q  215 agactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttttagctggttgc 269  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  17714998 agagtctctagagatggcaggttgatgttgggcaccaaaagttctagctgtttgc 17714944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 17645598 - 17645348
Alignment:
Q  15 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaa 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||  ||||| || ||| ||    
T  17645598 taggcaatgtacgaatactatccggtagctgagttaggctcaagcattccctcaagaacaatcgtcggaggccaacgagcttttgaattgaaaatggcaa 17645499  T
Q  115 cttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatct 214  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||     
T  17645498 tttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattcttcattacgcccaatacttcagggaagctcttgagacgcgagcaacccctcatatca 17645399  T
Q  215 agactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttttagctgg 265  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  17645398 agagtctctagagatggcagattgatggtgggcaccaaaagttctagctgg 17645348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17708513 - 17708261
Alignment:
Q  15 taggcaatatacgaatactatccggtagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaa 114  Q
    |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| | ||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||| || ||| ||    
T  17708513 taggtaatatacgaatgctatctggtagctgagttagactcttgcactgcctcaagaacagtc-ttggaggctaacaagatctccaattgaaaatggcaa 17708415  T
Q  115 cttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatct 214  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  17708414 cttgtctatggaagtttggtctaaataaacatatcttgtattttccattactcccaatacttcagggaagctcttgagacacgagcaacccctcatatcc 17708315  T
Q  215 agactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaaagttttagctggttgc 269  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||    
T  17708314 agagtctctagagatgccagattgatgtaaggcaccaaaa-ctttagctggttgc 17708261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 40 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 17727926 - 17727699
Alignment:
Q  40 tagctgagtaaggctcttgcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaacttatctatggaagtctggtctaaa 139  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  17727926 tagctgagttagactcttgcactccctcaagaacagtc-ttggaggctaacaagatttccaattgaaaatggcaacttgtctatggaagtttggtctaaa 17727828  T
Q  140 taaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggcagattga 239  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  17727827 taaacatatcttgtattttccattactcccaatacttcagggaagctcttgagacacgagcaacccctcatatccagagtctctagagatgccagattga 17727728  T
Q  240 tgttgggcaccaaaagttttagctggttgc 269  Q
    |||  |||||||||| ||||||||||||||    
T  17727727 tgtaaggcaccaaaa-ttttagctggttgc 17727699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 9e-33; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 58 - 253
Target Start/End: Original strand, 4204139 - 4204334
Alignment:
Q  58 gcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaacttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattc 157  Q
    |||| ||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||  ||||  |  |||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  4204139 gcatccccgcaagaacaaacgttggagaccaacaagatttccaatggtaaaaggtatttgttctagggcagtctggtctaaatgaacatcttttatattc 4204238  T
Q  158 tccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaaa 253  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||  |||  ||||||||||||||||| | ||||| | |||||| ||||||||  ||||||| ||| ||||||    
T  4204239 tccatcactcccaatacttctgggaacctctcaagacgcgagcaaccccttagatctaaagtctctaaagatggcaagttgatgtagggaaccaaa 4204334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 56; Significance: 3e-23; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 58 - 233
Target Start/End: Original strand, 5981099 - 5981274
Alignment:
Q  58 gcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaacttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattc 157  Q
    |||| |||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||  || ||||  | || |  |||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  5981099 gcatcccctcaagtacaaacgttggagaccaacaagatttccaattgtaaaaggcaactggtataggtcagtctgatccaaataaacatcttttatattc 5981198  T
Q  158 tccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggca 233  Q
    ||||| | ||| | |||||| |||||||| |  |||||||||||||| || | ||||| | |||||||||||||||    
T  5981199 tccatcaatcctagtacttctgggaagttatcaagacgcgagcaacctctaagatctaaagtctctagagatggca 5981274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 252
Target Start/End: Original strand, 5975118 - 5975312
Alignment:
Q  58 gcattccctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaacttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattc 157  Q
    |||| ||||||||||||| |||  ||| ||||  ||||| ||||||||||  || || |  | || || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5975118 gcatcccctcaagaacaaacgtcggagcccaatcagattcccaattgtaaaaggcaattgttttagggcagtctggtctaaataaacatcttttatattc 5975217  T
Q  158 tccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggcagattgatgttgggcaccaa 252  Q
    ||||| ||||| | |||||| |||||| |||  |||||||||||||| || | ||||| | |||||| ||||||||  ||||||| ||| |||||    
T  5975218 tccatcactcctactacttctgggaagctctcaagacgcgagcaacctctaagatctaaagtctctaaagatggcaagttgatgtagggaaccaa 5975312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 64 - 233
Target Start/End: Original strand, 5915364 - 5915533
Alignment:
Q  64 cctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaacttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccatt 163  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| || || || |  | || |  ||||   ||||||||||||||| |||||||||||||     
T  5915364 cctcaagaacaaacgtttgagcccaacaagatttccaattgtgacaggcaattggtataggttagtcccatctaaataaacatcttttatattctccatc 5915463  T
Q  164 actcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggca 233  Q
    ||||| | |||||| |||||| |||  ||||||||||||||  | | |||||   |||||||||||||||    
T  5915464 actcctagtacttctgggaagctctcaagacgcgagcaacctgtaagatctaatgtctctagagatggca 5915533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 233
Target Start/End: Original strand, 5902681 - 5902780
Alignment:
Q  134 tctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggca 233  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||| |||||| |||  |||||||||||||| || | |||||   |||||||||||||||    
T  5902681 tctaaataaacatcttttatattctccatcactcctagtacttctgggaagctctcaagacgcgagcaacctctaagatctaatgtctctagagatggca 5902780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 64 - 233
Target Start/End: Original strand, 5877991 - 5878160
Alignment:
Q  64 cctcaagaacaatcgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaacttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccatt 163  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||| |  || || |  | || |  |||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||     
T  5877991 cctcaagaacaaacgttggagcccaacaagatttccaaatgtgaaaggcaattggtataggtcagtctcatctaaataaacatcttttaaattctccatc 5878090  T
Q  164 actcccaatacttcagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggca 233  Q
    ||||| | |||||| || ||| ||   |||||||||||||| || | |||||   |||||||||||||||    
T  5878091 actcctagtacttctggaaagctcgcaagacgcgagcaacctctaagatctaatttctctagagatggca 5878160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 77 - 233
Target Start/End: Original strand, 5929736 - 5929892
Alignment:
Q  77 cgttcgaggccaacaagatttccaattgtaactggtaacttatctatggaagtctggtctaaataaacatctcttatattctccattactcccaatactt 176  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||  || || |  | || |  |||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||   |||||    
T  5929736 cgttggagaccaacaagatttccaattgtaaaaggcaattggtataggtcagtctgatctaaataaacatcttttatattcttcatcactccttgtactt 5929835  T
Q  177 cagggaagttcttgagacgcgagcaacccctcatatctagactctctagagatggca 233  Q
    | |||||| |||   ||||||| ||||| || | ||||| | |||| ||||||||||    
T  5929836 ctgggaagctctcaggacgcgaacaacctctaagatctaaagtctccagagatggca 5929892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University